L'agente dei Servizi Segreti Ethan Burke sta indagando sulla scomparsa di due agenti federali, Kate Hewson e Bill Evans. Durante le indagini è coinvolto in un incidente d'auto e si risveglia in una strana cittadina, Wayward Pine.

Ethan sfida gli ordini dello Scheriffo Pope che gli ha intimato di non lasciare la città e cerca un modo per evadere da Wayward Pines. Scopre che l'agente Evans si era sposato ma si è ucciso di fronte a sua moglie. Nel frattempo la moglie di Ethan e suo figlio si mettono in viaggio per scoprire che fine ha fatto.

Kate avvisa Ethan che gli è stata data una seconda, rara, occasione, dopo l'esecuzione di Beverly. Durante un nuovo tentativo di fuga, Ethan trova l'auto di Theresa che sembra essere stata abbandonata da anni. I Burkes finalmente si riuniscono e Ethan spiega ai suoi cosa sta succedendo.