Œil pour œil, dent pour dent, combattre le mal par le mal, telle est la fonction des Code:Breaker. Bien décidé à exterminer la vermine, Rei Ôgami est l’un d’entre eux. Il élimine sur ordre ceux qui passent au travers des mailles de la justice en les consumant avec des flammes bleues. Mais un soir, Sakura Sakurakôji l’aperçoit en pleine action. C’est une lycéenne à qui tout sourit : elle est belle, brillante, tous les garçons du lycée sont à ses pieds. Quelle n’est pas sa surprise quand son professeur présente à la classe un nouvel élève, qui n’est autre que le jeune homme qu’elle a vu tuer des gens la veille. Les deux lycéens sont donc bien décidés à se surveiller : Sakura souhaite qu’il n’y ait pas d’autres victimes ; Rei, quant à lui, ne veut pas que son identité de Code:Breaker soit révélée, et sa nouvelle camarade de classe l’intrigue…