祝放送再開！決意を新たに一年ぶりの万事屋に出社する新八。

しかし、そこには見慣れぬ謎の男とグラマラスな大人な女性･･･まるで別人に変貌した銀時と神楽だった。己の知らぬ間にここでは二年の月日が経っていると知り新八は困惑する。自分だけが変われず皆に置いてかれていることに愕然とし、道場へ戻り落ち込む新八にさらに追い討ちをかけるような事態が起こっていた！

二年の月日が経過した世界。新八は自分以外何もかもが変わってしまった現実を受け止められずにいた。実は他にも二年後に取り残されていた人物が･･･真選組の土方もその一人だ。

新八と土方は現状を、ツッコミというポジションを忘れてこの世界をボケの飽和状態にした自分たちへの罰だとうなだれる。これから何も変わらないであろう世界に絶望を感じる二人の前に、あるニュースが流れ始める･･･

「年賀状は筆ペンでいけ」

毎年、山のような年賀状にウンザリの銀時。

グチる銀時をよそ目に神楽と新八は年一回の仕分けを楽しんでいた。近況報告も兼ねた年賀状の中には馴染みの顔からも･･･

しかし差出人たちは年賀状でやりたい放題！宣伝、宣戦布告、グチ、偽造結婚報告、失踪者たちの行方を聞く者まで。そんな中、ネクロゴンドという妙なところからも年賀状が届いていた。差出人は失踪中の･･･！

「カカオよりココロ」

バレンタインなんて茶番はやめるべきだ！！と訴える万事屋の男子二名。

そんな彼らの傍らで、お妙に勧められてチョコを渡そうとする神楽がチャンスを伺っていた。

だが、いざとなると恥ずかしくてモジモジしてしまい勘違いされてしまう結果に。

そこで、月詠とさっちゃん二人の力を借りて一緒に渡すことにしたが･･･はたして三人はチョコを渡すことが出来るのか？

「食事はバランスを考えろ」

ある日山崎は街で娘とぶつかりあんぱんを拾ってもらう。

「あの･･･あんぱんお好きなんですか？」と娘から問いかけられる山崎。

その娘は山崎の張り込み対象の居酒屋女主人・楢崎幸だった。

土方は山崎に、幸の弟・鈍兵衛が悪の組織に追われて逃げ込んでくると言う。

鈍兵衛と幸との接触をひたすらあんぱんを食べながら待つ山崎だったが･･････

「人は皆運命と戦う戦士」

断られると思いつつも妙を野球観戦に誘う近藤。

が、意外にも妙は野球が好きらしく、観戦デートの約束を取り付ける。

浮かれる近藤だったが、デートの待ち合わせ場所までの道中で苦難が次々に立ち塞がり大事な観戦チケットを落としてしまう･･･

そんなチケットを拾ったのはサチ子という少女だった。

万事屋のテレビが壊れた！と、思ったら中にさっちゃんが潜んでいた。

銀時は定春にテレビごと捨ててくれと頼むが、その拍子にさっちゃんの大事な眼鏡が壊れてしまう。銀時は渋々さっちゃんに新しい眼鏡を買ってあげるものの、それはあきらかに度数が合っていない瓶底眼鏡だった。銀時からのプレゼントに喜ぶさっちゃんだったが、そのせいで始末屋稼業に失敗したため、責務を問われ消される危機に陥る！

万全の護衛体制で滅殺仕置き人たちを迎え撃つ全蔵と万事屋一行。

しかし敵の気配が迫る最悪の事態の中、銀時らは買出しに出かけてしまい、全蔵の計画は台無しに！

一足先に屋敷に戻り、居眠りをこく神楽と定春の元に第一の刺客、寝込み専門の殺し屋の魔の手が忍び寄る・・・はたして最強の仕置き人ＶＳ必殺万事屋の戦いの行方はいかに！！

「劇場版銀魂　新訳紅桜篇」の大ヒットを受け再開したテレビシリーズも、はや２ヶ月が経とうとしていた。

だが油断することなかれ、「いつまでもあると思うな親とアニメ銀魂」前回のシリーズの反省を決して忘れてはいけない。

ならず者ばかりが集まる町、かぶき町。

ここは四天王と呼ばれる四つの巨大勢力が、互いを牽制し均衡を保っている状態だった。

その四天王の一人、女帝お登勢。

勢力を持たない彼女が四天王に君臨し他の勢力に対抗できる理由・・・それはかぶき町最強の男が側にいるからに他ならない。そんな中、銀時のもとへ万事屋一家の舎弟にしてほしいと一人の女の子が現れる。彼女はもと植木蜂一家、「人斬りピラコ」の異名を持つ椿平子だった。

溝鼠組の構成員に手を出し窮地に立たされた銀時らは、全ては次郎長にかぶき町の天下をとらせるための策略に巻き込まれたことを知る。そして黒駒勝男も属する次郎長一家は、この町を手に入れるために既に動き出していた。

最初に狙われたのは次郎長が最も忌み嫌う人物、お登勢。彼女を救える方法はたった一つ、

銀時が次郎長一家に入ること！要求を呑まなければお登勢が狙われ、自分も命は無いと決断を迫られた銀時が下した決断は・・・。

次郎長をかぶき町に妄執させていたお登勢が消え満足する平子。彼女がいなくなり四天王勢力の均衡が崩れた今、かぶき町では戦争が始まろうとしていた。

一方、お登勢の安否を見守る万事屋一行のもとへ西郷が現れ、自分達の店が四天王勢力によって打ち壊される事を告げられる。居場所を奪われる彼らに、この町を去るように促すが・・・

そしてスナックお登勢の立ち退きの日がやってきた。

ついにかぶき町が戦乱の渦に。

ピラ子と西郷率いるヤクザ、オカマ軍団は圧倒的な戦力でスナックお登勢を潰しにかかるが、銀時ら４人の抵抗に全く歯がたたない。

善戦する彼らだったが、無情にも万事屋に火の手が上がってしまう。燃え広がる炎に成す術の無い銀時たちの前に、消火の水と共に火消しの辰巳が現れる！次々と馴染みの仲間たちが、かぶき町を護ろうと立ち上がった。

それぞれ侠の鎖を護るため、ついに再び対峙する銀時と次郎長。

抗争の裏で糸を引いていた華陀率いる辰羅族の兵を相手に獅子奮迅の戦いをするものの、彼らの体力はすでに限界にきていた。

歯を食いしばり立ち上がる次郎長の脳裏にお登勢と辰五郎、３人で過ごした記憶が蘇る・・・

春雨の宇宙要塞に神威率いる第七師団が召集される。彼らが呼び出された理由・・・それは高杉晋助ら鬼兵隊の処理を命じられたためだった。都合良くお互いを利用しあう関係の彼らだが、春雨内部自体も、鬼兵隊も腹に一物あるような連中ばかり。神威と高杉は、お互いの野望のためにどう動くのか？

万事屋へ寺子屋の子ども達が社会見学へ来ることになった。みんなに万事屋の凄さを自慢したい神楽は銀時にカッコイイ所をみせてほしいとせがむ。しかしいざ子ども達を迎え入れると、万事屋の中はなぜか工房に変貌しており、職人面した銀時が何やら怪しいものを製作中。その名も“パトリオット”。はたして万事屋は子ども達の憧れの職業になれるのか？そもそもパトリオットって一体！？

念願の職を手にした長谷川。今回の仕事は夏休みの大江戸プールでの監視員だ。

自分の役目は子ども達に良い思い出を作らせること！と、熱心な姿勢だったが、・・・同じく監視員の銀時と双眼鏡片手に水着ギャル（彼らがいうところの”デカプリ娘”）の物色を始めてしまう。そしてかぶき町中から、バカが集まってきた！

お登勢からカニを貰い久々の豪華な食卓にテンション高めの万事屋３人。

しかしもらったカニは一杯のみ。ハサミを入れると１０本になる足だが、３人で分けると１本余ってしまう。

それでも仲良く食べようという矢先、食卓が突然停電に！

夜の公園。群がる野次馬の中心でサラリーマンに殴られる一人の男。彼の名は岩松。職業：殴られ屋。人間サンドバックになり客に殴られるのを商売としている元プロボクサーの岩松は、アウトローな街・かぶき町ならイイ稼ぎが出来そうと意気揚々でやってきたが、・・・神楽の一撃を受け後悔する。

自称かぶき町の女王・神楽は、ビビる岩松を殴り屋需要のありそうな場所へ連れ出す。

屁怒絽一家と銭湯ではち合わせしてしまった銀時たち。一家は地球侵略をするに違いない！と恐れ、何としてでも風呂場から脱出したい彼らはちびっこ風呂に逃げこむが、実は荼吉尼族は熱いお湯が苦手！結局一緒の風呂に入ることに。行き場を失った銀時たちは、無事風呂場から脱出できるのか？

将軍からの命により、さるお方を預かることになった柳生家。

教育係に指名された九兵衛は将軍家のお役に立てるならと張り切るが、気づくと頭の上にのる子猿が一匹。こちらが「さるお方」だった。

まずは名前を付けようと、お妙と万事屋に協力を仰ぐ九兵衛。将軍家の名に恥じない立派で縁起のいいものをと皆で考えるが･･･

さるお方改め「寿限無寿限無・・・（中略）ビチグソ丸」と絆を深めていく九兵衛。

しかし楽しい時間はそう長くは続かなかった。

将軍家の命によって柳生家を去ったビチグソ丸だったが、九兵衛に会いたい一心で将軍家から逃げ出してしまう。　

必死の捜索の甲斐もなく未だ捕まらないビチグソ丸を諦めず探し続ける九兵衛たちだが・・・。

江戸の警察組織のトップに君臨する警察庁長官・松平片栗虎。「破壊神」の異名を持つ松平を、桂率いる攘夷浪士たちも最大にして最強の敵と恐れていた。

桂は家政婦エヅラ子として松平のスキャンダルをつかむべく屋敷に潜入したが、そこで見たのは家庭の中で居場所のない父の姿だった。

リサイクルショップで壊れたＶＨＳのビデオデッキの買い取りをせがむ銀時は、幸運にも超今時のブルーレイと交換してもらう。

ただし中にはディスクが入った状態・・・その名も『呪いのブルーレイ』。

恐ろしくなって返品に行こうする銀時だったが、慌てて転んだ拍子にディスクが再生されてしまう。

テレビ画面には砂嵐、井戸、そして中からは女が現れた！

代金を踏み倒している客からツケを回収する依頼を受けた万事屋。

刑務所の看守の制服で来るという、噂の客を捕まえようとする一行。しかし逆に銀時が捕まる結果に。

実は制服姿の彼は本物の看守だったのだ！

名は米裏葛乃助、不正を働き彼が支配している監獄では法は通じないでいた・・・。

無実の罪で投獄中の銀時は看守に目の敵にされる一方で囚人達のボスに成り上がっていた。

刑務作業中に抜け出し舎弟の鯱を連れ、米裏の不正の証拠を見つけに看守長の部屋に向かう。懲罰房行きでは済まない事態を覚悟の上、バレないようにと銀時は看守が着ていたパジャマで変装するが・・・。

今回は番外編！今まで数々の（一方的な）コラボを成し遂げてきた銀魂。

今度のコラボ相手は少年ジャンプで連載中のコメディ漫画「SKET DANCE」！

学園で何でも屋3人が活躍するという、泣けて笑える基本一話完結でおまけにアニメ放送は木曜夕方6時・・・と、何かと銀魂と共通点が多すぎるスケット団。自分たちのポジションを狙いにきていると言う銀時に対して、スケット団からの宣戦布告が！

お妙に真剣交際をしている恋人を紹介する新八・・・しかし、彼女の正体は大流行恋愛ゲーム「愛チョリス」のキャラクター、百々（もも）さん。

今、江戸中で新八のようにゲームと現実を区別できない男子たちが急増中なのだった。

お妙から新八を現実世界へ戻してほしいと頼まれた銀時。

唯一の手段は彼と同じ愛チョリスの世界へ入り説得することだが、銀時が選ぶことになった彼女は何だか訳アリの強烈キャラで・・・

恋愛シュミレーションゲーム「愛チョリス」にハマる新八の目を覚ますためプレイヤーたちの祭典「俺の嫁天下一武闘会」に参戦することになった銀時。

勝負はゲーム内のデート。

百々組の予選では新八が持ち前の草食系アプローチの結果、他プレイヤーを圧倒する！

銀時に携帯電話がほしいとねだる神楽だが、万事屋の財布の紐は固く全く相手にしてもらえない。

そんな最中、定春のウンコの中から携帯が3つ発見される！

早速からくり技師の源外に修理してもらい万事屋メンバーで一つずつ持つことに。

念願の携帯に喜ぶ神楽の一方で、銀時と新八はそんな神楽からのメールの多さにウンザリな様子・・・

馴染みの定食屋の親父の葬儀に参列する万事屋一行。参列者の中には真撰組の姿も。超味覚音痴な銀時と土方は「江戸の宝が消えた」と落胆してる様子・・・しめやかに行われる葬式の最中、突然、死んだはずの親父が起きあがった！！どうやら姿が見えているのは銀時と土方の二人だけ・・・舞い戻ってきた親父の恐怖からすぐにでも逃げ出したい彼らは・・・。

突如、「捜さないで下さい」と書かれたプラカードを残し消えたエリザベス。

万事屋に捜索の依頼をする桂だが、記憶を辿ってみると最後にエリザベスに会ったのは一年以上前。実は、エリザベスが家出していることにも気づいていなかったのだ！

とりあえず一行は桂の家で何か手がかりが無いか捜してみることに。

桂と万事屋一行はエリザベスの元カノ・フミ子から彼が姿を消した真相を知る。

彼の正体は地球に潜伏し、侵略するためにやってきた幻の傭兵部族「蓮蓬（れんほう）」だった。

フミ子は銀時らに蓮蓬から地球を、そしてエリザベスを護ってほしいと頼む。

そんな中、江戸では突然降り出した雨に打たれた人が次々エリザベスのような顔になり、プラカードでしか会話できなくなる症状になりパニック状態！ついに蓮蓬軍による地球侵略が始まってしまったのだった。

万事屋、桂、坂本らはフミ子と共に蓮蓬に扮し、彼らの拠点要塞に潜入した。闇将軍と恐れられる「米堕卿（べいだきょう）」率いる軍の敷地内には対侍用機動兵器「頑侍（がんさむ）」を配備し、雨で混乱している地球に頑侍で奇襲を仕掛けるのが彼らの狙いだ。

地球侵略を阻止する為にも部隊が辿り着く前に頑侍を破壊しなければならない銀時たちだが、緊迫しつつも彼らは蓮蓬軍と打ち解け始める。そこへエリザベスこと、江蓮（えれん）将軍が現れた！

正体を明かした銀時と坂本は、双竜将軍らを相手に乱戦を繰り広げる。

一方、自らの義を貫き頑侍で出撃したエリザベスは米堕卿と死闘を展開していた。

米堕卿の圧倒的な力の前に絶体絶命のエリザベス。そこへ「友（おまえ）の背中は友（おれ）が護る」の言葉と共に桂が助けにやってきた！

「宇宙超商船隊鉄侍（ロボ）カイエーン」を駆り、米堕卿を討つ銀時たち。

蓮蓬の民とも手を取り合うことができた地球人としての誇り、そして侍としての意地をかけて死力を尽くし、蓮蓬の母星と一体となった米堕卿に応戦する。

銀時たちは銀河に平和を取り戻すことができるのか！？

松平のはからいで、半ば強制的に慰安旅行でスキー場へ向かうことになった真選組一行。

思い切り羽を広げて来いと送り出されたはずが、将軍の初スノーボードの護衛にあたることになってしまう。

自分達の首がかかってるため必死に護衛にあたる真選組だったが、ゲレンデに見覚えのある顔が…。

将軍の初スノボの護衛をするはめになった真選組は偶然にも旅行で来ていた万事屋と鉢合わせてしまう。気付けば全員で雪山で遭難のうえ将軍は行方不明に。

土方らは将軍の捜索へ向かいつつ、暖を取ろうと策を考えるが…。

本日は万事屋の忘年会！今年もいろいろあったアニメ銀魂だが、こういう場でもクールに決めるものと神楽と新八に喝を入れる銀時。そこへお馴染みのメンバーもぞくぞくと集まり賑やかな会になるはずだったが…。

次の日の朝、銀時が起こした不祥事の数々が発覚する。

アニメ銀魂5年目にして最大の不祥事を銀さんはどう乗り切る！！？

忘年会で泥酔し、結果的に六股をかけることとなった銀時。

放送終了の危機も招きかねないこの事態を乗り来るため、気がつけば全員と同時に付き合うことに。そしてさらに、どういうわけか全員と同日同時間にデートをするはめに…！

かぶき町ナンバー1ホスト・狂死郎に、彼の経営するホストクラブ「高天原」に呼び出された万事屋一行は、彼がホストを辞めると聞かされる。

突然の廃業の理由…それはマダム夜神（やがみ）と呼ばれる、夜の街を制するという謎の貴婦人が先日高天原へ訪れ、また来ると言い残して去ったからだった。

彼女の再来店は一見光栄に思えるが、過干渉を嫌う彼女が同じ店に二度来るということは災厄をもたらすという意思表示らしい。彼女の脅威から従業員たちも消え、営業もままならない高天原。銀時らは急遽マダムに対抗できるホスト勧誘を始めるが…。

いよいよマダム来店の日。

狂死郎と銀時たちは急きょ街でスカウトしたメンバーで営業を始めたが、集まったのはかなり個性豊かな面々。

さらには、お店を盛り上げるためにお妙の声掛けでかぶき町中からお客が集まったが、そのお客たちの暴走ですでにお店はめちゃくちゃ、狂死郎も瀕死状態！接客どころではなくなってしまう。

そんな最悪の状況下に、ついにマダム夜神が現れた！

ジャンプ編集部五年目の本田・J（ゼリービーンズ）・ヴァンガード。

彼は、歴代の担当編集を廃人に追いやり、避難所という名の牢獄へと送ってしまう有害漫画ギンタマンの現・担当編集だ。避難所生活から逃れるためには有望な新人を見つけてギンタマンの担当を外れるしかない。

ある日漫画の持ち込みにやってきた新人はペンネームN３０１６番。いかにも中二臭い雰囲気だが、その新人とは…

幕臣の中でもエリートばかり輩出している名門佐々木家から、佐々木鉄之助という男を迎えることになった真選組。本来は警察のエリートばかりが集まる「見廻組」に行くのが筋だが、実は手が付けられない問題児で、いろいろとたらい回しにされ真選組へ送られて来たのだ。

近藤の提案により土方の小姓になった鉄之助（自称TETSU）。全てにおいてチャラいTETSUにイラつく土方は理性を抑えるのに必死だが…。

心機一転、意欲的に職務をこなしていく姿勢を見せる鉄之助。

異三郎は鉄之助を目の敵にし、土方に鉄之助を早く始末したほうが良いと助言するが、土方は自分と同じ境遇の彼を見捨てず世話を焼く。

一方、公務執行妨害で見廻組に逮捕されていた銀時は、異三郎から仕事の斡旋を受けるが…。

土方から手紙を届ける命を受けた鉄之助。だが、道中で過激攘夷集団知恵空党（チェケラとう）に囚われてしまう。

彼らは身分を隠し党に出入りしていた鉄之助が警察の縁者だと知り、彼を人質にとり真選組と見廻組を一気に潰そうと企む。

しかし見廻組は人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かった真選組に責任を取らせ消し去ろうとしていた。

異三郎の狙いを知り憤慨する土方たち。真選組と見廻組の全面戦争が始まろうしていた。

知恵空党に囚われた鉄之助を救いに向かう真選組の前に、見廻組が立ちはだかる。　

両者一歩も譲らぬ状況の中、見廻組のスパイとして知恵空党に潜入中の銀時の活躍により、乱暴だが鉄之助の身柄を確保することに成功！　

近藤の号令とともに、反撃に出る真選組。ついに形成が逆転する！

まるでダメな男、通称マダオこと長谷川泰三。ひょんなことからクイズ番組に出場することになった彼は賞金の一千万円をかけてクイズに挑戦する。

はたして彼は、プレッシャーに耐えマダオネアの栄冠を掴めるのか！？そして、マダオな彼を奮い立たせる原動力とは一体…？

以前の陰陽師の一件から、テレビに映る結野アナは自分に対して笑顔を向けていると言い張る銀時。今日もまた彼女を見て胸ときめかせていると、突如目の前に式神の外道丸が現れる。　

約２年ぶりの登場の理由は結野アナに関係することらしく、張り切る銀時だが…。

お正月には、子供は大人からお年玉を貰えると聞いた神楽。

早速銀時にせがむが、案の定全く相手にされないでいた。それでも引き下がらない神楽に「お年玉を手にする覚悟があるのか」と問う銀時。そして渡される、驚愕のお年玉の正体とは…！！

日本の寒い冬を乗り切るための必需品といえばコタツ。

もちろん万事屋にもコタツがあるのだが、調子が悪くなりリサイクルショップにて新たに購入することになった。万事屋に出社した新八が見た、ニューコタツの真価とは…？

五年目の放送も終わりにさしかかろうとしているアニメ銀魂。今回は、今まで迷惑をかけてきた関係者、そして視聴者の皆様方へ、とにかく謝り倒すのだ！果たして誠心誠意、謝ることができるのか！？というか、本当に反省しているのかアニメ銀魂！！