在遙遠的宇宙深淵，人類銀河同盟賭上物種存續，與異形宇宙生命體羣西迪亞斯持續着無止盡的戰鬥。人類銀河同盟的士兵萊德在撤退時，被捲入空間跳躍意外。雖然他的長官古格爾中校試圖支援，萊德還是和他搭乘的人型機動兵器Chamber一起落入扭曲的空間。當萊德再度清醒時，Chamber正躺在陌生的機庫中。陷入緊急狀態的萊德進行了半年的冷凍睡眠，直到Chamber接收到外部刺激才將他喚醒。圍繞在四周的是講着未知原始語言的不明人物。迷失所在位置、求救訊號也無人迴應，完全不知該怎麼辦。認為自己孤身漂流到低度文明邊境行星的萊德，趁着沒有人的時候，為了迴歸戰線而展開行動。他踏出Chamber的駕駛艙，眼前卻出現一名少女。這時萊德決定……

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太陽系第三行星‧地球。眼前是一望無際的大海。萊德驚訝地發現，自己漂流到的行星是被認定已滅亡的地球。他被在海上行動的加爾岡緹亞船團人員包圍。萊德透過Chamber的翻譯機能提問，船團長輔佐官莉婕特則試圖與他對話，但是彼此的對話缺乏共識，緊張感不斷升高。加爾岡緹亞這方主張把萊德扔進海里的皮尼歐、想要回收利用Chamber的貝蘿絲，還有船團長斐爾洛克意見分歧。差點被萊德當成人質的艾咪表示駕駛員只是受驚，並沒有敵意，但是沒有被爭論的眾人聽進去。艾咪的弟弟貝貝爾則是認為，對方可能是很久以前去了宇宙的人類子孫。萊德開始考慮暫緩迴歸戰線的行動，和居民再次接觸看看。這時他面前出現了使者，那是一度被當成人質的少女艾咪。

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萊德與Chamber靠着強大的力量，解救了貝蘿絲遭海盜攻擊的打撈船團。可是這種殲滅海盜的行動，反而讓加爾剛蒂亞船團大為驚駭。因為一旦同伴被殺，海盜必定會來報復。船團長斐爾洛克等人決定暫緩討論該如何處置擁有過人強力的萊德與Chamber，以探查海盜的動向為優先。艾咪前去向被捲進紛爭的萊德與Chamber道歉。接著貝蘿絲也前來告訴萊德在海上生活的人彼此戰鬥的意義，還有海盜的生存方式和船團生存方式的差異。貝蘿絲講的話，讓只知與黑迪亞斯戰鬥的萊德心裏大為動搖。這時艾咪提議要萊德暫時留在加爾剛蒂亞。同一時間，失了面子的女海盜娜凱姬決定報復加爾剛蒂亞。發現近海附近所有海盜都集結而來的加爾剛蒂亞開始緊張戒備。

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決定待在船團的萊德，被要求以勞動方式抵付破損格納庫的修理費。雖然Chamber開始幫忙簡單的搬貨工作，但是不習慣一般生活的萊德卻很不順利、失敗連連。到最後，終於變成出借Chamber幫忙，萊德卻無所事事的狀況。前來探看狀況的艾咪發現萊德沒事可做，於是邀他聊天。萊德從對話當中，體會到自己有關家族或社會的常識認知和艾咪他們大相逕庭。注意到這點的艾咪建議他去見五賢者之一的歐達姆醫生。萊德向醫生詢問回宇宙的方法，但醫生對他説明，現在的人類喪失了大部分過去累積的知識。面對批判船團營運方式不合理的萊德，醫生告訴他船團是一種生物，並且讓他與艾咪的弟弟貝貝爾見面。這讓萊德的內心深處，似乎有着什麼漸漸產生變化。

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“把黑迪亞斯全都打敗以後，銀河同盟會怎麼麼樣呢？”、“達成目的之後萊德會做什麼呢？”聽了貝貝爾提的問題後，萊德開始認真在加爾岡緹亞上找工作。萊德拜託艾咪幫忙尋找自己能勝任的工作，艾咪介紹了漁業、農工業、打撈回收業等各種職業，但是卻找不到適合萊德的工作。這時候，加爾岡緹亞船團突然全體停止航行，讓萊德懷疑發生了什麼事。接著皮尼歐突然出現，萊德也接受他的邀約與他同行。原來船團停航是因為遇上無風之日。無風無浪之際，船團便會停駛，進行船體整修。換言之，除了維修人員以外，這是大家的休息時間，所以皮尼歐才會邀萊德和艾咪去烤肉派對。艾咪和已經在場的莎耶、梅爾蒂一起換上泳裝開始游泳。派對的準備工作看來很順利，但是……

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偵查船發現了迴流銀河，作為船隻動力來源的光蟲羣散開後，形成魚羣聚集的絕佳漁場。幫忙捕魚工作的萊德，使用潛水人型機取代捷霸進行作業。但因萊德無下水經驗，無法掌握機體在水中操作的感覺而失敗連連。最後被漁夫工會成員救起來的萊德，覺得自己無用武之地。皮尼歐看到萊德失落的樣子，便拉他去參加豐收祭典，進而邀約萊德加入打撈工作的行列。這時持打撈為本業的貝蘿絲也出現想網羅萊德加入。在聽著兩人一來一往對話的時候，萊德在人羣裏尋找到在祭典上跳舞的艾咪。此時單獨在海中作業的捷霸傳來緊急訊息，似乎碰到問題，萊德於是趕緊前往解決。

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萊德跟貝蘿絲一起打撈，在海底工作時遇到了鯨烏賊這種大型生物，鯨烏賊雖然兇暴，但只要不主動攻擊它，基本上算是無害的生物。但萊德因他外型酷似黑迪亞斯，便不顧貝蘿絲的制止，而發動捷霸殺死鯨烏賊。自古以來，鯨烏賊就被認為是神聖的生物，萊德殺害鯨烏賊觸犯禁忌的事立刻傳開，船團中到處瀰漫不安的氣氛。另一方面，萊德則是懷疑黑迪亞斯可能已經潛入地球而決定備戰。艾咪認為鯨烏賊很可憐，質問萊德為何要將宇宙中的戰爭帶到地球，萊德卻聽不進去，反問艾咪人類面臨可能被黑迪亞斯侵略的危機，為何還執著於同類間的爭戰。艾咪無言以對。另一方面，皮尼歐則是想藉此機會撈一筆。此時，大批的鯨烏賊逼近了船團。

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在非洛克因心臟病死亡的同時，他將船隊交給了莉芝，由於她年輕的原因，許多船隻想要脱離船隊，這個時候得知萊德可以殺死鯨烏賊的皮尼歐鼓動人民去鯨烏賊的窩裏去打撈寶藏，艾咪從夥伴哪裏聽説了這件事之後，十分傷心，她的弟弟貝貝爾，去詢問萊德原因，就在這時萊德説出了原因，然而莉芝的心結由貝露絲打開，去參加了葬禮，並且發出了宣言。

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離開加爾岡緹亞的皮尼歐等人來到了霧之海，霧裏埋藏著舊文明的海上工廠、海底也有應沉眠著許多寶物的海底設施，從前皮尼歐曾經和哥哥一同嘗試來探索，卻發現那同時也是黑迪亞斯的巢穴，皮尼歐的哥哥受到攻擊身亡，皮尼歐自此決心復仇。與他們一同離開加爾岡緹亞的萊德和捷霸引出鯨烏賊並逐個擊破。看到一直被視為禁忌生物的鯨烏賊被獵殺，皮尼歐感到大快人心。駕駛捷霸一路追擊鯨烏賊到巢穴中的萊德迎戰鯨烏賊女王，一度陷入苦戰。究竟這些應是過往研究設施的海底遺蹟中，有什麼在等著萊德和皮尼歐？而萊德終於在此發現了舊文明滅絕的真相。

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皮尼歐終於率領自己的船團登上平台。見識到舊文明遺產力量的皮尼歐，以無線電通知所有其他船團“我們殲滅了鯨烏賊，打撈到許多寶物”，並下令只要靠近的船隻一律擊沉。這導致船團中人心惶惶，有人贊同、也有人反對他的作法。梅爾蒂為此十分擔心。另一方面，萊德透過在海底遺蹟找到的記憶媒體，得知了某種真相。過去那樣為銀河同盟奉獻一切戰鬥有意義嗎？萊德回顧自己的行為，無法抑制心裏產生的厭惡感。同時間，聽到皮尼歐宣言的加爾岡緹亞船團也大為震撼。得知萊德與捷霸殲滅了鯨烏賊，艾咪深受打擊。此時，無視皮尼歐的警告，想奪取寶物的海盜船正逐漸逼近中。

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出現了大船團逐漸逼近霧之海，皮尼歐發動攻擊，卻被對方壓倒性的戰力震懾。率領該船團的是人類銀河同盟的庫格爾中校，正是萊德的長官。庫格爾也與座機史多來克一起漂流到地球。在庫格爾船團迎接萊德的是奧迪莉亞與神官們。庫格爾教導地球人類作戰方法，並以殲滅黑迪亞斯的思想構築船團。萊德向庫格爾報告在海底遺蹟發現的事實，以及黑迪亞斯發源於人類的事實。但是庫格爾毫不驚訝，還説那是人類銀河同盟高層沉默的共識，要繼續為了生存與放棄人類身分的黑迪亞斯戰鬥。他相信自己率領的船團人民是幸福的，並對萊德提出邀約，要一起改變這個星球。

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皮尼歐被庫格爾船團委託修復古文明遺物，就在他為此欣喜若狂時，海盜娜凱姬找上了他。娜凱姬只是表面上順服，其實對此船團的作法感到不滿。庫格爾船團的航路上，加爾岡緹亞船團也順著海銀河航行接近。想要以武力將加爾岡緹亞納入管制的庫格爾向萊德表示，若是收服加爾岡緹亞船團將交由萊德統治。“為此行星建立新的秩序是我們的使命”“讓地球成為第二個阿瓦隆”。萊德對庫格爾説的話產生了疑慮，想起了在加爾岡緹亞的生活，以及跟艾咪等人的相處。

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皮尼歐、娜凱姬和佛朗吉為了對抗庫格爾船團，集結所有飛行機及人型機組成反抗戰線。海面上掀起戰爭的同時，捷霸和史多來克也在空中激戰。萊德與捷霸發現了驚人的事實真相。當萊德強制開啓史多來克駕駛艙時，發現了已經木乃伊化的庫格爾中校。史多來克的AI，依據庫格爾生前的規劃，實行並維持其構想的社會型態。“萊德少尉應該感受到自行思考判斷是極大負擔，服從我能讓您從此重擔中解放”。萊德正要反駁時，捷霸搶先駁斥史多來克的理論。自覺在地球無容身之處，對銀河同盟也感到幻滅的萊德，決定賭上性命與史多來克一戰。背水一戰的萊德，最後會迎向怎麼樣的結局？

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艾米給大夥講述的關於廢墟船的鬼故事，恰巧這時傳來發現廢墟船接近加爾剛蒂亞的廣播。莉吉特阻止大隊伍到廢墟船上探索，於是雷德、艾米、皮尼歐等人組成了搜查小隊。在搜索過程中，莉吉特發現這裏竟然是自己所認識的一支船團，一段往事不禁浮現眼前。

Last of the short episodes only available on Blu-Ray, giving background information about the show. Also can be titled "Special Edition".

過去，人類銀河同盟與西迪亞斯的戰鬥中，古格爾上校為了同伴們爭取撤離的時間而獨立斷後，不慎被吸入蟲洞的他醒後發現自己竟然來到了人類的發源地——地球。古格爾救下了一個名莉娜莉亞的女孩，被捲入了海盜四姐妹的爭權漩渦之中。駕駛機器人Striker從天而降的古格爾被視為神明，消滅鯨烏賊展現出的驚人戰鬥力，讓船團的人們對其敬畏萬分。然而，最初致力於救濟弱者的古格爾，卻因某件逐漸向“邪教”發展。

Six month have passed since Striker and Chamber battled. The fleet of Kugel has merged with Gargantia and Ledo is a salvager. He uncovers more records from a ap[st civilization. He talks with Reema about his past life on Gargantia.

Recap of season 1, told by Chamber.

Ledo learns that what he salvaged included information about a robot like Chamber. Other inhabitants have uncovered something and want Ledo's assistance, even if it means the destruction of Gargantia itself.