熱斗はナビのデータをオペレーターにシンクロさせて実体化させる実験に立ち会うため、科学省の祐一朗を訪ねる。その時、同省では室内の空気が無くなるという事件が発生。これは謎のナビ・ビーストマンの仕業だった。

メイル、チサオと共にネットシティの見学に向かった熱斗。そこに巨大UFOが現れネットシティを破壊し始めた。シティを守るためロックマンは巨大UFOに乗り込むが、ビーストマンの攻撃を受けて倒れてしまう。

水道トラブルが続出し、調査することになった熱斗。水道局のシステムにプラグインすると、犯人ナビ・バブルマンは全世界のトイレの水を逆流させるという恐るべき計画を明かし、実体化して襲いかかってきた。

町中の電力供給のバランスが崩れる事件が発生。その犯人のフラッシュマンと戦ったロックマンはダメージを受け、代わりにメイルとロールがフラッシュマンのもとへ向かうが、ロールがデリートされそうになってしまう。

熱斗たちはよかよか温泉へやってきた。そこで熱斗は、土産物屋の白泉たま子とメタルマンにバトルを仕掛けられ、応じることにした。しかし、いいところで邪魔が入り、バトルは途中で取りやめとなる。

町ではボウリングが大流行。サイバーワールドで活躍する謎のボウラー・ボウルマンは、現実世界でボウリングをしたくなり、謎の男の手で実体化してもらう。そして、町のあらゆる建物をピンに見立てて破壊し始めた。

データを養分にして花を咲かせるナビ・プラントマンにより、サイバーワールドは謎のツタと花に乗っ取られ、ロールもとらわれた。その頃、名人に呼ばれて帰国したヒノケンは、プラントマンと戦うロックマンを救う。

オープン前の科学歴史ランドのシステムチェックを頼まれた熱斗はプラグインするが、それは敵のわなだった。実体化したビーストマンに襲われるRロックマンは、周りが鏡という特殊な状況のためうまく戦えない。

打倒熱斗を誓って修行を積んでいたデカオが帰国したが、ネットセイバーとしての仕事が大切な熱斗は、彼とのバトルをやめてしまう。事情を知ったデカオとガッツマンは、今回の敵・バーナーマンを倒そうと考える。

ダークチップの影響が町じゅうに広がりつつあった。ダークチップを使ったナビは、とても強い力を得ることができるが、その後暴走してオペレーターの手から離れ行方不明になってしまうというのだ。

シャーロ国の軍事基地で、航空管制システム・コントロールXが破壊された。犯人のシャドーマンは世界中のコントロールXを破壊していた。シャーロ国のネットセイバーナビ・サーチマンは、犯人を追って来日する。

ダークチップ製造工場を突き止めよとの指令を受けた熱斗は、捜査の途中で同じくチップ工場を捜していた炎山と出会う。ゆりこを追い詰める炎山だが、すんでのところで工場を爆発し、逃げられてしまった。

キングランドに留学中のやいとから呼び出され、熱斗、メイルらは赴く。そこでやいとは、自分が企画したゲーム「ストロベリープリンセス」の主役のプリンセスが行方不明なので捜し出してほしいと熱斗に頼む。

打倒ロックマンを目指しジャワイ島で相変わらず修行中のデカオは、骨董屋で偶然手に入れたカードリーダー型の機械を使うとガッツマンがパワーアップすることを知り、熱斗とロックマンにバトルを挑む。

デンサン商店街のネットバトル大会で城戸舟子とアクアマンが優勝を射止めた｡舟子は関わる者全てを不幸に巻き込むという悪運少女として知られている｡アクアマンは、舟子を助ける必要に迫られ火力発電所に侵入した。

シータワーの世界物産展にやってきた熱斗はそこで出店していたたま子と出会い、早速メタルマンとバトルを始める。しかし、そこにダークチップの影響で暴走したビーストマンが現れ、ロックマンを攻撃してきた。

サーチマンのオペレーター・ライカがニホンにやってきた。ライカはシャーロ国のネットセイバーだが、ナビと同様、熱斗とはそりが合わないようだ。そんな時、ダークロイド・ビデオマンによる事件が映画館で発生する。

ライカと熱斗に共同で事件の捜査に当たるよう指令が下るが、仲の悪い2人はそれぞれ単独で行動する。事件の首謀者・デザートマンはインビジブル能力を得たためロックマンは苦戦するが、サーチマンは難なく戦う。

ダークチップを求めてデザートマンがネット警察に侵入し、捕獲された。シェードマンはデザートマンを連れ戻すためフラッシュマンを派遣するが、ブルースとロックマンに撃退され、シェードマンは謎の男に助けを請う。

謎の男に不信感を抱くようになったシェードマンは、決別前にダークチップをせしめようと画策する。そんな時、ネット警察にダークチップに関する情報がリークされ､ディメンショナルエリアが発生した。

絶対にロックマンに勝ちたいバブルマンは自分もソウルユニゾン能力を得たいと切望し、まず友達が必要だとの結論に到達。友達を捜してサイバーワールドを巡り、出会ったアクアマン、アイスマンと仲良くなるのだが…。

ディメンショナルコンバーターの研究のため、超エネルギーの世界的権威、Dr.リーガルが科学省に招かれた。リーガルの手で修復されたDCにロックマンとブルースがプラグインした途端、DCが作動する。

温泉部の活動として大地獄谷温泉へやってきた熱斗たち。そんななか、地熱発電所の電脳空間に侵入者ありとの報告があり、炎山もまたネットセイバーの任務で大地獄谷温泉へと赴き、犯人はバーナーマンだと判明する。

サイバーワールドで事件が連続して発生。事件を追う熱斗と炎山は、犯人がロックマンそっくりの偽ナビだと知って驚く。ロックマンが憎いビデオマンがひそかに録画したロックマンの姿を利用し、悪事を働いていたのだ。

ダークチップ密売組織を追う熱斗たちは、監禁されていた少女・アネッタを救出。熱斗と炎山に無邪気に懐くアネッタだが、実はネビュラの手先だった。彼女は過去のある一件で炎山を恨み、復讐を誓っていたのだ。

熱斗と炎山はDr.リーガルのアジトに駆けつけた。そこでなぜかディメンショナルエリアが発生し、ウイルスたちがリーガルを攻撃し始める。それはリーガルの裏切りに逆上したシェードマンの襲撃だった。

ネビュラに狙われているというウェアブルコンピュータのファッションデザイナー、イブ・モレシャンのショーの警護を引き受ける熱斗。しかし、イブはすでに誘拐され、ゆりこと入れ替わった後だった。

炎山が副社長を務めるIPCでは科学省と提携し、新型PETの開発を進めていた。ネビュラの新たな幹部・レーザーマンはIPC研究所を破壊すべく画策。電脳空間からブルースを侵入させてデータを奪うつもりだった。

ダークロイドがサイバーワールドで暴れ、巻き込まれたアクアマンは救ってくれたロックマンに惚れてしまう。終始ロックマンにべったりくっついているアクアマンに、ロールの心は穏やかでなくなる。

熱斗たちはやいとの呼び出しで宇宙ステーションへ連行される。何者かが宇宙に漂うスペースデブリを操り、ガブゴン社所有の宇宙ステーションに衝突させようとしているので何とかしてほしいと言うのだ。

海外赴任していたビーフ司令が一時帰国するため、熱斗は喜ぶ。ビーフ司令は、ガウスとゆりこがダークチップの取引を計画していると聞き、現場に張り込んでいた。そこでガウスはまりこをゆりこと勘違いして連れ去る。

グラビティマンが街を襲い、苦戦する熱斗とロックマンをプリズマンとそのオペレーターの岬が助けた。岬はかつてクロスフュージョンの実験に失敗したものの、今はネット警察に勤務している正義感の強い青年だった。

ディメンショナルエリア内にリアルプリズマンが現れ宝石店を襲撃。真辺に扮したゆりこが岬を連れ去り、クロスフュージョン能力を与えたのだ。このクロスフュージョンにより、岬は精神を破壊されてしまう。

PETが破壊されたと同時にロックマンも大ダメージを負い、熱斗はロックマンを失ってしまう。そこへアメロッパからラウルとサンダーマンが熱斗に協力を申し出て、シャーロからはライカとサーチマンが派遣される。

ロックマンの修復が完了し、あとは新型PETの完成を待つだけとなった日、科学省にディメンショナルエリアが張られ、ダークブルースがPETを狙って実体化して襲撃。居合わせたアネッタに危機が迫る。

新型PETでパワーアップし、バトルチップゲートによる炎山のサポートで無敵状態の熱斗は、襲ってきたソードマンを簡単に撃退し、すっかり天狗になってしまう。これを危惧した炎山はある作戦をラウルに持ちかけた。

南の島、シーサーアイランドで熱斗たちは神殿の巫女・ランとそのナビ・ウインドマンと出会う。その頃、神殿に祀られたシーサー像がゆりこによって盗まれ、その影響で島に大きな嵐が近づこうとしていた。

スパークマンによる列車の暴走事件が発生。解決にあたるサロマはウッドマンを暴走する列車にプラグインし、暴走を止めようと試みる。その列車には遊園地帰りの熱斗とチサオが乗り合わせていた。

シャーロのレアメタル鉱山がネビュラに占領され、熱斗とロックマンはライカを案内役にして鉱山へと急行。クロスフュージョンしてDエリア内に入る熱斗に続き、ライカも無理やりDエリア内に入り込んでしまう。

熱斗がシャーロに行っている最中にニホンのサイバーワールド内で事件が発生。あるゲームに参加し、好成績でクリアしたナビがその後行方不明になってしまうというのだ。炎山はメイルと共に事件の解決に動きだす。

メイルは、ネットセイバーの任務で忙しい熱斗が自分から離れていってしまう気がして、寂しさを感じていた。そんな時、熱斗から誘われ、デートだと舞い上がるメイルだが、その行き先は何と科学省だった。

年寄りの間でもネットバトルは大流行する。熱斗とロックマンはシルバーセンターで老人たちにネットバトルを指導することになり、そこで頑固者で知られるコマ職人の匠転助とそのナビ・タップマンと出会うが…。

夏休みの自由課題で昆虫採集に出かけた熱斗とメイル。虫を追ううち、いつしか謎の空間に迷い込んで帰れなくなってしまった。そんな2人はある塔にたどり着き、塔のサイバーワールドでミストマンと出会う。

メイルの家で自分がないがしろにされていると感じたラッシュは家出をし、現実空間と電脳空間を行ったり来たりするものの行く先々でひどい目に遭う。そして幼いマルモコと出会い、行動を共にする。

リーガルの居所を捜す炎山はネット警察内で調査を進める。それを阻止するためリーガルは過去にデリートされたダークロイドたちを復活させ、ネット警察を襲撃。熱斗とロックマンたちは再生ダークロイド軍団と戦う。

リーガルのアジトはスティルス機能を備えた人工衛星だった。各国のキラー衛星がリーガルの衛星を攻撃するも全て撃ち落とされてしまう。熱斗はやいとに頼んでデカオ、メイルらと共にリーガル衛星へと向かった。

岬に追われるゆりこは逃走中に偶然まりこと出くわし、まりこを盾にして岬を脅すも逃げ切れず、トラックにはねられてしまう。そしてまりこの口から、15年前に亡くなった双子の妹・ゆりこの存在について語られる。

科学省では祐一朗の開発したディメンショナルコンバーターとワクチンチップが完成。これを使ってブルース奪還作戦を実行に移す。まず、廃屋となったホテルにダークブルースをおびき出すという計画なのだが…。

世界各地のサイバーワールドでナビが消失する事件が発生し、ニホンのサイバーワールドではラッシュがバブルマンにさらわれた。ロックマンたちはラッシュを捜し回り、科学省のサイバーワールドにたどり着く。

リーガルタワーが秋原町に出現し、ディメンショナルエリアが地球上を覆っていく。そのなかで、リーガルはシンクロチップを使ってレーザーマンとクロスフュージョン。CFレーザーマンは巨大化して街を襲い始めた。