アルタナを奪還するため宇宙の星々で活動してきたアルタナ解放軍が、ついに地球へ侵攻。ターミナルが破壊され、解放軍が暴虐の限りを尽くし、江戸は混乱を極めていた。しかしそこでも諦めずに戦い、希望をつなぎ続ける人たちがいる。自動販売機の下をあさって依頼料の小銭を貯める長谷川泰三、侍の国を取り戻すため皆から依頼書を集めるお妙、銀時たち万事屋の帰りを待ち望むたくさんの人たち。そしてついに解放軍の蛮行は「万事屋銀ちゃん」の建物にも向けられて――。

虚の引き起こした戦争を止めるため、アルタナ解放軍との交渉に自分の名前を利用せよという将軍・徳川喜々。桂と坂本はその提案に乗り、喜々を連れて解放軍の戦艦に行く。一方、地球では江戸の人々が蜂起。かぶき町四天王を中心とした民衆、柳生一門、御庭番衆や吉原の百華たちが解放軍に対抗していた。そんな地球の様子を伝え、地球から手を引くよう伝える喜々たちの前に、解放軍中心人物の一人、艦隊提督の紫雀が現れる。強気の姿勢を崩さない喜々と紫雀、一対一の緊迫した交渉は――。

喜々と紫雀の交渉により、アルタナ解放軍は一時的に態度を軟化させたが、それは地球に駐屯する軍を引かせるまでには至らなかった。迫る決戦の時。天導衆の行方を探っていた銀時たちを、突如町民の集団が襲う。彼らを町民ではない別物だと見抜き、窮地を救ったのは今井信女だった。集団は解放軍も急襲する。戦いを一時停戦した責を問われる紫雀の前に現れたのは、自国を天導衆に滅ぼされた、硝煙の皇子と呼ばれる男だった。

姿を現した虚に、剣を向ける銀時。しかしその前に、奈落三羽の一人、柩が立ちはだかる。柩と戦う銀時たちの上空に現れたアルタナ解放軍の艦隊は、一斉掃射をしかけ周囲は火の海と化した。江戸城では、亡き徳川茂茂の妹・そよ姫が、逃げろという服部全蔵の忠告を聞かず、一人で城を預かる覚悟を決める。すべてを焼き払えとの圓翔の命令で、おびただしい数の戦艦が江戸の上空を埋め尽くす。艦隊が江戸城に迫り、逃げる万事屋も四方を囲まれる。その絶体絶命のピンチに――！

万事屋の危機を救ったのは、江戸に戻ってきた真選組だった。今度こそ江戸を護り抜いてみせると、新・真選組の力を見せつける。戻ってきた旧幕府軍は勢力を増し、空では松平率いる艦隊がアルタナ解放軍に対峙していた。地上では市民を避難させた御庭番衆が全蔵のもとに集結し、全てを護る戦いのため戦場に踊り出る。そんな中、解放軍を率いる圓翔は上空から無情に江戸を狙い、地上でも荼吉尼・辰羅・夜兎の三大傭兵部族が加勢する。ついに地球人と解放軍の総力戦が始まった――。

かぶき町に突如現れた巨大な大砲は、源外の作ったカラクリ「ネオアームストロングサイクロンジェットアームストロング源外砲」だった。ウイルスを搭載したナノマシンを放出し、敵味方問わずあらゆる機械を停止させてしまう切り札だ。金時とたまは、機械である自らも破壊される覚悟で、起動のために砲に入った。源外砲の威力で、空を覆っていたアルタナ解放軍の艦隊はすべて墜落。地上での白兵戦が始まった。お登勢の号令で門をかたく閉じたかぶき町、そこを進軍目標として荼吉尼・辰羅・夜兎の軍勢が迫り――！

アルタナ解放軍の大群がかぶき町を目指し、万事屋もかぶき町へ急行している頃、宇宙では、解放軍に捕らえられた坂本と喜々たちが、紫雀提督と接触していた。解放軍を止められなかったと謝罪する紫雀に、倒すべき真の敵がまだ生きていると坂本が告げる。別働隊として動いていた桂に通信をつなぐと、ハタ皇子たち央国星の船に捕まっていた。スキを見て皇子を人質にとり、地球の同盟国になれと迫る桂。首を絞められた皇子の脳裏に浮かんだのは、生き別れた兄弟のことだった。別の檻に捕まっていた長谷川も加勢したところに、銃撃が――。

傭兵に襲われたお妙の危機を救ったのは九兵衛だった。荼吉尼の軍勢に対抗するかぶき町の民衆に、柳生一門や九兵衛が集めた義勇兵も加勢。九兵衛の一撃で王蓋は急所をやられ、百華が投げるクナイの集中砲火でついに倒れた。そこに蒼達率いる辰羅の傭兵部隊が姿を見せ、ウイルスを撒き散らした大砲の開発者は名乗り出よ、と脅す。しかしお登勢を先頭に、かぶき町の民衆は怯えも見せず、我も我もと手を上げる。覚悟を決めたかぶき町の民衆に、辰羅が襲いかかり――！

危機一髪、蒼達たち辰羅兵の攻撃から皆を救ったのは旅から帰った泥水平子、次郎長親子だった。得意の集団戦術で襲い掛かる辰羅に対し、黒駒勝男を先頭とした溝鼠組も参戦し混戦状態となる。かつての死闘の経験から辰羅との戦い方を知っている次郎長と銀時は連携攻撃で応戦する。一方、銀時に2本目の角を折られた満身創痍の王蓋は、かぶき町勢力が傭兵部隊を圧倒していく光景を見て、かつて自らの1本目の角を折った男のことを思い出していた……。

崩れかかる傭兵部隊を再び立て直した王蓋を、荼吉尼最強にして「神の角」と呼ばれた男――屁怒絽が一蹴。一瞬にして解放軍を恐怖の底に陥れた。さらに陰陽師たちが加勢、結野晴明と巳厘野道満の幻惑の術によりかぶき町を襲う解放軍の撃退に成功した。たくさんの負傷者を出しながらも、かぶき町に訪れた平和と再会を喜ぶ一同。しかし、かぶき町四天王、真選組、公儀御庭番衆、柳生陳陰流一門、百華、結野衆・巳厘野衆、そして万事屋が一堂に会す様子を遠くから見つめる影があり――。

三大傭兵部族最後の一つ、夜兎に拉致された源外を万事屋たちが捜していた頃。宇宙では紫雀提督一派と央国星を味方につけた喜々と坂本、桂がアルタナ解放軍本部・天鳥船制圧という強硬策を計画していた。しかしそれはすでに圓翔が地球を丸ごと破壊する為の破壊兵器を起動させてしまった後だった。地球滅亡の危機が迫る中、喜々は地球にいるそよに語りかける……。果たして、坂本は、桂は、そして喜々は地球を狙う破壊兵器を止めることができるのか！？