電車の中で漫画雑誌を読みふけていた銀時は、連載中の漫画「ギンタマン」を酷評。するとそのそばには「ギンタマン」の担当編集者の姿が…。銀時のあまりの暴言に怒り狂った彼は、担当としての怒りと仕事の愚痴を爆発させる。それを聞いた銀時は「ギンタマン」を面白い漫画にするため、自ら担当編集者となって漫画家に会いに行くことに…。

ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまう。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀の試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまう！絶体絶命のピンチに陥った土方を救ったのは、１年ぶりに江戸に戻ってきた真選組参謀・伊東鴨太郎だった。

テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送される。出演者の中には、アイドル・寺門通の親衛隊隊長を務める新八の姿も。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、1人の男が新八と激しい議論を戦わせる。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。変わり果てた土方と対面した銀時たちは、妖刀に秘められた恐ろしい過去を知る。一方、真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた。

真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田1人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして、近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で、沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった！

銀時たちの呼びかけで、ようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり……！？

真選組の乗っ取りを画策した伊東、それによって大きく揺らぐ真選組。そして、今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに！自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた！

サッカーチーム・ＦＣ大江戸のエースストライカー、甘羅尾の引退試合が、今まさに行われようとしていた。ひとりモチベーションを高め、チームメイトの待つ控え室へ向かう甘羅尾。しかしドアを開けると、そこにはぐったりと倒れたチームメイトたちの姿が。スタジアムで売り子のアルバイトを始めた万事屋が、スポーツドリンクと間違えて危険なドリンクを飲ませてしまったのだった。責任を取り、急遽チームのメンバーを集めることになった銀時は、桂や長谷川などいつものメンツを連れて試合に出場することに！

暴力団・魔死呂威組組長の下愚蔵から仕事の依頼を受けた万事屋の面々。依頼内容とは、５年間も倉に引きこもっている息子の鬱蔵をどうにかして外に連れ出すことだった。あの手この手で説得を試みる銀時たちだったが、筋金入りの引きこもりである鬱蔵には全く効果がない。打つ手がなくなり、組員たちからのプレッシャーで絶体絶命の銀時たちの前に、鬱蔵が幼い頃から慕っていたという組の若頭・中村京次郎が現れる。中村の口から鬱蔵の過去を聞いた銀時は……

魔死呂威組組長・下愚蔵の息子の引きこもりには、衝撃の事実が隠されていた！　事の顛末を知った銀時は中村に刃を向けるが、組員たちの襲撃を受け行方をくらませてしまう。下愚蔵も病に倒れ、ついに魔死呂威組の襲名披露が行われようとしていた。組の幹部たちが集まり、跡目として中村が正式に認められようとする中、銀時が会場に突然乱入し…。

密偵の命を受け、攘夷志士たちのアジトに潜入を試みる山崎。彼に与えられた任務は志士たちの動向を探り、"狂乱の貴公子"桂小太郎ごと幹部を一網打尽に捕らえることだった。山崎は圧倒的な地味さを生かし、全く怪しまれることなく見事に潜入を果たす。しかし、攘夷志士になるためには桂直々の面接や、さらには筆記の採用試験をクリアしなければならないのだった。

山崎の活躍により、ついに役人に捕らえられた桂。彼を乗せた船は、悪党が最後に流れ着く難攻不落の監獄・獄門島へと向かう。そのころ島の牢屋内では、脱走を企て15年間壁の穴を掘り続けた男・末吉の脱出口が、今まさに完成したところだった。あとは脱走の決行日を決めるのみ...。長年の観察で看守の行動パターンを熟知している末吉は、確実に慎重にその機会を伺っていた。しかし、向かいの牢屋に桂が投獄されたことで末吉の計画が狂い始め......。

梅雨のせいなのか、万事屋に仕事がこない日が続いていた。ジメジメした気候もあって、３人のイライラもつのるばかり。気分転換をしようと考えた新八は、銀時と神楽を誘って雨中の江戸の町へ散歩に出かけるが、女の子らしい花柄模様の傘をさした３人の少女とすれ違った神楽がなぜか機嫌を悪くしてしまう。自分のビニール傘を閉じ、雨に濡れながら歩き出す神楽だが...。

スナックお登勢で働くようになったからくり家政婦のたまは、店の手伝いに銀時たちの家賃回収にと大活躍。休みなく日々まじめに仕事をこなす彼女を労い、お登勢は３日間の休暇を与えることに。しかし家政婦として人のために働くことしか知らないたまは、どうやって休めばいいのか分からなかった。その姿を見かねた銀時は、たまを連れて２人で遊びに出かけるが......。

新真選組屯所の掃除当番で、１週間便所を掃除することになった沖田ら一番隊。ぶつぶつと文句を言いながら仕方なく便器を磨く隊士たちの中に、ひとり不満を漏らさず嬉々として働く男、真新選組内でもキレイ好きで有名な隈無清蔵の姿があった。彼がは隊士たちに便所掃除の大切さを呼びかけるも、一番隊の面々は全く掃除のやる気を起こさない。あまりの便所の汚さに業を煮やした清蔵は、土方に厠の改善"厠革命"を進言する。

娘・栗子がアルバイトの同僚に言い寄られていることを知り、大激怒の松平。娘から彼らを引き離そうと過激な作戦を実行に移そうとする。近藤や沖田もそれに同調し、過激さは増していくばかり、まったく収拾がつかない。見かねた土方は、同僚に栗子を諦めさせる役を買って出るが...。

監視員の仕事で、海水浴客で賑わう浜辺にやってきた万事屋。仕事そっちのけで水着の女の子ばかり眺めている銀時と新八。神楽はというと、さっそく亀の格好をした怪しい人物・亀梨を発見しボコボコにしていた。水着の女の子を盗撮していたことがバレて必死に言い訳する亀梨だが、銀時たちは聞く耳を持たない。すると、亀梨は盗撮を見逃してもらうかわりに３人を竜宮城に招待すると言い出す。

竜宮城に行く途中に海に投げ出され、見知らぬ無人島に漂着してしまった銀時たち。遭難したものとばかり思っていた一同は生き残るために島を探索するが、その最中に亀梨と再会する。なんとこの島こそが竜宮城だったのだ。一方その頃、江戸の街には巨大な亀のロボットが出現。ＴＶのニュースでそれを知った銀時たちだが、亀梨によるとそれは竜宮城の主、乙姫がある計画を実行に移したためだという。

竜宮城に秘められた過去と、乙姫の恐ろしい計画を知った一行。その野望を阻止できるのは、もはや彼らしかいない。亀梨の提案で、一行は複数チームに分かれて乙姫のもとを目指すことにする。しかしチーム分けの途中で見張りに気づかれてしまい、いきなり窮地に立たされてしまうのだった。その頃、乙姫によって捕らわれていたお妙にも危機が迫っていた･･････！

大江戸中を巻き込んだ乙姫の恐るべき計画も、ついに最終段階へ突入する。彼女の野望を阻止するため、奔走する銀時、桂、新八、神楽ほか･･･。彼らの戦いの行方は？　そして、地球の運命やいかに！？

沖田の提案で、真選組屯所が全面禁煙化することが決定。ヘビースモーカーの土方は必死に抵抗するが、隊士たちの意見に押されてしぶしぶ了解することに。せめて街中で一服しようと外回りの最中にタバコに火をつけるが、近ごろはどこもかしこも禁煙、禁煙、禁煙・・・。世の中の風潮か、喫煙者への風当たりは強くなる一方だった。さらに、松平の提案で江戸全域に渡って禁煙令が施工され、いよいよ追い詰められた土方の取った行動とは！？

寿司屋で厳しい修行を重ね、ついに店を任されたという長谷川に招待された銀時たち。食べ放題と聞いてうかれる一同だが、実は長谷川の力量には重大な問題が！　困り果てる彼を見かねて、仕方なく一同は店を手伝うことに。全くの素人の銀時たちは、各々の技術を駆使してなんとか寿司を握ろうと奮闘するが・・・。

ある日の万事屋、いつも通りダラダラと過ごしていた銀時たち。しかし、ふと気がつくと新八の指がプラスドライバーに改造されていた！　どうやら天人の仕業らしいが、突然の理不尽な出来事に怒りが収まらない新八。さらに、何と神楽と銀時までもが改造されていた事が判明。一同はどうにかして犯人の天人を捕まえようとするが、手がかりは「奴らは今人気のネットゲームにハマっているらしい」ということだけ。天人を見つけ出して元の体に戻してもらうため、３人はさっそくゲームをプレイするが･･････

謎の天人によってドライバーに改造された体を元に戻すため、奴らが潜んでいると思われるネットゲームをプレイする銀時たち。開始早々ゲーム内の秩序を乱したあげく強敵に襲われた３人は、大ピンチの所をあるハンターに救われる。歴戦の勇者のような風情をかもし出すそのプレイヤーの正体は、なんと銀時たちと同じくゲーマー星人に改造された、ある人物だった！　さらにその後ドライバー化した知り合いに次々と出会った一行は、天人の情報を得るべくゲーム内を奔走するが･･･。

モンキーハンター内でゲーマー星人の手がかりを失ってしまった銀時たちは、焼肉屋でオフ会を開いていた。今後の対策を練ろうとする一行だが、まともな意見がさっぱり出てこない。その中、桂が皆を諭す。「今の我々に必要なことは、ドライバーとして生きていく覚悟なのだ」と･･････。果たして銀時たちは元の姿に戻ることができるのか！？

過去のスキャンダルを払拭し、今や江戸のトップアイドルにまで上り詰めたお通の新曲リリースがついに決定！その報を知った新八をはじめとするファンたちは待っていましたとばかりに狂気乱舞するが、発売を間近に控えて思わぬトラブルが発生する。お通の音楽プロデューサー・つんぽの事情で楽曲の製作が遅れ、発売が大幅延期になってしまうというのだ。ファンを裏切ることにどうしても納得ができないお通は、ひとりで行動を起こすのだが･･･。

Part A On top of the Odd Jobs building, two awfully familiar men seem to be scheming. They manage to hide themselves from several visitors, but they are spotted by the man who’ll cause the biggest mess of all: Katsura!

Part B Gintoki’s alarm goes off, and he decides to takes a shower to sober up. While in the shower, something happens to Gintoki! Seems Kagura and Shinpachi are also caught up in the mess, and they wonder how this could have happened to them... The three heroes face a crisis like none other!

江戸のトップアイドル・寺門通の親衛隊一同は、来るべきコンサートに向けて海辺で振り付けの特訓をしていた。しかし、タカチンは近ごろ隊員たちの熱意が散漫になっていることに気がつく。なんと隊の幹部の一人が、ブログなどを通じて知り合った女の子たちとメール交換をし始めていたのだ。「隊員はみだりに婦女子と密通することなかれ」という隊の規則が乱れていることに怒り、隊長として全員に喝を入れる新八だったが･･････

Even though it’s believed the letters are coming from Okita, Shinpachi's response letter turn out to be a big hit. Urara is happy her older sister has received a response to her letters. But her older sister confesses that she sent Urara's picture with the letter. And it looks like both Shinpachi and Urara sent someone else's pictures with their letters!

沖田の写真を使って文通をしていたことが、うららの姉にバレてしまった新八。必死に謝る新八であったが、逆に姉から、うららを口説く事を手伝いたいと言われてしまう。その後、沖田に連れられたうららと合流する銀時たち。なんとかうららの気を引こうとするが、彼女の興味は沖田にいってばかり。そんな状況に追い詰められた姉は、申し訳なさのあまり逃げ出してしまう。心配した新八はその後を追いかけるが・・・。

近ごろめっきり食欲がない定春を心配し、動物病院に連れて行く神楽。すると偶然、桂がそこに居合わせる。最近エリザベスの調子が悪く、手術をするために入院することになったのだという。幸い定春は重大な病気ではなかったものの、大事をとって１日だけ病院に泊まって行くことに。同じころ、その病院に入院中の老犬が今まさに息を引き取ろうとしていた。どうやら飼い主も危篤状態らしく、お互いに死を待つのみの状況だという。その姿を見た神楽は、老犬を飼い主のもとへ連れて行こうと決意する。

死の際の老犬・金太郎を飼い主の老人に一目会わせようと病院を抜け出した神楽と桂は、どういう訳か"星喰（犬）"と"星吐（猫）"による地球の存亡を賭けた争いに巻き込まれてしまう。金太郎を狙う星吐の猛追から必死に逃れながら、老人が入院している病院へと向かうふたり。一方その病院からは、危篤状態であるはずの老人が行方不明になっていた。息子たちからの依頼を受けて、銀時も病院に駆けつけるが･･･。

お登勢のはからいで、冬休みを山奥の温泉宿で過ごすことになった銀時たち。秘湯を楽しみに山道を進む一行だが、たどり着いたのは全く人の気配がしないボロ旅館だった。江戸に戻ろうにも帰りのバスもなく、しかたなくその旅館に泊まることになる。その後、旅館の女将・お岩が出迎えに来てくれるも、彼女の背中にはうっすら半透明の何者かの姿が！この異常な現象に気づいた銀時と新八は･･･。

銀時たちが泊まった旅館は、この世に未練を残したため成仏できないスタンド（=霊）が集まる幽霊宿だった！新八、神楽、お妙がスタンドに取り付かれ、ひとり残されてしまった銀時。女将のお岩は宿の手伝いをさせるため、骨のある人間を探していたのだという。強制的に従業員見習いをさせられることになった銀時は、同僚のレイと一緒に、次々と訪れるスタンド客をもてなすことに･･･。

お岩の横暴に嫌気が差し、レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀（のスタンド）のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンド・タゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、生きながらにしてスタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていく。そして自身と宿の運命を賭け、ついにお岩との一騎打ちに突入するが･･･。

タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう！

相変わらずダメな生活を送っているマダオ（まるでダメなオッサン）こと長谷川。別居中の妻･ハツとの電話中、会話の流れで彼女を家に招くことになってしまう。しかし諸々の不幸が重なり、堕ちに堕ちた長谷川の住処は、今や公園のダンボールハウスだった！！　ハツに見栄を張って「結構いい部屋に住んでいる」ということになっている長谷川は、銀時の助けを借りて急遽いい物件を捜すことに･･･。

銀時への熱い想いが全く実らず、長らく放置されていたさっちゃんがついに攻勢に出る。糖分大好きな銀時の気を引こうと、ケーキを利用したアタックを試みるが、当然の如く失敗。そんな彼女の前に偶然近藤が通りかかる。彼もまた、お妙への恋心がいっこうに成就せず、いいようにあしらわれる（どころか使い走りをさせられている）人物だった。お互い「自分の方が相手に想われている！」と罵りあう２人。両者一歩も引かぬ口論の末、どういう訳か、互いに互いの恋のキューピッド役をすることになり･･･。

いつもの万事屋。新八と神楽が大掃除をしている最中、部屋に飾ってある額の裏から一枚の写真が落ちてくる。その写真には、何と銀時と謎の美女のツーショットが写っていた！「昔の女か･･･？」と勘ぐる２人。そこに買い出しから帰ってきた銀時が意外な真実を告げる。一緒に写っている女性は、かつての万事屋の準レギュラー的なポジションだったと言うのだ。新八と神楽がやって来る以前、銀時がまだ万事屋を始めたばかりの頃の昔話が初めて明かされる･･･。

スリなどで生計を立てる少年・晴太は、道ですれちがった銀時から財布をスる。しかし、中身はほとんどすっからかんだった上に、自分の財布をスり返されてしまう。結局あっさり銀時に捕まり、スリの現行犯をゆすられてパフェをおごらされるハメに･･･。その後、スナックお登勢に連行され事情を問い詰められた晴太は「遊女に会うために金が必要だった」と明かし一同を仰天させる。

法の通じぬ地下遊郭都市・吉原桃源郷で最高の地位にいる遊女・日輪に会うためにスリを働いていた晴太。しかしそれは、幼い頃に生き別れた母親に会いたい一心での行為だった。晴太を日輪に会わせるべく吉原桃源郷に乗り込んだ銀時たちは、吉原自警団・百華の頭領である月詠に手荒い歓迎を受ける。

吉原にやって来た神楽の兄、神威。宇宙海賊・春雨の第七師団団長である彼は、元団長であった"夜王"鳳仙と会談を始める。円満に話が進んでいるかに見えたが、次第に不穏な空気が流れ始め･･････。一方、神威とその部下による襲撃から逃れていた銀時たちは、月詠のアジトに身を寄せていた。

鳳仙の元へ向かう途中、神威の部下・阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、ひとり鳳仙のもとへ向かう銀時。残った２人は必死に阿伏兎と戦うも、圧倒的な力の差に追い詰められるばかりだった。激闘の最中、兄・神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変し･･････

激闘の最中に夜兎の本能が目覚め、阿伏兎を退けた神楽。新八の必死の呼びかけで何とか自我を取り戻し、鳳仙の元へと向かう。一方、神威は晴太を連れて日輪が監禁されている部屋に来ていた。ようやく愛しい母の所に辿りついた晴太は声を張り上げて叫ぶ。「母ちゃん、一緒に帰ろう！」しかし日輪の口からは思いもよらぬ言葉が･･････

間一髪のタイミングでようやく鳳仙の元に駆けつけた銀時。常夜の街に引き裂かれた母子の絆をつなぐために決死で刃を振るうが、"夜王"の圧倒的な力の前に為すすべなく崩れ去ってしまう。「母ちゃんと一緒に地上に帰れ･･･」銀時の残した頼みを聞き、日輪を連れ吉原からの脱出を図る晴太だったが･･･。

鳳仙を倒せる唯一の方法、それは常夜に閉ざされた吉原桃源郷に太陽を取り戻すことだった。街を覆う鉄の天井をこじ開けるため、晴太は管理室へと向かう。一方、銀時と月詠率いる百華一団は鳳仙の攻撃に必死で耐えていた。全身全霊を賭して挑んでも全く揺るがぬ"夜王"の猛攻に、銀時たちは――。

常夜の街・吉原桃源郷についに太陽が昇った。激闘の末、最期に日輪への想いを吐き出しながら朽ち果てる鳳仙。そして、戦いの一部始終を傍観していた神威の前に神楽と新八が駆けつける。再会した兄に怒りをぶつける神楽だが、神威は銀時に"宣戦布告"して去っていく。

吉原桃源郷の激闘の少し後･･････かつてない強敵と対峙し、自分の力不足を痛感した新八と神楽は修行に励んでいた。「もっと強くなりたい！」その心を銀時に打ち明ける２人。しかし銀時は「修行なんてめんどくさい」と却下。そんな面々に、お妙や長谷川が修行の極意を進言するが･･････

夜間巡業中に何者かに襲われ、拉致されてしまった土方と沖田。目を覚ますと、お互いが鎖でつながれた状態で殺風景な廃墟の一室に捕らえられていた。最悪な状況を理解した２人に、モニター越しで不気味な男が語りかけてくる。地愚蔵と名乗るその男は、真選組の屯所に爆弾を仕掛けたこと、そして鎖を解いて脱出するには、２人のうちどちらか１人が死ぬしかないことを告げる。

As the bombing of the Shinsengumi headquarters nears, Hijikata and Okita are still unable to find any means for escape. Only one key exists to unlock the shackles chaining each other. But if the key is used, it will set off a bomb to kill the other. The rule of the devil begins to stir distrust between the two. Though he commends them for not betraying one another, Jigzaw pressures them to make the final decision by displaying a certain item.

万事屋の三人が、いつものようにしょーもない事をダラダラとダベっているとナゾの眼帯の男が現れ、「ある事」を命令する。