Capítulo conmemorativo por los 40 años de la Weekly Shonen Jump. Es una parodia al mundo del manga, en especial a los de editorial Shueshia, incluido el mismo Gintama.

Hijikata consigue una espada maldita que lo obliga a comportarse de manera rara. Al mismo tiempo aparece Kamotarou Itou, un oficial del Shinsengumi que ha ascendido de rango rápidamente dentro del grupo, lo cual le parece sospechoso a Hijikata y a la vez provoca una fuerte rivalidad entre ambos. Sougou se aprovecha de la debilidad de Hijikata y lo traiciona secundando los planes de Itou.

Hijikata se ha convertido en un "otaku perdedor" cuya alma ha sido consumida por la maldición de la espada Muramasha, y ha sido expulsado del Shinsengumi, pero con su última fuerza de voluntad pide ayuda al Yorozuya. Yamazaki descubre los planes de Itou y es supuestamente asesinado por Kawakami Bansai, un miembro del kiheitai. Miembros del Shinsengumi partidarios de Itou intentan asesinar a Hijikata, sin embargo el Yorozuya lo impide y ahora van a rescatar a Kondou. El plan de Itou es asesinar a Kondou e Hijikata con la ayuda del Kiheitai para así poder obtener el control del Shinsengumi, pero no cuenta con la lealtad de Sougou hacia Kondou.

Sougou salva a Kondou y elimina a los hombres que acompañaban a Itou. El Yorozuya junto a Hijikata encuentran a Kondou y finalmente Hijikata rompe la maldición de la espada Muramasha. El enfrentamiento entre el Shinsengumi y la facción de Itaou es encarnizado, mientras sus líderes empiezan una pelea mortal.

Gintoki se enfrenta a Bansai mientras el tren en donde se encuentran los demás sufre una explosión. Itou recuerda su triste pasado y sus verdaderos deseos, por ese motivo acaba sacrificándose para salvar a Kondou e Hijikata.

Gintoki derrota a Bansai, con la consecuencia retirada del kiheitai. Itou muere con el honor de un samurái. Hijikata regresa a ser vice-comandante del Shinsengumi mientras que Yamazaki ha sobrevivido, perdonado por el enemigo. El plan para destruir al Shinsengumi era una distracción para un contrabando importante del Kiheitai a través de los piratas Harusame. Fin de la saga de la rebelión del Shinsengumi.

El Yorozuya y sus amigos formarán parte de un equipo de fútbol para poder ayudar a Daisaku Amarao, un delantero que busca anotar aunque sea un gol en su partido de despedida por su "pequeño".

El Yorozuya es contratado por un yakuza llamado Kaguzou Mashiroi para que le ayuden a hacer salir a su hijo de un encierro al que el mismo se ha sometido por 5 años. En realidad el hijo de Kagozou fue asesinado presuntamente por el teniente del grupo yakuza, Nakamura Kyorijou, cuyo objetivo era obtener el control del grupo. Gintoki cae en la trampa de Nakamura y resulta seriamente herido, pero logra escapar. El anciano jefe yakuza fallece sin saber que su hijo estaba muerto.

Nakamura le esconde la verdad a Shinpachi y Kagura, pero Gintoki no ha muerto y ahora va tras Nakamura. De esa forma se entera de la verdad: el hijo del jefe se suicidó y Nakamura asumió la responsabilidad para no entristecer a su jefe. Sin embargo, los rumores sobre la muerte del hijo del clan Mashiroi obligan a los yakuza a eliminar a Nakamura y éste muere asesinado pese a la ayuda de Gintoki, pero fallece como un Komainu.

Luego de los desafortunados eventos del capítulo anterior, Katsura es hecho prisionero y trasladado a una prisión de alta seguridad ubicada en una isla. Allí conoce a un prisionero llamado Suekichi, quien ha estado cavando un túnel para escapar, pero por la presencia de su nuevo compañero de celda no puede hacerlo. Suekichi planea diferentes formas de hacerle bajar la guardia a Katsura para poder escapar, pero no cuenta con las verdaderas intenciones del líder del Jouishishi.

El Yorozuya es contratado por una empleada de Mademoiselle Saigou para que le ayuden a conquistar a un anfitrión del Takamagahara del cual se ha enamorado.

Tama reaparece totalente restaurada y continúa trabajando para Otose, pero al ver que trabaja demasiado, Otose le ordena que se tome un día libre, para lo cual contará con la ayuda de Gintoki y así lograr "divertirse".

Un nuevo miembro del Shinsengumi llamado Seizou Kumanaku se encuentra preocupado por la pobra higiene de la institución y pide ayuda a Hijikata para mejorarla, pero las ideas de Kumanaku pueden resultar "apocalípticas". El episodio es una parodia de Nausicaä del Valle del Viento.

Matsudaira sigue actuando como un padre sobreprotector con su hija, Kuriko, y nuevamente pide ayuda a Hijikata, Kondou y Sougo. Esta vez Hijikata decide encargarse de ahuyentar a los pretendientes de la hija del jefe por su cuenta, esperando así poder acabar rápido con el asunto. Sin embargo, no contará con que Kuriko se enamore de él, por lo que tendrá que recurrir a la ayuda del Yorozuya para desengañar a la chica. Hijikata, con la colaboración del Yorozuya, intentará por todos los medios de decepcionar a Kuriko, aunque tenga que convertirse en el príncipe Mayonesa.

El Yorozuya va de vacaciones a la playa, pero se encontrarán con un hombre tortuga que les conducirá a la legendaria Ryuuguujou. En el camino naufragan y terminan varados en una isla supuestamente desierta junto a Hasegawa, Katsura, Otae y Kyuubei.

La reina Otohime de Ryuuguujou planea convertir a Edo en un país de ancianos para poder cumplir su obsesión de ser joven por siempre. El antiguo jefe de la guardia de Otohime, Kamenashi, buscará detenerla con la ayuda de Gintoki y sus amigos, aunque Gintoki y Katsura se han vuelto ancianos por los efectos del Tametebako G, un químico especial que utiliza Otohime para llevar a cabo sus planes.

Otae se enfrenta a Otohime, quien revela la historia de su amado y la razón por la que busca envejecer a los demás.

Otohime está a punto de emplear su arma más destructiva, pero Gintoki con la ayuda de Katsura impedirán su uso. Otohime es rescatada por el Yorozuya y sus amigos, volviendo a ser esa persona de alma hermosa y amable que solía ser.

Se ha decretado una ley que prohíbe fumar en Edo por una semana, medida que afectará en especial a Hijikata, siendo un fumador empedernido. Este buscará la manera de cumplir su deseo así implique realizar un viaje a otro planeta. El episodio es una parodia de Dragon Ball.

Katsura se infiltra en un restaurante Amanto que discrimina a los humanos para destruirlo y tendrá como senpai al príncipe Hatta.

Unos extraterrestres gamers están abduciendo gente para experimentar con ellos y transformar partes de sus cuerpos en destornilladores, por lo que al caer el Yorozuya en sus manos estos buscarán la forma de encontrarlos internándose en el juego en red Monkey Hunter, el cual saben que los extraterrestres están jugando.

El Yorozuya busca cazadores aliados para poder encontrar a los extraterrestres gamers, pero en especial buscan al legendario cazador conocido como M. En el trayecto se encuentran Katsura, Kondou y Sa-chan que también están en el juego por culpa directa e indirecta de los extraterrestres. El cazador M resulta ser Madao y, al final, cuando parecen haber encontrado a sus enemigos, terminan topándose con Hijikata y Sougou que también han sido perjudicados por los extrarrestres gamers.

Resignados, los perjudicados por los extraterrestres buscan rehacer sus vidas, pero con la ayuda de Sa-chan logran encontrar a los extraterrestres y recuperar sus cuerpos.

Otsuu está a punto de lanzar su nuevo sencillo, pero su productor Tsunpo está recuperándose de sus heridas (Tsunpo es Bansai Kawakami, miembro del Kiheitai herido tras combatir contra Gintoki) por lo que buscará la manera de crear un sencillo nuevo por sí misma.

Capítulo de recapitulación donde se narra un episodio pasado entre el Yorozuya y el Shinsengumi.

Shinpachi encuentra una carta dentro de una botella que pertenece a una chica que dice que fue el destino el que hizo posible su encuentro. Shinpachi intentará responder el mensaje, pero no contará con la intervención de Gintoki.

Shinpachi responde la carta de Urara, que es como se llama la chica, pero esta ha enviado una foto de su hermana así como Shinpachi ha enviado una foto ambigua que hace pensar que Sougou es él. De alguna manera Hijikata y Kondou terminan involucrándose en el asunto y logran que Urara conozca a Shinpachi, pero las identidades de ambos están confundidas.

Shinpachi busca desesperadamente a la hermana de Urara, mientras ella trata de alguna forma agradecer a Shinpachi por haberla ayudado. Al final la chica es salvada por Gintoki al tratar de suicidarse y se da cuenta de su error. El nombre verdadero de la chica que escribía las cartas es Kirara.

Kagura y Katsura conocen a un perro viejo llamado Kintaro que está poseído por un parásito extraterrestre llamado "Planeta Comilones" desde hace 18 años, y que planeaba conquistar la Tierra, pero su plan fracasó al escoger equivocadamente a su huésped. El dueño del perro está agonizando y por ello Kagura y Katsura buscan reencontrar a Kintaro con su dueño, pero entonces aparecen los rivales del Planeta Comilones: los parásitos del planeta Vomitones que se encuentran viviendo en gatos y que tienen como objetivo destruir al perro Kintaro por ser el último de su especie. El episodio es una parodia de Kiseijū.

Kintaro le revela a Kagura la verdadera historia de la relación entre él y su amo, y la razón por la que no quiere verlo, pero para sorpresa de todos, el anciano va a buscarlo pese a estar en sus últimos momentos de vida. Al final Kintaro, igual de testarudo que su dueño, muere primero.

El Yorozuya junto a Otae son invitados a una posada de aguas termales por una amiga de Otose, pero resulta ser una posada embrujada llena de fantasmas o "Stands", como decide llamarlos Gintoki que poseen a Kagura, Shinpachi y Otae dejándo a Gintoki solo para enfrentarse a la okami Oiwa, dueña del lugar. El episodio es una parodia de El viaje de Chihiro.

Gintoki es forzado a trabajar para Oiwa, pero recibe una inesperada propuesta de Rei, una de los stand que trabajan para Oiwa y que está cansada de la explotación laboral que sufren todos los stands. Gintoki debe derrotar al stand más poderoso de Senbokyo, que es el esposo muerto de Oiwa: Tagosaku.

Oiwa conversa con Otose y se da cuenta de que ha subestimado a Gintoki, quien comienza a enviar a los stands al cielo. Esto enfurece a Oiwa, y decide usar al stand de Tagosaku, un ente muy poderoso que ataca sin piedad a Gintoki; pero este resiste y de alguna manera convierte a otro en 'su excelencia'.

Gintoki, junto a los stands de Kagura, Shinpachi, Otae y Rei, se enfrenta a Oiwa y a su stand de Tagosaku, derrotándola, pero el Togasaku no cesa su ataque y comienza a recolectar stands para fortalecerse. Oiwa cae en razón de que su sentimiento de soledad era lo que retiene a los stands en la tierra, puesto que ellos nunca la han abandonado. Oiwa les agradece por todo lo que han hecho, deshaciendo la maldición. Luego de la pelea, restablece la posada con el fin por la cual la creó y se queda con Rei para continuar con su trabajo. El episodio marca el fin de la saga de Senbokyo.

Nueva parodia de los mangas publicados por la Weekly Shonen Jump. El nuevo editor de "Gintaman" se encuentra nuevamente en problemas, por lo que deberá recurrir a Gintoki y otros para obtener ideas y así mejorar las ventas. La idea será crear una heroína que tenga diferentes características aportadas por el grupo.

Hasegawa necesita encontrar un nuevo departamento por culpa de las deudas. Conoce por medio de Gintoki a un dueño de bienes raíces llamado Fudo Sanzo, conocido también como el "Mesías de Kabuki", quien sospechosamente le ofrece gratis un departamento.

Sa-chan y Kondou deciden trabajar juntos en un plan para poder declarar su amor a Gintoki y Otae, respectivamente.

Shinpachi y Kagura encuentran unas fotos que resultan ser de la antigua Yorozuya que formó Gintoki, aunque los miembros no eran acorde a lo que se esperaba.

Seita es un niño mendigo que roba para poder tener la oportunidad de ver a una cortesana llamada Hinowa, conocida como el "Sol de Yoshiwara". Gintoki, con la ayuda de sus amigos, le ofrece una nueva oportunidad de vida a Seita, pero el niño insiste en conocer a Hinowa, al sospechar que en realidad podría tratarse de su madre quien lo abandonó de pequeño. Sin embargo, todos sus esfuerzos serán en vano debido a que Hinowa es una persona inalcanzable por orden del dueño de Yoshiwara, Hosen, conocido también como el "rey de la noche". El Yorozuya se infiltra en Yoshiwara para poder ayudar a Seita a conocer a su madre, pero se tendrán que enfrentar al ejército del lugar, el Hyakka, el cual es comandado por la capitana Tsukuyo, una mujer muy hábil para el combate y amiga cercana de Hinowa.

Tsukuyo narra su vínculo personal con Hinowa y decide ayudar al Yorozuya en su plan, pero entonces aparece un grupo del poderoso clan Yato con intenciones de capturar a Sentai y que atacan al Yorozuya y a Tsukuyo, pero estos se salvan de morir. El grupo del clan Yato resulta ser parte del Harusame. Mientras, se descubre que Hosen es un ex-funcionario del Harusame y el antiguo rey del clan Yato, además de ser el maestro del más poderoso Yato que hace presencia en el lugar: Kamui, el hermano mayor de Kagura e hijo de Omibouzu.

Kamui es el capitán de la 7ma división de los piratas espaciales Harusame y ha venido a la Tierra para investigar a Hosen porque los ancianos del Harusame temen del poder adquirido por el antiguo rey Yato gracias a Yoshiwara. Kamui enfrenta a su antiguo maestro y se revela el monstruoso poder de ambos, pero justo cuando el combate se torna mortal, es detenido por uno de los subalternos de Kamui, Akubo, aunque esto le cueste el brazo y un compañero Yato.

Tsukuyo decide detener al Hyakka de la cual ella es la capitana para ganar tiempo para el Yorozuya, pero entonces aparece Akubo, lo que obliga a Kagura y Shinpachi a luchar contra él mientras Gintoki avanza para encontrar a Hinowa. Akubo resulta ser un poderoso Yato forjado en múltiples batallas, que se entera del parentesco entre Kagura y Kamui, lo que le hace realizar una especie de prueba para intentar despertar el verdadero poder de Kagura, la cual al verse en una situación desesperada no puede controlar sus instintos y permite la aparición del monstruo que yace en ella.

Kagura derrota a Abuto y cuando está a punto de matar a su enemigo y satisfacer sus instintos, retorna su conciencia gracias a Shinpachi. Kagura y Shinpachi son salvados de morir por Abuto después de una gran caída, ya que Abuto odia matar a los de su especie. Mientras, Kamui lleva a Seita ante su madre, pero con oscuras intenciones. Al llegar ante ella Seita se entera de la trágica verdad: su madre biológica murió al darle a luz y Hinowa se sacrificó para poder salvarle la vida a este siendo un bebé. Hosen decide eliminar a Seita, pero entonces aparece Gintoki y se enfrenta al poderoso Yato, bajo la atenta mirada de Kamui. Al final, pese al esfuerzo de Gintoki, Hosen parece que termina asesinando al samurái.

Seita intenta escapar con Hinowa, entonces aparece el Hyakka que se ha rebelado y ataca a Hosen, pero este no puede ser derrotado y contraataca. Resurge Gintoki, que se niega a perder ante el monstruo Yato y libra una batalla cruenta que decidirá el futuro de Yoshiwara. Mientras, Seita, junto a Kagura y Shinpachi, buscarán usar la única arma a la que teme el rey de las tinieblas: el sol.

Finalmente Hosen, al ser un yato, es debilitado por el sol y derrotado por Gintoki, mientras, se narra la historia de él y de su obsesión con Hinowa y por alcanzar la luz del sol.

Kamui, quien ha observado todo lo ocurrido decide regresar con Abuto al espacio, no sin antes decirle a Gintoki que se prepare porque cuando se encuentren de nuevo él lo matará. Omibouzu le advierte a Gintoki sobre su futuro y la naturaleza de Kamui, mientras que Yoshiwara ha sido consumida por "las llamas" y retorna a la superficie y por ende a la libertad. Fin de la saga Yoshiwara en llamas.

Debido a los acontecimientos ateriores, Shinpachi y Kagura deciden entrenar para volverse más fuertes y le piden ayuda a Gintoki para este propósito, y contarán con el consejo de Katsura, Hasegawa y Otae, quienes les instan a encontrar su propio camino para volverse más fuertes.

Hijikata y Sougo son secuestrados por un misterioso sujeto enmascarado que se hace llamar Jigzaw y que amenaza con hacer explotar una bomba en los cuarteles del Shinsengumi si no juegan su "juego de la muerte". El episodio es una parodia de Saw.

El juego se complica y se hace necesario un sacrificio. Sougo aparentemente, lo que provoca la reacción de Hijikata, pero al final todo resulta ser un juego sádico del cual Sougo y un amigo de este son cómplices.

Se anuncia el final del anime de Gintama, por lo que los protagonistas muestran el capítulo final que se hubiera presentado al acabar la cuarta temporada, aunque parece que Shinpachi tiene demasiado protagonismo, por lo que presentan varios finales alternativos. Al final la 'Jump' decide continuar con el anime de Gintama. El episodio parodia a Neon Genesis Evangelion, entre otros animes.