전작 「기동전 사 Z 건담」과 「기동전 사 건담 ZZ」을 잇는 프롤로그 편. 우주 세기 역사의 복습과 캐릭터와 메카닉의 설명 그리고 크와트로 바지나와 신타, 쿰 의해 진행되는 모빌 슈트 퀴즈 등으로 시리즈를 소개한다.

그리고 "ZZ"제 1 화의 하이라이트로, 그리프스 전역에서 사이드 1의 1 번치 = 샹그릴라에 입항하려고하는 에우고의 강습 순양함 아가마의 모습이 그려지면서 주인공 쥬도 아시타의 이야기가 시작된다.

그리프스 전쟁에서 큰 피해를 받은 에우고의 강습 상륙함 아가마는 수리와 보급을 위해 사이드 1의 1번치 콜로니 샹그릴라에 기항했다.

소년 쥬도 아시타는 여동생 리나의 학비를 벌기 위해 동료들과 고물 가게에서 생계를 유지하고 있었다. 어느 날 우주를 떠다니는 탈출 캡슐을 회수하고, 결과적으로 티탄즈의 사관 야잔 게이블을 구출한다. 야잔은 쥬도들에게 아가마에서 Z 건담을 훔쳐 한 밑천 잡으라고 부추겼다. 감언 이설에 타고 Z 건담을 훔치러 아가마에 숨어드는 쥬도 였지만, 거기서 만난 것은 정신상태가 폐인처럼 된 Z건담의 원래 파일럿 ​​카미유 비단이었다.

아가마를 쫓아 샹그릴라 콜로니로 지온 잔당 군 조직 액시즈의 우주 순양함이 엔드라가 입항한다. 아가마는 출입국 관리 사무 직원 치마타의 인도로 콜로니 안에 유도되어 고철더미에 몸을 숨긴다. 엔드라의 함장 인 "마슈마"는 아가마을 나포하기 위해 갈루스J로 출격한다. 한편, Z 건담을 탈취를 포기하지 않은 쥬도는 아가마에 침입하다가 졸지에 마슈마의 갈루스J에 맞서게 된다.

고튼이 제안한 전략을 수락한 마슈마는 기사도 정신을 내걸고 갈루스J로 아가마에 정면으로 도전한다. 그러나 또 다시 Z 건담을 훔치던 쥬도와 대결하게 되는데...

격전을 펼치는 Z 건담과 갈루스J. 전투 중 고튼이 판 함정에 의해 Z건담은 식민지에서 우주로 날아가 버린다.

쥬도에게서 뉴타입의 가능성을 내다 본 브라이트는 아가마에서 파일럿 후보생이 될 것을 쥬도에 권한다. 하지만 쥬도는 군인이되어 아가마에 타는 것을 거부한다.

한편, 아가마 공격에 애를 먹는 마슈마에게 샹그릴라 콜로니의 고물상 게몬 바작이 협력을 제안 한다. 게몬은 자신이 개발한 MS 게제로 출격한다. "화"는 Z 건담으로 출격하지만, 게몬의 게제에 예상치 못한 큰 고전을 면치 못한다. 보다 못한 쥬도는 "화"대신 Z 건담을 조종하여 게제를 막아낸다.

쥬도의 동료 비챠 올레그, 몬도 아가케, 엘 비안노, 이노는 승무원이 되어 아가마에 합류 하려고하지만, 쥬도만 여기에 반대하고 있었다.

그런 가운데, 마슈마는 샹그릴라 식민지를 관리하는 자산가인 다마르를 매수해 우주 순양함 엔드라을 식민지에 유도, 신형 MS인 "즈사"로 아가마를 공격해온다. 카미유가 입원 해있는 병원을 지키기 위해 "화"는 정비중인 MS 메타스로 출격한다. 아스토나지도 Z건담을 타고 나오지만, 메타스 및 Z건담은 마슈마의 MS 즈사에 고전을 면치 못하게 된다.

어떻게든 우주를 항해할 수 있도록 수리된 아가마였지만, 액시즈의 우주 순양함 엔드라가 항구에 눌러 앉아 있기 때문에 출항 할 수 없었다. 도크함 라비앙 로즈에 합류하고 싶은 아가마는 샹그릴라 식민지 항구의 반대편에있는 산업용 해치를 통한 탈출을 계획한다. 그러나 산업용 해치를 관리하고 있던 것은 게몬이었다. 고물상에 정찰하러 갔던 쥬도는 게몬에 사로 잡혀 버린다.

그 무렵, 마슈마는 "가자의 폭풍 부대'를 아가마로 향하게한다. 아가마는 화의 MS Z건담과 토레스의 MS 메타스로 응전하지만 고전한다. 라 비앙 로즈에서 온 "루 루카"에게 도움을 받은 "쥬도"는 "화"와 교체하여 Z 건담에 탑승해 반격에 나선다.

우주로 방출된 가자의 폭풍대는 죽었다고 믿던 엔드라 승무원들은 아가마를 나포하는 것이야말로 죽은자를 위한 선물이라고 굳게 다짐하며 복수를 맹세한다. 그리고 게몬은 정크상 동료를 선동하여 살아남은 야잔와 함께 아가마를 빼앗을 작전을 세우고 있었다.

게몬과 야잔의 2기의 게제에 응전하기 위해 출격한 쥬도의 Z건담은 전투를 개시한다. 그때 루와 치마타의 행동으로 공업용 해치가 개방되어 아가마는 샹그릴라에서 탈출하려 한다. 하지만 엔드라는 아가마가 해치를 통과할 때를 기다리고 있었다.

샹그릴라 콜로니를 탈출한 아가마는 루의 안내로 도크함 라비앙 로즈와의 합류지점으로 향하지만 안내인인 루가 길을 잃어버린다. 비챠와 몬도는 아가마를 엔드라에게 팔아넘겨 한몫 챙길 꿍꿍이로 엔드라에게 연락을 취하려 한다.

두 사람이 발신한 강력한 전파를 수신한 마슈마는 신형MS 함마 함마로 출격한다. 쥬도는 Z건담으로 출격하나 빔 라이플의 에너지팩을 깜빡해 고전한다. 한편 루는 액시즈의 젊은 사관 그레미 토토에게 붙잡혀있었다.

화는 샹그릴라의 병원에 남겨둔 카미유가 신경 쓰여 군율을 전혀 지키지 않는 쥬도들에게 화를 낸다. 전과를 올리지 못하는 엔드라에는 감시역으로 캐라 슨이 파견되었다. 마슈마는 전과를 올리기 위해 아가마를 강습한다.

정비 도중의 빔 라이플을 들고 Z건담으로 출격한 쥬도는 함마 함마의 신형장비 앞에 꼼짝없이 당한다. 화는 메타스로 쥬도를 원호하러 나가지만... 한편 아가마에는 고튼이 잠입하여 내통자와 접촉하려 하고 있었다.

잠입하다 발견 되어 감방에 잡혀 있던 고튼은 신타와 쿰을 말로 교묘하게 속이고 감옥을 빠져 나오는 것에 성공했다. 이노를 인질로 잡고 코어 파이터를 이용하여 아가마를 탈출한다. 쥬도와 루는 Z 건담의 뒤를 쫓는하지만 마슈마의 함마 함마와 캐라의 R 쟈쟈에 고전을 면치 못한다.

한편, 고튼이 조종하던 코어 파이터는 운석에 부딪혀 고튼과 이노는 조종석에서 떨어져 나온다. 우주를 떠돌던 이노는 라비앙 로즈에서 수령한 코어 탑으로 쥬도 일행에 다시 합류할 수 있었다.

좌천된 마슈마를 대신해 순양함 엔드라의 새 함장이 된 캐라가 도크함 라비앙 로즈에 공격을 건다. 그리고 라비앙 로즈에 와있던 루와 리나는 그레미가 탄 가자D에 잡혀간다.

리나가 잡힌 걸 안 쥬도는 라비앙 로즈로 급행하고 이노도 두부가 파괴된 Z건담에 자쿠의 머리를 임시로 단 Z자쿠로 도우러 간다. 하지만 캐라와 싸움 도중 쥬도는 의식에서 퍼져가는 우주의 이미지에 압도되어 전의를 상실해버린다.

쥬도는 네오 지온의 그레미에게 동생 리나을 빼앗겨 분노 하고 있었다. 브라이트 함장은 생각없이 ZZ 건담을 타고 뛰쳐 나갈 수도 있다고 판단 쥬도의 감시를 비챠에게 명령한다.

그러나 엘의 협력에 의해 쥬도는 ZZ 건담으로 아가마를 탈출, 리나를 찾으러 떠난다. 한편, 우주 순양함 엔드라에 끌려갔던 리나는 그레미의 지도하에 조신한 숙녀가 되기위한 영재 교육을 받고 있었다.

그러나 고튼은 리나가 ZZ 건담의 파일럿의 가족임을 알게되고, 가자D에 인질로 리나를 태워 쥬도를 위협한다. 진퇴양난인 쥬도는 속수무책으로 당할 수밖에 없었다...

아가마의 함장 브라이트는 라비앙 로즈의 함장대리 에마리 온스와 접촉하여 작전을 세운다. 액시즈의 우주순양함 엔드라의 추격을 뿌리치기 위해 아가마를 암초공역에 있는 낡은 형태의 콜로니인 문 문에 기항시키는 것이다.

문 문은 초기 콜로니 개발시대에 건설된 낡은 콜로니로 기계문명을 부정하는 '빛족'이 살고 있었다. 아가마를 추격하여 문 문에 입항한 엔드라의 고튼은 우연히 캐라가 쥬도와 맞닥뜨려 같이 있는 것을 목격하고 인질로 잡혀있는 걸로 착각해버린다.

고튼은 리나를 인질로 삼아 캐라의 반환을 요구한다. 쥬도는 빛족의 소녀 라사라에게 도움을 받으며 ZZ건담으로 고튼의 MS R-자자에 맞선다. R-자자를 격퇴한 쥬도는 빛족에게 콜로니를 구한 구세주로써 숭배받을 지경이 된다.

아가마는 도크함 라비앙 로즈에서 개수를 받아 신무장 하이메가입자포를 장비했다. 한편 한번 침몰하여 소행성위성 액시즈로 회항하던 우주순양함 민드라로 옮겨탄 그레미는 액시즈로 향하던 도중 아가마의 보급을 위해 가던 런치를 발견하여 포획한다.

런치에 타던 에우고의 미리와 메챠 두명을 이용해 고튼은 아가마를 빼앗을 작전을 세운다. 고튼은 부하들을 런치에 잠복시켜 아가마의 잠입에 성공한다. 함내에서 격렬한 백병전이 펼쳤으나 패배한 고튼은 에마리를 인질로 잡아 도주하려 했다.

쥬도의 활약으로 에마리를 구출하지만 쥬도는 노멀 슈트로 도망가는 맨몸의 병사에 동요하여 그들을 쏘지 못했다.

런치로 온 메챠는 브라이트에게 에우고에서 온 지령을 전하고 있었다. 그것은 아가마 한 척으로 소행성 액시즈를 파괴하라는 무모한 내용이었다. 아가마가 하이메가 입자포의 테스트를 하려던 때 포로가 된 캐라가 신타를 인질로 잡아 코어 톱으로 탈주했다.

쥬도는 캐라를 추적하나 그때 폐기콜로니에서 기회를 노리던 고튼의 신형MS 가 조움대가 나타난다. 루나 엘 일행의 원호로 MS 가 조움은 캐라를 구출하여 퇴각하지만 쥬도일행은 갑자기 나타난 검은 MS '큐베레이'의 판넬에 유린당한다.

브라이트는 원호를 위해 하이메가 입자포를 발사하지만 큐베레이Mk-II는 그것을 어려움 없이 피한다.

쥬도는 동생 리나를 구출하기 위해 코어 파이터에 타 홀로 소행성기지 액시즈에 잠입한다. 거기서 만난 것이 쥬도에게 순진무구하게 오빠라고 부르는 엘피 플이라는 소녀였다. 그녀의 안내로 궁전으로 간 쥬도는 거기서 생각지도 못하게 액시즈의 최고지도자 하만 칸과 만난다.

하만은 쥬도의 뉴타입으로써의 높은 잠재능력에 놀라고 쥬도는 하만에게서 사악한 의식을 느낀다. 한편 비챠와 몬도는 액시즈의 나쁜 대우에 신형MS 바우를 빼앗아 탈주하려고 한다. 비챠와 몬도가 일으킨 소동으로 쥬도는 궁전에서 탈출하지만 그때 플이 큐베레이MK-II의 파일럿이란 것을 안다.

동생 리나를 구하고 싶은 마음의 쥬도는 MS ZZ건담을 선물로 액시즈에 투항해버린다. 독방에 감금되었으나 쥬도는 플의 도움으로 탈주하여 드디어 리나와 만날 수 있었다.

하지만 리나만을 신경쓰는 쥬도에게 플이 질투하여 리나를 인질로 잡는다. 리나를 데리고 플은 MS 큐베레이Mk-II에 타고 소행성기지 액시즈 안의 거리에서 날뛴다. 쥬도는 플에게 필사의 설득을 한다.

달의 그라나다 기지에 입항하여 보급중인 아가마에게 에우고의 실력자 원 리가 나타난다. 원은 브라이트에게 지구에 강하한 하만의 부대의 추격을 명령한다. 그러던 중 아가마의 크루 토레스는 미리와 함께 들어간 그라나다의 피자집에서 소꼽친구 세실리아와 재회한다.

하지만 세실리아는 고튼에게 아가마의 목적지를 조사하도록 명령받은 스파이였다. 비챠와 몬도는 거리에서 우연히 발견한 고튼대의 넬,크레이유의 얘기를 엿들어 고튼의 배가 숨겨진 우주항을 찾아낸다. 쥬도와 비챠일행은 고튼의 배를 치기 위해 출격한다.

중고 수송선을 전부 사들인 고튼은 그것들을 차례차례 월면도시 그라나다의 우주항으로 떨어뜨려 강습순양함 아가마를 끌어낼 작전을 세운다. 캐라는 혼란을 틈타 아가마에서 MS 건담Mk-II로 탈주한다. 정체가 들통 난 세실리아는 스파이 용의로 사형당할 것을 우려해, 가족과 함께 그라나다를 탈출하려 한다.

하지만 고튼에게 받은 금괴는 실은 시한폭탄이었다. 세실리아는 토레스에게 거짓말을 한 것을 후회하며 셔틀과 그라나다를 지키기 위해 시한폭탄째로 MS 가 조움에 달라붙어 목숨을 던져 모두를 구하려는 세실리아를 어떻게든 구하려 MS ZZ건담으로 싸우는 쥬도의 선전도 덧없이 그녀는 가 조움과 함께 우주의 먼지가 된다.

월면도시 그라나다를 출항한 아가마에게 지구로 향하는 네오 지온의 함대의 기함 사다란의 공격명령이 떨어졌다. 쥬도는 동생 리나도 네오 지온의 함대에 있다고 판단해 독단으로 출격하고 만다. 하지만 MS ZZ건담에는 비챠의 음모로 폭탄이 붙어있었다.

쥬도를 실패하게 만들어 비챠는 ZZ건담의 파일럿의 자리를 빼앗을 생각이었다. 쥬도의 접근을 느낀 하만은 그를 기함 사다란으로 유도한다. 쥬도에게 손을 잡자고 제안하는 하만. 하지만 쥬도는 그것을 거부하고 비챠의 폭탄으로 해치를 부수고 탈출한다.

그곳에서 네오 지온의 역전의 전사, 라칸 다카란의 MS 드라이센의 공격을 받아 고전하지만 엘과 루의 원호로 격퇴에 성공한다.

브라이트는 다시 아가마로 네오 지온함대에 육박한다. 쥬도는 리나를 구출할 찬스 그리고 네오 지온 함대의 지구강하작전을 저지하기 위해 MS Z건담으로 출격했다. 하지만 그때 플이 탄 MS 큐베레이Mk-II가 출현한다. 그레미에 의해 정신 조작당한 플은 쥬도를 적으로 인지하고 있었다.

쥬도는 필사적으로 플을 제정신으로 돌려놓으려 하지만 직접 얼굴을 마주 봐도 플은 쥬도애개 총을 겨눈다. 이윽고 Z건담과 큐베레이Mk-II는 대기권에 돌입한다. 큐베레이Mk-II의 어깨를 파괴하며 쥬도는 Z건담으로 플의 큐베레이Mk-II를 감싸며 대기권 돌입에 성공한다.

한편 하만은 아가마의 공격을 피해 네오 지온의 함대는 지구로의 강하를 개시했다.

아프리카 상공에 강하한 아가마는 험한 폭풍과 MS카풀의 공격에 고생한다. 하지만 토착민인 어부의 안내로 안전한 후미에 정박할 수 있었다. 한편 쥬도는 동생 리나가 있다고 생각되는 다카르로 가기 위해 어선에 타고 타만이라는 소년과 그의 동생 아누와 만난다.

실은 타만은 돈을 목적으로 네오 지온의 앞잡이가 되어 일하고 있으며 아누는 그럼 위험한 일을 그만두게 하고 싶어했다. 타만이 MS 카풀로 아가마를 공격하기 위해 출격했다는 것을 안 쥬도는 ZZ건담으로 그를 끌고오기 위해 간다.

쥬도는 MS 자쿠 마리너의 공격으로부터 아가마를 지켜내고 타만에게 네오 지온과의 협력과 전쟁으로 한몫 잡으려는 생각을 그만두게 했다.

아가마는 지구의 반지구연방조직 '카라바'와 행동을 같이 하여 다카르를 협공하기 위해 건담 팀과는 따로 별동대로써 활동을 개시했다. 쥬도일행은 사막지대에서 다카르로 향하는 것이었다.

하지만 그곳에는 자비가의 재흥을 바라며 8년이나 기다리던 구 지온공국군 잔당 롬멜 부대가 기다리고 있었다. 롬멜부대는 구식이지만 사막이라는 땅의 이점을 살려 MS 데저트 자쿠,MS 드왓지로 건담팀을 괴롭힌다.

하지만 쥬도들이 아이들이란걸 안 롬멜 중령은 시대에 뒤쳐졌다는 것을 통감하고 자비가 재흥의 꿈과 함께 건담팀에게 패배한다.

부족해진 물을 찾으러 나간 쥬도는 불시착한 것을 마사이라는 원주민 여성이 도와준다. 그녀의 안내로 건담팀은 오아시스가 있는 작은 마을에 도착하지만 마을 사람들은 물을 나눠주려 하지 않는다. 실은 마사이의 연인 태그는 구 지온병사이며 일년전쟁의 원한으로 그녀는 마을사람들에게 미움받고 있는 것이었다.

마사이는 마을사람들에게 연인이었던 태그와 MS의 강함을 보여주기위해 MS겔구그로 건담팀에게 도전한다. 이날을 위해 훈련을 거듭한 마사이였지만 역시 MS ZZ건담의 상대는 되지 못했다. 쥬도의 ZZ건담에 패하고 마사이는 마음의 상처를 치유하지 못한 채 고독한 생활로 돌아간다…

하만은 네오 지온군의 힘을 과시하기 위해 지구연방정부의 수도 다카르에서 큰 퍼레이드를 감행했다. 영빈관의 파티에선 연방정부의 요인들을 크게 초대해 미네바 자비가 자비가의 후계자로써 일어섰다는 것을 각인시킨다.

그리고 그레미를 따라다니던 리나는 사교계 데뷔를 이루지만 그곳에서 만난 어른들의 기회주의적인 모습에 혐오감을 느낀다. 한편 건담팀은 밤을 기다려 다카르에 기습을 걸어 혼란을 틈타 리나를 구출하려 한다. 하지만 하만에게 발각당하고 하만이 쥬도에게 쏜 총알을 리나가 감싸 맞는 것이었다.

쥬도는 리나를 데리고 다카르에서 코어 베이스로 탈출하지만 격추당해 바다를 떠돈다. 플은 두사람을 발견하지만 질투에 사로잡혀 리나가 있으면 쥬도가 싸움에 집중할 수 없다며 남매를 때어놓으려 한다. 쥬도는 플의 고독한 마음을 느끼고 모두 남매가 되면 된다고 설득해 플의 마음을 겨우 안정시켰다.

한편 하만이 그레미에게 보낸 오규스트의 MS 드라이센 부대도 더해져 다카르에서는 건담팀이 고전하고 있었다. 쥬도는 구원을 위해 ZZ건담으로 출격하고 아가마는 네오 지온의 기함 사다란에게 하이메가포를 발사한다. 네오 지온군은 다카르에서 철수하지만 피탄당한 MS 드왓지는 상처 입은 리나가 있던 오두막으로 추락한다…

아가마와 카라바의 합류를 저지하고 싶은 하만은 그레미와 오규스트에게 카라바의 거점 엘고레아를 공격시킨다. 쥬도는 리나를 일은 슬픔에 자신의 껍질안에 틀어박히지만 플의 격려를 받고 출격한다.

전투중에 비챠는 그레미의 마음을 이용하여 루의 코어 파이터를 방패로 쓴다. 그 결과 루와 그레미는 사막으로 내던져지게 되었다.

네오 지온의 공습으로 파괴당한 엘고레아의 거리를 본 쥬도는 불합리하게 죽어간 사람들과 파괴당한 마을을 보고 한 번 더 싸울 결의를 굳힌다.

루는 전투중에 자신을 방패로 쓴 비챠를 용서하지 못해 아가마로 돌아가지 않는다. 자유분방한 마을 가루다야에서 길을 잃은 루는 예술가인 척하는 남자 제네와 알게 된다.

한편 그레미는 유럽인에게서 마을의 탈환을 노리는 아프리카 해방전선의 청색 부대에게 구조받아 대장 디드의 명령으로 지하거리에 잠입한다. 그곳에서 루를 만난 그레미는 충돌하고 그레미와 제네는 루를 두고 싸움박질을 시작한다.

그때 쥬도일행을 루를 찾으러 나온 사막에서 푸른 MS 겔구그에 탄 푸른 부대의 병사 디드와 부하 에로의 공격을 받고 있었다. 건담팀은 이를 물리치고 쥬도는 루를 찾으러 가루다야로 들어간다.

건담팀에게서 부대를 지키고 죽은 푸른 부대의 대장 디도는 그레미를 네오 지온의 사관으로 인정하고 자신이 죽은 뒤 푸른 부대를 맡긴다. 쥬도 일행은 루를 찾아 가르다이아의 거리를 돌아다녔지만 그곳에서 아프리카 해방전선의 지휘관 가데부 야신과 공동전선을 펼친 오규스트의 부대가 습격한다.

오규스트는 해방전선을 이용해서 가르다이아를 네오 지온의 기지로 삼으려는 꿍꿍이를 갖고 있었다. 에로는 자신들의 이념을 배신하고 네오 지온의 이름으로 마을을 파괴하려는 가데부를 용서할 수 없어 단신으로 맞서지만 그레미의 중개로 같이 건담팀과 싸운다.

쥬도 일행을 비챠, 몬도의 원호로 디도의 부대를 격파하고 에로도 전사한다. 그레미는 디도의 무념을 풀겠다고 맹세한다.

아가마와의 합류지점으로 향하던 건담팀은 멜릴호수라는 소금호수와 마주친다. 잠시 휴식을 취하던 쥬도 일행이었으나 그곳에 또 오규스트의 부대가 공격한다. 오규스트는 그레미가 온존하던 뉴타입 부대의 존재를 알고 하만을 배신하고 그레미에게 복종을 맹세하고 있었다.

오규스트는 쥬도 일행을 위협만 하고 그곳을 뜨고 더블린으로 이동하던 아가마로 향하고 있었다. 건담팀은 아가마로 급히 향하지만 엘에게 마음이 있던 비챠는 그녀가 쥬도의 활약에 기뻐하는 것이 마음에 들지 않아 쥬도에게서 ZZ건담을 빼앗아 MS 드라이센을 요격한다.

하지만 익숙치 않던 기체로는 생각처럼 싸우지 못하고 고전한다. 쥬도는 MS 백식으로 출격하여 드라이센을 격추한다.

아가마는 지구연방정부의 고관들과 대담하기 위해 더블린으로 향한다. 하지만 그곳에 우주에서 MS 바우와 대형MS 사이코 건담 Mk-II를 그레미의 전함 산드라로 수송 중이던 아리아스 모마가 습격한다. 플의 활약으로 아가마는 그 위기를 모면하고 더블로에 도착한다.

하지만 지구연방정부의 고관들은 브라이트를 환영하지 않고 하만과의 화평을 위해서 아가마를 무장해제 하려고 한다. 브라이트의 뒤를 쫓아 얘기를 들은 쥬도는 분노하고 고관들을 때려 브라이트와 함께 감금당한다. 아리아스는 아가마를 끌어들이기 위해 더블린에 공습을 개시하고 쥬도와 브라이트가 감금당한 저택도 불꽃에 휩싸인다.

불타는 저택에 감금당한 쥬도와 브라이트를 구한 건 더블린의 병원에서 일하던 화 유이리였다. 아가마로 돌아온 화는 신타,쿰과 재회하고 더블린의 병원에서 간호하던 카미유가 행방불명됐다고 말한다. 건담팀은 나뉘어서 카미유를 찾기 시작하지만 그 틈을 찌르듯 그레미의 전함 산드라가 아가마에 접근한다.

플은 이 위기를 넘어서기 위해 무단으로 출격하지만 산드라에 탑재되어있던 사이코 건담Mk-II가 뿜어내는 파동에 혼란에 빠진다. 쥬도는 플의 위기를 전하는 카미유의 목소리를 느끼고 ZZ건담으로 구출에 나선다. 전함 산드라는 나타난 ZZ건담의 하이메가캐논의 위력에 후퇴한다.

행방불명이었던 카미유도 발견돼 아가마에 수용된다. 그때 카라바의 하야토 코바야시가 하만이 꾸미는 더블린을 향한 콜로니 낙하의 정보를 브라이트에게 전하기 위해 왔다. 카미유와 화는 도중에 글라스고에 내려주고 아가마는 콜로니 낙하지점인 더블린의 구조를 위해 서둘러 돌아간다.

하지만 하야토의 배 아우드무라와 함께 시민의 구조활동을 서두르던 그들 앞에 라칸 다카란의 MS 부대가 가로막는다. 더블린의 탈출로를 막고 난민선까지 공격하는 라칸의 잔인함에 분노한 쥬도였지만 라칸의 MS 자쿠III에 고전한다. 하야토는 쥬도의 위기를 구하기 위해 도다이改로 자쿠III에 돌격해 전사한다.

난전 중에 콜로니는 이윽고 더블린으로 낙하하고 글라스고에 있던 카미유는 많은 사람들의 고통을 느낀다.

더블린은 콜로니 낙하의 직격으로 괴멸한다. 카미유처럼 많은 사람들의 죽음을 느낀 쥬도는 카미유에게서 분노야말로 싸우는 이유라는 사념을 받고 라칸의 자쿠III를 물리친다. 한편 건담팀은 더블린의 괴멸에서 피난민은 태우고 탈출했지만 브릿지를 파괴당한 채 떠돌던 아우드무라를 발견하여 필사적인 활약으로 아우드무라를 구출했다.

그때 그레미는 아가마 타도의 필살의 패로 강화인간 플 투를 사이코 건담Mk-II로 출격시킨다. 플 투의 각성을 느낀 플은 아가마의 하이메가입자포를 사이코 건담Mk-II에게 쏘나 실패하고 부상당한 몸으로 큐베레이로 출격한다. 하지만 플과 등급 아니면 그 이상의 능력과 사악한 마음을 갖춘 플 투에게 플은 고전한다.

더블린에 콜로니 낙하를 성공한 하만은 우주의 제압을 서두른다. 그 정보를 얻은 쥬도 일행도 노르웨이에 있는 카라바의 우주기지에서 셔틀을 타고 우주로 향한다. 사이드4의 암초공역에서 라비앙 로즈와 접촉한 쥬도 일행은 새로 탈 기동순양함 넬 아가마와 대면한다.

하지만 에우고 상층부의 지형을 전하러 온 메챠는 쥬도같은 아이들은 불필요하다며 퇴함명령을 내린다. 그때 강화인간으로 조정된 마슈마가 우주순양함 엔드라II를 이끌고 위협공격을 가한다. 쥬도 일행은 혼란을 틈타 넬 아가마를 발진시키나 신타와 쿰이 전투중에 우주공간으로 빨려나가 브라이트는 런치를 타고 구출에 나선다.

신타와 쿰의 구출에 성공한 브라이트는 넬 아가마의 보급물자를 탑재하기 위해 월면도시 그라나다로 강하하며 넬 아가마를 쥬도 일행에게 맡긴다. 하지만 에마리가 라비앙 로즈에서 쏜 부주의한 신호탄이 네오 지온의 MA 쟘루 핀 부대의 3인조 3D에 발견당한다.

한편 사이드3의 방어에 임하는 슈트룸 디아스부대의 사토 대장은 마슈마의 주휘에 대해 구 지온군의 혼을 잇는 자는 우리들이라고 반발한다. 다시 발견된 넬 아가마를 공격하는 쟘루 핀 부대와 슈트룸 디아스 부대. 혼전 속에서 마슈마의 감시역인 이리아는 네오 지온에 있어 방해물인 사토 대장을 암살한다.

넬 아가마는 정식으로 네오 지온 토벌의 명령을 받는다. 임무달성을 위해 엔드라II의 추격을 뿌리치고 사이드3로 향하는 넬 아가마는 자쿠 부대에서 습격당하는 민간선과 빛족이 탄 구식 배를 구출한다. 민간선은 네오 지온에 저항하여 사이드3에서 도망치던 것이었으나 피난민 중에는 변장한 하만과 네오 지온의 병사들이 잠입하고 있었다.

하만의 목적은 쥬도를 설득하여 자신의 산하에 들어오게 하는 것이었다. 사라사는 그런 하만의 사악한 낌새를 느낀다. 몬도는 검사 중 네오 지온 병사가 MS 가 조움과 같이 숨어있던 걸 놓쳤던 것에 책임을 느끼고 출격한다.

구한 민간인을 내려주기 위해 넬 아가마는 사이드3의 24번치 콜로니 타이거 바움에 입항한다. 타이거바움은 실력자 스탄바가 지배하는 콜로니로 루,엘을 시작으로 여성들은 그의 저택에 있는 하렘에 붙잡혀간다.

쥬도는 넬 아가마를 훔치려던 소년 루난 일행과 알게 되어 스탄바가 높은 세금으로 사람들을 괴롭히고 있다는 것을 알게 된다. 루난 일행의 협력으로 쥬도와 이노는 여장하고 스탄바의 저택에 잠입하여 MS를 빼앗아 루 등을 구출한다.

하만을 개심시키려는 사라사와 라사라는 몬도를 호위로 붙이고 다시 타이거바움을 돌아갔다. 그때 즈고크에 탄 스탐파가 습격한다. 하만의 마음에 들려고 생각한 스탐파는 넬 아가마를 포획하겠다고 하만에게 약속한 것이었다.

뒤를 쫓은 쥬도는 루난일행의 협력으로 스탐파의 즈고크를 항구의 크레인으로 쳐서 바다로 내던진다. 하지만 이 전투로 몬도의 눈앞에서 라사라는 숨을 거둔다.

하만은 넬 아가마 제압을 위해 그레미를 출격시켰다. 한편 쥬도일행은 하만이 있는 사이드3와 도킹할 예정인 광산위성 키케로에 잠입하여 반 네오 지온파인 노동자들을 아군으로 끌어들이기 위해 내부공작을 개시했다.

하지만 거기에 강화인간으로 조정된 캐라 슨이 나타났다. 쥬도에게 친하게 구는 캐라를 보고 반 네오 지온파 노동자들에게 캐라와 알던 사이라고 오해받은 쥬도는 협상재료로 쓸 목적으로 붙잡혀버린다. 노동자의 지도자 로이의 딸 루티나의 협력을 얻어 탈출하나 플 투가 눈앞을 가로막는다.

강화인간이 된 캐라에 의해 하만측에 잡혀버린 엘과 루를 구하기 위해 쥬도와 비챠, 몬도가 구출작전을 개시한다. 비챠와 몬도가 양동을 걸 동안 쥬도는 사이드3의 콜로니 중 하나인 '코어3'에 잠입하여 플 투가 구해준 루티나의 안내로 엘과 루를 구한다.

하지만 같은 시각 네오 지온의 실권을 잡으려는 그레미의 반란군이 봉기했다. 하만의 암살을 명받아 붉은 큐베레이 Mk-II로 맹공을 거는 플 투였으나 쥬도에 대한 플의 사념에 사로잡혀 컨트롤을 잃는다. 난전 중 이노의 기지로 넬 아가마의 하이메가입자포가 코어3와 키케로를 분단하여 반 네오 지온파는 광산위성 키케로에서 네오 지온 병사들을 쫓아내는 데 성공한다.

하만 대 그레미의 싸움의 혼란을 이용해 쥬도는 미네바 자비를 인질로 잡을 작전을 세운다. 그 작전은 성공하는 듯 보였으나 그레미를 죽이는 데 전력을 쏟고 싶은 하만은 미네바의 목숨마저 희생돼도 상관없다고 으름장을 놓는다. 그것을 진심이라고 판단한 쥬도는 어쩌다 보니 그레미를 쓰러뜨리기 위해 하만과 협력하는 형태가 되었다.

히자만 그때 즈음 플 투가 대형MS 퀸 만사로 넬 아가마를 공격한다. 라비앙 로즈의 함장대리 에마리는 라비앙 로즈에서 다른 승무원들을 퇴함시키고 넬 아가마의 방패가 되어 라비앙 로즈와 함께 우주의 먼지로 사라진다.

액시즈를 제압한 하만과 그레미의 최종결전이 시작되었다. 진정한 네오 지온의 건설을 위해 하만의 목을 따라고 병사들을 선동하는 그레미. 격렬한 전투가 이곳저곳에서 펼쳐진다. 캐라의 MS 게이말크 대 라칸의 MS 드벤 울프, 마슈마의 MS 자쿠III改 대 플 투의 대형MS 퀸 만사가 격돌한다.

강화인간이 된 마슈마는 플 투를 궁지에 몰아넣을 정도의 실력을 보이지만 스페이스 울프대의 앞에 쓰러진다. 마슈마의 죽음을 안 캐라는 MS게마르크로 기렌 형제의 MS 가즈L,가즈R과 함께 분전한다. 점점 심해지는 전투 중 그레미는 온존해두던 MS 양산형 큐베레이만으로 구성된 뉴타입 부대를 드디어 출격시킨다.

뉴타입 부대의 맹공 앞에 공동전선을 펼치는 캐라와 쥬도였으나 고전을 면치 못한다. 그레미는 액시즈에 연결되어있던 지온의 상징 운석 콜로니 모우사를 때어내 하만의 함대에 격돌시키는 작전을 개시한다.

하지만 하만의 응전으로 모우사는 궤도를 벗어난다. 그레미는 액시즈의 궤도를 코어3로 향하게 한다. 액시즈는 코어3와 접촉하여 하만은 드디어 그 거점을 잃어버린다. 넬 아가마도 더한 삼파전 중 쥬도는 라칸의 MS 드벤 울프를 격추하고 그대로 액시즈에 잠입해서 플 투, 그레미와 마지막 대결을 맞이한다.

MS 게마르크로 선전하던 캐라였으나 뉴타입 부대와의 격투 끝에 전사하고 넬 아가마는 운석 콜로니 모우사를 코어3에 격돌시켜 하만의 함대의 괴멸에 성공한다. 쥬도는 하만과의 최종 결투를 짓기 위해 단신으로 ZZ건담을 타고 하만의 큐베레이에게 향한다.