밀거래를 하던 허준이 조건이 탐탁치 않자 물건을 태우라고 하자 놀란 선장은 웃돈을 더준다고 하면서 배포가 큰 허준에게 앞으로도 계속 무역을 하자고 한다. 한 몫 챙긴 허준은 투전판에서 속임수로 돈을 날리게 되자 고을 골목으로 나와 날렵한 솜씨로 투전판 사내들을 두들겨 팬 후 전대를 빼앗는다. 중국약재를 대주는 의원집을 찾아간 허준은 위독한 어버지를 모시고 진료를 받으러 온 다희를 만나게 된다. 다희는 중국약재를 쓰지 않으면 살길이 막막하다는 말에 남자 행상을 하고 약재를 구하려고 한다. 다음날, 밀거래 단속이 심해졌다는 얘기를 듣고 정황을 살피던 허준은 군졸에게 잡혀간 한 사내를 구해주다 그가 바로 다희임을 알고 깜짝 놀란다. 기방을 들른 허준은 술을 마시며 다희 생각에 젖어드는데...

다희를 구해준 이유로 역모에 가담한 죄를 뒤집어 쓴 허준은 옥에 갇혔다가 풀려나 어머니와 다회와 함께 떠난다. 그러나 민자헌의 사주를 받은 무리들에게 둘려싸여, 결국 다희는 잡혀가고 허준과 어머니는 목숨을 잃을 위기에 처하는데...

허준은 사내들이 잠시 허점을 보이는 순간을 이용해 그들을 물리치고 도망친 후, 다희를 뒤쫓으나 종적이 감춰진지 이미 오래다. 궁리 끝에 일단 다희의 목숨을 살려보자는 의도로 허준은 포도청을 찾아가 종사관에게 민자헌 대감이 바로 대역죄인임을 고발하고 이정찬 대감 여식인 다희가 민대감 집에 있을 거라고 아뢴다. 이로 인해 민자헌 대감은 오랏줄에 묶여 포졸들에게 끌려가고, 다희는 가마에 태워져 모셔져 가는 모습을 나무 뒤에 숨어서 쳐다보는 허준은 마음에 아로새긴 여인이자 이제 신분을 되찾은 다희를잃은 생각에 허망해한다. 자초지종을 알게된 어머니 손씨는 망연자실해 있는 아들 허준을 달랜 후, 산음땅을 향한다. 어머니와 함께 마침내 산음땅에 도착한 허준은 서찰을 품에 지니고 아버지 허륜 대감이 찾아가 뵈라던 사또를 찾는다. 그러나 그 사또는 이미 관직에서 물러난 지 오래다. 오직 아버지 서찰만 믿고 먼길을 내달려 온 허준은 허망해 하고...

각오를 단단히 하고 정진하라는 어머니 손씨의 다짐을 듣고 이른 아침, 유의원 댁에 당도한 허준은 전날 한바탕 싸움을 한 부산포로부터 물을 길어 오는 일부터 하라는 말을 듣곤 무작정 물을 길어온다. 나루에 나가 삼적대사와 예진을 모시러 나간 허준은 심한 통증으로 울고 있는 어린 아이에게 침을 놓아 진정시키는 예진의 모습을 목격하곤 깊은 인상을 받는다. 허준이 길어온 물 맛을 본 유의태는 허준에게 이런 물을 어떻게 쓰느냐며 호통을 친다. 허준이 몰랐다며 변명을 늘어놓으며 용서를 구하자, 유의태는 환자에게 독을 쓴 후, 되돌리려는 심보를 가진 자는 의원이 될 수 없다고 하면서 허준에게 물벼락을 내린다. 다음 날 이른 아침, 물지게를 젊어진 허준은 때마침 마주친 예진에게 약재에 쓰는 물을 어디서 구해야 하는지를 묻고, 예진은 물은 서른 세가지의 종류가 있고 그 쓰임새에 따라 구하는 방법이 다르다는 것을 일러주는데...

늦은 밤, 전날 약재 창고에서 마주쳤다는 얘기를 하지 말라고 협박하는 부산포를 면박주며 되돌려보내는 허준. 함안댁 소개로 바느질 일감을 찾으러 나선 손씨는 목적지가 유의태 의원댁 마님임을 알곤 주저한다. 그때 멀리서 아들 허준이 피고름이 묻은 수건을 빨면서 힘겨워하는 모습을 보고는 안스러워한다. 한편, 유도지는 다음날 내의원 취재(시험)를 통과해 이 지긋지긋한 시골을 떠나, 아버지 유의태 처럼 살지 않겠다는 포부를 예진에게 밝힌다. 급한 환자가 들이닥치자 병무잡이 임오근은 유도지를 모셔오라 이르나, 유의태 부인 오씨가 내의원 취재(시험) 공부에 방해된다며 오근보고 진료하라 이른다. 오근은 당황하고 허준과 예진은 안타깝게 지켜보는데...

면접을 무사히 치룬 후, 합격만을 기다리던 유도지는 다음 날 낙방한 것을 알고는 영문을 몰라하면서 시험관을 찾아 답안을 확인하려 한다. 지나치던 정작은 유도지의 아버지 유의태가 양예수의 가슴에 비수를 꽂았던 과거를 전해준다. 유의태와 양예수의 구침지회(닭에게 9개 침을 놓고도 닭이 멀쩡히 돌아다니는 것으로 침술의 경지를 이름) 내기를 통해 유의태가 침술에 우위를 보여줬던 것이다. 유의태로부터 그 치욕을 당한 양예수가 시험 면접관이었다는 사실과 아버지 때문에 합격할 방도가 없음을 깨달은 유도지는 참담함을 느끼고, 허준은 그런 유도지를 안타깝게 쳐다보는데...

구일서를 통해 누군가가 자신을 찾는다는 소식을 들은 허준은 영문을 몰라하고 구일서는 몸을 숨기라고 말한다. 하지만 병사 일을 놓을 수 없다고 하는 허준. 유도지의 명에 따라 약초꾼으로 격상된 허준은 부산포 일행과 함께 길을 나선다. 그러나 허준을 시기하는 부산포 일행은 허준을 산새가 험하고 산짐승들이 득실대는 곳으로 안내하고, 허준은 별 의심없이 약초를 찾아 나서다 날짐승에 위협을 받아 봉변을 당하고 독이 서린 약초를 먹다가 의식을 잃고 쓰러지는데...

잡초를 약초로 속여 낭패를 보게한 부산포 일행을 혼줄낸 후 약초를 말리던 허준은 예진으로부터 다희가 나루터에 있을 거라는 말을 듣고 급히 달려나간다. 안타까운 마음으로 기웃거리던 허준은 다희와 양태를 발견하곤 집으로 데려온다. 놀란 손씨는 다희를 돌려보내라고 타이르지만 허준은 그렇게 하면 평생 한을 떨치지 못할 것이라고 방 앞에서 다희와 무릎 꿇고 애원한다. 마침내 손씨는 허락을 하고, 허준은 병부잡이 임오근에게 혼례를 치루게 됐다고 아뢰고, 옆에 있던 예진은 축하한다고 하면서 다희로부터 받은 비단을 허준에게 건네며 부인될분께 드리면 알거라고 하면서 행복하길 빈다고 전해달라고 하는데...

예진이 필서한 한의학 책을 몸에 지니고 약초를 캐는 허준은 일을 마치고 의원댁으로 돌아오자마자, 유도지로부터 캐온 약초의 양이 형편없다고 면박을 듣는다. 순간 삼적대사와 함께 들어오던 유의태는 허준이 캐온 약초를 보고 누가 캤냐고 하면서 모름지기 약초 한뿌리를 캐더라도 이런 정성으로 캐야한다고 이른다. 표정이 일그러지는 유도지, 허준은 이에 난처해하는데...

손씨는 구일서와 양태를 찾아와 허준이 홀린 사람처럼 매일 새벽마다 서리를 맞고 들어온다며 뭐하고 돌아다니는지를 알아봐달라고 부탁한다. 허준을 미행하던 구일서와 양태는 이를 알아차린 허준에게 들키고, 허준이 돌아가라하자 구일서는 미쳤다고 하고 양태는 착잡한 얼굴로 허준을 보는데... 그러나 손씨와 다희의 걱정에도 아랑곳 않으며 허준은 안광익에게 의술 배우기에 전념한다. 한편 병사를 돌아보던 유의태는 궂은 일을 마다않으며 병자를 정성으로 보살피는 허준과 다친 사람이 백정이라 멸시하는 유도지를 바라보며 둘을 비교하는데...

목매달아 숨이 넘어갈 순간의 딸을 데려와 살려달라고 애원하는 노인의 부탁을 받은 허준은 자신은 의원이 아니라고 말한다. 하지만, 손씨는 사람 목숨이 넘어가게 생겼는데 손을 써보라고 허준에게 말한다. 온 몸 맛사지, 수탉 벼슬 피 먹이기 등 환자에게 여러 방법의 처방을 해도 의식이 돌아오지 않자 노인은 허준의 멱살을 잡으며 오히려 환자를 죽이려 한다며 노한다. 당황하여 밖으로 나온 허준은 얼마 후, 환자의 의식이 돌아온다는 소리를 듣고 기쁨의 눈물을 흘리는데...

소갈병 환자의 오줌이 왜 단맛이 나느냐는 유의태 질문에 당황한 허준은 대답을 주저하다가 차분히 자신의 의견을 이야기한다. 정확한 그의 답변에 짐짓 놀라는 유의태. 계속되는 유의태의 질문에 허준이 정확히 답하자 오씨와 도지마저 놀라하고 예진은 미소를 머금는다. 유의태는 그간 노심초사한 흔적이 보인다며 약재 창고를 허준에게 맡기라 이른다. 모두들 놀라하고 허준 또한 거두어 달라고 말하지만, 유의태의 뜻은 변함이 없는데...

허준은 자신때문에 고생하는 어머니와 수모를 겪은 아내에게 의술 배우는 것을 그만 두겠다고 선언한다. 어머니는 예전에는 더 큰 고충을 겪었으니 포기하지 말라며 허준을 다그친다. 창녕에 있는 성대감의 큰아들이 어머니가 풍으로 쓰러졌으니 유의태에게 발걸음을 하라고 한다. 하지만 중증의 환자들 때문에 갈 수 없다고 하는 유의태. 대신 문하에 있는 의원을 보내겠다고 하는데...

더이상 가망이 없다는 의원의 말을 들은 성대감은 허준을 끌고 오라고 호통을 치지만 창고에 가 본 하인들은 허준이 없어진 것을 알고 놀란다. 하인들에게 끌려온 예진이 영문을 몰라 하자 성대감은 혼자 살려고 함께 온 여자를 두고 도망친 비겁한 놈이라며 산음땅까지라도 뒤져 당장 찾아내라고 한다. 그러나 이때, 허준이 물지게를 지고 마당으로 들어오는 모습에 다들 놀란다. 허준은 무릎을 꿇으며 지금 약을 쓰지 않으면 다시는 못 일어날 거라며 죽을때 죽더라도 의원의 도리를 다하고 싶다고 간절히 부탁하는데...

다희는 어두운 얼굴로 허준에게 자신의 힘으로 의원이 되어야 한다며 서찰을 포기하라고 하지만 허준은 이런 기회는 다시 오지 않는다며 화를 내고 밖으로 나간다. 도지는 관아의 형방으로부터 내의원 과거가 내년에 있다는 소식을 전해 듣고 뛸듯이 기뻐한다. 도지는 예진에게 본격적으로 공부를 할 거라며 의서를 챙겨달라고 하면서 각오를 다지고 옆에 있던 허준 역시 품안의 서찰을 꺼내보며 결의를 다진다. 한편, 서찰을 받은 허준이 괘씸하다고 생각한 임오근은 허준이 성대감으로부터 서찰을 얻었다는사실을 도지에게 알린다. 도지로부터 이 일을 전해들은 유의태는 굳은 얼굴로 허준을 불러 들이는데...

재차 서찰을 부탁하려고 창녕 성대감 집을 찾은 허준은 성대감이 조정의 부름을 받아 한양에 올라갔고 지금은 벌써 명나라로 동지사를 명받아 떠났을 거라는 말을 전해 듣는다. 절망감에 허준은 강가에서 지난 날을 회상하며 복받치는 설움을 어쩌지 못한다. 집으로 돌아온 허준은 술로 세월을 보내는데, 삼적대사가 나타나 꾸짖자 허준은 공로를 다 스승께 돌렸는데 서찰 한 장 받았다고 쫓을 수 있는 거냐고 한다. 이에 삼적대사는 한사람 병자를 살릴 때마다 헛된 욕심과 사악한 마음에서 자신을 구하는 거라며 네 놈은 병자만 살릴 줄 알았지 자신은 살리지 못했다고 한다. 이 말에 멍해진 허준은 멀어져가는 삼적대사를 바라만 보는데...

어머니와 처자식을 고생시킬 수 없어 부산포와 함께 일을 하게 된 허준은 한진사댁 며느리를 진맥한다. 뱃 속 아이가 사내애임에도 부산포는 딸이라 고하며 아들로 만들 수 있는 비법이 있다며 진사에게 돈을 긁어내고 이 사실을 허준에게는 숨긴다. 극진한 대접을 이상히 여긴 허준은 부산포가 건네는 엽전 몇 냥을 마다하다 받고는 집으로 돌아와 손씨와 다희 앞에 내놓으며 다시는 행상 일을 말라고 한다. 영문을 몰라하는 손씨와 다희에게 허준은 이제 의원의 꿈은 접었다며 그저 돈이나 벌어 가족들이 고초 당하는 일은 없게 할 거라며 나가 버리고 이에 다희는 착찹해 지는데...

왕진을 나가려던 유의태는 오랜 시간 동안 무릎 꿇고 용서를 구하던 허준에게 시선만 줄 뿐 아무말 않고 나간다. 예진은 삼적대사에게 허준을 거두어 줄 것을 간청한다. 삼적대사는 허준에게 몇마디 묻곤 따라오라 한다. 허준이 놀란 얼굴로 쳐다보자 삼적대사는 진정한 의원의 길을 가고자 한다면 유의원 밑에서 안주하지 말고 대풍창 병자를 돌보는 나를 따르라고 한다. 주저하는 허준에게 예진은 자신도 병자를 돌본 적이 있고 현재는 다른 방도가 없으니 따라가라 하는데...

도지는 허준을 향한 마음의 병을 앓으며 누워있는 예진에게 탕약을 손수 지어 먹이는 등 정성을 다한다. 보다 못한 오씨는 예진에게 도지가 병수발 때문에 의서도 보지 못하고 며칠째 잠 한 숨 제대로 못 잤다며 왜 도지의 앞길을 가로막느냐며 핀잔을 주고 이에 예진은 착찹해진다. 삼적사에 들른 도지는 문둥병 환자를 치료하고 있는 예진을 발견하고는 놀란다. 도지는 예진에게 산음으로 돌아가기를 재촉하는데...

허준은 대풍창에 걸린 아이들을 없애버리려는 마을 사람들을 진정시키려 하지만 사람들은 말을 듣지 않고 관원의 도움으로 간신히 구해내는데...

과거보러 떠나는 허준은 가던 길에 스승 유의태와 마주친다. 눈빛만 주고 아무말 없이 가는 유의태를 뒤로 하고 갈 길을 재촉하던 허준은 하루 백리길을 걸어 쉬어갈 주막에 당도혀여 그곳에서 도지 일행을 만나지만 도지는 불쾌한 얼굴을 하고 임오근은 빈정 거린다. 늦은 밤 주막에 위독한 사람을 살려달라 간청하는 사람이 들이닥친다. 도지를 비롯해 의원들 모두 내일 새벽녘에 과거를 보러 나갈 사람이라며 나몰라라 한다. 뒤늦게 사정을 접한 허준은 병자 식구들에게 자신이 가겠다고 나선다. 주막에 머물렀던 과거 응시 의원은 아까 그 사람이 바로 그 유명한 허준 의원이었냐며 따라 나서고 도지의 얼굴은 일그러지는데...

약속한 반나절이 지나자 함께 환자를 돌보던 다른 의원이 빨리 떠나자고 하지만 허준은 갈등하다 다른 의원에게 먼저 떠나라며 재차 환자를 돌본다. 자신의 급한 일을 제쳐두고 환자를 돌보는 허준을 보며 촌로와 마을 사람들은 감격해 한다. 허준과 함께있다 먼저 떠난 의원과 만난 유도지는 허준이 그 곳에 남아 환자를 돌보고 있다는 말을 전해 듣고 무거운 얼굴을 한다. 환자를 돌보느라 며칠 밤을 뜬 눈으로 지새운 허준은 산길을 걸으며 시험 준비에 여념이 없다. 그러나 돌쇠가 안내하는 길을 쫓아온 허준은 뭔가 이상함을 느끼고 그제서야 돌쇠는 위급한 자신의 어머니 병을 한번 봐주십사 거짓으로 길을 안내했다고 털어 놓는데...

허준은 진천 버드네골 환자를 정성으로 돌본다. 진천관아의 이방이 찾아와 사또가 허준의 행동을 높이사 상을 내리고 연희를 베풀고자 한다고 전한다. 돌쇠 등 마을 사람들은 좋아하지만 허준은 집으로 돌아가 내의원 합격만을 고대하던 처자식을 보아야 한다며 진료만 끝나면 떠나겠다고 한다. 잔치 준비에 한창이던 오씨는 거만한 자태로 다희에게 허준의 근황을 물으며 오르지 못할 나무는 쳐다보지도 말랬다며 품삯을 후하게 줄테니 일이나 거들라고 한다. 이때, 관아의 사또가 잔치에 올거라는 전갈을 받은 오씨는 들떠서 유의태와 도지에게 전한다. 도지는 기뻐하지만 유의태는 담담해 하고 마당 한켠에서 잔치를 지켜보던 다희의 눈에 눈물이 맺히는데...

동헌 마당에서 유의태와 마주친 허준은 난감해 하며 그냥 돌아가려 하지만 유의태는 의원이 어찌 환자의 병세를 확인하지 않고 가려하느냐며 따라 오라고 한다. 한편, 허준의 처방으로 사또는 급한 고비는 넘긴다. 관아를 빠져나온 허준은 망설이다 유의원댁에 들어가고 이를 본 장쇠가 스승을 밀어낸 배은망덕한 놈이라며 멱살을 잡고 흔들지만 허준은 그냥 몸을 내맡긴다. 이 소란에 유의태는 밖으로 나오고 병과를 알리려 왔다는 허준에게 냉랭하게 들라 이른다. 한동안 침묵이 흐르다유의태는 병과 처방을 묻고 어느새 예전의 문답을 주고 받던 스승과 제자의 분위기가 흐른다. 말을 마친 유의태는 그럼 병사로 가병자를 살피라 이르고 허준은 감격에 겨워 눈시울이 붉어지는데...

어머니가 허준이 지어준 약을 먹고 눈이 멀었다는 돌쇠는 병사에서 한바탕 소란을 피운다. 진찰을 하던 허준은 돌쇠에게 혹시 부자탕을 또 드린게 아닌가 묻는다. 당혹스러워 하던 돌쇠가 한결 차도가 있길래 그 뒤로도 세 첩을 더 지어 들었다 하자 허준은 암담함에 눈을 감아버리고 돌쇠는 흥분하며 허준에게 어머니를 눈멀게 한 책임을 돌린다. 유의태는 삼적과 함께 병사에 돌아와 돌쇠모의 병세를 살피고는 탕약을 쓴 한 시간 후에 시침을 하겠다고 한다. 때가 되어 돌쇠모가 있는 사랑채에 든 유의태는 허준에게 직접 시침을 하라고 지시한다. 이에 돌쇠는 유의태가 침을 놓아주길 바라지만 오히려 호통을 치며 허준의 침술에 신뢰를 보낸다. 주저하던 허준은 조심스럽게 침을 놓고 모든 사람들은 숨을 죽이며 지켜보는데...

각혈한 유의태를 누이고 가슴 부위를 만지며 진단하는 삼적의 표정이 일그러진다. 유의태는 초연한 얼굴로 반위(위암)가 아니냐고 묻고 삼적은 말이 없다. 이를 들은 예진은 눈물이 글썽해지며 초기에 손을 쓰면 나을 수 있다 하고 유의태는 토혈한 것을 보면 늦은거라고 담담하게 얘기하면서 허준에게 자신의 병을 함구해 달라고 부탁한다. 한편, 유의태가 반위환자를 접하곤 가망없다 돌려 보내려 하자 허준은 보호자에게 실날같은 희망을 심어준다. 이를 지켜본 유의태는 의원이 고칠 수 없는 병이 많고 섣부른 교만으로 모든 병을 낫게 해주겠다는 교만도 금물이라 가르치면서 허준을 산중 일각의 허름한 초가집의 반위 환자가 있는 곳으로 데려가는데...

유의태와 삼적이 전염병이 도는 마을로 들어갔다는 말을 듣고 뒤쫓아간 허준은 유의태로부터 이곳은 둘만으로 충분하니 돌아가라는 말을 듣는다. 그러나 계속 허준이 남아 있겠다고 고집을 부리자 유의태는 허준의 뺨을 때린다. 삼적은 허준에게 스승의 의중을 헤아리라고 한다.

한편, 스승의 병세를 의심하던 허준은 예진이 스승의 방에서 피묻은 옷자락을 들고 나오는 모습을 발견하곤 충격을 받는다. 눈물을 글썽이며 방으로 들어온 허준에게 자신의 병세(암)을 전하며 명치 부위를 만지게 한다. 유의태는 자신의 죽음을 인정하라며 허준에게 상심치 말라하지만 허준은 눈물을 흘리는데...

한양에 당도한 예진은 도지를 찾기 위해 내의원 주변을 조심스레 둘러본다. 오씨는 침모로부터 유월이가 예진과 비슷한 사람을 저자거리에서 봤다는 말을 전해 듣자, 도지를 찾아왔음이 분명하다며 도지와 예진이가 만나면 이번 혼사를 그르칠 수 있으니 단속을 잘하고 예진이를 미행하라고 시킨다. 예진의 거처를 알아낸 오씨는 한상이를 시켜 예진이를 도지의 결혼 전에 얼씬 거리지 않도록 조치하라 한다. 그러나 오씨의 사주에 의해 납치당하던 예진은 사대부 청년의 도움으로 위기를 모면한다. 한편, 산음 의원으로 돌아온 허준은 오근으로부터 유의태가 정신을 잃었다는 얘기를 듣고 삼적과 함께 급히 유의태를 찾는다. 허준은 정성스럽게 침을 놓은 허준은 유의태가 정신을 차린 것을 확인한 후 밖으로 나와 예진이 서찰과 침통을 남기고 떠났다는 말을 오근에게 전해 듣는다. 다음날, 유의태는 뭔가 결심을 한 듯 상화를 데리고 선산의 묘소나 둘러보고 오겠다고 한다. 걱정스런 삼적과 허준은 상화에게 유의태를 잘 모시라고 이른다. 길을 나선 유의태는 밀양 천황산 부근의 어두컴컴한 동굴에 다다르자, 다음달 초이레에 허준이와 삼적한테 이곳으로 오라하라며 상화를 산음으로 돌려보낸다. 당황하던 상화는 의태의 엄중한 명에 어찌할 바를 몰라하며 산음 길에 나서는데...

음산한 분위기의 동굴 속에 반듯이 누워 있는 유의태를 가까스로 찾아낸 삼적과 허준은 안도의 한숨을 내쉰다. 그러나 이상한 냄새를 의심하며 유의태에게로 다가간 안광익이 놀라고 동맥을 끊은 선연한 자국을 본 허준은 경악한다. 정신나간 사람처럼 의태의 몸을 만지던 허준이 어떻게든 살려보려고 침통을 꺼내 인중에 침을 놓으려 하자 안광익은 때가 늦었다며 제지한다. 참담한 심정으로 고개를 들던 삼적은 한 곳에 두툼한 서찰과 해부용 칼과 톱이 놓여져 있음을 발견한다. 삼적으로부터 유서를 건네 받은 허준은 자신의 죽음을 누구보다 서러워할 사람이 허준이라 생각하고 자신을 해부하여 의술 정진의 계기로 삼으라는 내용의 유의태 유서를 절규하며 읽다가 동굴 밖으로 뛰쳐나온다. 사체가 점차 경직돼 가자, 안광익은 허준을 불러 고인의 뜻을 저버리지 말고 해부하라고 이르고 허준은 어찌 자신의 손으로 스승님의 몸에 칼을 댈 수 있겠느냐며 단호히 거부한다. 삼적과 광익의 설득으로 해부에 들어간 허준은 해부를 마치고 자신이 본 것들을 정리한 후, 밀려오는 허탈감과 상실감에 눈시울을 붉히면서 자신의 웃옷을 벗어 의태의 시신을 덮고 어깨를 떨며 오열한다. 삼적과 광익이 지켜보는 가운데, 의태의 무덤 앞에서 스승님의 은혜와 가르침을 절대로 저버리지 않겠다는 각오를 하면서 허준은 마지막 하직인사를 올리는데...

오씨는 한양으로 떠나고 짐이 빠져 폐허가 된 의원을 둘러 보던 허준은 어지럽혀진 의서와 유의태의 진료복을 보며 착찹해 한다. 이때, 천수골 의원 장만수가 자신이 이제 이 의원의 새 주인이라며 찾아와 이곳 저곳 살펴 본다. 허준과 마주앉은 장만수는 혹시 산음에 약방을 차릴 것이냐며 걱정스럽게 묻고는 허준이 아니라 고 하자 그럼 사례를 할테니 나와서 일해 달라고 한다. 허준은 거절의 뜻을 표하며 자기를 의식하지 말고 유의원께 누가 되지 않도록 병자를 잘 보라는 말을 남기고 자리를 뜬다. 약초를 캐며 공부를 계속하던 허준은 양태에게서 장의원의 횡포가 심하다는 말을 전해 듣는다. 의원 앞에서 돈이 없는 병자를 들이지 않는 것을 확인한 허준은 분노하고 약방을 내야 겠다며 오근과 꺽쇠, 상화를 불러 들인다. 모든 병자들이 허준의 약방에 몰려 들고 뒤늦게 이 사실을 안 장만수가 허준을 찾아온다. 약방을 내지 않겠다는 약속을 왜 지키지 않았냐고 따지자 허준은 오히려 의원의 신분을 망각하고 돈벌이에만 급급한 장의원을 호통친다. 그리고 허준은 드디어 내의원 과거를 보게 되는데...

답안지를 다 작성한 허준은 먼저 제출하고 빠져 나가고 도지를 비롯한 감독관들은 놀라 쳐다본다. 답안을 분류하던 김응택을 비롯한 내의원들은 허준의 답안을 보며 경악을 금치 못한다. 곁에서 대화를 듣고 있던 도지의 표정은 굳어지고 저녁을 먹으러 의원들이 나가자 떨리는 손으로 허준의 답안지를 훝어 본다. 1차 합격자 명단이 붙은 방을 확인하고 돌아온 오근은 자신의 이름과 허준의 이름이 있었다며 흥분하지만 허준은 오히려 담담하게 배강 시험을 준비한다. 배강 시험이 치뤄지는 날, 허준은 거침없이 대답을 이어가고 동인경을 제외한 다른 의서들은 임문(일부는 보고 읽는 것)이 허용된다는 정작의 말에도 배강으로 모두 하겠다고 한다. 이런 허준의 자신 있는 태도에 오히려 시관들이 당황해 한다. 모든 시험을 훌륭히 치룬 허준, 드디어 내의원 과거에 수석으로 합격하는데...

수태로 혼절한 다희를 돌보느라 늦게 동원한 허준은 양예수 일행을 직면하곤 난처해하고 어의 영감들은 허준에게 면박을 준다. 내의원 입격생들의 수련과정 책임자가 된 유도지는 자신만만해 하면서 지가등원과 관련해 허준에게 일주일간의 당직명령을 내린다. 허준은 집안에 우환이 있어 오늘 당직만 면해달라고 간청하지만 유도지는 냉랭하게 반응한다. 허준이 다희의 환후로 근심어린 얼굴을 하고 있자 자초지종을 들은 입격동료 이명원은 대신 허준의 집에 가 다희를 치료해 준다. 도지는 허준의 약점을 잡아 보려고 많은 양의 병부를 필서하라고 사주하지만 허준은 완벽하게 필서해 둔다. 집으로 돌아온 허준에게 다희는 아이를 잃었다며 자신을 용서해달라고 하지만 오히려 허준은 자신이 너무 무심했다며 미안한 마음을 전하는데...

허준과 오근은 써먹지 못할 약재를 혜민서로 보낸데 대한 분노로 약재창을 찾은 김만경의 뒤를 따라간다. 김만경은 약재자루를 팽개치며 도지의 멱살을 잡은 뒤 격하게 밀쳐놓는다. 도지가 왕실의 안위를 돌보고자 상질의 약재를 제외한 약재를 혜민서로 보냈다고 하자 김만경은 이런 쓰레기 약재는 개돼지도 안 먹을 거라며 백성이 없다면 상감마마도 없을 거라며 거침없이 말하고 이에 허준과 오근은 깊은 인상을 받는다. 오근은 허준에게 김만경이 양반 출신의 내의원으로 남들이 꺼려하는 혜민서 근무를 자처하고 있어 함부로 김만경을 내치지 못하고 있다는 말을 전한다. 혜민서로 돌아온 허준은 응급환자가 들이닥쳐 일손이 필요하자 직접 입으로 고름을 빨며 환자를 치료한다. 이 모습을 본 의녀 소현과 채선은 감탄하고 허준을 보고 출세하고 싶어 안달이 났다고 써있다며 빈정대던 김만경 또한 허준을 달리 보는데...

노복과 간음해 끌려온 사대부 부인 윤씨를 진맥하러 포도청에 온 허준은 그곳에서 예진을 보고는 깜짝 놀란다. 서로에 대한 그리움만을 키워가던 허준과 예진은 결국 오근과 채선의 도움으로 짧은 재회의 시간을 갖는다. 허준이 스승의 죽음과 부술의 이야기를 전하며 스승님을 살리겠다는 다짐을 지키지 못했다고 하자 예진은 하염없이 오열을 한다. 한편, 의녀 홍춘을 사모하게 된 오근은 음식을 준비해 찾아온 하동댁에게 차갑게 대하고 홍춘의 생각에 젖는다. 불편한 심기로 혜민서에 들어선 김응택과 송학규는 흐트러진 위계와 기강을 바로 잡기 위해 혜민서의 재물을 파악하겠다고 하는데...

약재를 빼돌렸다는 의심을 받아 예진은 포도청으로 끌려가고, 허준은 조사끝에 당귀를 빼돌린 사람을 찾아내고 고백하게 만들어 예진은 풀려난다. 한편, 돈이 없어 진료 순서가 뒤로 밀리는 바람에 병자가 죽었다는 하소연을 현장에서 본 허준은 혜민서 관리들의 횡포와 텃세에 분노하는데...

양예수는 궐밖에 사사로이 약방을 열었다는 게 사실이냐고 묻고 이에 허준이 결연한 태도로 그렇다고 답하자 양예수의 표정은 굳어진다. 허준은 사사로운 이익과 영달을 탐한 적이 없으며 목숨이 위태로운 사람들을 국법에 어긋난다고 그냥 내버려 둘 수 없었다고 자신의 의견을 피력한다. 하지만 양예수는 설사 양심을 지켰다고 해도 법도를 어긴 것은 명백한 사실이라며 중문과 정청을 오가며 어필 현판 천회를 낭독하라는 벌을 내린다. 뒤늦게 이 소식을 전해 들은 만경은 사람을 죽일 셈이냐며 흥분한다. 양예수를 찾아간 만경은 혜민서의 사정을 낱낱이 아신다면 이런 벌을 내릴 수 없을 거라고 항변하지만 저지당하고 만다. 코피를 쏟으며 앞으로 넘어지는 허준의 모습을 본 오근은, 안타까운 마음에 도지에게 지난 정리를 생각해서라도 사정을 봐달라고 하지만 도지는 어의영감의 하명을 어쩌란 말이냐며 신경질적인 반응을 보인다. 결국 계단에서 쓰러진 허준은 스승의 가르침을 떠올리며 기진맥진한 얼굴로 비틀거리면서도 끝내 천번을 채우는데...

도지의 부름을 받고도 억울한 누명을 씌워 자신을 혜민서로 내친 것에 분해 하던 홍춘은 사람부터 살려야 하지 않겠냐는 덕금의 말에 마음이 약해져 왕실로 들어간다. 침으로 진통을 유도해 한시라도 빨리 해산할 수 있도록 해야 한다는 홍춘의 말을 들은 도지는 공빈마마 처소로 향한다. 자리를 지키지 않았다고 호통치는 양예수에게 도지는 살릴 방도를 찾았다며 자신만만한 태도로 처방을 내린다. 위험한 고비가 계속되던 공빈마마는 결국 왕자를 생산하게 되고 이 모든게 도지의 공이라며 치켜주는 예수의 말에 도지는 감격해 눈물을 글썽인다. 이 일로 도지는 주부로 서임되고 학규와 응택은 유도지의 승승장구에 위기감을 느낀다. 한편, 허준은 자신을 음해한 서리가 화농에 걸려 찾아오자 정성껏 치료한다. 이에 만경과 학도는 허준이 감염될 것을 염려하며 서리 때문에 겪은 고초를 상기시키지만 허준은 자신에게는 병자일 뿐이라고 해 이 일이 있은 후 혜민서 내의 도약사령들과 서리들의 허준을 대하는 태도가 전과 달라지는데...

허준이 입직(당직)을 서는 날, 도약사령 한 명이 목을 메달고 자진한 일이 벌어져 혜민서는 발칵 뒤집힌다. 보고를 받은 김응택과 송학규는 허준에게 책임을 씌우려하자, 허준은 어딘지 미심쩍어 한다. 김응택에게 사건을 보고 받은 포도청의 이정명은 함께 온 허준을 보자 예진을 떠올리며 별다른 추궁 없이 주의만 주고 돌려보낸다. 이정명은 허준이 어찌될까 초조해 하며 기다리던 예진을 보자 별일 없을 거라며 착잡한 표정을 짓고, 예진은 자신을 향한 이정명의 마음을 읽는다. 한편, 일서와 양태는 함안댁 모르게 밀수 일에 착수한다. 오근이 자신은 빠지겠다고 하자 일서와 양태는 이럴 수 없다며, 오근을 채근하고 오근은 마음이 흔들리는데...

허준은 이정명에게 반묘를 가져와 죽은 도양사령이 교리의 탕약에 반묘 사용한 것을 본 목격자가 있음을 알려주고, 외부 누군가가 교이롸 도약사령의 죽음에 관련 있다는 생각을 밝힌다. 한편, 허준의 부탁을 받은 오근은 약재실을 뒤지는데...

이정명은 반역을 했다는 죄명으로 의금부 도사와 나졸들에게 끌려가 문초를 받는다. 만나고 싶다는 이정명의 편지를 받은 예진은 아무 것도 모르고 이정명을 만나려고 기다리다 이정명이 나오지 못하자 그냥 돌아간다. 허준은 국문으로 만신창이가 된 이정명을 보살피게된다. 이정명은 허준에게 다른 것은 평정을 찾았으나 예진에게 섣부른 감정의 자락을 보이고 허망하게 떠나느것이 안타깝다며 예진에게는 자기 처지를 말하지 말아달라고 부탁한다. 그러나, 예진은 이정명에게 줄 사약을 들고 가게 되고, 예진은 자신이 가져온 사약이 이정명 것이었음을 알고 놀라움과 안타까움에 걷잡을 수 없는 눈물을 흘린다. 허준은 두 사람을 안타까운 시선으로 바라보는데...

선조의 처남이자 공빈의 동생이 구완와사라는 병으로 고생을 한다. 그의 병세를 살펴본 유도지는 치료하는데 7일쯤 걸리겠다고 진단한다. 하지만 혜민서에도 같은 구완와사라는 병을 가진 환자를 진단한 허준은 3일이면 치료가 끝나겠다고 진단하는데, 마침 혜민서 순시를 나갔던 성인철 대감은 두 사람의 진단 모습을 모두 목격한다. 성인철 대감은 양예수에게 유도지가 7일 걸린다고 말한 병세를 허준이 3일 만에 완치시킨 것이 어찌된 일이냐며 공빈전 치료를 허준에게 맡기겠다고 한다. 이 말을 들은 양예수와 도지는 분노하고, 허준 또한 마음이 불편하기만 하다. 도지는 심기가 불편하여 세희와 술을 마시고, 다음 날 자신의 옆에 잠들어 있는 세희를 보고 놀란다. 도지는 네가 어떻게 여기 있느냐며 간밤의 기억을 떠올리려 하지만 도무지 기억이 나질 않는데...

공빈은 예직이 던진 바둑판에 맞아 발을 다친 허준에게 자신을 봐서 용서해달라며 차후에 약 먹을 시간이 되면 자신이 동행하겠다고 한다. 그리고 예직에게는 또다시 소란을 피우면 궐 밖으로 쫓아내겠다고 야단을 친다. 소현은 허준이 혜민서로 찾아오는 병자들 에게는 한없이 자신을 낮추던 사람이 오히려 지체 높은 병자 앞에서는 당당하다며 점점 허준에게 존경하는 마음을 갖게 된다. 도지는 허준의 화제를 보고 구완와사에 왜 엉뚱한 약재를 쓰느냐고 하고, 허준은 예직이 단순한 위병이 아니라 반위 초기라고 한다. 도지는 놀라며 병세를 처음 살핀 것은 어의 영감과 자신인데 병자가 반위라는 사실을 모르고 지나갔다며 이제 와 반위라고 밝혀지면 양예수와 자신이 책임 추궁을 당할테니 반위는 덮고 구완와사만 치료하라고 하지만 허준은 그럴 수 없다고 하는데...

예직은 허준에게 "네가 시키는 대로 했더니 온 몸의 혈변이 쏟아져 생병이 났다"며 패악을 부린다. 공빈은 재주도 없이 거짓 약속을 일삼는 의원을 궁중에 둔다면 다시 또 피해가 있을 것이라며 이에 합당한 조치를 취하라고 한다. 양예수는 허준의 교만과 자만을 벌하지 않는다면 책임을 회피하는 것이라며, 침을 놓고 뜸을 뜨던 허준의 오른 손을 작두로 자르라고 명하여 칼날 위에 손을 얹도록 한다. 다급한 예진은 허준에게 죄가 있다면 밤낮을 가리지 않고 성심을 다해 병자를 돌본 것 뿐이라며 허준 대신 자신의 손을 자르라고 매달리다가 끌려나가는데...

허준의 식구들은 공빈이 하사한 옷감으로 옷을 해입고 진숙궁에 가서 공빈을 만난다. 공빈은 허준에게 은혜를 입었다며 집을 하사하고, 궐안 구경을 시켜주고 다과를 내리는 등 극진히 대접한다. 또 어의 양예수를 불러 허준이 궁의가 되어 두 왕자의 환후를 살피게 했으면 좋겠다고 한다. 그러나 허준은 내의원에는 의술이 출중한 의관이 많으니 궁의의 책무는 그들에게 맡기는 것이 좋겠으며 자신은 혜민서 병자를 돌보고자 하니 허락해 달라며 거절한다. 공빈은 그러면 허준의 뜻대로 혜민서 병병자를 돌보다 왕자들의 환후가 다치면 와서 살펴달라며 이번만은 양보하지만 다음에는 거절하지 말라고 한다. 양예수는 허준에게 "나는 유의태와 구침지희라는 치기러인 침술대결을 벌여 패배하고, 그 약속대로 조선 제일의 명의는 유의태라고 외친 적이 있다. 평생 그만한 치욕은 처음이었고 그때는 패배를 인정하지 않았다. 그러나 만병의 근원을 파헤치기 위해 자신의 몸까지 허준에게 내놓고, 자네 같은 제자를 길러냈으니 이젠 유의태를 조선 제일의 명의라고 인정한 것이 억울하지 않다"고 말해 허준을 감동 시키는데...

허준은 오근이 먹지도 못하고 몹시 아프다는 이야기를 듣고 오근을 찾아가 진맥을 해보니 별로 나쁜 곳이 없다고 한다. 그러자 오근은 자신의 병은 사모하는 여인의 야멸찬 눈초리 때문에 마음에 피멍이 든 심병이니 이대로 가면 죽을 것이라며 허준에게 마음의 병을 고쳐달라고 한다. 고칠 수 없으면 이런 마음을 홍춘이에게 전해달라고 하자 일서와 양태는 기가 막히고 허준도 당황해서 웃는다. 허준은 유의태의 기일에 쓸 제주를 갖고 유도지의 집으로 간다. 허준이 마당으로 들어서는 순간 오씨는 다희의 멱살을 잡고 "너와 네 서방이 우리 도지의 앞길을 막고 있어서 멀쩡하던 애가 명나라로 쫓겨 났으며, 새 아기가 딸을 낳은 것도 너희들 때문이고, 부자지간 인연을 끊게 만든 것도 허준 때문이다. 오갈 데 없는 것들을 거둬줬는데, 은혜를 이렇게 갚느냐"머 펄펄 뛰는데...

허준이 오씨의 병세를 보자 오씨는 내가 왜 이렇게 됐는데, 누구 때문에 이렇게 됐는데 왔느냐며 다시는 오지 말라고 펄펄 뛴다. 허준이 이 상태에서 오씨의 화를 자극하면 그 기운이 쌓여 간기가 상하고 병을 악화시킬 수 있다고 치료를 꺼려하자 숙정은 장안의 의원들이 모두 고개를 젓고 돌아갔다며 살려달라고 애원한다. 허준은 궁리 끝에 홍춘을 찾아가 도와달라고 한다. 홍춘이 오씨 집으로 와 허준을 돕는다는 말을 듣고 오근은 오씨집으로 달려온다. 그러나, 하동댁이 먼저 오근을 반기가 오근은 황급히 도망치며 운명을 탓한다. 병세가 호전되자 밖으로 나온 오씨는 자신을 돌본 사람이 허준이었음을 알고, 죽으면 죽었지 허준에게 몸을 맡길 수는 없다고 역정을 낸다. 허준은 오씨에게 무릎을 꿇고 스승님의 죽음 앞에서는 아무 것도 할 수 없었지만 오씨의 병은 손을 쓰면 나을 수 있다며, 다시는 오지 않을테니 병을 고칠 수 있게 해달라고 간청한다.

예진과 소현은 명나라 사신의 수청을 드는 의녀로 뽑힌다. 예진은 상궁에게 의녀를 그만두는 한이 있어도 수청은 들 수 없다고 한다. 그러나 상궁은 사신 행사 받드는 것이 얼마나 막중한 일인데 감히 명을 거역 하느냐며 가만히 두지 않겠다고 하자 예진은 상궁의 서슬퍼런 기세에 눌려 더 이상 거역하지 못한다. 예진을 위해 애를 쓰는 허준의 노력도 허사가 되고, 어쩔 수 없이 명나라 사신의 수청을 들게 된 예진은 자결을 시도한다. 한편, 허준은 공빈의 추천으로 임금의 사냥길을 보필하게 되고, 낙마한 임금을 보살핀다. 그런데, 사냥터에서 옛날 용천 시절에 밀거래를 하다가 붙잡혔던 평안도 용천 병마도의 배천수와 마주친다. 허준은 아무리 과거의 일이라고 하지만 용천에서 밀무역을 했던 일과 양반인 다희와 혼인을 해 반상의 규율을 어긴 사실이 밝혀질까봐 걱정을 하는데…

배천수는 혜민서에 당도해 허준과 상면을 하게 된다. 배천수는 허준을 보며 10년 전 평안도 용천에서 밀거래를 장악하고 있던 인물이 바로 허준이 틀림없다고 확신한다. 한편, 의녀 휴게실에서 오근을 안마하는 채선의 모습이 홍춘에게 발각된다. 허준의 뒤를 캐던 포도청 종사관 배천수는 결국 허준의 정체를 밝혀 내고, 그를 체포하기 위해 집을 찾지만 허준은 이미 역병이 퍼져있는 황해도로 급파해 떠난 뒤다.

허준의 뒤를 쫓던 포도청 종사관 배천수는 황해도에서 허준과 맞닥뜨리게 된다. 허준은 자신이 평안도 용천에서 밀거래를 하고 반가의 규수와 야반 도주를 한 바로 그 인물이라고 자백하고, 대신 역병을 막을 방도를 찾을 때까지만 기다려 달라고 간곡히 부탁한다. 역병은 날로 심해지고 허준은 산음 지역에서 역병이 발생했을 때, 자신 보고 어서 떠나라고 다그치던 스승 유의태를 향해 죽을 각오로 남아 병자를 치료하겠다고 외치던 모습을 회상한다. 허준은 이번에는 스승의 가르침을 어기고 목숨을 바쳐 환자를 돌보겠다고 다짐한다. 결국 허준이 찾아 낸 처방으로 치료를 받은 환자들이 목의 붓기가 가라 앉는 등 차도를 보이기 시작하고, 이 사실이 어의 양예수에게도 전해지는데...

도지는 태은에게 자신이 별견의원으로 나가 있을 때 사가의 어머님이 위중하다는 이야기를 듣고도 바쁘다고 거절한 것을 이야기하며 두고 보자고 벼른다. 또, 도지는 허준에게 어머님 병구완했다는 말을 들었다며 사례를 하겠다고 하지만, 허준은 사례를 바라고한 일이 아니라고 사양한다. 어떤 이유라도 허준에게 빚지는 것은 싫다는 도지의 말 때문에 허준은 착잡해진다. 한편, 허준은 만경에게 과거를 은폐하려고 버둥거릴수록 더 추해진다는 것을 알았다며 밀거래 한 것과 반가의 여식과 혼인한 이야기를 자백하고, 마침 지나가던 태은이 엿듣는다. 허준은 포도청으로 가서 배천수에게 자신은 밀무역을 했고, 유배 온 이정찬 대감의 여식과 혼인해 반상의 법도을 어기고 신분을 숨긴 채 살았지만 의원이 되어 성심으로 병자를 돌봤다며 죄값으로 고통 받는 병자를 돌보겠다고 간청하자 배천수는 고민에 빠진다. 그러나 일이 확대되어 허준은 포졸들에게 끌려 옥사에 갇히게 된다. 허준은 모든 것을 체념한 채 참담한 심정으로 옥사에 갇혀있는데 이어서 다희도 포졸에게 끌려오자 허준은 옥문을 잡고 절박하게 다희를 부르고, 다희는 눈물이 그렁한 눈으로 허준을 돌아보는데...

만경은 배천수에게 백성과 조정을 위한다면 허준을 옥에 가두지 말아야 했다며 꼭 그래야 했느냐고 따진다. 배천수는 자신도 허준의 과거를 덮으려 했으나 내의원 제조인 이판 대감의 하명이 있어서 어쩔 수 없었다며 이미 엎질러진 물이라고 한다. 왕자들의 환후로 허준을 찾다가 허준이 옥에 갖힌 것을 안 공빈은 허준은 역병을 수습하고 왕자들의 환후를 살핀 공이 있어 희생되기는 아까운 인물이라며 선조에게 허준의 죄를 사해 달라고 아뢴다. 이에 선조는 허준의 죄는 인정하나 의술이 뛰어나고 그간의 공이 크니 허준을 사면하라는 어명을 내린다. 그러나, 허준의 사면 소식이 알려지자 죄의 진상을 가려야 한다는 상소가 빗발쳐 선조는 허준을 사면하려는 뜻을 굽히고 다시 허준을 포도청에서 의금부로 압송하는데...

공빈이 진심통을 일으키자 선조는 양예수 영감에게 손을 써보라고 하나 양예수 영감은 당황하여 어쩔 줄 모른다. 다급해진 선조는 하옥 돼 있는 허준을 들라고 한다. 허준은 옛날 스승인 유의태에게 배운대로 침을 사용해 위험한 고비를 넘긴다. 허준은 진심통은 발병하면 죽음에 이르는 중한 병이라며 안심할 수 없다고 하고, 선조는 허준을 믿을테니 공빈을 살리라며 허준에게 공빈의 환후를 돌보도록 한다. 그러나 대신들은 국문 중인 죄인에게 계속 왕실을 맡기는 것은 왕실의 위엄을 해하는 일이라며 허준을 하옥하고 다른 의관을 임명해 달라고 상소한다. 선조는 허준이 공빈을 사라린 공을 감안해 사면 할 수도 있지 않느냐고 하지만 영의정 등 대신들은 국법에 의해 처벌이 결정됐으므로 번복할 수 없다고 들고 일어나 허준은 다시 의금부로 하옥되는데...

소현이 공빈의 병세를 다스리는 약재를 구하러 약재창에 가보니 인빈의 보약에 쓰겠다며 미리 챙겨놓은 것 외에는 하질의 약재만 남아 있는 상태다. 소현은 온지에게 인빈의 약은 보약용이지만 공빈의 탕약은 중한 병세를 다스려야 하는 약이지 모자라지 않으면 나눠달라고 하나 거절당한다. 뿐만 아니라 그 소리를 들은 상궁은 의녀 주제에 인빈을 능멸한다며 뺨을 때리고 호되게 야단을 친다. 때마침 인빈이 임신했다는 소식을 듣고 인빈 처소에 들른 공빈과 허준은 이 광경을 목격하고, 상황 설명을 들은 공빈은 입술을 깨물며 화를 달랜다. 설상가상으로 인빈은 공빈에게 입덧이 심해 만날 기력이 없다고 문밖에도 나오지 않고, 공빈은 분을 삭히며 돌아가다 가슴에 통증을 느끼는데...

유도지가 치료하던 인빈의 아들인 신성군의 종기가 목까지 번지는 등 점점 심해지자 유도지는 임금이 가장 총애하는왕자 중 하나인 신성군이 잘못되면 지금까지 자신이 쌓아온 공이 깨질까 전전긍긍한다. 유도지는 고민 끝에 양예수 영감을 찾아가 허준처럼 출중한 의관이 탕약방과 서고에만 있는 것은 아까운 일이라며 신성군의 환후를 허준에게 맡기자고 제의한다. 학도는 허준과 함께 신성군의 종기를 보고, 이처럼 심한 창병은 처음이라며 유도지가 허준을 천거한 것은 저 살자고 남의 등을 떠민 음모라며 허준에게 신성군을 맡지 말라고 한다. 그러나, 허준은 어떻게 시술도 안해보고 맡겨진 소임을 못하겠다고 하냐고 말하고, 학도는 이것은 허준을 잡기 위해 친 덫이라며 흥분하는데...

허준이 거머리로 신성군 몸 안의 화농과 욕창을 다스리자 선조는 허준을 정삼품 당상관으로 임명하고 유도지는 참담해 한다. 다희는 이 소식을 듣고 이제 겸이가 대과를 볼 자격이 생겼다며 감격해 한다. 그러는 사이 왜구가 쳐들어와 부산포가 함락됐다는 소식이 온다. 조정에서는 피난을 가야하느니 말아야 하느니 우왕좌왕하고, 이런 시국일수록 중론을 모아야 한다며 광혜군을 세자로 옹립하려고 하자 인빈은 말도 안된다고 화를 낸다. 그러나, 주변에서는 인빈에게 만일의 경우 주상은 뒤로 물러나 있을 수 있지만 세자는 전란의 한가운데로 내몰리게 된다고 겁을 준다. 따라서 우선은 목숨을 부지해야 하고, 또 어차피 환란 중에 책봉된 세자이니 명나라의 인정을 받을 겨를이 없다며 인빈에게 한발 뒤로 물러나 후일을 도모하라고 설득하는데...

허준은 집 식구들을 피신시키려고 집으로 가던 중 성난 백성들에게 둘러싸인다. 나라가 이렇게 된 것에 대해 화가 난 백성들은 허준을 둘러싸고 자기 잇속만 챙기고 아귀다툼하다 나라꼴을 이 꼴로 만든 임금과 양반은 다 죽여야 한다고 달려든다. 그때 김만경이 나타나 이 분이 바로 병자들의 피고름을 입으로 빨고 역병을 고친 어의 허준이라며 은혜를 원수로 갚느냐"고 호통을 치자 백성들이 물러선다. 이러는 사이 집에서 허준을 기다리던 겸이는 허준을 찾으러 대궐로 간다. 그러나 겸이는 가는 길에 대궐에 불이 났다는 소식과 임금과 대신 관원들은 모두 한양으로 떠나고 궐은 비어있다는 소식을 듣고 집으로 돌아온다. 겸이는 집으로 돌아와 식구들에게 임금과 대신들은 모두 떠났다고 전하며 난리 통에 며칠 동안 집에도 안오다가 집식구들은 신경도 안쓰고 어가를 따라간 아버지에 대해 배신감을 느끼는데...

허준과 만경, 예진, 오근, 상화 등이 왜구를 피해 숨어있는데 왜적 한 명이 허준 일행이 숨어있는 곳으로 다가온다. 상화는 다른 사람들을 살리기 위해 일부러 기척을 내며 다른 쪽으로 도망 치다가 왜구의 총에 맞아 사망한다. 상화의 희생으로 허준 일행은 왜적을 따돌리고 무사히 강을 건너 평양성까지 간다. 한편, 겸이와 다희는 고생 끝에 평양성에 도착해 허준을 찾는다. 도지가 다희를 발견하고 '허준은 내의원 서고에 의서를 짊어지고 어가를 따른다고 하고 끝내 나타나질 않아 도망친 것으로 간주하고 있다'고 말하자 다희는 놀라서 휘청거리는데...

의주에 도착한 허준은 선조가 심신이 많이 상해 속히 치료해야 하는데 탕약에 쓰일 약재가 남아 있지 않아 걱정한다. 그러자 예진이 근방 숯막에 가서 목초액을 정제해와 임시로 선조를 치료한다. 선조가 어느 정도 기력을 회복하자 허준은 자신은 의주에 오는 길에 왜적을 만나 오른손에 총상을 입어 시침을 할 수 없다며 선조의 시침을 유도지에게 맡기자고 한다. 인빈은 절대 유도지에게 맡길 수 없다고 반대하지만 허준은 유도지가 과오를 범한 것은 사실이나 출중한 의술을 가졌으니 맡겨 달라고 간청한다. 이 소식을 들은 오근은 허준이 상처도 깊지 안은데 왜 침을 잡을 수 없는지 모르겠다고 의아해 한다. 유도지는 허준에게 왜 자신에게 이런 기회를 주느냐고 묻고, 허준은 지금 시침을 할 의관이 도지 뿐이기 때문이라고 대답한다. 허준 덕분에 유도지는 옥사에서 풀려나와 선조를 진맥한다.

선조는 병세가 회복되자 허준에게 노고가 컸다고 치하한다. 허준은 유도지의 시침이 효험을 발휘했기 때문이라고 공을 돌린다. 선조는 유도지에게 신성군을 죽음에 이르게 한 죄를 물어 중형에 처하려 했지만 허준의 간청으로 죄를 사할테니 앞으로는 과오없이 일하라고 한다. 선조의 방에서 나온 도지는 허준 앞에 무릎을 꿇고 그동안 음해한 일들을 용서해 달라고 한다. 허준은 도지가 자기 때문에 부자지간의 인연을 끊게 됐으며 출세가 도의 걸림돌이 되는 등 자신이 원한의 빌미를 줬다며 지난 일은 잊어버리자고 도지를 일으킨다. 그 모습을 보고 있던 오근과 예진은 이제야 오랜 악연이 풀렸다며 기뻐하는데...

선조는 예진을 불러다 허준과 십수년 간 정분을 나눈 것이 사실이냐고 묻는다. 예진은 자신은 허준을 존경하고 있으나 그것은 평생 가슴 속에만 담아왔고, 앞으로도 그럴 생각이며 추문이라함은 당치 않다고 눈물을 글썽인다. 선조는 상소를 무지하고 그대로 허준을 보국승록대부로 임명한다. 선조 39년, 세월이 흘러 중전 인목왕후가 왕자를 생산하자 선조를 비롯한 일부 대신들은 기뻐하고, 광해군과 세자빈을 비롯한 광해군파 대신들은 실망한다. 유도지는 허준에게 이제 중전의 몸에서 왕자가 생산됐으니 후궁 소생인 광해군의 위치가 크게 흔들려 조정이 혼란에 빠질테니 대세를 살펴 입장을 분명히 하지 않으면 정쟁에 희생이 될 수 있다고 이야기하는데...

허준은 광해군의 심한 학질을 다스리기 위해 비상과 소금, 빗물로 만든 신석수모라는 약을 만들게 한다. 허준이 광해군에게 약을 가져가자 명걸이 불미스러운 일을 미연에 방지하겠다며 은제품을 탕제에 담그자 은이 까맣게 변색된다. 광해군과 세자빈 등이 놀라자 허준은 독도 잘만 쓰면 약이 된다며 주약을 비상으로 썼지만 위중한 학질 증세에 효험이 있으니 믿고 마셔 달라고 한다. 광해군은 고민하다가 주변의 만류를 뿌리치고 비장한 얼굴로 탕약을 마신다. 의관들이 모여서 만약 광해군이 잘못되면 허준은 물론이고 탕약을 다린 오근도 무사하지 못할 것이라고 하자 오근은 전전긍긍한다. 광해군 측에서는 허준이 영창대군을 추종하는 자와 결탁한 것이라며 끌어내야 한다고 주장한다. 또한, 광해군의 병세도 더욱 악화되는 것으로 보여 주변 사람들은 애를 태운다. 이 와중에 광해군 반대파인 공량과 성필은 허준이 계속 비상이 든 탕약을 올리고 있으니 거기다 비상을 조금만 더 섞으면 세자는 결국 비상이 든 탕제를 마시고 죽을 것이며 그 모든 책임은 허준에게 있다며 음모를 꾸미고 약제에 비상을 더 섞는데...

선조가 위중하자 영창대군 측 신하인 성필 등은 선조에게 후궁의 소생인 세자를 폐하고 적통인 영창대군에게 보위를 잇게 하여 왕실의 기강을 바로 세워달라고 청한다. 선조는 지금 나이 세 살인 영창대군이 보위에 오르면 왕권이 흔들리고 조정이 파당에 휩싸일 것이라며 보위는 광해군이 이을 것이니 전위교서를 백관들에게 공표하라고 명을 내린다. 성필과 공량 등은 선조가 이대로 승하한다면 전위교서를 내린 사실을 아는 사람은 대전 내의녀와 어의뿐이니 두 사람의 입만 막으면 교서는 없었던 것이 될것이라며 광해군이 보위를 물려받는 것을 필사적으로 막으려 든다. 그리고 허준에게 주상이 승하하고 무사한 의관은 없었다며 대전에서 있었던 일을 모르는 척 해준다면 영창대군이 그 공을 잊지 않을 것이라며 모르는 척 해달라고 한다. 허준은 그같은 술수로 종사를 그르치려 드냐며 뜻을 따를수 없다고 거절한다. 그러는 사이 선조는 유언도 못남기고 임종하고 만다. 허준은 선조가 승하한데 대한 책임을 지고 유배를 떠나는데...

허준은 외지인과 일체의 접촉을 할 수 없고 유배지를 이탈해도 안된다고 유배당한다. 그러나 한 사내가 찾아와 허준이 한양에서 어의였다는 것을 안다며 자신의 어머니를 살려달라고 애원한다. 허준은 자신은 유배를 온 죄인이라 병자를 돌볼 수 없다고 하자 사내는 의원 손길 한번 닿지 못하고 돌아가시면 한이 맺힌다며 통사정을 해 어쩔 수 없이 병자를 돌보게 된다. 환자가 완쾌되자 이를 알게 된 동네 환자들이 몰려든다. 허준이 제발 돌아가 달라고 설득하자 절대 소문 안나게 할 테니 저마다 봐달라고 한다. 그때 사령들이 들이닥치는데 사령 부인도 환자인지라 사령들도 갈등하다 서로 눈감아주고 진료를 받는다. 한편 도지는 허준에게 의서와 내의원 연구자료를 보내 직접 의서를 마무리하도록 한다. 허준은 의서를 완성해 동의보감이라고 적는다. 광해군은 동의보감을 보고 외딴 오지에서 자손만대 빛날 의술의 체계를 완성했다며 허준을 한양으로 불러와 다시 어의가 될 것을 청한다. 그러나 허준은 이제는 내의원 의관말고 산음으로 내려가 백성들의 병세를 살피고 살겠다며 거절하는데...