Sono passati alcuni anni dal duello finale di Kenshiro e Raoul e le barbarie sono notevolmente diminuite. Una nuova tirannia ha però preso il posto di quella del Re di Hokuto: quella dell'Imperatore, che sotto il comando del viceré Jako sta assoggettando le genti. A quest'ultima minaccia si oppone l'Armata di Hokuto, un gruppo di guerriglieri comandati da Bart, Lynn, ormai cresciuti, e Rihaku. Kenshiro sembra però essere morto e la sua tomba è custodita dai crudeli Zonko e Zarji, che non vogliono che nessuno vi si avvicini. Un giorno però, un bambino di nome Aru vede un uomo ferito e stanco entra nel villaggio.

Aru si prende cura del misterioso individuo, trovandogli un posto dove stare e qualcosa da mangiare. In città arriva però l'ufficiale giudiziario imperiale Gronko, a caccia di ribelli, che uccide il padre di Aru, Jack, e altri abitanti del villaggio. Allora, l'uomo misterioso rivela la sua vera identità: si tratta di Kenshiro, che è ancora vivo ed è finalmente tornato. Ken vendica Aru sconfiggendo Gronko e facendo tornare nel cuore di tutti la speranza.

Ken elimina Zonko e Zarji e distrugge la propria tomba falsa. Intanto il viceré Jako ordina la cattura dei ribelli capeggiati da Lynn e Bart. Il crudele governatore Bask, insieme al suo braccio destro Barona, cattura una giovane coppia e decide di giustiziarli, facendo credere agli abitanti della città che si trattino di Lynn e Bart. Al momento dell'esecuzione nell'arena, interviene però Kenshiro a cavallo di Re Nero, che elimina Barona con un colpo solo e dopo un breve scontro anche Bask. Lynn e Bart, presenti, corrono subito ad abbracciare il loro eroe.

L'armata di Hokuto arriva in un distretto governato dal grasso e perfido Geira, il quale decide di offrire, oltre ad un sacco di soldi, una delle terre dell'impero a colui che catturerà Kenshiro. Il cacciatore di taglie Ain decide di farsi avanti per battere Kenshiro, ma quest'ultimo ha la meglio e decide di risparmiare Ain quando viene a sapere che questi "ha una donna". Dopodiché, Ken sconfigge anche Geira e l'armata di Hokuto si dirige vittoriosa verso un altro distretto.

Il viceré Jako ha convocato i generali della scuola imperiale di Cento e ha ordinato loro di trovare ed uccidere Kenshiro e chiunque sia legato a Hokuto. Il primo a farsi avanti è Soria della Luce Purpurea, che si dirige nel villaggio di Mamiya e uccide il decano, intento a scolpire i volti dei guerrieri passati di Hokuto e Nanto in una parete rocciosa. Kenshiro arriva quando il villaggio è già stato in parte distrutto, ma riesce in tempo a salvare Mamiya e Aily e sconfiggere Soria dopo un concitato scontro. Intanto, Bart libera con l'armata un altro distretto, dove fa la conoscenza dei fratelli Harn, imprigionati in un blocco di cemento armato.

L'armata di Hokuto si scontra con il generale Falco della Luce Dorata e il suo esercito, mentre Kenshiro, lasciato il villaggio di Mamiya e seguito alle costole da Ain, si imbatte in Shoky della Luce Rossa. Ken, dopo un breve scontro con Shoky, si accorge di conoscere già il suo avversario e gli ritorna così in mente di quando lui e Julia furono accolti nel suo villaggio per trascorrere serenamente gli ultimi giorni insieme. Shoky lascia quindi passare Ken, mentre Falco, sconfitta l'intera armata, si appresta ad eliminare Lynn, ma visibilmente scosso, come se conoscesse già la ragazza.

Proprio mentre Falco sta per eliminare Lynn, i fratelli Harn vengono liberati dal blocco di cemento e si precipitano in battaglia. I due rivelano di essere maestri di Nanto e attaccano Falco minacciandolo con una bomba. Gil muore nel tentativo di farla detonare, mentre Haz la colpisce con una testata. La bomba esplode, ma Falco è ancora vivo, infatti i suoi soldati si sono sacrificati facendogli da scudo. Il generale dorato si allontana dal campo di battaglia, proprio mentre Kenshiro arriva a cavallo di Re Nero.

Bart inizia a stringere una sorta di amicizia con Ain, tanto da indurlo alla fine a lasciare la sua carica di cacciatore di taglie al servizio dell'impero ed entrare nell'armata di Hokuto. Il crudele Barone non sopporta la diserzione e fa rapire Asuka, la donna di Ain, che si rivela essere in realtà una bambina da lui presa in adozione alla morte della madre. Ain viene tradito dal compagno Len, che prende in ostaggio la bambina, ma l'intervento di Ken metterà a posto le cose.

Falco viene chiamato a rapporto dal viceré Jako, il quale inveisce sul generale per non essere stato in grado di spazzare via l'armata di Hokuto. Interviene allora Shoky della luce rossa, che attacca Jako non riuscendo a sopportare oltre le angherie del viceré, ma viene fermato dallo stesso Falco. Dopo il tentato omicidio, Falco colpisce Shoky in un punto segreto che lo fa apparire morto per poi cercare di farlo uscire dalla capitale insieme agli altri cadaveri. Lo stratagemma viene intuito da Jako e Borz della luce azzurra trafigge la bara che contiene Shoky con una delle sue lance, uccidendolo. Il cadavere viene recuperato da Ken, che, furioso, si dirige verso la capitale.

Kenshiro arriva alla capitale imperiale e sconfigge in breve tempo Borz della luce azzurra, vendicando così in parte Shoky. Falco, intanto, spiega a Saiya e Myu il destino della sua scuola, del suo incontro con Raoul e il fatto che Jako tiene imprigionato l'imperatore. Ken irrompe nella capitale e Falco si precipita ad affrontarlo, lasciando a Myu e Saiya il compito di far esplodere l'intera capitale nel caso il generale risultasse sconfitto. Inizia lo scontro finale e i cieli si spaccano in due.

Mentre lo scontro tra Ken e Falco infuria, Bart, Lynn e Ain entrano nel castello di Jako e lo attaccano per eliminarlo. Tige arriva in tempo per impedire loro di uccidere il viceré e i tre precipitano in una trappola attivata da Jako in cui finiscono anche Saiya e Myu, dei quali erano state svelate le intenzioni. Nella profonda botola, Lynn e gli altri incontrano finalmente l'imperatore: si tratta di Luise, sorella gemella di Lynn che Jako tiene imprigionata dal giorno della sua nascita.

Jako innesca delle bombe che fanno crollare il soffitto della grotta al fine di uccidere Lynn e Luise, ma Ain fa scudo col suo corpo e protegge le due sorelle; indebolito dall'impatto riesce comunque coi suoi pugni ad aprire un varco e portare in salvo i prigionieri, morendo però dissanguato per lo sforzo. All'esterno Jako ordina ai soldati di colpire coi cannoni Ken e Falco già stremati dalla loro lotta, proprio mentre Bart e gli altri giungono sul campo di battaglia.