特務機関MJPに所属するイズルらチームラビッツの面々は、個人の能力は抜群だが、チームワークがザンネンな問題児ばかり。そんなラビッツに、全地球防衛軍GDFから出撃要請が下る。初の実戦で撤退戦を命じられ緊張を隠せないイズルたち。しかし、彼らが受領した新鋭機アッシュの力は凄まじく、イズルたちは放棄するはずだった基地を防衛するという予想以上の戦果を上げる。

ウンディーナ基地を守ったチームラビッツを、マスコミは「マジェスティック・プリンス」と呼び始める。そんな彼らの次の任務は通信衛星の再設置。しかも、ＭＪＰに掛けられた膨大な予算の回収を理由に、機体にはスポンサーロゴが貼られ、カメラを意識して作業を進めないといけないのだ。だがその時、作業宙域に近づくウルガルの機影が確認される。戦闘装備のないコアに乗ったイズルとアサギは、果たして無事に帰還できるのか。

ウルガルによる度重なる強襲に通信衛星の再設置は未だ進まず、一時はヒーローに祭り上げられたチームラビッツもいまやヘタレ扱い。「ザンネン５」の呼び名は全宇宙的になっていた。しかしそこに、初めて先制攻撃のチャンスが訪れる。36時間後の奇襲作戦。だが、作戦開始直前に休暇が与えられた５人は気がきではない。まさかこれが最後の……。常夏のリゾート地でイズルの視線が一人の少女に引きつけられたのはそんな時だった。

予想に反し、補給艦ではなく先鋭部隊に奇襲を仕掛けてしまったチームラビッツ。だが、作戦の指揮を任されたコミネ大佐は変更を許さずそのまま作戦を強行。そのため、タマキのローズ３への集中砲火を切っ掛けにフォーメーションは崩れ、作戦の失敗は明らかだった。しかし、コミネは作戦続行を頑として譲らず、状況は悪化していく。スズカゼが強引に下した退却命令も時すでに遅く、ケイのパープル２が次の標的になってしまう。

作戦だけでなく、その退却までも失敗し、死傷者が出る寸前だったチームラビッツを救ったのは、ＭＪＰ第２世代にあたるチームドーベルマンだった。イズルたち学生とは違いまるで教官のように訓練機を操る、凄腕ながらガッカリスリーとも呼ばれている３人の先輩たちに、尊敬と親しみを抱くチームラビッツ。次の作戦は、小惑星にある敵基地に潜入・爆破する「オペレーション・ナバロン」。チームドーベルマンとの合同ミッションだった。

先輩チームとの合同ミッションながら、ＧＤＦ初の先制攻撃を成功させたチームラビッツ。急遽学園に呼び戻された彼らを待っていたのは、ＧＤＦ軍への正式所属、飛び級による卒業だった。グランツェーレ都市学園。ザンネン５と呼ばれ何かとバカにはされていたが、そこは学園に入る前の記憶を消された５人にとって唯一思い出がある場所。そして旅立ちの日、全生徒の前でチームラビッツによる模擬演習が開始される。

軍へ正式編入されたチームラビッツ。彼らにスケジュールと身の回りの管理をする担当官が紹介され、新生活がスタートする。新たな環境に戸惑っている一方、ＧＤＦ本部では初の大規模統一作戦計画が発表されていた。ケレス大戦と命名されたこの戦いでは、GDF軍基地近傍にある敵の最前線基地・ラガッシァの破壊を目的に、最新鋭のレーザーシステムや、機雷、レールガンなどが投入され、万全の準備が整えられていた。

作戦司令部からチームラビッツに出撃の命令が下った。目指すは、奇襲を受けた第一次防衛線。先行するチームドーベルマンは、敵の攻撃を阻み、艦隊の再編成を支援。遅れて到着したチームラビッツもそれに同調する。ケイの分析を元に敵部隊に攻撃を加えようとした、その時だった。突如、暗礁宙域から俊敏に機雷をかわしながら接近する高速物体が現れる。急ぎ迫撃に向かったイズルが見たものは…。

ウルガル軍の撤退により、ＧＤＦは窮地をまぬがれ、ケレス大戦は終焉を迎えた。しかし、ＧＤＦ側の消耗は激しく、負傷者を出さずにすんだチームラビッツにも、勝利の後とは思えない空気感が漂っていた。一方、ゴディニオンに帰還後すぐに艦長室へ呼び出されたイズルは、レッド５の破壊されたコクピットから目撃したその全てについてその口外を禁じられる。だが、その光景は、何故かイズルの消されたはずの記憶を揺さぶるのだった。

シモン司令が明かした最上級機密事項。それは、イズルが目撃した敵の姿に関連したものであり、これまで語られることのなかった、ウルガルの真の目的であった。そして同時に、チームラビッツはウルガルにマークされた可能性がでてきた。 ケレス大戦のダメージが癒えぬまま、ますますの激化を余儀なくされる戦いを前に、5人はそれぞれに思いを馳せる。

ケレス大戦後、火星で墜落したウルガルの母艦が発見。そこに残されたデータを回収する新たなミッションが発動される。しかし、母艦は深さ７キロもあるマリネリス渓谷の淵にあり、少しでも衝撃が加われば落下。また、火星の重力で自壊するまで最長36時間しかない。磁気を帯びた砂嵐の影響で各種センサー、通信もままならない中、チームラビッツの５人はそこでクローン技術で作られたウルガル兵に出会う。

チームラビッツの次なるミッション、それは広報。秒単位で組まれたスケジュールで、１日署長、１日病院長、１日消防署長などの依頼に合わせ、婦警・ナースへと衣装を替えるタマキとケイ。だがそこに、新たな依頼が舞い込む。とはいえ、すでにスケジュールに隙間はない。しかし……。その時、マネージャー・山田ペコが真骨頂を見せる。彼女たちが向かった先にあるものとは？一方その頃、イズル、アサギ、スルガの男性チームの面々は……。

全地球軍GDF、そしてチームラビッツと、ウルガル軍の激しい戦いを、4人の少年少女がテレビで見つめていた。セイ、クリス、ユイ、アンの「チームフォーン」は、憧れのチームラビッツのように戦場で活躍することを、そして新型のアッシュを駆ることを夢見て、グランツェーレ都市学園で厳しい訓練に臨んでいた。

そんな中、GDF軍がウルガル軍の拠点を叩く決死の攻勢をかけることが決定。

チームフォーンは、学園の他のパイロット候補生たちと共に、その作戦での配属先発表の場に立つが…。

戦闘母艦ゴディニオンに、新型アッシュが搬入された。火力も機動力もアップし、圧倒的な威圧感を放つ機体の名はブラック6。その専属パイロット、学園の後輩というアンジュのためチームラビッツは歓迎会を企画するが、呼びに来てくれたイズルにアンジュは唐突に模擬戦を申し込む。冷静で的確。戦う為だけに生まれ、それ以外の必要性を感じないアンジュ。その銃口がレッドファイブを追いつめる。

発覚したアンジュのザンネンな変貌。しかし、イズルたちにはそれ以上に気になることがあった。それはアンジュの性別。そんなことを気にする先輩たちをよそに、様々な訓練で５人以上の数値を叩き出し、料理の腕まで見せるアンジュ。徐々に深まって行く６人の仲。これで高い連携がとれるはず……と思われた新たなミッションに、イズルがケレス大戦で苦戦した白い機体が出現。事態は新たな問題を浮び上がらせる。

イズルが戦闘中に見せた驚異的なスペック。アッシュとの繋がりを示すハーモニックレベルの予想を越える上昇。アッシュの覚醒ともいえるこの事態を前に、シモンはその先にある危惧を言葉にする「最悪、パイロットの自我が失われる」。一方、イズルの周囲ではその戦果を賛辞する声が溢れていた。またどことなく何かが違うイズルの変化も好意的に受け止められていた。だがそれが異変であることをケイが気付く。「漫画が面白いの」。

病院を抜け出し出撃したイズルが、またも変になっているのではないかと心配するチームラビッツのメンバーたち。だが、今回変になったのはイズルではなくアンジュだった。いつもとは違い何故かしおらしくなったアンジュに、イズルは保留していたアンジュの歓迎会を改めて開くことを提案する。チームドーベルマンやオペレーターの二人まで参加した歓迎会。だが、その賑わいを避けるようにアサギはその場から立ち去るのだった。

それはいつも通りの出撃ではなかった。戦いの主宙域とは別の場所でウルガル部隊が捕捉されたのだ。その狙いはグランツェーレ都市学園。学園にＤＮＡサンプルがあることの情報がウルガルへ流出したのか？地球への初めての直接攻撃を防ぐべくゴディニオンが動く。しかし、高性能の防御システムを備えた敵機に通常の射撃はいっこうに当たらない。悩むスズカゼは、レイカのアイデアを実戦に投入する。

地球に降下したウルガル機は、グランツェーレ都市学園に迫っていた。だが、宇宙空間からその機体を静かに、確実に狙う眼差しがあった。長距離砲を装備したゴールド４だ。だが、第一射は失敗。第二射を放つためのエネルギー充填には時間がかかる。それまで敵機を学園に向かわせてはならない。焦りと苛立ち、そして緊張の中、各パイロットにこれまでにないハーモニックレベル値が観測される。

初めて行われた地球への直接攻撃。地球防衛のため配備された戦力の壊滅的損傷。ウルガルに対抗出来る唯一の兵器・アッシュもほぼ全損。この待ったなしの状況を打破すべく、シモンは外宇宙から木星付近へ伸びる次元の穴・ゲートの破壊作戦を立案する。 ウルガル地球侵攻軍の補給を担うこのゲートがなければ、長時間の戦闘を好まないウルガルは自滅する。その情報を得るため、人類未踏の地・海王星へ偵察ミッションが計画された。

ウルガル地球侵攻軍の生命線〈ゲート〉の位置情報を得たＭＪＰ機関。そのミッションの直後、突然イズルが倒れてしまう。遺伝子異常を知ったルーラは、シモンに遺伝子情報の開示を求める。一方、手に入れた〈ゲート〉の情報を活かすため、アマネはとある計画を発案する。

極秘だったテオーリアの存在とアッシュの情報開示という切り札はあったものの、人類存続の命運が掛かった戦いを前に、これまでバラバラだった各経済園が一丸となった大艦隊がついに組織された。作戦名はオペレーション・ヘブンズゲート。作戦開始の時間が近づく中、体調が戻らないイズルにシモンは退艦を命ずる。

オペレーション・ヘブンズゲートが開始された。チームラビッツの最終目的は、〈ゲート〉を破壊する兵器〈ストラグルレーザー〉用のマーカーを打ち込むこと。先行するローズ３、ブルー１、ブラック６を、パープル２とゴールド４が支援。その５機を大艦隊が援護する。想定の倍を数える敵艦船の中、徐々に進んで行くチームラビッツ。その最中、チームドーベルマンと対峙したウルガル機の出現に、タマキの猛攻が始まる。

ゲートに命中はしたものの、高エネルギー障壁により地球艦隊最大の武器ストラグルレーザーは無力化されてしまった。実体弾なら障壁は通過出来るものの、遠距離からの攻撃では簡単に撃破されてしまう。次の一手に悩むスズカゼたち。その頃、最前線で戦うチームラビッツの前にジアート、ウルガル屈指の将ドルガナまでが出現。このままでは……。５人の窮地に、アッシュへの搭乗を禁止されたイズルは…。

レッド５の出撃により事態は好転した。だが、ドルガナによりストラグルレーザーが破壊。万策尽きたかと思ったその時、シモンは最大質量となるスターローズをゲートに直接ぶつける決断を下す。これが今できる最善の策なのか。一方イズルは、「みんなを護りたい」という想いを強くすることでハーモニックレベルを上昇させ、ジアートに肉迫。だがそれは、アッシュの攻撃本能に飲み込まれる危険性も孕んでいた。