热斗从威利博士处得知，迪奥，这个地球外的领航员，已经下达了毁灭地球的审判。双向融合后的热斗与炎山来到迪奥的彗星上，迪奥对他们双向融合的形态感到奇怪，为了看看这股力量究竟有多强大，他决定给人类一个机会，也是一次考验。地球会不会就此毁灭？热斗等人能否经受迪奥的考验？

熱斗從威利博士處得知，迪奧，這個地球外的領航員，已經下達了毁滅地球的審判。雙向融合後的熱斗與炎山來到迪奧的彗星上，迪奧對他們雙向融合的形態感到奇怪，為了看看這股力量究竟有多強大，他決定給人類一個機會，也是一次考驗。地球會不會就此毁滅？熱斗等人能否經受迪奧的考驗？

熱斗、ロックマンたちの活躍によりDr.リーガルとレーザーマンは倒され、地球には平和が訪れた。だがそれも束の間、地球はさらなる危機に直面していた。リーガルの背後にいた「デューオ」という未知なる存在である。 デューオとは、彗星に偽装し、はるか遠い異星より地球に接近してきた地球外ネットナビ。その目的は宇宙を探査し、危険な惑星を見つけ抹殺することだ。リーガルの起こした事件を観測したデューオは、地球という惑星に対し「抹殺」という審判を下した。 現実世界の世界各地に多数のウイルスが実体化・巨大化し、街を破壊しはじめる。熱斗とロックマン、炎山とブルースはクロスフュージョンし、地球を襲う異変に立ち向かおうとするが、その時、熱斗たちはデューオ、そしてデューオに仕えるナビ、スラーと邂逅する。デューオは、人間とナビの融合、クロスフュージョンに興味を持ち、地球の未来を見届けたいと考えた。

デューオは地球抹殺の前に人類に試練を与える、と言う。

地球抹殺を回避したければ、その試練を乗り越えよ、というのだ。人類には猶予が与えられたのである。

デューオの試練とは一体何なのか。スラーが人々へ与える悪の芽、アステロイドとは何者なのか。熱斗たちの、地球と、サイバーワールドを救うための戦いは始まったばかりである。