ある日、熱斗たちの前に巨大なメットールが出現し暴れ始め、街は大混乱となった。ディメンショナルエリア無しで何故サイバーワールドの存在であるウイルスが実体化したのか、謎は深まるばかりだが、事態を食い止めるため、科学省はディメンショナルエリア展開装置を使い、メットールを閉じ込めようとする。そこに居合わせた熱斗と炎山はクロスフュージョンして巨大メットールと戦い倒すが、その後ロックマンが行方不明となってしまった。ロックマンを捜索する熱斗と炎山は、その途中でとある老人と出会い、地球に近づきつつある新たな危機、「デューオ」という地球外ナビの存在について聞かされる。

宇宙の彼方から彗星に偽装し地球に接近してきた「デューオ」の目的とは、地球抹殺だという。そしてそれを知ったフォルテはデューオを倒す為の力を欲していた。熱斗と炎山は、ロックマンとブルースを彗星に送り込もうとするが、その時世界各地で大量のウイルスが巨大･実体化、地球は崩壊の危機に陥る。クロスフュージョンして戦おうとする熱斗たちの前に、デューオが現れた。デューオは人間とナビの融合であるクロスフュージョンに興味を示す。

炎山の頼みでIPCが経営するサファリパークのコマーシャル出演を引き受けた熱斗は、撮影現場で職員の犬飼と出会う。犬飼の動物への手荒な扱いに腹を立てた熱斗は、犬飼に抗議、険悪な雰囲気となる。その夜、犬飼の元にスラーと名乗るナビが現れ、犬飼にアステロイド・ビーストマンを与え、去っていった。犬飼はビーストマンの力で猛獣を操り街を襲撃、それを止めようとする熱斗と炎山だが、実体化したビーストマンが二人に襲いかかってきた。

秋原小学校の給食に異変が発生｡メニューの中から野菜が消えてしまったのだ｡好物のカレーも具無しで大憤慨の熱斗｡給食センターの調理プログラムが何者かによって改ざんされているというのだ｡ネットセイバーとして､というよりカレー好きとしてこんなことが許されるかー！と犯人探しに奔走する熱斗は､野菜嫌いの少年･まめ男が怪しいと睨む｡一方､事態はさらに悪化､学校給食だけでなくニホン中から全ての野菜が消えてしまう｡全てはまめ男に与えられたアステロイド･プラントマンの仕業だった｡

ニホン各地で起きている盗難事件を調査する熱斗＆ロックマンは、なぜか行く先々でヘリコプターのパイロット・チャーリーと出会う。不審に思った熱斗がチャーリーを問い詰めると、チャーリーは自分のナビ、ジャイロマンでロックマンを攻撃してきた。そこに炎山から通信が入り、犯人の手がかりが掴めたという。現場に駆けつけた熱斗とロックマンはデザートマンに襲われているジャイロマンを助けることに。

ドジで冴えないOL・ユイの元にある晩スラーが現れ、アステロイド・ストーンマンが与えられた。が、仕事に疲れていたユイはその出来事を夢だと思い、ストーンマンに気づかず翌日になってしまう。その後、ユイのちょっとした愚痴をオペレーターの命令だと思いこんだストーンマンは暴走を開始。ユイが触れるもの全てを石化させてしまう。ユイの落し物を届けにユイの会社を訪ねた熱斗は、そこでの騒ぎに巻き込まれ、実体化したストーンマンと戦う。

ネットナビを使い無人の車を走らせるというカーレースに参加することになったIPC社。ドライバーはブルースとロックマンだ。それに対抗するのは西古レイ率いるチームシャイン。ナビの性能差に苦戦する西古はスラーに誘われるままアステロイド・フラッシュマンを使う。フラッシュマンはその能力で他車を排除しレースを走行、ロックマンとブルースにも妨害を仕掛けてくる。

アメロッパの砂漠地帯で起きた謎の巨大爆発を調査するため祐一朗と熱斗、炎山はアメロッパへと向かった。高熱を発する爆発跡へはロックマンとブルースが無人車輌を使い観測することになるのだがサイバーワールド内に過去絶滅したはずの旧型ウイルスが出現、ロックマン達に襲いかかってきた。ロックマン達を救ったのはカーネルと名乗るナビ。そして現実世界でも旧型ウイルスが実体化し熱斗たちを襲う。祐一朗はこの爆発はデューオに関連があるのではとないかと考える。

ガウス会長の娘テスラが犯罪組織ネオワールドスリーの設立を発表、活動の手始めに禁固刑受刑中の父ガウスを奪還すると宣言した。テスラの配下となった犬飼、砂山、西古はアステロイドを使いサイバーワールドと現実世界の両面からの刑務所襲撃計画を立てる。刑務所の警護についた熱斗とロックマンは刑務所の管理システムに侵入してきたビーストマンと戦うが、テスラの目的は別の所にあった。

映像作家のナルシー・ヒデは自作品をクライアントに酷評され憤慨。そこに現れたスラーからアステロイド・ビデオマンを渡され創作意欲に燃える。チャーリーのヘリをチャーターしたナルシーは街を空撮して新たな映像を制作。その後ナルシーの作った映像が現実化し、街に異変が起きるという事態が発生する。チャーリーと熱斗はナルシーとビデオマンを追ってオーロラビジョンのサイバーワールドにプラグインするが･･･

動物の食玩にハマリ中の熱斗は食玩マニアの名人と意気投合、お互いのコレクションを交換したりして盛り上がる。その頃、ネオWWWの犬飼は世界に恐怖と混乱を撒き散らすべく、ビーストマンを使った乗り物猛獣化作戦を開始。あらゆる車両が動物に変身し暴走を始めた。

ロックマンはビーストマンを追い、バトルとなるがビデオマン、デザートマン、フラッシュマンに囲まれてピンチに陥る。

ジャワイ島へ遊びに来た熱斗は、マハ二番でディンゴという名の少年にカレー勝負を挑まれ受けるが結果は引き分け。ならばネットバトルで決着を付けようということになり、ロックマンとディンゴのナビ・トマホークマンのバトルとなるがこれも引き分けに終わる。勝負は明日に持ち越しということになるが翌日、ジャワイ島全土から全てのカレーが盗まれるという事件が起きる。熱斗とディンゴは消えたカレーを捜しジャワイ中を駆け巡る。

チョイナから来た少女ジャスミンとそのナビ、メディ。薬剤師になるため修行中だという彼女は師匠カルダモンの言いつけでとある薬草を探すためニホンにやって来たのだという。ジャスミンの薬草探しを手伝うことになった熱斗だが見つからず悪戦苦闘。一方、製薬会社の社長ベンゲルはカルダモンの秘薬を手に入れようとジャスミンを付け狙っていた。連れ去られたジャスミンを追う熱斗は製薬会社の研究所に忍び込みジャスミンを助け出そうとするのだが･･･

世界各地でナビが大量に失踪する事件が発生。アメロッパでは炎山とラウルが、日本では熱斗が捜査を開始する。ロックマンや名人のおかげでその手口がデータ圧縮によるものと判明するのだが、犯人がわからない。そこで炎山とラウルはひと芝居打って犯人をおびきだそうとする。果たして犯人は誰か？その目的は？

いくらダイエットしても体重が増え続ける、という現象に悩まされている真辺。犯人は真辺に追われて逃亡生活を余儀なくされていることを逆恨みするネット犯罪者、マックとハリーの兄弟だ。二人に与えられたアステロイド・グラビティマンの力で真辺の乗る体重計を操作、ダイエットのしすぎで弱らせてしまえという、なんともせこい逆襲なのだが、どんな過酷なダイエットにも耐える真辺にタジタジの二人。そんな時、熱斗たちは深海調査用潜水艦のウイルスチェックという任務につくことになる。

巷に再びダークチップが蔓延しはじめた。今回のダークチップは普通のチップに偽装しており、人々はナビの性能がアップする便利なチップとして使い続け、結果中毒症状を起こしたナビが暴走して事件を起こすという。リーガルを倒したのに何故、と不思議がる熱斗とロックマンはダークチップ工場を突き止めようと奔走する。そのころシャーロからはライカが極秘任務のため、ニホンに来ていた。

博物館、美術館から刀や槍が盗まれるという事件が連続発生。犯人はアステロイド・ヤマトマンだ。現場で実体化し、目当てのものを持ち去ってしまうという。熱斗とライカは事件を追うが、オペレーターの正体が掴めないでいた。ライカは、丁度その時期ニホンに来ていた友人イリヤが、ニホンの伝統的な武器類に異様に執着していることに気づき、不審に思い始める。

花火職人・六尺玉燃次の空っぽのＰＥＴに転がり込んできたアステロイド・ナパームマン。本来は爆破事件の犯人・土門凱のナビだったのだが、ロックマンとの戦いで傷つきサイバーワールドをさまよううち、辿りついたのが燃次の元だったのだ。燃次は黙して語らないナパームマンに勝手に燃次郎と名づけ、必死で看病する。熱斗とロックマンは行方不明のナパームマンを捜して燃次のところにやってくるのだが、燃次はそんな凶悪なナビはここにはいない、と熱斗を追い返してしまう。

南の島・リゾートアイランドでバカンスを楽しむテスラにチャーリーが声をかけてきた。テスラはチャーリーにわがままを言い放題。だがチャーリーはテスラの望みを全て叶えてみせる。そんな時大きな嵐が島を直撃、テスラたちは島に閉じ込められてしまう。仕事に戻りたいテスラはヘリを飛ばしてやると豪語したチャーリーを信じて嵐の中のフライトを決行する。一方熱斗と祐一朗は、通信衛星打ち上げ準備の手伝いのためリゾートアイランドから程近いタネカ島に来ていた。

とある病院で、長く意識不明だった患者が目を覚ました。行方不明だった岬刑事だ。岬の回復を喜ぶ熱斗。だが、岬を病院に運び込んだと思われる女性、大園ゆりこについては何の手がかりもないままだ。そんな折、病院付近でアステロイド・ボンバーマンによる事件が発生。岬はプリズマンでボンバーマンと戦うが、ボンバーマンは実体化して岬に襲いかかってきた。絶体絶命の岬の前にゆりこが現れる。

旧WWWのカレーショップ・マハ一番がニホンに戻ってきた。大喜びで食べに行く熱斗。そこにはネットバトラーとしてではなくカレー職人として生きていくという決意をしたデカオの姿があった。一方、ネオWWWの砂山は次の作戦の為に秋原町のガス施設にデザートマンを送りこみ、なにやら企んでいた。ガスが止まってカレーの仕込みが出来ない、ということで原因究明に乗り出したデカオたちは、奪われたガスを追いデザートマンと対決する。

アニマルファームのパンダのダンパが病気にかかってしまった。パンダの故郷・チョイナに行けば伝説の薬剤師が特効薬を調合してくれるという話を聞いた熱斗はチョイナへと飛ぶ。伝説の薬剤師を捜し、山岳地帯へ分け入る熱斗。なぜか山道には様々な電子トラップが仕掛けられていた。苦労の末、山の頂上に辿り着いた熱斗はジャスミンと再会する。伝説の薬剤師とはジャスミンの祖父であり師匠でもあるカルダモンのことだったのだ。

やいとがプロデュースするナビのドレスアップチップ・デザインコンテスト。大賞に輝いたのは何とナルシー・ヒデの作品ピンクバニーだ。これを機に悪事から足を洗い芸術に生きる！と決心したナルシーはネオWWWに辞表を叩きつけ、受賞式に赴くがそこで応募資格が小学生限定だったと判明、会場を追い出されてしまう。逆恨みのナルシーはビデオマンを使い、ガブゴン社のゲームキャラにウサギ耳をつける、という嫌がらせを始めた。熱斗とロックマンはやいとに頼まれ事件解決にあたるのだが…

テスラの誕生日が近づいてきていた。犬飼たちはプレゼントを用意するがテスラはお気に召さない様子。こうなったら自分で自分のバースデイプレゼントを手に入れてやるわ、とテスラはある作戦を練りはじめる。そしてネオWWWのアステロイドが街で実体化するという事件が連日のように発生。だが不思議なことに熱斗が駆けつけクロスフュージョンして戦おうとすると相手は何もせずに逃走してしまうのだ。ネオWWWの狙いが何なのか掴めない熱斗たち。果たしてテスラの誕生日当日、何が起きるのか？

共同でクロスフュージョン研究所を建設することになったシャーロとクリームランド。国境付近のその土地へお忍びで視察に訪れたクリームランドのプライド王女はそこでライカと出会う。そこにアステロイド・エアーマンが侵入、ライカとプライドはサーチマンとナイトマンで対抗するが、エアーマンは実体化し研究所を破壊し始めた。電波妨害により救援も呼べない状況となり、ライカとプライドはＲエアーマンに追われて雪原を彷徨う。二人が行方不明だと連絡を受けた熱斗は必死で捜索するが…

熱斗とロックマンは自動車博物館で案内嬢プログラム・ルートと出会う。ルートはかつては車のオートパイロットシステムを司るプログラムとして開発されたのだが、システムは実用化されず今は博物館のナビ役を勤めているという。その夜、博物館のシステムがアステロイド・ブライトマンに乗っ取られ、街中の車が勝手に動き始めた。名人の車もコントロールがきかなくなるが、同乗していた熱斗の元にルートが助けを求めてくる。

頻繁に起きるアステロイド事件に疲れ気味の熱斗。デカオはそんな熱斗の助けになりたいと思い、科学省の祐一朗の元を訪ね、自分もガッツマンとクロスフュージョンさせて欲しいと願う。が、取り合ってもらえずがっかりのデカオ。そこに通りがかった名人が自分の研究室へとデカオを誘い、自分の研究によるクロスフュージョンを試してみないかと持ちかけてきた。だが実験の直前、恐竜ランドで事件発生との連絡が入り、デカオとメイルは現場へ向かう。

アメロッパで、システム侵入事件が発生。犯人を追う炎山とブルースは、刑務所から出所したばかりのネット犯罪者、ラットとアステロイド・ドリルマンが事件を起こしていることを突き止める。侵入方法について調べを進める炎山は、ネットワーク社会の黎明期である二十年前、同じ手口で銀行のシステムを荒らした人物がいると知る。ラットとその人物とのつながりを求めてネット刑務所を訪れた炎山は、当時の事件にカーネルという名のナビが関わっていることを聞かされ驚く。

ネット警察が作成したネオWWWの手配書…そこにはテスラの年齢が誤って記載されていた。それを知ったテスラは大激怒、ネット警察への報復作戦を練る。一方その頃、警察主催のロボットバトル大会が開かれることになり、燃次がイベント演出用の花火を担当することになった。そしてイベント当日、最新型のロボット30（サーティ）が暴走、会場はパニックとなる。30に乗り込んでいたのはテスラだった。熱斗と燃次は何とかして30を止めようとするのだが…

秋原町に突如シェードマンが現れ、街を破壊しはじめた。過去、レーザーマンによって倒されたはずなのに何故、といぶかしがる熱斗たち。祐一朗は時空の歪みが発生した影響ではないかと推測する。クロスフュージョンしてシェードマンと戦う熱斗と炎山、そして二人を助けるゆりこ。祐一朗は時空の歪みの謎を解明するため、ロックマンとブルースを過去のサイバーワールドへ送り込むことを提案する。

シェードマンとバブルマンが過去の世界へ飛んだことで歴史は一変した。今や世界はダークロイドの支配下にあった。ロックマンはシェードマンの行動を阻止しようと、二十年前のサイバーワールドへ向かうが熱斗との通信は途絶えてしまう。ロックマンはシェードマンを追う途中でカーネル、そしてカーネルのオペレーター、バレルと出会う。未来を救うためシェードマンと戦うロックマンとカーネル。だが、シェードマンに傷つけられたロックマンの体に異変が起きる。

ディンゴの幼なじみの少女シャンカが秋原美術館を訪れていた。展示中のトーテムポールはかつてディンゴの村でトーテム様と呼ばれ守り神としてまつられていた。何百年も前に盗まれ永く所在が不明だったのだが最近になって発見され返却されることになってシャンカが受け取りに来たのだ。そんな事情を知らないディンゴはトーテム様を取り返そうと美術館に忍び込む。そして時を同じくして何故かナルシー・ヒデがトーテム様を狙い美術館を襲撃。熱斗たちは奪われたトーテム様を追う。

再びニホンにやって来たジャスミン。アニマルファームで元気になったパンダのダンパを見て喜ぶジャスミンだが、そこにケガをしたイルカが保護されてきて、イルカの看病にあたることに。イルカを傷つけていた犯人はネオWWWの犬飼だった。イルカを操ってダークチップ密輸の道具にしていたのだ。熱斗とジャスミンはデカオ、マハの協力を得てその企みを止めようとするが、犬飼はビーストマンと馬之助を使って反撃してきた。

メイルに引っ張られ秋原コンベンションセンターに来た熱斗。そこでは「世界のセレブご愛用品展覧会」なるイベントが開催されていた。イベント内の催し、ミス・ティアラコンテストに出場するというメイルだが、そこに女装したガウスが乱入、更には色綾まどい、賞品欲しさで参加を決めた舟子、会場警備に来た真辺も加わってコンテストは波乱の予感。そしてテスラもまた、黄金のティアラを狙い変装してエントリーしてきた。会場にいたチャーリーはテスラの正体を見抜くのだが…

自分の手で仲間たちをデリートする、という悪夢を見たというロックマン。心配になった熱斗はロックマンを科学省で検査してもらうことにする。科学省にはメイルたちも来ていた。ロールやアイスマンが昨夜何者かに襲われ、デリート寸前の姿で発見されたというのだ。ロックマンの検査結果は異常なしと聞き安心する熱斗だが、その後のロックマンに不審な行動が見られるようになる。「熱斗のため」という大義名分で悪事を働くようになったのだ。ロックマンの悪事はエスカレートし、遂には警察に逮捕される事態となる。

突然熱斗をたずねてきたやいと。自分が主催するパーティーのために花火を打ち上げたいというので熱斗は燃次を紹介する。キングランドのパーティー会場にはデカオ、 ディンゴ、ヒノケンもカレー作り要員として連れて来られていた。だがそこへロックマン抹殺を命じられたクラウドマンとブリザードマンが乱入、会場に猛吹雪を巻き起こし 熱斗達を凍えさせてしまう。熱斗はロックマンでクラウドマン達を倒そうとするが、システムが氷に覆われプラグイン不可能となっていた。

ロックマンと親しげなメディの様子に心穏やかでないロール。メイルの方は、ジャスミンが熱斗と仲良くしているのを見ても、単なる友達でしょ、と気にしていなかったのだがアネッタがやって来て、このままでは取られちゃうわよ、とメイルを焚きつけ最近流行の占い師、安藤ロメダのもとへ連れて行く。恋占いを得意とするロメダにはアステロイド・スターマンがついていた。大きな予言で世間をあっと言わせたいと望むロメダにスターマンはある事件を起こす事を提案する。

犬飼とビーストマンが科学省を襲撃、ディメンショナルジェネレーターを破壊してしまった。その日は日食による影響で海外からディメンショナルエリアをはることが不可能。全て計算済みの襲撃計画だったのだ。ナルシーとビデオマンはその間にウイルスを巨大・実体化して街を襲うがクロスフュージョンの出来ない熱斗にはなす術も無い。そんな時、マハ一番ダッシュにDr.ワイリーが現れる。ワイリーはネオWWWの悪行に対抗するいい案があるとマハ・ジャラマたちに持ちかけてきた。

軌道エレベーターの見学にやって来た熱斗とメイル。その頃ネオWWWは軌道エレベーターの乗っ取りを決行、展望室にいた熱斗はトイレの中に閉じ込められてしまう。管制室を占拠した砂山と西古は人工衛星を地上に落とし、世界に恐怖と混乱を巻き起こそうとしていた。メイルの活躍で熱斗はなんとか脱出に成功。熱斗とメイルはクロスフュージョンしてＲフラッシュマン、Ｒデザートマンと戦う。

サイバーワールド内にダークロイドが次々と出現、対応に追われる熱斗とロックマンだが実体化したコスモマンとの戦いに破れ、シンクロチップが壊れてしまう。シンクロチップを直してもらうには、シャーロに出張中の祐一朗の所へ行かなければならない、ということで熱斗はチャーリーのヘリで祐一朗のいるクロスフュージョン研究所へ。だがそこにもダークロイドが現れ破壊活動を開始、熱斗の行く手を阻む。

ダークロイドに乗っ取られた巨大な掘削（くっさく）機械・エクスカベーターがシャーロを襲う。街を破壊しながら進む機械を止めるため、ライカの他、新たなクロスフュージョンメンバーが出動。熱斗はシンクロチップの修復が終わるまで待機しているしかない。そんな時、クロスフュージョン研究所内にダーク・ミヤビが侵入、シンクロチップを奪って逃走する。ミヤビを追う熱斗だが、ミヤビはシャドーマンを使い、ロックマンにバトルを仕掛けてきた。

ロックマン抹殺の依頼を遂行しようと暗躍するダーク・ミヤビ。だが、ミヤビの前にゆりこが現れミヤビの行動を阻止しようとする。ミヤビは立ち寄ったマハ一番ダッシュで熱斗と遭遇。仕事人のプライドにかけロックマンをデリートすると宣言するミヤビだが熱斗はデューオの紋章を持つ仲間としてミヤビに接する。その頃街では銀行強盗が多発、犯人はアステロイド・ソードマンを得たミヤビの同業者だった。実体化したソードマンに苦戦するCFロックマンを見つめるミヤビの前にワイリーが現れる。

祐一朗の発案で、クロスフュージョンメンバーによる合宿が行なわれることになった。場所はひと気の無い静かな浜辺。海で遊びまくり、夜は花火や肝試しに興じる熱斗たち。合宿にはなぜかやいととアネッタも参加、マハ一番の面々はその横に海の家を出店、さらにはまりこ率いる温泉部も合流して大騒ぎとなる。この合宿にどんな意味があるのか、ひとり悩む名人だが…

南アメロッパ・ジャングル奥地の遺跡でデューオの紋章と同じものが記された石版が発見された。調査に向かった炎山は遺跡の中にディメンショナルエリアによく似たバリアが張られていると知り驚く。炎山の報告を受けた祐一朗は熱斗、チャーリー、ジャスミン、燃次を南アメロッパに呼び寄せる。クロスフュージョンして遺跡内部へと進入する熱斗たちの前に出現したのはスラーのような姿をしたナビの映像だった。

ネオWWW壊滅以来、行方のわからなくなってたテスラとガウス。そんな時マハ一番ダッシュにガウスが駆けこんで来た。ダークロックマンに監禁されているテスラを救出してほしいというガウス。居合わせたエレキ伯爵はガウスの言動を不審に思うが、熱斗はテスラを助けに行くことに同意。チャーリーや燃次、ディンゴたちと共にダークロイドのアジトに乗り込む。

仕事を終えたチャーリーが自分の部屋に戻るとそこにはテスラが居座っていた。ダークロックマンへ仕返ししたいと言い張るテスラ。その頃、ゆりこは何者かに呼び出され、無人の工場跡地へ向かっていた。そこに現れたのはダークロックマンとコスモマン。ダークロックマン達はゆりこの紋章を狙いディメンショナルエリアを張って攻撃してきた。ゆりこはニードルマンとクロスフュージョンして応戦するが、二対一では流石に苦しい戦いとなる。

世界各地にアステロイドが蔓延、人々を襲いはじめた。熱斗たちはクロスフュージョンして戦うが、その数は増えるばかりだ。対策を練っていた科学省にカーネルから通信が入る。スラーを倒さなければアステロイドは増え続けるというのだ。ロックマン、ブルース、サーチマンは、スラーと応戦中だと言うカーネルのもとへ駆けつける。だがスラーの力はあまりにも強大だった。

デューオの彗星の在り処が判明し、熱斗とロックマンはアメロッパの時空タワーへと向かった。そこにリーガルが現れ、時空タワーのシステムを乗っ取ってしまう。リーガルの目的はデューオのテクノロジーを手に入れることだったのだ。ダークロックマンを過去へ向かわせ、デューオの彗星にアクセスしようとするリーガル。それを阻止するため、ロックマン、ブルース、サーチマンは過去のサイバーワールドへと飛ぶ。ダークロックマンと対峙するロックマンだが…。

デューオの彗星は地球抹殺プログラムを発動させた。それを止めるにはデューオの紋章13個を集めなくてはならない。だがバレルは既に死亡しており回収は不可能だ。熱斗と炎山は、バレルの紋章の手がかりになるものはないかとバレルが生前住んでいたマンションを訪れる。その部屋で二人はドクターワイリーと出会う。過去の出来事を語るワイリー。バレルは未来のために、命も顧みず熱斗達のいる現代へと飛ぼうとしていた。

過去からバレルがやってきたことでデューオの紋章をすべて揃えたクロスフュージョンメンバーたちは、地球消滅を止めるべく紋章の力でデューオの彗星へと向かう。そこへ、すでにすべての紋章を奪い、デューオの力を掌握したかに見えたドクターリーガルが立ちはだかるが、デューオは彼を一蹴し、地球消滅を実行してしまう。しかしデューオの、ロックマン達ネットナビと熱斗達人間の友情が理解できず困惑する姿を見たバレルは、地球を復活させるべく、デューオに驚くべき提案をする。