侍の国−そう呼ばれていたのは今は昔。かつて侍達が仰ぎ夢をはせた江戸の空には、突如舞い降り台頭した『天人』の船が飛び交い、街には天人達がふんぞり返って歩く。侍は剣も地位も、そして誇りも失った……。

そんな江戸の街で万事屋を営む坂田銀時の元に依頼人・加藤健が現れる。無くした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だという。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた……。

突然獅子村に襲われる銀時だったが、油断した隙をつき事なきを得る。彼が神楽達に合流したとき、依頼人・加藤は修行に耐えられず、彼らの元を去っていた。銀時はひとり酒をあおる加藤を見つけると、共に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意。神楽、新八とともに『ドリフト星大使館』へと乗り込む。そこに待ち受けていたのはご馳走の山だった!?

天人が降り立ち、侍たちが剣を捨ててなお、侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、慣れないバイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。天人のちょっかいのせいで台無しになったチョコレートパフェのために店長を殴り倒し、天人たちをなぎ払う姿に、新八はまっすぐな侍を見る。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時。天然パーマがチャームポイントの、ラストサムライだった!?

新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔しはじめていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出し、勢い余って轢いてしまう。怪我をし、意識を失った少女を連れ、病院へ急ぐ銀時。その彼らの行く手を黒塗りの車が阻み、突然発砲をしてきた。慌てる銀時たちを余所に、意識を取り戻した少女は持っていた傘で銃撃を防ぎ、傘に仕込まれた銃で彼らをなぎ払う。ある理由で少女はヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが……。

いつもと変わらぬ万事屋の喧噪。そんな中、階下のスナックお登勢に飛脚スクーターが突っ込んだ。息も絶え絶えに、大事な小包を届けてくれるよう万事屋の面々に頼む飛脚。銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かう。しかし小包が爆発し、銀時たちはテロリストと間違えられてしまうのだった。とっさに逃げようとするが、今一歩のところで新八が捕らえられ、銀時、神楽を巻き添えにして門番に囲まれてしまう。もうダメか……その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった。そして、その様子を密かに見守っていた幕府の警察組織・真選組が動き出す……

桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。銀時たちの仕業だろうと疑い続ける警察に、じっと時計を見つめていた新八がついに切れる。その剣幕に、彼らはようやく釈放されるのだった。警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は一人足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われやってきた。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させ逃走を図る。なぜ逃げたのかを問う銀時に男は「今日は特別な日だから……」とだけ答えるのだった。

央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たち。港のタコ漁師、タコ焼き屋、スナックと手がかりを求めて彷徨うが、ぺスはなかなか見つからない。途方に暮れる銀時は、最終兵器を持ち出すが……。

真選組が江戸の治安を守るために奮闘しているのを他所に、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。自分はダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、拒絶するお妙にあの手この手で熱烈なアピールを繰り返す。堪忍袋の緒が切れたお妙は、銀時を巻き込んで一芝居打とうとするが、事態は意外な方向へと発展してしまう……。

局長が女を賭けた決闘で負けた。土方から沖田へ、沖田から真選組内へと噂は瞬く間に広がり、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない……。隊士達が銀時を探し回るなか、自らも市中に赴く。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らず、銀時は万事屋に手伝いを依頼に来た大工に、半ば強引に連行されていた。悪態をつきながらも仕事を手伝う銀時に、真選組の刃が迫る……。

ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、今度こそ可愛いペットを得ようと、江戸市中の動物園を巡る。一方、酢昆布をむさぼる神楽は、万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、ちょっと……いや、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいという。定春と名付け、力の限り戯れる神楽とは対照的に、ことあるごとに噛みつかれ満身創痍の銀時と新八。定春に手を焼く二人は．．．。

交通事故に遭い、入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。病院でも相変わらず騒々しい万事屋の面々。そんな銀時たちの話が聞こえたのか、向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの甘酸っぱい想い出の女性を探し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが、今ではその団子屋を知るものもなく、早くも行き詰まる。一か八かでかんざしを定春に嗅がせ、匂いを辿らせようとする神楽。定春が導いた先は驚くべき場所だった……。

銀時たち万事屋の大家・お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる猫耳の天人・キャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気がつく彼女をお登勢はいたく気に入る。万事屋はといえば、神楽の旺盛な食欲に、財政はますます困窮。銀時たちは常に空腹を抱えているのだった。一方、店の売り上げを何者かに奪われる事件が繁華街に頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねてくるのだった。

万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受け捜索を始めた銀時たちは、娘がよく遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが、その男の様子が急変する。駆けつけたウェイターの話では、最近この界隈に怪しげな薬が出回っているらしい。一方、ひとり席を外し、二日酔いでトイレに籠もる銀時は、扉の外から声をかけられた……。

銀時と桂により、宇宙海賊の船が墜とされた。これを契機に、海賊や天人と癒着し違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化する。これに応じるべく、真選組にも要人警護の命が下った。幕府に拾われてなければ、真選組の今はない……。愚直なまでに幕府に尽くそうとする近藤に対し、不正をはたらく天人や高官たちへの不満をあらわにする隊士たち。そんな中、警護対象であるカエル天人を庇い、攘夷志士の兇弾が近藤の肩を貫く。隊士たちの不満が爆発しかけたそのとき、土方の声が響いた……。

神楽はある日、公園でいじめられていた少女を助けた。何かに悩んでいるようなその少女に、万事屋として相談に乗ると申し出る神楽。すると少女は「一日だけ友達になって」と言うのであった。一方そのころ、真選組隊士たちは炎天下の中、極秘の命により人捜しを続けていた。探しているのは彼らが主と仰ぐ将軍の妹、そよ姫。かぶき町に目撃情報ありとの報告に、道を急ぐ近藤たち。そのかぶき町では、神楽と少女が博打をしたり酢昆布を食べたり、楽しく過ごしていた……。

早くも定春の面倒を押しつけられた銀時は、過剰なコミュニケーションの前に息も絶え絶え。そこへ桂が珍妙な生物を連れて現れた。宇宙商人・坂本によって贈られたそれは、エリザベスという名のペットらしい。宇宙生物嫌いの桂がペットを連れていた事に銀時は驚く。そんな中、銀時たちはTV番組で変な動物を募集しているのを知る。優勝者に進呈される豪華賞品に目がくらみ、銀時たちは番組への出演を決めるのだった。

昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。切腹を命じられ、夜逃げしようと家に戻るとマダオにはついて行けないと妻に逃げられる始末。色々なものを失った彼が唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった。

将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家、平賀源外の元に詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。お登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが、突如として現れたロボット「三郎」に阻止されてしまう。有無を言わさず源外の工房を河川敷に引っ越しさせた万事屋だったが、三郎をはじめ、源外が作り上げたロボットはみなボロボロに。将軍が列席する祭りにカラクリ芸を披露するために作り上げたという源外だったが．．．。一方、なにやら危険な雰囲気の男が江戸に姿を現すのだった。

姉への贈り物にと、胸の部分に『宇宙怪獣ステファン』と書かれた名札が縫いつけられた、どことなくエリザベスに似た人形を手に帰宅する新八。ところが、家に帰った新八を待ち受けていたのは、狂戦士と化したお妙の長刀の斬撃。慌ててよけるものの、ステファンは長刀に貫かれてしまう。ステファンを握りつぶしながらお妙が語る怒りの原因……それは、昨今江戸市中を騒がせる下着泥棒に下着を盗まれたというものだった。姉の怒りをなだめるべく、新八は銀時に相談を持ちかけるが……。

楽して儲けようとパチンコに運命を委ね、そして散った男たちがいた。拾った小銭で買った棒アイスを咥えながら自らの行いを悔いる銀時と長谷川。そんな二人のもとに、うまい儲けが飛び込む。海に出没する宇宙生物に懸賞金が掛けられたというのだ。エイリアンを一本釣りし懸賞金を掴もうという銀時と長谷川の提案で、海へ向う万事屋一行。しかし、海にたどり着いた彼らを待っていたのは、閑散とした浜辺と海の家で焼きそばを焼くオヤジだった。しかし、実はこの懸賞金は．．．。

蚊の多い夏の夜、真選組の隊士たちは怪談に興じていた。隊士稲山が語るその怪談は、真夜中の寺子屋に赤い着物を着た女の幽霊が現れるというものだったが、その幽霊が真選組屯所にも現れた。隊士の半分以上が倒れ、みな「赤い服を着た女」の事をうわ言の様に口にしていた。隊士たちは本当に幽霊に襲われたのか？見えない影に怯える近藤は、拝み屋を雇ってこの事態を乗り切ろうとする。しかし、やって来た拝み屋は、インチキ臭い集団だった。

ある朝のこと。いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が……！酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、ふたりが夫婦の契りを交わしたと告げる。かくして、さっちゃんは押しかけ女房として万事屋に居座ることとなった。銀時の受難の日々が始まったかと思われたが、さっちゃん宛ての一本の電話が事態を急変させる……。

買い物から帰って来た神楽は随分と横柄な態度。それもそのはず、神楽は町内会の福引で宇宙の旅を引き当てていたのだ。さっそく宇宙港に向かう万事屋一行。ところが、ペットの連れ込みは禁止と言われてしまい、定春を連れて入る事が出来ない。どうしても連れて行きたい神楽は係員と押し問答。そんな中、定春は出発ロビーで寝ていたサングラスの男に噛みついてしまう。が、男は定春に気づかず噛み付かれたまま人混みに消えて行く。万事屋一行を乗せ宇宙へ出発する宇宙船。だが、「萌える闘魂」を名乗る組織が現れ、宇宙船をハイジャックする……。

マドマーゼル西郷――かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれるオカマだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために、女装させられ、彼（彼女？）の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが、どう見てもオカマに囲まれた生活に馴染んでいる。そんな折、ふたりは西郷の息子、てる彦がいじめられているところに遭遇する。なにやら訳ありの様子に、てる彦の身を気遣う桂だったが……。

祝放送半年！ということで、寄せ集めの総集編でお茶を濁そうなどと話をしている万事屋一行。しかし本心はそこには無く、久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあっていたのだ。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気づいた神楽は銀時と言い争いを始める。殺伐とした空気が流れる中、先程の悲劇を繰り返さぬために、まずは肉の安全を確保することが先決と思案を巡らせる新八。と、そこへ新たな鍋の参加者が……肉争奪戦はますます混迷の一途を辿る。

長谷川に頼み込まれ、彼が務めるコンビニ『大江戸マート』を一日預かることになった万事屋一行。だが、神楽と銀時の中途半端なやる気が災いして、客に迷惑かけ放題。ただひとり真面目に働く新八は、その様子に呆れ顔。そんな時、万引きをはたらこうとしているヤンキーに新八が気付く。捕らえてみると、それは新八の幼なじみタカチンだった。幼き寺子屋時代、新八がタカチンを見捨てたあの日から、タカチンは苛めにあい続けていた。しかし今は『舞流独愚（ぶるどっぐ）』というチームに入り、怖れられているという。道を踏み外しかけている彼を連れ戻すべく、新八は『舞流独愚』の集会に殴り込んだ。

女子プロレスの会場で、闘うアイドルお通に声援を送る新八と興奮して思わず乱入する神楽。呆れつつ眺める銀時の前に沖田が姿を見せる。暇なら付き合ってくれ、という彼の言葉に導かれ、スラム街の奥で彼らが見たものは『煉獄関』と呼ばれる地下闘技場だった。沖田は、巨大な権力を背景に殺し合いを見せ物にすることに、嫌悪感を示す。そして、そこで鬼の面をつけて闘う煉獄関最強の闘士・鬼道丸を指さし、彼を探れば何か出てくるだろうと告げる。万事屋一行は沖田の話に乗り、鬼道丸の屋敷を見張るが……。

乙女座で、あごひげを蓄えていて、今歯を磨いている人は今日死にます……。歯を磨きながら観ていた占いコーナーで結野アナににこやかに断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが、城にたどり着くまでに消されるかも知れないと脅されパニック状態に。周り全てが殺し屋にしか見えなくなった松平は、殺し屋対策としてさっちゃんを呼ぶ。かくして、城へと向かう危険なドライブが始まった……。

星をも切り裂く妖刀『星砕』。その伝説の刀を求め、夜な夜な刀狩りを繰り返すひとりの男がいた。男の名は岩慶丸。武者修行の傍ら、彼の強さに見合う最強の武器を求めて地球へと来た天人だ。一方、万事屋では神楽が通販番組で勝手に大量の買い物をしていた事がバレ、銀時と新八に返品するように迫られていた。返品のため購入した商品を取り上げられ不機嫌になる神楽だったが、ふと目に止まった銀時の木刀を見てひとつの計画を思いつく。だが、それが全ての騒動の始まりだった……。

神楽の悲鳴ににわかに騒がしくなる万事屋。その元凶はゴキブリ。ゴキブリごときと退治に向う銀時と新八だったが、這う這うの体で退散してくる。なぜならそのゴキブリは巨大ゴキブリだったからだ。同じ頃、テレビでは江戸市中の至る所で巨大ゴキブリが発生している事を伝え、ハタ皇子が宇宙ゴキブリについて解説をしていた。そして、「絶対殺してはいけない」と、殺そうとすると仲間を呼ぶからだ。そんなことは知る由も無い万事屋一行は、巨大ゴキブリを仕留めに掛かる。その時、ゴキブリが悲鳴を上げた……。

新人アイドル寺門通とアイドルグループ「反侍（はんさむ）」リーダーGOEMONの熱愛発覚！このニュースは新八たち親衛隊を失意のどん底へ叩き込んだ。その様子を冷ややかな目で見ていた銀時も憧れのお天気お姉さん・結野アナが結婚していたことが判り茫然。そしてその二人をせせら笑う神楽。そんな万事屋にお通が訪れた。熱愛発覚以来、脅迫の手紙が何通も送られて来るようになり、銀時に助けを求めて来たのだ。だが、犯人の目星がまったく付かない。「ならば張り付いて護るのみ！」新八は全身全霊を賭けてお通を守ることを決意。かくして万事屋一行による、お通の護衛が始まった。

地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく……。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた……。それまでとは正反対の誠実な好青年のようになってしまった銀時を、何とか元の死んだ魚のような眼をした銀時に戻そうと、新八と神楽は銀時を連れて万事屋へ戻る。しかし、いっこうに記憶が戻る兆しは見えない。仕方なく、きっかけを求めて江戸市中を彷徨う万事屋一行だが……。

銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破し、無残な姿を晒す万事屋で、ひとり籐椅子を揺らしながら酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見した。記憶を失った銀時と近藤だ。生き生きとした表情で勤労に励む銀時は、ジャスタウェイの組み立てスペシャリストとなっていたのだ。しかしジャスタウェイが爆発したことをきっかけに、騒動に巻き込まれてゆく……。

記憶喪失から戻ってきた銀時は、人生のリスタート記念に溜まりに溜まった家賃もリセットしようとお登勢に掛け合うが、無情にも大破した万事屋を１週間以内に修復しないと追い出す、と宣告されてしまう。仕方なく慣れない大工仕事に精を出すが、素人の銀時たちの手に負えるものでもなく、苛立ち暴走した神楽と銀時によって、万事屋は修理どころか更に破壊が進む有様。そんな彼らのもとに坂本からの小包が届けられた。中には手紙とともに、ちっちゃいオッサンが２人詰められていた。彼らは自らをデリバリー大工と名乗り、万事屋の再建を始めるが……。

ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ない……電車の中でそんな話題を熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも、酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、なんとネコミミ。その可愛さに一瞬で虜になる新八だったが、エロメスと名乗るその娘からお礼のデートに誘われてしまう。対策を練るべく、ネットの掲示板で助言を求める新八。だが、これが間違いの始まりだった。そして運命のデートの日を迎える……。

ヤツがついに動く……。「池田屋」に呼ばれた近藤・土方・沖田に、そう告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ。呆れ果て、踵を返そうとする土方だが、お妙に振られ続けの近藤は俄然乗り気。沖田も悪のりしてしまう。こうして、デートを見張りつつ、隙あらば別れさせようとする、漢たちの哀しくも壮絶な戦いが始まった……。

夜の仕事を終え、朝日の中を家路につくお妙とおりょう。客の愚痴などをさわやかに交わしていると、橋にさしかかったところで新人の花子が身投げしようとしているのを目撃する。あわてて止めに入ったお妙は、落ち込む花子をひとまず家へと連れ帰る。大阪からダンサーになるために出てきたという花子は、夢を叶える力を与えてくれるという怪しげな団体「夢幻教」に誘われ、貯えていたお金を彼らのために使い込んでしまったと言うのだ。

花子の手引きで夢幻教に潜入する万事屋一行だったが……。

雪が降りしきる夜。肉まんを買いに出た帰り道、銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会う。ソリが大破し、仕事が出来なくなったと嘆くサンタに、困っているなら力になると告げる銀時。物陰から調達してきたリヤカーに、ソリじゃないとイメージが……と、ごねるサンタ。だが、銀時に説き伏せられ、黒ずくめの衣装を着せられて仕事を始めることになる。こうして、泥棒っぽいサンタとトナカイ、そして銀時の、夢を届ける夜が始まった……。

「雪ではしゃぐのは子供だけ」

江戸の街に大雪が降った。一面の銀世界の中、祭りの始まりを告げるお登勢の声。かぶき町雪祭りと題されたその祭りは、雪像を作りグランプリには賞金が出るというものだった。賞金につられて参加する銀時たち万事屋は、ネオアームストロング・サイクロンジェット・アームストロング砲と主張する雪像を作り上げる。新八の冷静なツッコミを他所に、訪れた人々はその完成度に目を見張るばかり。しかし、他の参加者の作品の出来が気になる銀時は、神楽とともに密かに妨害工作を始め……。

「冬に食べるアイスもなかなかオツなもんだ」

花火屋「角屋」の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち万事屋一行。エスカルゴの食べ方が判らず、お手伝いさんに投げつけたり頭に乗せたりとやりたい放題の一行に馴染む老人がいた。すっかり神楽と馴染んだ老人を自分の父だと紹介する若旦那。病に伏せた妻の看病をするため、花火作りから手を引いたものの、奇行が目立つようになりやむなく万事屋に世話を頼んだのだという。愛人に会いに行く、と屋敷を抜け出そうとする老人相手に苦心惨憺万事屋だったが……。

桂は真選組の検問を強行突破しようとして、沖田のバズーカ砲を浴び、足を負傷してしまう。屋根伝いに追手から逃れようとするなか、ラーメン屋「北斗心軒」の女主人・幾松に下着泥棒と間違われ撃退される。翌朝、お詫びに出されたラーメンを啜っていると、騒々しく手下を引き連れた幾松の義弟が店に踏み込んでくる。その険悪な雰囲気と、困惑気味な幾松の様子に、桂は一計を案じ義弟たちを追い出す。その会話の中で幾松が未亡人であること、夫の死には攘夷志士が関わっていることを知る桂。心に傷を抱えた男と女の、奇妙な同居生活が始まる……。

江戸の街が映画「えいりあんVSやくざ」の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。その頃、おなじく江戸の街を騒がせている「拙者拙者詐欺」にまんまと引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走る。だが、運悪くそこにはえいりあんが潜伏していたのだ。神楽を心配して駆けつけた銀時、新八をも巻き添えにして、えいりあんに飲み込まれようとしている神楽。その時、一行の前に星海坊主が現れる。神楽はその姿を見て、驚くのだった……。

銀時に別れの言葉を告げられた神楽は、失意のまま、父・星海坊主とともにターミナルの宇宙船乗り場にいた。神楽を解雇したことを銀時から聞きつけた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、発進を控えた宇宙船の貨物室では、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいがひとつの瓶を割ってしまう。それが、江戸を混乱に陥れる事件の始まりだった……。

えいりあんに混乱するターミナルに定春とともに現れた銀時だったが、突入するや否やその触手に飲み込まれてしまう。一方、この騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを助けて傷つき倒れていた、神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかる。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった。罵りあいながらもえいりあんに立ち向かう銀時と星海坊主。そして上空には、松平率いる幕府の艦隊が姿を現した……！

星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓の外から店の様子を伺う神楽。しかし神楽がいない寂しさは、いつの間にか別の話題へと移ってしまう。銀時の股間、美人女医、女性陣のキャラ作り……。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていく。さっちゃん、お妙、そしてキャサリン。3人が壮絶な争いを繰り広げる中、万事屋男性陣が選んだ次なるヒロインとは……!?

極悪奉行・遠山珍太郎に捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。案の定依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助力を得ようとくの一カフェで働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助力を拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまう。一行はさっちゃん指南の元、まずは忍者の心得を会得しようと奮闘する。一方、悪代官遠山も、エリザベス救出のために桂が動き出したことを掴んでいた。そして月明かりの綺麗な夜、奉行所に忍び込む銀時たちゴニンジャーだったが、その前に服部全蔵率いるシノビファイブが立ちはだかる。大晦日のジャンプ争奪を未だに根に持つ全蔵は、銀時に挑みかかり、さっちゃんは忍者学校時代のライバル、薫と陰険な女の戦いを繰り広げる。新八、神楽、桂は下剤入りのカレーで敵を倒すが、うっかりそのカレーをつまんだ神楽もピンチに陥ってしまう。銀時と全蔵がペガサス流星斬の構えについて白熱した議論を交わす中、薫の毒バラの香りの攻撃が炸裂。銀時は身体がしびれてしまうが、さっちゃんの納豆によって復活。全蔵にとどめの一撃を喰らわせるのだった。

鉄柵を遠山に投げつけトイレにダッシュする神楽を横目に、エリザベスに駆け寄る桂だったが、エリザベスはなんと作り物だった。遠山が桂をおびき出すためにうった芝居にまんまと騙されたのだ。そして桂は思い出す。そういえば、蕎麦のお揚げを取り合って喧嘩したままだったことを……。

そして後日。江戸市中にはエリザベスを訪ね歩く桂の姿があった。

ある夜のこと。飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時達だが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋で貰ってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる3人を尻目に、更に巨大化する定春。そんな定春がTVで中継されると、江戸の街は騒然とし、野次馬が万事屋に押しかける。彼らから投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。

定春の暴走による賠償金を払うために、貯金どころか神社まで手放した阿音。スナック「すまいる」で働く彼女は、男を手玉に取る看板娘だ。だが、おなじく「すまいる」の看板娘であるお妙とはソリが合わず、なにかにつけて衝突する仲。阿音ご指名のお得意様、菊屋の旦那をお妙がボコボコにしたことで、店長は遂にある決断を下す。明日の売り上げ集計で負けた方をクビにする、と。こうして仁義なき女の戦いが始まるかに見えた！しかしその夜、お妙は阿音に「勝負を降りる」と告げる。だがそれこそが、お妙の先制攻撃だった……！

例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただ事ではない。そんな折、かぶき町に新たな住人がやってきた。屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人は、万事屋の隣で花屋を営むという。そして、その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ。屁怒絽が花粉で人々を弱らせ、その隙に地球征服を企んでいると考え怯える万事屋の面々。しかし、そんな彼が、屁怒絽のもとへ回覧板を届けることに・・・。

真選組に仲間を捕らえられ、報復のため土方を狙う八虎留三兄弟。オフの日を狙い、定食屋で飯を食う土方の隣に座る三男だが、「土方スペシャル」ことマヨネーズ丼に怯んでしまう。そこへ時を同じくして運ばれてきたのは宇治銀時丼ことあずき大盛り丼。三男の逆隣りには銀時が座っていたのだ。お互いの趣味悪い食べ物を非難し合う土方と銀時。ついにはどちらがまともな食べ物かを判定させようと三男に無理矢理食べさせ、気絶させてしまう。一旦はその場を退く八虎留三兄弟だったが、土方を諦めたわけではなかった。それが銀時と土方の、壮絶な意地の張り合いに巻き込まれるだけとも知らず……。

働かずして大金を手にしようと、カジノへと繰り出す銀時と長谷川。丁半博打で

威勢良く張る二人だが、負けが混み、身ぐるみはがされ気付けばふんどし一丁に

なってしまう。勝てないのを悪霊にとりつかれているせいにして嘆く二人だった

が、そこに現れた男が着物を取り返してくれる。男の名はツキヨミの勘兵衛。宇

宙に名をとどろかせた名ギャンブラーだった。彼のダンディーさにヒントを得た

銀時たちは、今度はブラックジャックに挑むが再び身ぐるみはがされる始末。だ

が、再度救いの手を差し伸べてくれた勘兵衛との会話の後、二人は彼の強さの源

を知ってしまう……。