Parti à la recherche de Kate Hewson et Bill Evans, deux de ses collègues portés disparus depuis cinq semaines, Ethan Burke est victime d’un accident de voiture. Il se réveille dans l’hôpital de Wayward Pines. Entre une infirmière peu rassurante et un shérif hostile, Ethan remarque très vite les comportements étranges des habitants de cette petite communauté, à l’exception de Beverly, une serveuse qui le met en garde contre cette ville. Ethan y retrouve le cadavre de son collègue Bill tandis que Kate ne le reconnait plus. Il réalise alors qu’il lui sera plus difficile que prévu de sortir de Wayward Pines…