「恭介他回来了哦！」参加就职工作的恭介回来了，从小时候就一直不断的喧闹的日常也回来了。希望这样的日子能一直继续的理树，对身为领导人的恭介会做什么开始充满了期待。「要做只有现在才能做的事情！」，恭介提出这样的想法后，棒球队伍 Little Busters！成立。然后，与陌生人相处就十分害羞的铃被恭介要求去女生宿舍寻找队伍成员……

理树在房顶上见到了在吃零食的同班同学小毬。理树对小毬说了正在召集成员的事情。看上去对棒球不怎么感兴趣的小毬，居然接受了恭介的入团测试……另一边，依旧和平时一样在和猫玩耍的铃，在其中一只猫的尾巴上发现了一张纸条。在纸上写着不可思议的信息…

棒球队Little Busters！还差4个人。在班上也是神秘人物的同班同学来谷唯湖，理树尝试着向来谷说了棒球队寻找成员的事情，来谷也表现出了相当的兴趣。可是接下来，她和真人发生了冲突，以恭介的规则和其发生了战斗。即便面对强壮的筋肉男真人，来谷面露出了无畏的微笑……

小毬和怕生的铃关系有了点改善，成为了队伍中重要的一员。有一天，午休时理树在屋顶找到在睡觉的小毬时听见了“哥哥~？”这样的梦话。小毬说她只是独生女，经常只在梦里出现的“哥哥”给她读带点悲伤的画册故事。可是之后，那本原本只在梦中出现的手绘本却在现实中存在着……

虽然和铃她们玩棒球很开心，但一旦说起梦中的哥哥，小毬就会露出悲伤的微笑。理树下决心为小毬寻找这个哥哥。小毬的哥哥真的存在吗，还是……？晚上，小毬邀请理树在房顶上看流星雨。小毬对着星星许下了愿望。周末，理树和小毬2人去郊外，为寻找她失去的东西，小毬的记忆……

　一切事情回忆起来了的小毬，对这个残酷的现实感到混乱。为了让小毬恢复以前的笑容，在恭介的激励下理树下定了决心在Little Busters！的伙伴们精心的陪伴下，理树为帮助小毬开始行动……

Little Busters！的成员还不足够，为此继续寻找成员的理树，考虑是否劝诱隔壁班级的三枝叶留佳。但是叶留佳是个爱恶作剧的“麻烦制造人”和以前一样被风纪委员追逐的叶留佳，这次将理树卷入，带着他一起逃跑。但是，带着冰冷眼神的风纪委员长佳奈多出现后，叶留佳的表情也迅速变化了…

依旧在寻找成员的理树这次发现了在和爱犬玩飞盘游戏的库特，理树邀请她参加了棒球入队测试。库特眼下正在为寻找室友的事情发愁。来日本后库特没交到什么朋友，因此经常看见她露出寂寞表情的理树，决定为帮助库特寻找室友。但是，认识的女生中确都有各自原因无法接受库特的请求，眼看期限就要到了……

在猫的身上又发现了新的纸条。“拯救学校食堂！”，这是第二次的课题。立马赶向食堂的理树和铃，却发现学校食堂压根没什么问题。那这个课题究竟是……？

练习棒球时，为寻找打飞的球的理树在树下碰见了安静的少女，美鱼。经常在树下一个人撑着阳伞读书的美鱼也引起了理树的注意。虽然一开始被美鱼刻薄的话语而困扰，但最后还是与她一起享用了午餐。体育课时，对美鱼而言十分重要的书丢失了，理树和她一起寻找这本书……

恭介召集众人参加了恐怖，NO・RYO大会。队伍分成几组，寻找校舍里隐藏的秘密为任务而行动。在不断的惊吓中，理树发现了一个神秘的影子……

理树对经常一个人读书的美鱼提出成为棒球队经纪人的想法。被成员们热烈欢迎的美鱼，和大家一起制作短歌。美鱼似乎和热闹的成员们相处的时候很困惑。而和美鱼交谈中理树也不知为何感到不安……

美鱼缺课好几天了。雷雨中理树在中庭看到那个女孩的身影以来，美鱼在同伴们中讨论的话题也在慢慢消失。和以往不同，理树感到一种无法用言语表述的不安。理树在中庭找到了许久不见的美鱼。在美鱼不变的微笑里，眼神却流露着寂寞的感觉……

理树的记忆变得模糊，将美鱼忘掉的不安一直陪伴着。为了寻找美鱼的身影，确信美鱼一定在这个世界上存在。现在只有唯一的线索能回忆起来，那就是……

晚上，理树被叫到了女生宿舍，铃的房间。在哪里Little Busters！所有女生成员都在等着他。对理树而言，噩梦的一夜开始了……

喜欢恶作剧的三枝叶留佳，这次同样因违反校规被风纪委员追逐。理树他们看见叶留佳在修理长凳，但是风纪委员长的二木佳奈多赶来将椅子砸坏。理树他们对佳奈多的行为不满，而叶留佳也被带到了风纪委员会。在那里，矛盾彻底激化…

校内传出对叶留佳恶意中伤的流言。叶留佳的身世对理树等人造成了巨大的冲击。对将Little Busters！视作无可替代的朋友们的叶留佳，理树他们对她进行了鼓励。叶留佳决定面对自己的命运，寻找出生时的秘密……

佳奈多为测试理树的心思设置了一个巧妙的陷阱。叶留佳看见此景，内心受到了极大的波动。但是，在强烈斥责叶留佳的佳奈多，却不经意地露出了寂寞的表情。为明白佳奈多的真实意愿，理树根据恭介的意见和叶留佳商量，要找到那个答案。为此，下定决心的叶留佳出现在佳奈多的面前……

女子垒球部的佐佐美因为操场的使用问题和Little Busters！起了点争执，因此为球场和铃决一胜负。事后，猫的尾巴发现新的纸条：「治好2-A1班的相思病」为完成这个任务理树和铃去找2-A1去恋爱相谈。但是，这个单相思的对象太令人惊讶了…

棒球的联系，活动室的扫除等，这些过得相当充实的Little Busters！成员们，依旧如往日。在这之中，通过库特爱犬名字的由来，让众人对库特的一些过去有了些许了解。晚上，理树在中庭发现了库特的身影。库特为了本国咒语传达仪式的完成，邀请了理树来帮忙。在满天星空下，只属于2人的秘密仪式开始了……

从电视新闻上，库特家乡传来了噩耗的讯息。这个状况让理树等人呆然。突然倒下的库特醒来之后，说出「我什么都想起来了！」的话语。即便冒着危险，库特也要下定决心回去……

每天都关注着库特故乡新闻的理树等人，却不断听到噩耗。理树对让库特做出这个选择是否错误而后悔。代库特保管着她重要物品的理树。能否将思念传递到远在天边的她呢？

即便是对陌生人怕羞的铃，也和小毬的感情在逐步加深。这次在猫尾收到指令「举办人偶剧」。创作童话拿手的小毬也参与了帮忙。理树对小毬创作的8个小人的故事产生了想法。最终小毬和铃一起在天台许下了愿望。

棒球队的处子秀已经决定但是除美鱼外还差一个人，不过恭介却表示不用担心。另一边，在为剑道大会准备的谦吾与弓箭部的天才少女---古式美雪的交谈被理树等人看见。她似乎在和谦吾说着什么…

比赛前天，恭介将Little Busters的一切交给了理树。对突然成为领导人的要求，理树感到相当困扰。恭介却希望理树不要过于依赖他，而对理树激励。最终比赛，结果会如何呢？