佐藤秀峰原作マンガをドラマ化。同名映画の続編で、潜水士となった海上保安官の1年後を描く。潜水士・大輔（伊藤英明）は福岡から横浜へ異動に。恋人・環菜（かんな・加藤あい）との再会を喜ぶ大輔だが、遠距離恋愛で思いが冷めていた環菜は困惑する。そんな中、タンカー転覆事故が発生。大輔は先輩・池澤（仲村トオル）と行方不明者捜索に向かう。

タンカー転覆事故の救出処置をめぐり、大輔（伊藤英明）は、池澤（仲村トオル）と衝突。年配の船長救出を後回しにして死なせたことを悔やむ大輔だが、池澤の真意を知り、自分の行動を責める。一方、非番の日に会おうと思っていた環菜（かんな・加藤あい）には、仕事だとウソをつかれショックを。そんな中、中国籍の漁船が座礁したと「ながれ」に連絡が入る。

仕事で落ち込む大輔（伊藤英明）は、環菜（かんな・加藤あい）の携帯電話に別れ話を残した。そんな中、大輔と池澤（仲村トオル）が訓練中に減圧症にかかり、入院してしまう。大輔は、見舞いに来た池澤の妻・尚子（なおこ・芳本美代子）と対面。「マーくん」と呼ばれる池澤の、家庭的な一面を知る。一方、病院を訪れた環菜は、友達からやり直そうと大輔に伝える。

「ながれ」は転覆した漁船の船長・徳永（本田晋）の捜索を。2 日で捜索は打ち切られ、解放された大輔（伊藤英明）は、環菜（かんな・加藤あい）と久々のデートを楽しむ。が、その場を徳永の息子・雅也（波岡一喜）に見られ気まずい思いを。数日後、徳永の遺体が海岸に打ち上げられる。ホッとする大輔だが、海で何かを探す雅也の姿を目撃。雅也の家を訪れ事情を聞く。

池澤（仲村トオル）は、医者から中心性網膜症と診断され、長く仕事を続けるのは厳しいと宣告された。事情を知らない大輔（伊藤英明）は池澤が仕事を辞めると聞きがくぜん。落ち込む大輔は、環菜（かんな・加藤あい）を「ながれ」のファミリーデーに招待する。当日、乗組員の家族でながれがにぎわう中、貨物船が座礁したと連絡が入り、大輔らは緊急出航する。

池澤（仲村トオル）は、大輔（伊藤英明）のバディとして「ながれ」に残ることになった。喜ぶ大輔は吉岡（佐藤隆太）に潜水士になるよう勧める。一方、普通の恋愛を望む環菜（かんな・加藤あい）は、命懸けの大輔の仕事に不安を感じ始めていた。大輔は環菜の気持ちを察しつつ、「潜水士は辞めない」と断言する。そんな中、「ながれ」に不審船を追尾する命令が下る。

「ながれ」は、領海侵犯した不審船を追跡し、威嚇（いかく）射撃を。だが、不審船は停止せず、発砲してきて銃撃戦に。結局、不審船は正体の分からぬまま沈没し、大輔（伊藤英明）はショックを受ける。翌日、下船した大輔らは、環菜（かんな・加藤あい）から、尚子（芳本美代子）が病院に運ばれたことを聞く。環菜は、なぜそばにいなかったのかと池澤（仲村トオル）を責める。

不審船事件で警備が強化され、大輔（伊藤英明）らは2週間の出航を命じられる。池澤（仲村トオル）は出産の迫る尚子（芳本美代子）のため、子供の名前を思案。大輔が口出しするなど、艦内は平和な空気が流れていた。そんな中、「ながれ」は漂流者を発見。救出されたロシア人の男は武装集団に船を襲われたと話し、「ながれ」は捜索に向かう。

池澤（仲村トオル）がロシア船を乗っ取った犯人に撃たれて殉職。海に飛び込んだ犯人グループを救助した大輔（伊藤英明）らは行き場のない怒りを覚えていた。後日、葬式で大輔は、池澤が考えた子供の名前を尚子（芳本美代子）に伝える。そんな中、勝田（夏八木勲）は、落ち込んで精気を失った大輔に教官助手として海上保安大学校への異動を言い渡す。

大輔（伊藤英明）は新たにバディとなった吉岡（佐藤隆太）の指導を始める。そんな中、大輔は、環菜（かんな・加藤あい）の部屋で母親・歌子（朝加真由美）と遭遇。歌子は大輔が海上保安官と知り交際を反対する。環菜の父親は海で亡くなっていた。一方、下川（時任三郎）は、里江子（奥貫薫）から、娘の唯（一木有海）ともう会わないでほしいと告げられる。