세계 인구의 2%가 동시에 사라지는 사건이 발생하고, 남겨진 가족들은 힘든 생활을 이어나간다. 작별한 자들이 떠난 지 3년이 되는 날 메이플턴 시장 루시는 영웅의 날 행사를 기획하지만 케빈은 탐탁지 않다. 한편, 어머니가 떠나간 후 질은 학교생활에 잘 적응하지 못하고 하키 연습 중에 사고를 친다.

자든 경찰서 서장 케빈은 함께 개를 쏜 정체불명의 남자를 찾으려고 노력하지만, 그 어떤 흔적도 남지 않아 곤혹스러워한다. 케빈의 아들이자 웨인의 추종자인 톰은 웨인을 잡으러 들이닥친 정부 기관에 쫓긴다. 한편, 케빈의 딸 질은 친구들과 함께 갑작스러운 작별로 온 가족을 잃은 노라의 뒤를 쫓아 집까지 따라간다.

매슈는 교회로 다시 사람들을 불러모으려 하지만 쉽지 않고, 발행했던 신문 내용 때문에 뜻하지 않게 공격을 받게 된다. 주변에선 신문 발행을 그만두라고 만류하지만, 고집을 꺾지 않아 갈등을 빚는데, 설상가상으로 교회를 잃을 위험에 처하자 목돈을 마련하려고 사방으로 애쓴다.

크리스마스를 맞이해 설치한 성탄 모형에서 아기 예수 인형이 사라지자 케빈은 인형을 찾으러 다닌다. 질과 친구들은 함께 모여 일탈을 저지르고 톰과 크리스틴은 웨인의 전화를 기다리며 떠돌이 생활을 이어간다. 한편, 케빈에게 할 말이 있는 로리는 메그와 함께 케빈의 집에 방문한다.

남아 있는 죄인 글라디스가 잔인하게 살해당한 채로 발견된다. 케빈은 살인 사건을 수사하며 마을 사람들과 남아 있는 죄인들의 안전을 위해 힘쓴다. 한편, 매슈는 글라디스의 마지막 길을 배웅하고 싶다고 선언한다.

노라는 법원에 가서 이혼 소송을 마치고, 마찬가지로 이혼 소송을 하러 온 케빈을 마주친다. 한편, 콘퍼런스에 참석하게 된 노라는 배지를 받으러 접수처에 가는데 누군가 자신의 이름을 대고 배지를 가져갔다는 사실을 알게 된다.

케빈의 아버지 케빈 가비 시니어가 정신 병동을 탈출하자 케빈은 온 마을을 수색한다. 질은 집에 찾아온 할아버지와 대화를 나누며 케빈에게 연락한다. 한편, 톰은 또 다른 웨인의 추종자를 만나 충격적인 사실을 듣는다.

저녁 식사 자리에서 질은 노라와 갈등을 빚지만, 노라는 상황을 어른스럽게 대처한다. 한편, 갑자기 카이로에서 깨어난 케빈은 전날 밤의 기억이 하나도 나지 않는데 딘과 자신이 저지른 일을 알고는 크게 당황한다. 어머니에 대한 기사를 쓴 매슈에게 격분한 메건은 참지 못하고 덤벼든다.

케빈과 로리는 케빈의 아버지를 위한 깜짝 파티를 준비한다. 과학전람회를 앞둔 질은 분주해지고 대학생인 톰은 수업을 듣느라 바쁘다. 행복해 보이는 가족이지만 케빈과 로리는 서로에게 숨기는 사실이 있고 질과 톰은 부모님 사이의 이상한 기류를 감지한다.

톰은 크리스틴과 아기를 데리고 도피하면서 곤란한 상황을 겪는다. 케빈이 겪은 위기를 도와주려고 맷이 카이로에 도착하고, 둘은 일을 마무리하고 다시 집으로 향한다. 차를 타고 가던 도중에 케빈은 예기치 못한 난감한 상황에 맞닥뜨린다.

GR이 미라클을 침공한 지 3년이 지나고, 케빈은 다시 경찰로 복귀한다. 한편, SD 사건 7주기를 맞아 벌어진다는 지구멸망 소식에 자든시에는 흉흉한 분위기가 감도는데...

노라는 사람들이 사라졌다고 말하는 맷의 말을 믿지 못하고, SD 전담부 사기 수사관으로서 사람들을 만나 인터뷰한다. 노라에게는 아이들을 보고 싶냐고 묻는 의문의 전화가 걸려 오고, 24시간밖에 남지 않았다는 그의 말에 다급히 세인트 루이스로 향하게 되는데...

케빈은 대홍수로부터 세상을 구하기 위해 호주 전역을 배회한다. 호주에서의 삶은 시간의 흐름조차 잊게 만든다. 맷에게 전화해 크리스토퍼라는 환자를 찾아달라는 부탁을 남기는데...

케빈과 노라가 호주로 향한다. 노라는 낯선 호주에서도 배후를 추적하기 위해 고군분투한다. 케빈은 호주 뉴스에서 케빈 시니어의 실종 소식을 듣는다. 한편, 예상치못한 얼굴을 얼핏 본 케빈은 그녀를 쫓아가고... 3년 전 일어난 충격적인 사건과 마주하게 된다.

다가오는 SD 7주년을 맞아 맷은 케빈을 집으로 다시 돌아오게 만들기 위해 수송기를 구해 호주로 떠난다. 그러나 멜버른 공항 폐쇄로 태즈메이니아에 착륙하게 되고, 멜버른으로 향하는 여객선에서 예상치 못한 사건들을 겪는데...

로리는 괴로움에 시달리고, 노라와 케빈을 돕기 위해 홀로 호주로 향한다. 로리가 노라와 대화를 나누던 중 부상을 당하고, 이를 계기로 전 남편인 케빈 가비와 진솔한 대화를 하게 되는데...

케빈 가비 시니어는 대홍수가 곧 닥칠 거라는 생각 때문에 초조해한다. 대통령 케빈은 연설 중 신발을 신지 않은 한 소년을 만나고, 암살자 케빈은 다급히 통신실을 찾아간다.

노라는 사라진 사람들의 세상으로 보내준다는 말을 믿고 이든 박사와 베커 박사의 기계에 들어가려한다. 과연 그 결말은?