ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまう。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀の試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまう！絶体絶命のピンチに陥った土方を救ったのは、１年ぶりに江戸に戻ってきた真選組参謀・伊東鴨太郎だった。

テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送される。出演者の中には、アイドル・寺門通の親衛隊隊長を務める新八の姿も。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、1人の男が新八と激しい議論を戦わせる。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。変わり果てた土方と対面した銀時たちは、妖刀に秘められた恐ろしい過去を知る。一方、真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた。

真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田1人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして、近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で、沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった！

銀時たちの呼びかけで、ようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり……！？

真選組の乗っ取りを画策した伊東、それによって大きく揺らぐ真選組。そして、今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに！自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた！