ビヨンダードから帰還した熱斗たちは，これまでの生活を取り戻し平穏な日常を過ごしていた．が，それも束の間．ほどなくして植物状の電子データが実体化し，はびこるという奇怪な事件が発生する．調査を始めた祐一朗たちだが，続いて獣化ウイルスが実体化し人々を襲うという事態に発展．熱斗はクロスフュージョンして獣化ウイルスを倒すが，そこに1体のナビらしき人影が現れる．

電脳植物，獣化ウイルスと共に突如現実世界に現れた不気味な人型のナビは無言で立ち去った．対策のためネット警察に集まった祐一朗たち．そのとき，警察の通信ネットワークに何者かが侵入，「教授」と名乗るその男は世界を恐怖と混乱に陥れることを通告してきた同時にウイルス研究所が襲撃に遭う．現場へ駆けつけた熱斗と炎山は再び人型ナビ・ゼロと出会う．獣化して戦うロックマンだが……

発電所に電脳植物と獣化ウイルスが発生したとの報を受け，熱斗と炎山はクロスフュージョンして戦う．そのころ科学省のサイバーワールドに侵入者が現れた．ロックマンとブルースが向かうとそこにはゼロの姿が．ゼロは科学省のデータを奪って逃走する．教授の目的はなんなのか，図りかねる祐一朗たち．一方，熱斗はマハ・ジャラマから，WWW（ワールドスリー）にかつて教授と呼ばれていた男がいたという話を聞き興味を持つ．

マハ・ジャラマから教授の引っ越し先の情報を得て，その場所へやってきた熱斗，メイル，デカオだが，そこにあったのはお寿司工場だった．工場内へ潜入した熱斗たちは大量の寿司職人ロボットたちにびっくり．捜査はそっちのけで見学に夢中になる．工場の地下では侵入者に気づいた教授が熱斗たちを追い払おうとロボットを操作．熱斗たちは寿司職人ロボに襲われる羽目になる．

お寿司工場の地下に隠された教授の研究施設で，熱斗とロックマンは倒したはずの超電脳獣が復活させられようとしていることを知り，驚愕する．教授の放った獣化ウイルスの大群に苦戦するCFロックマン．炎山も施設に駆けつけるが，実体化したゼロに行く手を阻まれる．CFブルースと戦うゼロ．だが，炎山とブルースの絆を目の当たりにしたゼロの心に変化が起きる．一方CFロックマンは超電脳獣の復活を止めようとするが……

不完全な状態のまま覚醒した超電脳獣は教授のコントロールを受け付けず暴走，施設は崩壊してしまう．超電脳獣は研究施設を脱出してインターネットシティに出現，あたりを破壊していく．サイバーワールド内での破壊活動は現実世界にも影響を及ぼし，混乱する人々．熱斗と炎山はロックマンとブルースで超電脳獣に立ち向かうが，まるで歯が立たない．ロックマンは獣化して超電脳獣と戦う．

巷ではやいとをモデルにした毒舌人形，デーモン・デコが大流行．だがその人形が盗まれるという事件が多発し，やいとは熱斗に事件解決を依頼する．犯人はビヨンダードから迷い込んできたキャプテン・クロヒゲとチロルだった．こちらの世界で一旗あげるため何かを企んでいるらしい．クロヒゲとチロルはダークロイド・バブルマンを味方に引き入れ，コピーロイド製造工場のあった鬼火島に潜んでいた．

クロヒゲとチロルの前にドクターワイリーが現れた．向こうの世界でワイリーに裏切られたことを根に持つ二人はワイリーに協力を迫る．そこにダーク・ミヤビがワイリーを訪ねてきた．2人の会話から，ワイリーがクロスフュージョンにも精通していると知ったクロヒゲは，自分たちにシンクロチップを作って欲しいと頼み込むがワイリーはそ知らぬ顔だ．一計を案じたクロヒゲたちは学校行事で海辺に来ていた熱斗たちと遭遇する．

ワイリーが隠し持っていたチップを使い，クロスフュージョンを試みたクロヒゲとチロルは早速大暴れ．更には散々な目に遭わされた熱斗とロックマンに仕返ししてやる，と熱斗の居場所を探して街をうろつく．そのころダーク・ミヤビがワイリーに頼まれ熱斗の家を訪問していた．ミヤビは熱斗に，ワイリーのチップを持って姿を消したクロヒゲとチロルを探し出して欲しいと依頼してきた．

エレキ伯爵の妻，アン・エレキテルがマハ壱番ダッシュにやってきた．2人の仲はエレキ伯爵の甲斐性無しが原因で壊れかけていた．アンの目的は伯爵家の資産の内情を知るエレキマンを手に入れることだった．奪われたPETを取り戻そうとバトルを挑むデカオとディンゴだが，アンがオペレートするエレキマンは異様な強さを発揮，デカオは熱斗に助けを求め，ロックマンはエレキマンと戦う羽目になる．

ロックマンとエレキマンのバトルがきっかけでエレキテル家の隠し財産の存在が明らかとなり，いがみ合いながらもキングランドへと飛ぶエレキテル夫妻．興味津々で同行する熱斗たちと，更にはガウスも加わって，廃墟と化したエレキテル家の屋敷内を捜索することになる．屋敷内の電気系統は未だ生きており熱斗たちはナビをプラグインして隠し通路の罠を解除，地下へと向かう．だが途中でナビとの通信が途絶えてしまい……

IPCビルが突如傾き，ビヨンダードから堀杉土太郎とミスタープレスのコンビが現れた．こちらの世界に来てしまったことに気づかず，穴掘りに精を出す2人に大迷惑の人々．サイバーワールド内でもグランドマンとダストマンが穴を掘りまくり，ネット警察の要請を受けた熱斗はロックマンをプラグインしてグランドマンたちと戦う．そこにメイルが来て，2人の正体が判明するのだが……

ビヨンダードからやって来たのは土太郎，プレスたちだけではなかった．2人が弟子にしているメットール，マッハツルハシもこちらの世界に来ていたのだ．マッハツルハシはゼロウイルスに感染し，暴走した上に実体化の能力を身につけ，街を破壊し始めた．クロスフュージョンして対処しようとする熱斗と炎山だがマッハツルハシの暴走は止まらない．デリートするしかない，と苦渋の決断をする熱斗と炎山だが……

気象予報士・入道露晴の天気予報は外れっぱなし．熱斗は天気予報が外れたおかげで遠足に行けると大喜びだ．テレビ局をクビになった入道はバブルマンからコピーロイドを売りつけられる．ナビをコピーロイドで実体化させれば現実世界でもサイバーワールドと同様の力を使える，と聞いた入道は自分のナビ・エレメントマンを実体化し，天気を思うままに操って世間を見返してやろうと行動を開始する．

ネット犯罪に関わったナビが，熱斗たちネットセイバーが駆けつける前に一方的に断罪されるという事件が続発する．サイバーワールドでの犯罪撲滅を目指す六方悟とそのナビ，ジャッジマンの仕業だった．六方による独断的な取り締まりはエスカレートしていき，サイバーワールド内は大混乱となる．熱斗とロックマンは犯人をつきとめ，ジャッジマンと戦う．

インターネットシティにゼロが現れた．混乱の中でガッツマンはゼロを逃げ遅れたナビだと勘違いし，一緒に逃げるよう促す．その場を離れたゼロだが，自分を助けようとしたガッツマンの存在はゼロの心に深く刻み込まれる．その後ゼロがエネルギーセンターを襲撃しているとの報を受け出動するロックマン．ガッツマンは自分が助けたナビがゼロだと知り，驚く．

行方不明だった教授が復活した．熱斗とロックマン，そして自分を裏切ったゼロへ復讐するためだ．教授は新たな部下ゼロワンを従えネット警察のサイバーワールドを攻撃してきた．ゼロと瓜二つの姿に作られたウイルス・ゼロワンはロックマンとのバトルで圧倒的な強さを誇示する．ガッツマンはゼロに，ロックマンを助けて欲しいと懇願するのだが……

人気ブランドの限定品バッグを買うため，メイルは熱斗を付き合わせて店に並んでいた．一方，ミニサイズのコピーロイド販売に勤しむバブルマンは路上での商売を咎められ，売り物のコピーロイドを没収されてしまう．紛失したコピーロイドが限定品バッグの中に入っているのを発見したバブルマンはアイスマン，アクアマンに協力を頼み件のバッグを求めて町中を探し回るのだが……

バトルステーションを介して行われるネットバトルリーグが開催されることになった．熱斗たちは日暮屋でネットバトルに夢中になるが透は習い事が忙しくて参加できずさみしい思いをしていた．だが，なぜかリーグ戦の途中成績はアイスマンがトップを飾っていた．熱斗たちは透が別の場所からプラグインしていると考え，アイスマンに挑戦するがガッツマンは一瞬で倒されてしまう．

町でネットナビによる事件が発生．犯人はミスターハットのナビ，ハットマンだという記録が残されていたのだが，ミスターハットとハットマンにはアリバイがあった．その時間はマジックショーに出演していたのだ．そんなある日，熱斗は転校生の修一と出会う．修一はマジシャンを目指して手品の腕を磨いていると話す．感心する熱斗だが……

シャーロにて，新規開発されたウイルス防御システムのテストに参加することになったライカ．サーチマンを侵入者役に見立て，ガードナビと戦うはずだったのだが，隔離されたサイバーワールド内でサーチマンの前に現れたのはロックマンとブルースだった．ライカは熱斗の悪戯だと腹を立てるがロックマンとブルースは容赦なくサーチマンに攻撃を仕掛けてきた．

ファントムナビによる犯罪は増加し続けていた．だが本物のナビとファントムナビを見分ける方法がないため，サイバーワールド内ではナビ同士が疑心暗鬼となり混乱が起きていた．ファントムナビは実体化の能力も備えており熱斗と炎山は対応に追われる．さらには何者かによる妨害電波により，全世界レベルでサイバーワールドへのアクセスが不能となってしまう．

サイバーワールドでは現実世界と遮断された状態が続いていた．一般のナビはポリスナビたちの監視下に置かれており，ロールやガッツマンは不安な時を過ごしていた．自分のナビの安否が判らず心配して科学省に集まってくるメイルたち．調査の結果，妨害電波を発信していたのは虫のような形状のジャミングマンだった．ロックマン，ブルース，サーチマンはジャミングマンを倒すため，サイバーワールド最下層へと赴くが…………

ジャミングマンと戦い続けるロックマン，ブルース，サーチマン．世界はキャッシュサーバーから生まれた怪物，キャッシュによって支配されようとしていた．ロックマンたちはキャッシュのいる場所を目指して進もうとするが……

キャッシュの暴走により変貌した世界．そんな中，熱斗はロックマンと離れ離れとなってしまう．抵抗する熱斗に対し，キャッシュはメイルや炎山のデータを使って攻撃してきた．