Having gotten a hold of the Darkloids' Dimensional Area generator, SciLab has brought in Dr. Regal to investigate its mysterious energy source. Dr. Regal finds a way to power up the generator, but then a Darkloid named SparkMan shows up and uses the energy of the generator to drain the strength from CrossFusion MegaMan and CrossFusion ProtoMan during a battle! SparkMan succeeds with his mission to destroy the generator, and the secret of its power source comes out--it runs on data from captured NetNavis.

为了彻底将黑暗机器生命体的异次元转换器研究透彻、科学省特地请到能量工学界的专家：利卡尔博士来、谁知道就在他修复了转换器之后、竟然将布鲁斯和洛克人身上的能量吸走、让它们无法对抗前来破坏的火花人…

ディメンショナルコンバーターの研究のため、超エネルギーの世界的権威、Dr.リーガルが科学省に招かれた。リーガルの手で修復されたDCにロックマンとブルースがプラグインした途端、DCが作動する。