A la ciutat Den Tech s'han quedat sense aigua! Els membres dels Tres Mundials han capturat en Tory i el seu pare, el doctor Froid, i els han obligat a fer servir el seu NetNavi per congelar els programes que controlen la central depuradora d'aigües de la ciutat. Hi seran a temps en Lan i companyia? En megaman també s'ha quedat glaçat!

WWW组织为了造成人类世界的骚动与不安，这次竟然把脑筋动到了水利局，控制住水利局的安全系统之后，造成秋原镇的用水全部就此中断，引起镇民生活上极大的不便，原来是WWW组织的色绫丹居挟持了水利局技术员的儿子冰川透，藉此进入计算机程序中进行破坏…

All the water in DenTech City has dried up! World Three has captured Tory and his father Dr. Froid and forced them to use their NetNavi IceMan to freeze the programs that control DenTech City's Waterworks. Lan and his friends rush to save the day, but with MegaMan encased in ice and the Waterworks decaying, can they possibly stop World Three in time to restore the city's water?

Maddy rapisce un dipendente della Water Works Factory, per poi costringere suo figlio, Tory Froid, ad utilizzare il suo Net-Navi IceMan per congelare tutta l'acqua in modo da poter inquinare tutto l'approvvigionamento idrico di Dentech City. Fortunatamente, Lan ei suoi amici vengono coinvolti e grazie a MegaMan e agli altri loro Net-Navi riescono a mettere fine a questo disastro.

町中の水道から水が出なくなった。水道局のプログラムが、アイスマンによって氷結されてしまったのだ。原因を探りにプラグインしたロックマンもアイスマンに氷漬けにされてしまう。 色綾まどいは、水道局職員の氷川を監禁し、息子の透を脅してアイスマンをオペレートさせていたのである。熱斗は氷川親子を救い出せるのか？