東城医大病院心療内科の特別愁訴外来担当医・田口公平（伊藤淳史）は、ある日、病院長の高階権太（林隆三）の命を受け、地方の総合病院「碧翠院」へ派遣される。碧翠院では、回復の見込みがない患者の痛みを緩和し、積極的延命治療よりQOL（生活の質）を高めることを尊重する「終末期医療」に取り組んでおり、院長の桜宮巌雄（柳葉敏郎）は周辺の死因不明遺体の検死を一手に引き受ける警察医も兼務。2人の娘とともに、患者たちから絶大な信頼を得ており、碧翠院を町の人にとってなくてはならない病院に築き上げた。

到着した田口を出迎えたのは、巌雄の長女で、同院の緩和ケア医でもある桜宮小百合（水野美紀）。そして、次女で産婦人科医の桜宮すみれ（栗山千明）。さらに、そこにはなぜか、厚生労働省の官僚である自らの立場を隠し、皮膚科医として患者を治療する白衣の白鳥圭輔（仲村トオル）の姿もあった。

驚く田口をよそに、ある思惑を抱いて病院に潜入していた白鳥は、久しぶりに碧翠院を訪れたという放射線科医の立花善次（宅間孝行）に声をかけられる。これから桜宮一族に会いに行くという立花は、「この病院で行われていることは重罪だ」と白鳥に告げ、2人は後ほど会う約束を交わす。しかし、時間になっても一向に姿を見せない立花。不思議に思った白鳥が立花について調べると、思わぬ事実が発覚して…。

田口（伊藤淳史）は、碧翠院に「螺鈿の部屋」という、死が迫った患者のみ入れる特別な部屋があることを入院患者たちから聞き出す。巌雄（柳葉敏郎）が家族ぐるみで、その部屋に失踪した立花（宅間孝行）を隠しているのではと考えた白鳥（仲村トオル）は、小百合（水野美紀）に疑心を突き付けて鍵を開けさせ、部屋の中へ。するとそこには、黙々と螺鈿細工を作る小百合の母・華緒（相築あきこ）の姿があった。

やがて、部屋を出た白鳥の携帯電話に一通のメールが届く。差出人は“タチバナ”と名乗る人物。メールには、太股と手のCT画像が添付されており、東城医大放射線科の島津（安田顕）に見てもらうと、画像はおそらく死後に撮影されたもので、男性の可能性が高いという。はたして失踪中の立花からのメールか、それとも誰かが立花になりすまして送ってきているのか…？

その頃、碧翠院では入院患者のトク（佐々木すみ江）の容体が悪化。トクは苦しみに耐えながらも、立花と小百合が会っていたのを目撃したことは秘密にすると小百合に告げる。一方、白鳥は長野に出向き、立花の自宅で古い写真を発見。そこには、立花と小百合、すみれ（栗山千明）のほかに、見知らぬ少年が写っていて――。

白鳥（仲村トオル）は立花（宅間孝行）の死を確信し、巌雄（柳葉敏郎）を追及するが、巌雄は「さっぱり分からない」と答えるのみ。遺体が見つからない以上、警察は動いてはくれず、完全に行く手を阻まれた白鳥は、碧翠院での立花の目撃者を探すことに。しかし、患者たちから「これ以上、碧翠院を調べ回るのはよしな」と忠告を受ける。そこで、立花のAi画像が碧翠院で撮られたのではと疑う白鳥は、放射線技師の戸山（渡部豪太）に揺さぶりをかける。

一方、碧翠院では、入院患者のうめ（丘みつ子）の誕生日に、本人の希望で生前葬を行うことになる。乗り気ではない田口（伊藤淳史）とすみれ（栗山千明）をよそに、死は特別な恐怖ではないと教えるのも医者の仕事だと前向きな巌雄。生前葬の前日、田口はうめに夫の墓参りを頼まれ出向くと、そこで、うめの隣人だった男性と出会う。

数日後、戸山にこっそり呼び出された白鳥は、立花から自分宛てにメールが届いていたと打ち明けられる。勤務先の長野の病院の医療ミスを告発しようとしていた立花は、その患者を巌雄が解剖すると知り、事前にAi画像を送ってきていたのだった。しかし、巌雄は、画像を処分するよう指示したという。そして、問題の画像は、自分のパソコンに内緒で保存してあると明かし…。

CT室ですみれ（栗山千明）を追い詰めている最中に背後から殴られ、意識を失った白鳥（仲村トオル）。階段の下で倒れているところを救助された白鳥は、自分を殴った人物を探すため、記憶を失くしたふりをすることに。

すみれは、消されたはずのCT画像が白鳥の手に渡っていると知り激しく動揺するが、姉の小百合（水野美紀）があくまで落ち着いていることにも、いら立ちを覚えていた。そんな中、患者の美智（左時枝）の容体が急変。原因は薬の過剰投与で、処方したのはすみれだった。白鳥は、美智が何かの秘密を知っているが故に、すみれが処方ミスと見せかけて美智を殺そうとしたのではと追及するが、すみれはいつになく感情を高ぶらせ否定。そんなすみれの様子を見た田口（伊藤淳史）は、薬の過剰投与の原因が別にあることを見抜き…。

その頃、入手したCT画像を見ていた白鳥は、画像の、ある箇所に違和感を抱く。ついに巌雄（柳葉敏郎）らを呼び集めた白鳥は、「立花先生が訴えたかった真実が分かった」と切り出し…。

巌雄（柳葉敏郎）に立花（宅間孝行）殺害への関与を否定された白鳥（仲村トオル）は、桜宮一族と立花の関係を調べ始める。そんな中、患者の神岡（神保悟志）が「病院から出せ」と暴れ出す。すると、神岡の体を支えきれずに倒れ込んだ小百合（水野美紀）は、突然何かを思い出したようにおびえ出し、動けなくなってしまう。田口（伊藤淳史）から、その様子が恋人から暴力を受けた女性の症状に似ていると聞いた白鳥は、小百合が過去に何者かに暴力を振るわれたのではないかと推測し、8年前のある事件にたどりつく。そして、立花殺害は小百合による復讐のための犯行だとして田口やすみれ（栗山千明）の前で小百合を追及するが…。

その晩、白鳥は小百合の事件と葵（山崎賢人）の死亡事故が、いずれも8年前に起きていることに気付く。同時期に、桜宮家で悲劇が連続して起こったのは偶然なのか？と違和感を覚える田口と白鳥。一方、天馬（上遠野太洸）は桜宮家の重大な秘密を知り、さらに放射線技師の戸山（渡部豪太）は夜、CT室で驚きの光景を目にして……。

放射線技師・戸山（渡部豪太）が遺体で発見され、白鳥（仲村トオル）は「殺人の可能性が高く、碧翠院の関係者は全員容疑者だ」として、碧翠院と利害関係のない東城医大に解剖を依頼。さらに、田口（伊藤淳史）や刑事の小幡（池内万作）とともに、小百合（水野美紀）の案内で碧翠院の中を詳しく調べ始める。すると、「螺鈿の部屋」の奥にも部屋が設置されていることや、解剖室や桜宮家の住居、病院棟をつなぐ地下通路など、碧翠院は桜宮家の人々が人目につかず敷地内を自由に移動できる構造になっていた。白鳥は、早速、巌雄（柳葉敏郎）らに戸山殺害時のアリバイを確認するが、どれも偽装できそうなものばかり。しかし、巌雄に恩義を感じる警察は、必要以上の捜査をしようとしない。そこで白鳥は、亡くなる2日前の夜、戸山がCT室で密かに遺体を撮影している人物の姿を目撃していたことから、その時に撮影された画像を自ら復元。すると、その特徴が、立花（宅間孝行）の遺体を撮影した人間と同じものだと気付く。やがて、戸山の死因が溺死だと判明するが、同時に睡眠薬も検出され、桜宮一族への疑いはますます強まる。

一方、戸山が亡くなった晩に、天馬（上遠野太洸）とすみれ（栗山千明）が2人で病院を出て行ったことが明らかに。白鳥が、再び病院を抜け出す2人を見つけ、尾行すると……。

すみれ（栗山千明）と天馬（上遠野太洸）が何者かと密会していたコテージから、こっそりティーカップを持ち帰った白鳥（仲村トオル）は、刑事の小幡（池内万作）に指紋を調べてほしいと依頼。すると、8年前に起きた連続レイプ事件の容疑者の死亡現場に残されていた指紋と一致する。小幡によると、容疑者の遺体発見当初、警察は現場の状況から殺人事件と見立てたが、検死を担当した巌雄（柳葉敏郎）が“病死”と判断したため、それ以上の捜査は行われず、残された指紋の持ち主も分からないままだったという。それを聞いた白鳥は、巌雄が何者かをかばって殺人を隠ぺいしたのでは…と推理する。

一方の田口（伊藤淳史）は、事故から8年経った今も、息子・葵（山崎賢人）の死を受け入れられずにいる華緒（相築あきこ）の様子が気になっていた。田口から、華緒が葵のことを話すとき、まるで今も生きているかのように話すと聞いた白鳥は、「葵くんは、本当に生きているのかもしれない」と言い出し――。

「螺鈿の部屋」に入った患者が、皆あまりにも“理想的”に亡くなっていることに違和感を覚えた白鳥（仲村トオル）は、碧翠院で安楽死が行われているのではないかと田口（伊藤淳史）に告げる。にわかには信じがたい田口は、巌雄（柳葉敏郎）のルーツをたどるべく、かつて同じ病棟で働いていた東城医大の藤原（名取裕子）の元を訪ねる。そこで、20年前に外科医として第一線で活躍しながらも過剰な延命治療に反対し、周囲とぶつかっていた巌雄の話を聞く田口。さらに巌雄のかつての上司だった加賀（山本圭）と出会う。

その頃、姿を消した葵（山崎賢人）と華緒（相築あきこ）の行方を追う白鳥は、小幡（池内万作）とともに碧翠院の地下通路を探索していた。すると、解剖室や桜宮家とは別に、ある所につながっている通路を発見。そこには、車椅子が通ったとみられる車輪の跡と、ボタンがひとつ落ちていて――。

加賀（山本圭）が「螺鈿の部屋」に入り、田口（伊藤淳史）は安楽死を疑う白鳥（仲村トオル）の指示でみとりに立ち会うことに。しかし、加賀が息を引き取るその瞬間まで、巌雄（柳葉敏郎）や小百合（水野美紀）に不審な点は一切見当たらない。疑惑を拭えず、さらに加賀の遺体を調べようと東城医大から島津（安田顕）を呼ぶ白鳥。しかし、安らかな最期をみとった田口は、そんな白鳥について行けず2人は衝突する。

そんな中、巌雄の携帯電話に華緒（相築あきこ）からの着信が。電話をかけてきたのは葵（山崎賢人）で、発作を起こした葵が華緒に重傷を負わせたらしい。小百合やすみれ（栗山千明）は、ひそかに碧翠院に戻った華緒を懸命に処置するが、その様子を田口に見られてしまう。

ついに葵と向き合う田口と白鳥。しかし、立花殺害、そして戸山殺害の真相は思いもよらないものだった――。

長野の放射線科医・立花（宅間孝行）と碧翠院の放射線技師・戸山（渡部豪太）を殺害した犯人が明らかになる一方で、碧翠院の患者が皆、不自然なほど穏やかな最期を迎えることに違和感を覚えていた田口（伊藤淳史）と白鳥（仲村トオル）。院長の巌雄（柳葉敏郎）が安楽死を行っているのではと疑いを抱き、田口は看取りに立ち会うが、不審な点は何一つ見つからずにいた。

そんな中、亡くなった患者のAi（死亡時画像診断）画像を見ていた白鳥は、ついに「螺鈿の部屋」で行われている看取りの“からくり”に気付く。証拠を突きつけようと、巌雄を探す2人。だがその頃、「螺鈿の部屋」では既に美智（左時枝）が最期の時を迎えようとしていた。田口と白鳥の動きに気付いた小百合（水野美紀）は、部屋の内側から鍵をかけてしまう――。

はたして、碧翠院で行われている終末期医療の秘密とは？そして、患者の美智から語られる驚きの真相と、桜宮一族の運命は…！？いよいよ、田口と白鳥の最後の謎解きが始まる！