Fine 9^ stagione

Il Dottore è protagonista di un'avventura a New York, insieme a Nardole, conosciuto durante la battaglia contro Hydroflax, i nuovi nemici del Dottore sono i cervelli extraterrestri del "Collettivo dell'Armonia", queste creature vogliono sostituirsi agli umani prendendo possesso dei loro corpi, e da cinque anni si preparano per questo. Il Dottore è ancora in lutto per la morte di River, tra l'altro ha modo di constatare che New York è protetta dal supereroe The Ghost, in possesso di super poteri. In realtà The Ghost è Grant Gordon, quando era un bambino a causa del Dottore (che Grant chiamava dottor "Mysterio") ingerì la gemma di Hazandra ricevendone i super poteri che lui ammirava nei fumetti.

Il Dottore è in missione segreta con Nardole. Si uniscono a una ragazza di nome Bill, che frequenta le lezioni tenute dal Dottore. Una terribile minaccia li attende.

Nardole proibisce al Dottore di viaggiare con Bill perché non può lasciare la Terra, dato che sta lavorando sotto copertura per custodire il misterioso caveau. Nardole sbriga una breve commissione per il Dottore, quest'ultimo quindi approfitta del lasso di tempo per fare un "breve" viaggio con la sua amica e ritornare prima che Nardole si accorga della loro temporanea assenza. Il Dottore e Bill arrivano su uno dei primi pianeti colonizzati della terra, Gliese 581 d; Bill chiede al Dottore perché è sulla Terra, e lui si limita a dirle che sta custodendo un caveau.

Il Dottore e Bill si ritrovano nella Londra del 4 febbraio del 1814, nel bel mezzo di una fiera del ghiaccio sul Tamigi congelato. Il Dottore e Bill notano delle strane luci sotto il ghiaccio, poi il cacciavite sonico del Dottore viene rubato da Spider, un orfano borseggiatore guidato da Kitty, un'altra bambina borseggiatrice. Il Dottore e Bill inseguono Spider e Kitty per tutta la fiera. Lontano dalla gente le luci sotto il ghiaccio circondano i piedi di Spider e il ragazzino viene tirato giù nel ghiaccio, il Signore del Tempo fa appena in tempo a riprendersi il cacciavite sonico.

Bill e altri cinque studenti (Shireen, Harry, Paul, Felicity e Pavel) firmano un contratto per vivere in una grande villa il cui proprietario è il misterioso Landlord. Il Dottore aiuta l'amica con il trasloco e lei lo presenta agli altri come suo nonno; il Signore del Tempo sente il legno degli alberi del giardino della villa scricchiolare, benché non ci sia vento, inoltre trova strano che Pavel da un po' di tempo non esca dalla sua stanza.

Il Dottore continua a lavorare come insegnante sotto copertura per custodire il caveau, ma inizia ad annoiarsi, infatti Nardole comprende che è tentato di viaggiare nello spazio, e ci riesce, insieme a Bill e Nardole, benché quest'ultimo sia contrario dato che sorvegliare quel caveau è di vitale importanza.

Il Papa, accompagnato da altri cardinali, va dal Dottore all'università, chiedendogli aiuto nel tradurre un testo chiamato "Veritas". Chiunque lo abbia letto, poi si è suicidato, e il Dottore e Nardole coinvolgono Bill andando a trovarla a casa sua mentre era in compagnia di una ragazza. Solo Nardole è a conoscenza del fatto che il Dottore è cieco.

Il Dottore riceve la mail e capisce l'accaduto. L'appuntamento di Bill con Penny si svolge come nella simulazione, ma stavolta a irrompere in casa è il Segretario Generale delle Nazioni Unite, che dice a Bill che lei è l'unica che sa dove si trova il Dottore. Bill e il Dottore vanno con il Segretario in Turmezistan, nella zona di guerra tra Russia, America e Cina, su un jet privato dove il TARDIS è stato montato, nella zona di guerra è spuntata da un giorno all'altro un'enorme piramide egizia apparentemente risalente a cinquemila anni fa; essa, in realtà, non è che la base operativa dei Monaci.

Sono passati sei mesi dall'invasione dei Monaci, che hanno riscritto la storia facendo credere alla popolazione che ci siano sempre stati, che hanno guidato l'umanità verso i grandi traguardi sconfiggendo anche le minacce come i Dalek, i Cyberman e gli Angeli piangenti. Chi ricorda la verità viene sequestrato dalla polizia politica; il Dottore, anch'egli vittima del lavaggio del cervello, è a capo della propaganda del regime. Bill vive in semi-isolamento e si confida con una rappresentazione immaginaria di sua madre, quando viene visitata da Nardole che è membro di una sparuta resistenza e la mette al corrente di un piano per salvare il Dottore, tenuto prigioniero in una nave nel mezzo del Mare del Nord.

Il Dottore, Bill e Nardole vanno alla stazione della NASA che ha appena inviato una sonda spaziale su Marte, ma sulla superficie trovano dei massi che allineati formano la frase "Dio salvi la regina". Il Dottore, incuriosito viaggia insieme ai suoi amici con il TARDIS indietro nel tempo su Marte per capire l'origine di quella frase.

Bill si crede molto appassionata dell'Impero Romano e della Legio IX Hispana, quindi propone al Dottore una sfida: lui sostiene che la Legio IX Hispana è tutta un ammasso di cadaveri; mentre Bill sostiene che la Legio IX Hispana non può perdere e sarà accampata sopra la collina. I due e Nardole, giunti nel passato in Scozia, si dividono. Purtroppo il Dottore ha ragione e sono tutti morti.

Il Dottore vorrebbe lasciare a Missy il comando nella loro prossima avventura per vedere se il suo percorso di redenzione sta funzionando, benché Bill non capisca per quale motivo per lui è così importante in quanto Missy non è la sua unica amica. Il Dottore le spiega che Missy è l'amica più vecchia che ha, nonché la persona che più gli somigli. Il Signore del Tempo convince Bill ad accompagnare lui, Nardole e Missy in una missione di salvataggio, per cercare di convertire definitivamente quest'ultima dalla parte dei "buoni". Arrivano su un'enorme nave colonia, con un diametro di 160 km e una lunghezza di 640 km, bloccata sul margine di un buco nero e quindi soggetta a un severo caso di dilazione temporale: per ogni minuto che passa sul ponte di comando, trascorrono decenni al capo opposto.

Il Dottore si sveglia sul tetto dell'ospedale, legato a una sedia, dove viene schernito da Missy e il Maestro, quest'ultimo gli rivela che dopo aver sigillato se stesso insieme a Russilon e a tutti gli altri Signori del Tempo su Gallifrey è fuggito con un TARDIS ma non sapendolo pilotare bene è finito lì, per un po' di tempo ha dominato sulla comunità finché non si sono ribellati a lui.

Fine 10^ stagione

Durante gli eventi di The Tenth Planet, il Primo Dottore lascia i suoi compagni Ben e Polly per dirigersi verso il TARDIS. In mezzo alla desolazione antartica, incontra il Dodicesimo Dottore, fuori dal proprio TARDIS, in procinto di rigenerarsi dopo aver affrontato i Cybermen nell'episodio La caduta del Dottore. Ad un tratto il tempo sembra fermarsi: i fiocchi di neve restano fermi a mezz'aria, e i due Dottori vengono raggiunti da un uomo in abito militare. È un Capitano inglese della Prima guerra mondiale, che poco prima si trovava bloccato in un cratere in un campo di battaglia nei pressi di Ypres con un soldato tedesco, l'uno in procinto di sparare all'altro, nel 1914. I tre entrano nel TARDIS del Dodicesimo Dottore, quando la cabina viene issata con un argano a bordo di un'astronave.