Con motivo de inicio de la segunda temporada, todos los personajes ofrecen ideas para renovar la serie con una multitud de parodias.

Un bebé ha sido abandonado en la Yorozuya y su parecido con Gintoki es sorprendente, por lo que todos sospechan que es nada menos que el hijo de Gintoki. Entonces, aparece Kahei Hashido, el empresario más poderoso de Edo y abuelo del niño, quien en realidad se llama Kanshichirou. Shinpachi junto con Kagura sospechan de las intenciones de Kahei y se infiltran en la Hashidaya, la empresa de Kahei, con la ayuda de Hasegawa. Mientras tanto, Gintoki tiene que enfrentarse a los samuráis que pretenden rescatar al niño y acabar con él por considerar que es el supuesto secuestrador, cuando en realidad el niño fue abandonado por su madre para protegerlo.

Continúa la pelea entre la Yorozuya y la gente del Hishidaya. Se narra la historia del hijo de Kahei -llamado Kantarou- y como éste como se enamoró de su humilde sirvienta llamada Ofusa, tuvieron a Kanshichirou y la triste separación de ambos finalizando con la muerte de Kantarou. La pelea se centra entre Gintoki y un ronin ciego llamado Okada Nizou, el cual tiene habilidades especiales pese a su discapacidad. La lucha finaliza con la victoria de Gintoki y la reconciliación entre el abuelo y la madre de Kanshichirou.

Tatsumi es una joven huérfana que perdió a sus padres en un incendio y fue adoptada por un bombero de Edo que la crió como su hija. La joven sueña con convertirse en bombera, para ello quiere capturar a un piromaníaco peligroso e inesperadamente contará con la ayuda de Gintoki.

Una madre contrata a la Yorozuya para que la ayuden a encontrar a su hijo, Hachiro. La búsqueda conducirá a los personajes al Takamagahara, el club de anfitriones #1 del Distrito Kabuki. En ese lugar empezará una confrontación entre la gente del Dobunezumi (matones seguidores de uno de los 4 grandes jefes del distrito Kabuki, llamado Doromizu Jirou) y los anfitriones. Al encontrarse en peligro la vida de Hachiro, la Yorozuya se hará pasar como anfitriones del Takamagahara.

La madre de Hachiro se encuentra accidentalmente con los Dobunezumi, por lo que su hijo la busca desesperadamente y está dispuesto a perderlo todo para rescatarla, revelándose la verdadera historia de Hachiro. La Yorozuya irá en ayuda de ambos.

Otsuu ha sido nombrada "comandante por un día" en un intento de Kondo para mejorar la imagen del Shinsengumi, sin embargo Otsuu es secuestrada por un grupo del Jourouishi lo que obliga al Shinsengumi a acatar varios pedidos de los rebeldes mientras buscan la manera de rescatar a su 'comandante por un día'.

La compañía de Sakamato ha sufrido un robo por lo que Mutsu, la segunda al mando, contrata a la Yorozuya para encontrar a los culpables y recuperar el cargamento especial robado.

Un tsujigiri (persona que asesina a inocentes para probar una espada) ataca a Katsura y aparentemente lo ha asesinado. Elizabeth pide ayuda a la Yorozuya para encontrar a Katsura, mientras un par de hermanos herreros llamados Tetsuya y Tetsuko piden a Gintoki que les ayude a recuperar una legendaria espada: la Benizakura. Se revela que el tsujigiri no es más que Okada Nizou y que éste posee la espada, que es algo más que simple metal. Gintoki y Shinpachi sostienen una feroz pelea contra Nizou mientras que Kagura, en su búsqueda de Katsura, se encuentra con un misterioso sujeto.

Kagura es hecha prisionera, mientras Shinpachi va en su búsqueda. Gintoki se entera de la verdad sobre la espada Benizakura y sobre su creador: Tetsuya, el cual ha estado colaborando con el Kiheitai. Gintoki decide actuar contra el Kiheitai pese a sus heridas.

Comienza la batalla entre el Joui y el Kiheitai, mientras Shinpachi rescata a Kagura, reaparece Katsura y Gintoki inicia su combate contra Nizou con la ayuda de su nueva espada de metal forjada por Tetsuko.

Nizou se fusiona con la espada Benizakura y se convierte en un monstruo. Tetsuya comprende su error y se sacrifica para salvar a su hermana. Gintoki derrota a Nizou mientras el Harusame (piratas espaciales) llega en ayuda del Kiheitai lo que obliga a Gintoki y los demás a huir no sin antes prometerle a Takasugi Shinsuke que la próxima vez la pelea será a muerte. El episodio marca el fin de la saga de la espada Benizakura.

Hijikata ordena a Yamazaki que investigue a un herido Gintoki por sospechar que este colabora con el movimiento Joui, pero solo será testigo de una situación bastante cómica.

Hattori es contratado para secuestrar a una niña que puede predecir el futuro. Al temer por la vida de la clarividente llamada Okuni, la Yorozuya también es contratada para protegerla. El ataque a la niña se comete, pero al final Hattori decidirá proteger a la vidente aún a costa de su vida.

Katsura concede una entrevista al canal de noticias de Edo con la intención de mostrar a la gente cómo es la vida de un miembro del Joui.

Kagura, junto a Gintoki y Shinpachi, van en busca de un escarabajo que tenga el poder suficiente como para vengarse de Sougo, quien le derrotó en una pelea de escarabajos. Por otro lado, el Shinsengumi también está en busca de un escarabajo, pero que es la mascota perdida del shogun. Estos dos grupos se encontrarán complicando la situación.

Se realiza un concurso de dangos (dulce tradicional japonés) entre la tienda a la que asiste siempre Gintoki y unos amanto famosos por crear un sinfín de dulces, quienes buscan, precisamente, comprar la tienda rival terrícola.

Gintoki tiene un accidente con una amanto que trabaja como repartidora y que solo puede vivir mientras sienta viento en la cara. Para enmendar su error, Gintoki ayudará a la repartidora a cumplir con su trabajo.

La Yorozuya es contratada para ayudar a asustar personas en un templo donde se realiza la denominada "prueba de valor".

Gintoki encuentra la cabeza de una robot que resulta ser sospechosa del asesinato de su creador, el afamado profesor Ryuuzan Hayashi. La Yorozuya debe evitar que la robot, llamada Fuyou-0, caiga en manos peligrosas, Gintoki y Kagura se enfrentan a un ejército de robots 'limpiadoras' mientras Shinpachi se dirige donde Hiraga Gengai con la robot para poder averiguar la verdad.

Gengai obtiene los datos y le muestra a Gintoki la verdad sobre la muerte del profesor Hayashi. Se narra la historia del profesor y como éste logró implantar sus recuerdos en un robot de última generación llamado Tou502. Tou502 adopta una personalidad destructiva y amenaza a la humanidad, pero Gintoki con la ayuda de Kagura, Gengai y Fouyou-0, que no es más que la personalidad de la hija muerta de Hayashi, buscarán la manera de detener a Tou502 y rescatar a Shinpachi que ha caído en manos del enemigo.

Continúa la pelea contra Tou502. Se revela el complejo de soledad que tenía el profesor Hayashi y cómo este decidió erróneamente covertirse en robot. Tou502 es derrotado al destruir su núcleo en la fuente de energía de Edo, pero Fuyou se sacrifica para poder evitar una catástrofe. Al final la cabeza de Fouyou termina en el bar de Otae, donde a partir de ahora se llamará Tama y comenzará a aprender todo de nuevo porque su memoria terminó borrada.

Sadaharu se enamora de la mascota de un miembro del Dobunezumi.

El Yorozuya va al bosque a recolectar hongos matsutake. En ese lugar se encuentran con un cazador llamado Marinosuke, quien está detrás de un oso que adoptó de pequeño, pese a que estaba en contra de las leyes de su pueblo. El oso está infectado con un hongo parásito extraterrestre que lo vuelve agresivo, por lo que Marinosuke debe matarlo, aunque esto sea muy difícil para él.

Un virus llamado Ryo-II infecta a los habitantes del distrito Kabuki volviéndolos locos, así que por lo que la Yorozuya junto a Katsura, Hasegawa y Sa-chan deberán luchar para sobrevivir a la infección. Este capítulo es un homenaje al manga y anime Kochikame.

Resumen de las historias más importantes vistas en la serie.

Kondou es comprometido en matrimonio con la princesa Bubbles del planeta de los gorilas. Aparece Yagyuu Kyuubei, heredero de su poderoso clan, para llevarse a Otae como su prometida. El Yorozuya junto a Kondo y sus amigos irán al rescate de Otae, aunque ella hubiera decidido irse sin oponer resistencia.

Gintoki y los demás deben enfrentarse a Kyuubei y a su guardia personal en una competencia bajo las reglas del clan Yagyuu. El combate empieza entre Kagura junto a Sougo contra Nishino Tsukasa, un fuerte miembro de la guardia de Kyuubei. Sougou pierde, pero Kagura vence a Nishino utilizando precisamente a Sougo.

Hijikata se enfrenta a Satsuki Kitaoji, uno de los escoltas personales de Kyuubei y un amante del ketchup. Se conoce la historia de Hijikata y como éste llegó a ser compañero de Kondo. Hijikata vence en su pelea.

Hijikata se enfrenta malherido a Kyuubei. Mientras tanto Gintoki, Kondou, el abuelo de Kyuubei -maestro del clan, llamado Binbokusai- y el mejor guardia de Kyuubei: Toujou Ayumu, se enfrentan a un problema en común que les impide pelear seriamente. Al final Kondou se "sacrifica" para poder vencer a Toujou.

Despues del "sacrificio" de Kondou, Gintoki se enfrenta al maestro y abuelo de Kyuubei. Se revela la historia de Kyuubei, quien resulta ser mujer y como esta perdió su ojo al tratar de defender a Shinpachi y Otae, razón por la cual Otae se sintió culpable y decidió comprometerse con Kyuubei. Shinpachi y sus amigos inician la batalla decisiva.

Tras una encarnizada pelea Kyuubei es derrotada, acepta su error y termina siendo perdonada por Otae. Finalmente Otae termina rescatando a Kondou de su compromiso. Este episodio marca el fin de la saga Yagyuu.

En una remota aldea aparecen unos monstruos junto al legendario Orochin, los cuales al ser derrotados se convierten en oro. El Yorozuya junto a Sa-chan intentarán cazar al mayor número de monstruos que puedan mientras los aldeanos también intenten sacar su parte del botín. Al final se revela las intenciones reales de Orochin.

Una epidemia de gripe afecta a las empleadas del Bar Sonrisa, menos a Otae, por lo que ante la escasez de personal, el jefe decide pedir al Yorozuya ayuda para encontrar unas cinco damas de compañía más. Sin embargo, ocurre algo que no se esperaban porque esa noche aparece un invitado muy especial.

El detective Heiji Kozenijata vive bajo el estilo 'Hard - Boiled', lo cual no ha hecho más que disimular su pésima dedicación al trabajo y el no poder atrapar a un legendario ladrón, conocido como Chougoro, por más de diez años. Chougoro tiene la reputación de robar a los ricos y dar ayuda a los pobres, pero últimamente ha reaparecido de forma letal. El Yorozuya es contratado para ayudar a capturar al ladrón y proteger a Kozenijata.

El Zorro, nombre con el que también es conocido Chougoro, anuncia su siguiente golpe, por lo que el Yorozuya junto al detective 'Hard-Boiled' intentarán detenerlo. Se descubre que son ocho los ladrones que se hacen pasar por el Zorro y que éstos han manchado la reputación del mismo para poder atraparlo y así vengarse de él por haberlos traicionado. Los ladrones sostienen una pelea mortal contra Gintoki y los suyos, siendo derrotados, pero con el sacrificio del verdadero Zorro, aunque se revela que el Zorro nunca muere.

Mitsuba, la hermana mayor de Sougo y amante de la comida picante, lo visita aprovechando que está en la ciudad por su prometido, un empresario importante de Edo llamado Kuruba de Tenkaiya. La salud de Mitsuba se agrava al reencontrarse con Hijikata. En este episodio se conocen las razones por las que Sougo "odia" a Hijikata, la aparente frialdad de este no hace más que empeorar las cosas.

Hijikata decide enfrentarse solo a Kuruba, ya que resulta ser un traficante de armas que quería casarse con Mitsuba solo por conveniencia. El Shinsengumi junto a Gintoki salvan a Hijikata de una muerte segura, además de destruir la organización de Kuruba. En realidad Hijikata amaba a Mitsuba, pero decidió dejarla atrás por su bien. Por su enfermedad al final ella fallece.

Ayumu Toujou piensa que su maestra, Kyuubei, quiere operarse para tener un miembro masculino, por lo que pide ayuda al Yorozuya para que se evite esta "tragedia". Para hacerlo se les ocurre organizar un goukon (una especie de citas en grupo), pero sin sospechar los problemas que implican organizar tal evento.

Parodia de Bleach. En la primera parte participa el Yorozuya, mientras en la segunda aparece el trío del Shinsengumi (Kondo, Hijikata y Sougo).

Elizabeth y Hasegawa son internados en el hospital tras ser arrollados por un auto. El Yorozuya también está en el hospital, pero por comer cangrejos podridos. En ese lugar Hasegawa conoce a una enfermera que lo trata muy amablemente, por lo que este con la ayuda del Yorozuya, decidide ayudarle a hacerse novia de un paciente que conoció recientemente.

Despues de las fiestas de año nuevo aparece una "epidemia" de sobrepeso en las mujeres de la ciudad, por lo que las chicas buscarán la forma de adelgazar en un templo especializado.

Un asesino a sueldo paranoico debe matar a Matsudaira, pero Gintoki parece que va a impedírselo sin siquiera darse cuenta.

En el día de San Valentín aparece una heroína gigante llamada Spacewoman, la cual tiene un plan para declararse a un archienemigo del cual se ha enamorado. El capítulo es una parodia de Ultraman.

Hasegawa es erróneamente acusado de acoso sexual, pero no cuenta con que el fiscal que tiene su caso está saliendo con su mujer, y además le chantajea para poder obtener el divorcio entre él y su esposa, Hatsu. Gintoki decide ser el abogado defensor de Hasegawa y enfrentarse al fiscal Haga.

Inicia el juicio y se presentan los argumentos tanto de acusación como de defensa, pero Haga parece estar a punto de derrotar a madao y Gintoki cuando se revela una historia acerca de un traje... de forma extraña Hasegawa gana el juicio.

El antiguo grupo de ladrones al que pertenecía Catherine trata de chantajearle para que vuelva a trabajar con ellos, pero Catherine no se olvida de la promesa que le hizo a Otose y no quiere traicionarla.

Inicia la venta de la consola de videojuego más esperada por los otakus en los últimos tiempos: el Bentendo Owee. El Yorozuya, con la ayuda de Katsura y Elizabeth, tendrá que enfrentarse al Shinsengumi para tratar de obtener un Bentendo gratis en una competencia ideada por el dueño de la tienda.

Inician los combates. Yamazaki vence a Shinpachi en un juego sospechosamente parecido al tetris, mientras "Katsuo" (en realidad es Katura disfrazado) derrota a Kondo en un juego de citas. El desempate será en un juego de aventuras en parejas entre Gintoki y Kagura vs Hijikata y Sougo. El realismo del Bentendo obliga a postergar una vez más la venta del mismo.