Après avoir croisé sa petite sœur, Kirino, dans le hall, Kyōsuke Kōsaka trouve un DVD d'anime de magical girl qui contient à l'intérieur un jeu pour adultes sur le thème de la petite sœur. Kyōsuke apprend rapidement que le jeu appartient à Kirino et la confronte à ce sujet.

Remarquant que Kirino n'a personne avec qui partager ses hobbies, Kyōsuke demande conseil à son amie, Manami Tamura, qui lui suggère de se faire des amis otaku.

Kirino traîne à nouveau avec Saori et Kuroneko et est surprise de constater qu'elles n'ont pas à se soucier de cacher leurs hobbies.

Lorsque Kirino oblige Kyōsuke à jouer à un beat-em-up eroge, il demande à Saori des conseils de jeu.

Ayase, la meilleure amie de Kirino, découvre qu'elle aime les eroge.

Manami invite Kyōsuke chez elle pour qu'il goûte à des sucreries fabriquées par la boutique de sa famille pour un événement d'Halloween.

Kirino traîne Kyōsuke dans la ville la veille de Noël.

Alors que le roman de Kirino devient de plus en plus populaire, son éditeur révèle qu'il pourrait être adapté en anime.

Kirino reçoit par la poste un jeu pour adultes qu'elle attendait depuis longtemps et passe toute la journée à y jouer.

Ayase demande à Kyōsuke de lui donner des conseils sur le cadeau qu'elle peut offrir à Kirion pour se réconcilier avec elle.

Après l'avoir croisée au supermarché, Kyōsuke invite Manami chez lui pour l'aider à préparer le déjeuner.

Kirino profite de sa dernière séance de conseil de vie pour demander à Kyōsuke de lui acheter un jeu pour adultes dont le lancement est prévu à minuit à Akihabara.

Recap of the first episode, with additional comments from the characters.

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One morning, Kyosuke is surprised to find Kirino behaving politely to him. That evening, while Kyosuke worries about whether she is forcing an act in front of everyone, Kirino uses her final life counseling session to ask Kyosuke to buy her an eroge that is launching at midnight in Akihabara. As Kyosuke gets in line, he runs into his classmate, Kōhei Akagi, who is buying a yaoi eroge for his own sister. Kyousuke, after realizing that the trains are no longer running, manages to convince one of the other customers to lend him his bike so he can ride back home. After Kyosuke gets back home with the game, Kirino asks him to play with her. She then shows him all of the medals and report cards with bad grades she had received throughout the years. The next morning, Kyosuke learns that Kirino has left home for America for track and field training. In the beginning of the new school term, Kyosuke meets up with Kuroneko, who would be attending his school as his underclassman.

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Kuroneko (real name: Ruri Gokou) enrolls in Kyousuke's school, and Saori feels downhearted that she hasn't heard from Kirino. Kyousuke notices that Ruri is having trouble making friends due to her personality, so he decides they should try a membership at their school's Games Research club where the boy meets two other persons he never expected to be there as well.

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With Sena and Kuroneko constantly quarreling in the Games Development club, the club president decides they'll have to write a game together and submit it to an online contest. Both girls have different concepts about the game's theme, so they'll both present them to the club whose members will then decide by majority vote whose concept will have to be implemented. And Kyousuke, with no programming skills thus acting as supervisor for the team, suggests to write an eroge—in order to have less competition and a better chance to win the contest.

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As Ruri and Sena's game is bashed on the Internet they decide to work harder towards making a better game. As Kyousuke prepares to go home he receives a text message from Kirino telling him to throw away her collection of eroge and anime goods! Kyousuke contacts Ayase who confirms Kirino hasn't been in contact with her since she left either. Kyousuke then meets up with Ruri who encourages him to fly to America to find the root of Kirino's problem—and before the boy leaves she puts a special jinx on him.

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Alors que Kirino s'organise avec l'école et ses amis après son retour des États-Unis. Kyosuke s'inquiète du fait qu'elle pourrait recommencer à l'ignorer à cause de la façon dont il l'a forcée à revenir, et il s'efforce de trouver la signification du baiser que Ruri lui a donné lorsqu'il est allé la chercher. Plus tard, Kirino fait une fois de plus appel à Kyosuke pour une consultation sur la vie, en lui demandant de l'emmener à Akihabara pour regarder la bande-annonce de la prochaine saison de Meruru avant de se lancer dans une expédition de shopping qu'elle a passé toute la nuit à planifier. En guise de remerciement pour son aide et pour fêter une année de consultation sur la vie, Kirino donne à Kyosuke l'un des eroge qu'elle a achetés pour qu'il y joue.

Frustrée que Kirino l'ignore au profit d'un jeu mobile populaire appelé Love Touch qui vous permet d'échanger des textos avec des filles virtuelles, Ayase demande à Kyosuke de faire quelque chose à ce sujet. Après que Kyosuke en ait parlé à Kirino, elle lui donne Love Touch pour éviter d'être tentée par ce jeu, mais Kyosuke finit par devenir lui-même dépendant. Alors qu'Ayase se met en colère en apprenant cela de Manami, Kyosuke tente d'expliquer comment l'héroïne du jeu est similaire à Ayase. Il suggère d'imiter l'héroïne pour mieux retenir l'attention de Kirino, mais Ayase réagit violemment lorsque des phrases douteuses sont prononcées. Après qu'Ayase ait demandé conseil à Manami, Kyosuke se rend compte de son erreur lorsqu'Ayase décide d'imiter le parcours yandere du jeu devant Kirino.

Alors que Kyosuke, Kirino et Ruri décident de visiter l'appartement de Saori pour lui faire une surprise pour son anniversaire, ils voient enfin à quoi elle ressemble sans lunettes. Il y a quatre ans, Saori était une fille au corps faible qui n'osait pas se montrer aux autres. Un soir, sa sœur aînée, Kaori, l'a emmenée dans un appartement spécial où elle s'adonne à des activités otaku avec ses colocataires, Shinya Sanada et un mangaka en herbe nommé Kanata Yamanashi. Kanata se prend immédiatement d'affection pour Saori et lui apprend rapidement le mode de vie des otakus.

La rivale de Kirino en Amérique, Ria Hagry, vient au Japon et reste chez elle. Kirino se sent un peu protectrice envers elle, infligeant souvent des punitions à Kyosuke après chaque petit malentendu. Kirino et Kyosuke emmènent Ria à Akihabara pour lui montrer les différents passe-temps de Kirino. Ensuite, Ria défie Kirino dans une course, comprenant ce qui l'a poussée à la battre en Amérique.

Kirino demande à Kyosuke de faire semblant d'être son petit ami pendant qu'ils rencontrent le directeur d'une entreprise, Misaki Fujima. Misaki veut que Kirino travaille à l'étranger comme l'un de ses modèles exclusifs, ce qui oblige Kirino à demander à Kyosuke d'agir comme son petit ami pour ne pas partir. Ils finissent par avoir un "rendez-vous" ensemble afin de continuer à jouer la comédie au cas où Misaki les espionnerait, ce qui s'avère encore plus gênant lorsque Manami les voit ensemble.

Le garçon se présente comme étant Kouki Mikagami, un designer de l'entreprise de Misaki qui, à la surprise de Kirino, est également un otaku. Plus tard, après que Kyosuke ait expliqué le scénario du "faux rendez-vous" à Ayase et lui ait demandé son avis sur le fait que Kirino ait un petit ami, les choses deviennent tendues à l'after-party lorsque Kirino voit Ruri se confesser à Kyosuke.

Kyosuke étant incapable de lui donner une réponse directe, Ruri lui demande de lui donner sa réponse après la fête du lendemain. En parlant avec Kirino et Manami, elles lui disent toutes les deux de bien réfléchir à sa décision. Pendant la fête, Kyosuke repense à l'année écoulée depuis qu'il a commencé son conseil de vie avec Kirino, tout en profitant de l'occasion pour la taquiner. Après la fête, Kyosuke accepte de sortir avec Ruri, faisant officiellement d'eux un couple.

Alors qu'il est soigné par Kirino après avoir été blessé au visage pour une raison quelconque, Kyosuke lui révèle que lui et Ruri ont décidé de sortir ensemble, et à sa grande surprise, elle ne s'en plaint pas. Lors de leur premier rendez-vous, Ruri porte un cosplay qu'elle a conçu spécialement pour l'occasion, au grand étonnement de Kyosuke. Au fil des jours, Ruri dévoile ses goûts et ses préférences à Kyosuke et lui révèle qu'elle les a écrits dans un guide spécial qu'elle a créé afin de réaliser son souhait, qui, selon elle, est que lui et Kirino s'entendent.

Kyosuke étant incapable de lui donner une réponse directe, Ruri lui demande de lui donner sa réponse après la fête du lendemain. Lors de leur premier rendez-vous, Ruri porte un cosplay qu'elle a conçu spécialement pour l'occasion, au grand étonnement de Kyosuke. Au fil des jours, Ruri dévoile ses goûts et ses préférences à Kyosuke et lui révèle qu'elle les a écrits dans un guide spécial qu'elle a créé afin de réaliser son souhait, qui, selon elle, est que lui et Kirino s'entendent.

Après avoir entendu parler de la rupture de Kyosuke et Ruri, Ayase s'irrite que cela n'ait rien à voir avec elle. Néanmoins, elle demande à Kyosuke de reprendre son rôle de "manager" car elle lui a demandé d'aider à un concert de Meruru auquel Kanako et Bridget participent. Après avoir appris que Kirino ne pourra pas assister au concert en raison de son emploi du temps, il emprunte un vélo à Kouki et se précipite pour aller la chercher. Après avoir réussi à arriver au concert à temps pour que cela se produise, Kirino est reconnaissante envers Kyosuke pour ses efforts.

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Inquiets de la proximité apparente entre Kyosuke et Kirino, leurs parents s'arrangent pour que Kyosuke vive seul afin qu'il puisse se concentrer sur ses examens. Comme Kyosuke doit obtenir un A avant de pouvoir retourner vivre chez lui, Kirino ajoute que s'il réussit, elle fera tout ce qu'il lui demandera. Plus tard, Kanako décide de rendre visite à Kyosuke dans son nouvel appartement, ce qui s'avère gênant lorsqu'elle trouve un eroge que Kirino lui a prêté...

Une fête est organisée pour Kyosuke dans son nouvel appartement et Kirino y arrive juste pour trouver Manami, et malgré son animosité envers le camarade de classe de son frère, elle décide de la mettre de côté pour son bien. Ayase, Ruri, Saori et Kanako assistent également à la fête, mais le chaos s'installe lorsqu'elles commencent à se disputer pour savoir qui d'entre elles doit s'occuper de Kyosuke pendant qu'il se prépare pour les examens blancs et Kirino règle la question en désignant Ayase pour cette tâche. Les examens blancs arrivent et grâce au soutien d'Ayase, Kyosuke réussit à obtenir un A et le droit de rentrer chez lui. Alors qu'il se prépare à rentrer, Ayase lui avoue ses sentiments pour lui, mais il décline poliment, révélant qu'il est déjà amoureux de quelqu'un d'autre. Au lieu de le frapper comme elle le fait habituellement, Ayase embrasse Kyosuke sur la joue et lui fait ses adieux.

Kirino se souvient de son enfance, quand elle aimait beaucoup Kyosuke et l'admirait toujours, jusqu'à ce qu'il cesse de se donner à fond et adopte un style de vie plus détendu. Blâmant Manami pour ce changement soudain en lui, Kirino la confronte, lui demandant de lui rendre le frère qu'elle aimait tant, juste pour entendre de sa part que le Kyosuke qu'elle imaginait n'a jamais existé en premier lieu.

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Kyosuke meets with Ruri and tells her he loves someone else. The next day, Kyosuke asks Kirino out on a Christmas date to Akihabara like they did a year previously. Kyosuke reveals that he had finally fallen in love with a girl, which upsets Kirino and causes her to run off. Giving chase, Kyosuke quickly looses sight of Kirino when at that moment Kaori, Saori and Ruri show up in a minivan. After spotting Kirino, Kyosuke jumps out of the van and corners her. Not denying his feelings any longer, Kyosuke publicly acknowledges his love for Kirino. Kyosuke then asks her to stay in Japan and marry him. Kirino tearfully accepts.

Kyosuke gives Kirino a Christmas present which turns out to be the same ring she had asked him for the year previously. Kirino reveals that she had planned on confessing to Kyosuke herself. Kirino whispers to Kyosuke an idea for handling their relationship. Time passes and the siblings formally announce their relationship to Saori and Ruri. Later, Kanako confesses her love for Kyosuke which he rejects. The next morning, Kyosuke surprisingly wakes up with Kirino in his bed. Kirino reveals a photo album containing the memories they shared together while growing up. Kirino and Kyosuke listen to the diaries she had been recording since she was young.

Kyosuke and Manami graduate from high school. After the graduation ceremony, Kirino arrives to pick Kyosuke up following the end of her middle school graduation, and both head out to meet Manami. In a park, Manami scolds them about their relationship. Manami and Kirino then get into a fist fight. Manami scolds them some more and then confesses her love for Kyosuke. Manami then punches Kyosuke and accepts his rejection. Later on, Kirino and Kyosuke have a pseudo-marriage at the church. They kiss, and then Kirino gives Kyosuke back the ring she was given before. It's revealed that Kirino's idea for their relationship was to be a couple until graduation and then go back to being normal siblings. In the epilogue Kyosuke and Kirino head to Akihabara for a meet-up with Saori and a new member. Kyosuke casually kisses Kirino on her cheek, much to her disgust.

À l'approche du jour de Noël, Kyosuke réfléchit à la confession d'Ayase et prend une décision. La nuit suivante, Kyosuke rencontre Ruri et alors qu'ils se tiennent sous la pluie, il rompt douloureusement avec elle en avouant son amour pour une autre fille.

Kirino et Kyosuke retournent dans leur chambre d'hôtel pour essayer de régler leur prochain déménagement après avoir convenu que les frères et sœurs ne peuvent pas se marier dans la vraie vie. Kirino est distraite par son eroge nouvellement acheté et trouve que ses sentiments sont trop mitigés pour trop se concentrer sur le jeu.

Kyosuke et Manami font retourne pour la dernière fois à l'école le jour de leur diplôme d'études secondaires. Kyosuke apprend que Kaede et Sena ont fini par devenir un couple, tout en obtenant également le soutien de Sena dans sa relation avec Kirino.

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Special Included with Volume 4 of Season 2

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Special Included with Volume 6 of Season 2

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