超能力者を収容するエスパー刑務所・デッドロックに一人の男が収監されてくる。

男の名は兵部京介。エスパー犯罪組織パンドラのリーダーである。エスパーを人とも思わぬ刑務所所長たちが牛耳る猥雑な刑務所の中で、兵部は不思議な目の色をした男、アンディ・ヒノミヤと出会う。

飄々としてどこか隙のないその男に兵部は興味を抱くが……。

エスパー人権保護に手厚いモナーク王国の王女・ソフィが開いた記念式典の会場を訪れたバベルのエージェント・皆本と賢木。華やぐ会場にやおら届けられたパンドラからの犯罪予告はソフィ王女誘拐の声明文だった。色目き立つ王室関係者。しかして、その誘拐の首謀者は意外な人物で……。

日本へ向かい洋上を進むカタストロフィ号に緊急事態が発生。船内に侵入者が現れたのだ。緊急体制に入るパンドラのクルー達。しかし侵入者はそれを嘲笑うかのように、いとも容易く手練のエスパー達を一人、また一人と料理していく。そして、寄港先の港で兵部を待っていたのは——最強のエスパーチーム、コードネーム「ザ・チルドレン」がパンドラの行く手に立ちはだかる！

つかの間の休日を過ごすパンドラの一行。クルー達へのお土産品を買ったり、季節の景色を愛でたりと一時の観光気分を味わっていた。ヒノミヤは買い出しに訪れた街でユウギリのお守りを任され不承不承。一方、兵部は一行と離れ、単独行動でとある場所を訪れていた。

パンドラの次のミッションは新型ECMの強奪に決まった。作戦決行前夜、いつものように葉とビリヤードに興じるヒノミヤたちのところへ寝付けないでいたユウギリがやってくる。ユウギリに絵本を読んであげることになったヒノミヤ。しかし、その脳裏に去来するのは自らの過去と葛藤「半端ものだった俺が……」。寝息をたて始めたユウギリを後に、本を戻しに入った図書室でヒノミヤは偶然にもある光景を目撃する。

時は戦時下——ひとりの少年が日本に降り立つ。彼の名は兵部京介。縁ある蕾見男爵のもとに引き取られた彼は、そこで一人の少女と出会う。彼女の名は蕾見不二子。兵部がまだ少佐と呼ばれるようになる以前、超能力という才能（ギフト）にまつわる兵部少年の過去がいま語られる……。

ある事件がきっかけで実戦機との一対一の対決をすることになった兵部少年。不二子たち超能部隊の中から選りすぐられた彼は、厳しい訓練を重ね、ついにその対決のときをむかえる。軍が誇る最新鋭戦闘機と兵部少年による迫真のドッグファイトの幕があける。しかし、その裏ではある悲劇が着々と進行していた……。

ECM強奪作戦にはある罠が仕掛けられていた！窮地に陥ったパンドラの面々の中、真木に現場を任せ、単身カタストロフィ号へ戻る兵部。そして、応戦する真木たちの中で、もう一人その場に居ない者がいた。果たして、船に戻った兵部がそこで出会ったのは……！？

心拍系が静かに、かすかに動いている。もはや普通の人間のレベルではとうに死んでいるはずのその男の命は、いまなお消えずにいた。何故なら彼にはまだやるべきことがあるからだ。夜の帳が静かに降りる頃、彼は旅立っていった。愛しい人の制止を振り切って。そして、そこにはもう一人、彼を待っている男がいた。似ている瞳をした二人の男。彼は暁光の中、空の涯てへ向けて旅立っていった……。

そこはもはや戦場だった。雨のように注ぐ弾丸、レーザーの中でも男達は決して諦めない。何故なら、彼らには果たすべき誓いがあるから。そのとき二人は、はじめてお互いの力をあわせた。そして、ひとつの強大な敵に敢然と立ち向かっていった。

闇に追われ、闇を貫き、そして終焉がはじまる。そのとき男は託すべき未来のために、最後の決意をする……。