Nach einer Auseinandersetzung mit Sheriff Pope begibt sich Familie Burke in die Stadt zurück, um festzustellen, dass Ethan eine neue Führungsrolle übernehmen soll. Krankenschwester Pam gibt ihm deutlich zu verstehen, dass er mit Peter abrechnen müsse. Der „Verräter“ hat auf der Hauptstraße Graffiti hinterlassen. Ben geht zum ersten Mal in Wayward Pines zur Schule und erhält dort Einzelunterricht von Lehrerin Megan Fisher. Derweil bekommt Theresa das Angebot, als Maklerin zu arbeiten.

Ethan wagt sich außerhalb von Wayward Pines – und macht dabei eine schockierende Entdeckung. In der Zwischenzeit trifft Theresa im Rahmen ihres neuen Immobilienjobs ihren ersten Kunden. Dieser zeigt sich angesichts der merkwürdigen Atmosphäre des Ortes mindestens ebenso irritiert wie Theresa. Ben macht derweil eine Einführung mit und erfährt von seiner Lehrerin, Megan Fisher, die Wahrheit über Wayward Pines.

Nachdem Ethan die Wahrheit über Wayward Pines herausgefunden hat, entdeckt er in seinem Auto eine Bombe. Das wirft bei ihm eine entscheidende Frage auf: Kann er den Menschen, auf die er sich bislang fest verlassen hat, wirklich weiterhin vertrauen? In der Zwischenzeit treffen sich Kate und Harold mit Schwester Pam. Bei diesem wichtigen Termin geht es um das Thema Zeugungsfähigkeit. Immer intensiver entwickelt sich derweil die Beziehung zwischen Ben und Amy …

Nach einer Explosion auf der Hauptstraße befinden sich zwei Bewohner von Wayward Pines in einem kritischen Zustand. Aber wer ist für die schreckliche Tat verantwortlich? Ethan nimmt unverzüglich die Ermittlungen auf. Derweil beschließt Harold aus dem Geheimprojekt auszusteigen, das er mit Kate geplant hatte. Schwester Pam wiederum plagen andere Sorgen: Sie will herausfinden, ob Falschinformationen über die Bewohner von Wayward Pines weitergegeben wurden – und wenn ja, von wem.

Nachdem Harold versucht hat, den Zaun um Wayward Pines zu durchbrechen, nimmt Ethan ihn ins Verhör, um mehr über die anderen Aufrührer herauszufinden. In der Zwischenzeit geht es mit Amys Gesundheitszustand bergab. Schwester Pam ermutigt Theresa, das mysteriöse Grundstück 33 zu untersuchen, während Ben von seiner Lehrerin Megan Fisher dazu verleitet wird, öffentlich über die aktuellen Ereignisse in Wayward Pines zu sprechen. Ethan enthüllt schließlich allen die Wahrheit über den Ort

Pilchers Beschluss, den Strom in Wayward Pines abzuschalten, hat ein tödliches Nachspiel. Ethan und Kate ergreifen daraufhin kurzentschlossen die Initiative, um alle in Sicherheit zu bringen. Schwester Pam will Pilcher derweil dazu bewegen, seine Entscheidung noch einmal zu überdenken. Und während Ethan und Kate sich auf einen Angriff vorbereiten, will die erste Generation die Zukunft von Wayward Pines schützen und nimmt die Geschicke selbst in die Hand.