泡泡人无意间捡到了一个小婴儿网路领航员,大家都不知道该怎麼处理,这时发生几起奇怪的破坏事件,原来是电脑兽造成的,虽然热斗等人前往对付，却完全无招架之力,这时抱著小婴儿的洛克人突然兽化,发挥出惊人的力量…

泡泡人捡到的婴儿网路领航员能让洛克人兽化,当光博士还在研究这件事时，兽裔兵又出现了，而且分成两派战斗著,还与前往处理的洛克人等人发生战斗,虽然好不容易打败了兽化後的兽裔兵，却还是完全不知道他们的目的…

科学省来了一名访客-苍木真琴，她自称是名人的女朋友，原来真琴正在研究让网路领航员实体化的另一种方法--复制实体，这个研究招来了兽裔兵的觊觎，利用真琴急著完成研究的心理，偷偷协助她，没想到完成的复制实体竟然被兽裔兵夺走用来破坏现实世界…。

日暮和舟子意外目击到了幽灵船，热斗等人在真边的要求下前往探查幽灵船的真相，果不其然是兽裔兵搞的鬼，原来是库雷卡派的兽裔烈焰人修复了当地的沉没战舰，为的是要摧毁鬼火岛上法尔沙兽裔兵的复制实体工厂，还打算趁机大肆破坏热斗等人待的彼方世界。

伊朵再度转入了秋原国小，让热斗等人非常开心。伊朵为了展示卡布冈公司实验中的巨大影像装置，而找了热斗他们到公司开发部门。但是，未完成的装置却突然失控，热斗让洛克人进入打算停下装置。就在洛克人等人破坏了卡布冈公司的保全系统，往装置核心前进的时候，却发生了以卡布冈公司为中心的大范围的不明大规模停电。

泡泡人出现在洛克人等人面前。众人询问他是在哪裏找到托里尔之後，泡泡人说出是在亚美罗巴军队的老旧军事设施伺服器世界裏。为了调查，炎山前往亚美罗巴，在应该无人的基地遇见一名少女。另一方面日本的伺服器世界发生了领航员大量失踪事件。热斗和洛克人查出事件元凶是兽裔兵法老人。而兽裔法老人却将抓来的领航员改造成自己的手下攻击洛克人。

兽化之後的洛克人在打倒兽裔兵之後依然没恢复原状，持续破坏网路城市。连热斗拼命的呼唤也无效，让热斗等人非常错愕。萝露和葛莱德想用麻痹攻击制止兽化洛克人的行动也失败了，兽化洛克人躲进伺服器世界的深处，就此失去踪影。神祕的少女出现在情绪低落的热斗面前，打探托里尔的消息。

神祕的少女转学到热斗的班上，很快成为男生的焦点。热斗对於少女一直打探托里尔和洛克人的关系感到困惑。另一方面，数字人在网路城市裏遇到跟自己一模一样的网路领航员。另一位数字人知道水人等人要去见洛克人，就和真正的数字人调包，打算接近洛克人。看到两位宛如双胞胎般的数字人在战斗让萝露等人很惊讶…。

冰冻人发现受伤的兽裔冷冻人误闯伺服器世界的祕密基地。兽裔冷冻人想要摆脱冰冻人，可是冰冻人因为担心所以看顾著兽裔冷冻人。这个时候，连续发生了冰系的领航员被不明人士袭击的事件。进行调查的热斗和洛克人推测应该是和兽裔兵有关。接著又收到小透的联络表示冰冻人下落不明。

祐一朗和名人接下深海调查艇上的工作，热斗和美露也跟著来到海边。但是法尔沙的兽裔闸门人想抓走托里尔早已潜伏在船上的伺服器世界。而有相同目的的库雷卡的急速人也藉由复制实体实体化，直接攻击船只。热斗赶忙用双向融合应战。不料兽裔闸门人夺下了深海调查艇的系统，要求用托里尔交换艇内的祐一朗和美露的性命。

再度兽化而失控的洛克人在深海艇的系统内追逐兽裔闸门人并且造成破坏。热斗等人束手无策。这时候为了解救兽裔闸门人，新的兽裔兵-燕子人出现了。燕子人注意到兽化洛克人旁的少女领航员很可疑。於是兽裔燕子人实体化，攻击那名领航员的使用者-艾莉丝。热斗跟艾莉丝一起躲进了船内。在混乱的情况中，无法控制的深海艇裏面有祐一郎和美露在等待救援。

托里尔由网路警察保护著，法尔沙和库雷卡两方阵营得到这项情报之後，为了争夺托里尔，不断派出兽裔兵到网路警察的伺服器世界裏。在网路警察待命的炎山，迪卡欧，丁戈，美露，再加上雷火，合力将敌人击退了。网路警察原本的目的是要抓住在搜寻托里尔的神祕少女领航员以及艾莉丝。如预期地，少女领航员进入网路警察的伺服器世界裏，却因为库雷卡和法尔沙的战斗而下落不明。

法尔沙军和库雷卡军找到托里尔所在位置之後，与兽化病毒大军一起发动攻击。洛克人等人为了守护托里尔挺身而战。照著祐一朗的作战计划成功的将双方人马封闭在伺服器世界的一角，不料库雷卡军的兽裔黑暗人却成功脱逃并且接近托里尔。在兽裔黑暗人压倒性的强力攻击之下，洛克人他们陷入了危机，幸亏有艾莉丝的领航员的帮助而化解了危机。之後艾莉丝开始说出关於彼方世界以及托里尔的事情。

热斗等人被连接彼方世界的次元裂缝吸进去了。彼方世界，那是一个现实空间与电脑空间交错的神奇世界。拯救遭到实体化病毒攻击的热斗的竟然是巴雷尔上校。热斗很高兴见到了熟人，巴雷尔却像是第一次见到热斗似的。与巴雷尔并肩战斗的卡尼尔也不同於以往认识的卡尼尔，洛克人为他的冷酷感到不解。这个时候兽裔眼镜蛇人为了抓走托里尔袭击而来。

炎山和美露与热斗等人失散，来到废墟般的彼方世界。两人遇到在荒野奔驰的货物列车，认识了列车司机-铁国男以及他的领航员-冲锋人。炎山一行人搭著国男的列车来到某城镇。那是一个铁路网络极度发达，风格回异的城镇。在那裏出现了库雷卡军的兽裔废铁人。吞噬铁轨的兽裔废铁人和兽化病毒一起想要攻陷城镇。炎山让布鲁斯实体化，打算制止兽裔废铁人…

热斗和众人失散的情况下，来到了一处小渔村。热斗与洛克人恰巧在那里救了一名受到兽化病毒袭击的少年-小次郎。村子里一名很会作菜的女性-香菜，她为了答谢热斗救了小次郎，而准备了一桌好菜请热斗吃。虽然香菜个性活泼，其实有一段痛苦的过去。香菜过去担任厨师的豪华客船受到兽裔兵的攻击而沈没，存活下来的只有香菜一个人。香菜和领航员-利爪人一直在等待向兽裔兵报仇的机会。

雷火和丁戈为了寻找热斗等人迷失在彼方世界的山中，此时出现了一位仙人风骨般的老人。相信他可以听到风声进而得知热斗的所在地的雷火等人却被他带到温泉街-亚米伊达。老人家没钱却在餐厅大吃大喝，大泡温泉，让遭到牵连的丁戈和雷火叫苦连连。这时候，在温泉街亚米伊达当老大的维纳斯和影像人这对搭档来了。雷火和丁戈派出侦察人和战斧人击退了让镇上居民困扰不已的影像人…

炎山和美露为了寻找热斗等人来到某个镇上，遇见了挖洞专家土太郎和回收业者培利斯。这时候有位像似有钱人的女性-米莉欧妮雅来访。米莉欧妮雅是因为看上能够挖掘坚硬岩盤的土太郎等人的技术，要委托他挖出藏在岩山深处的宝藏。两个人很高兴的接受了委托，但是炎山却对米莉欧妮雅的言行感到可疑而开始调查。另一方面，美露为了协助土太郎等人而跟著来到了现场。

热斗和雷火、丁戈在香菜的村子裏重逢。丁戈为了寻找咖哩的材料到山裏去，却在湖边被潜水艇外形的领航员-潜水人抢走了他抓到的猎物。丁戈追著潜水人潜入了湖裏的城堡，得知城堡主人黑须和绮萝路与兽裔兵联手，靠著控制湖水而支配附近的村子。甚至还得知艾莉丝被关在城堡裏。绮萝路追上救出艾莉丝的丁戈和战斧人，并且派出领航员-马戏人对付他们。

兽裔乌云人率领的法尔沙军队对异次元空间研究所发动总攻击。洛克人，萝露，战斧人立即实体化应战。炎山和雷火启动研究所的防卫系统想阻止法鲁札军队的前进。但是却被法鲁札闯入，破坏了研究所。为了和法尔沙交战，洛克人兽化了。

热斗等人前往威利研究所，却遭到法尔沙军的兽裔剪刀人攻击。洛克人等人准备应战，这时候杀手人和他的使用者-达克.基刹奇出现，删除了兽裔剪刀人。根据基刹奇的说法，前方有法尔沙军建构的要塞，如果不摧毁那裏就无法前进。基刹奇为了完成任务要单独前往，热斗自愿助他一臂之力。这时候兽裔剪刀人的弟弟们为了向基刹奇和杀手人报仇，开始实行作战计划。

被兽化因子入侵的卡尼尔现在成了库雷卡的战士，立下不少战功。热斗等人为了到威利研究所，途经已成废墟的都市时遇到兽裔卡尼尔。兽裔卡尼尔为了夺取同步化抗体不断的向托里尔逼近。洛克人等人只好应战。甚至库雷卡也现身阻挡在洛克人等人面前。这时候，祐一朗为了对抗向现实世界进攻的库雷卡，法尔沙两阵营的兽裔兵，召集了双向融合人员。

在库雷卡与法尔沙鷸蚌相争之中，威利的手下黑须和绮萝路捉走了托里尔。洛克人等人的实体化也到了极限，热斗等人山穷水尽。热斗和炎山，雷火，不顾危险进行双向融合应战，却在双方阵营的猛攻之下倒下了。然後现实世界开始出现次元裂缝。彼方世界的威利博士利用托里尔开始进行某项计划。

库雷卡和法尔沙的对决分出高下的那一刻，威利发动了同步化抗体的力量。结果诞生的是库雷卡和法尔沙合体之後的-超电脑兽。超电脑兽以压倒性力量开始破坏彼方世界。热斗等人束手无策。另一方面，在现实世界裏，查理一行人聚集在持续扩大的次元裂缝前。祐一朗和热斗通讯了解状况之後，想到了消灭兽化因子的方法，但是这方法还是需要托里尔的力量。不过托里尔的身体却开始资料分解了。