お登勢のはからいで、冬休みを山奥の温泉宿で過ごすことになった銀時たち。秘湯を楽しみに山道を進む一行だが、たどり着いたのは全く人の気配がしないボロ旅館だった。江戸に戻ろうにも帰りのバスもなく、しかたなくその旅館に泊まることになる。その後、旅館の女将・お岩が出迎えに来てくれるも、彼女の背中にはうっすら半透明の何者かの姿が！この異常な現象に気づいた銀時と新八は･･･。

銀時たちが泊まった旅館は、この世に未練を残したため成仏できないスタンド（=霊）が集まる幽霊宿だった！新八、神楽、お妙がスタンドに取り付かれ、ひとり残されてしまった銀時。女将のお岩は宿の手伝いをさせるため、骨のある人間を探していたのだという。強制的に従業員見習いをさせられることになった銀時は、同僚のレイと一緒に、次々と訪れるスタンド客をもてなすことに･･･。

お岩の横暴に嫌気が差し、レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀（のスタンド）のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンド・タゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、生きながらにしてスタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていく。そして自身と宿の運命を賭け、ついにお岩との一騎打ちに突入するが･･･。

タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう！