Parti à la recherche de Kate Hewson et Bill Evans, deux de ses collègues portés disparus depuis cinq semaines, Ethan Burke est victime d’un accident de voiture. Il se réveille dans l’hôpital de Wayward Pines. Entre une infirmière peu rassurante et un shérif hostile, Ethan remarque très vite les comportements étranges des habitants de cette petite communauté, à l’exception de Beverly, une serveuse qui le met en garde contre cette ville. Ethan y retrouve le cadavre de son collègue Bill tandis que Kate ne le reconnait plus. Il réalise alors qu’il lui sera plus difficile que prévu de sortir de Wayward Pines…

Tenu emprisonné par d’immenses clôtures dans Wayward Pines, Ethan retrouve les plans d’évasion de son défunt collègue Bill et organise avec Beverly sa fuite à l’abri des micros et caméras dont regorge la ville. Il tente par tous les moyens de renouer contact avec Kate, son ancienne collègue avec qui il a eu une aventure, pour comprendre ce qui lui arrive. En attendant, sa femme Theresa et son fils Ben décident de partir à sa recherche.

À la recherche d’Ethan, Theresa et Ben mènent l’enquête sur la route de Wayward Pines. Appréhendés par le shérif, ils se retrouvent à leur tour coincés dans la petite bourgade. Après l’exécution sanglante de Beverly sur la place publique, Ethan, rejoint par sa famille, est déterminé à s’enfuir. Ce sera sans l’aide de Kate qui dit être enfermée depuis douze ans et dont le désir de s’échapper semble s’être envolé.

David Pilcher raconte à Ethan l’histoire de la ville et lui en dit un peu plus sur la manière dont elle est administrée et approvisionnée. Désormais au courant de la vérité, Ben, nouveau membre de la ‘’première génération’’, se confie à Amy. Kate et son mari Harold préparent un attentat à la bombe pour se libérer de Wayward Pines mais ils ignorent que de l’autre côté du mur rôdent des centaines d’abbies, ces créatures humanoïdes extrêmement dangereuses.

David Pilcher raconte à Ethan l’histoire de la ville et lui en dit un peu plus sur la manière dont elle est administrée et approvisionnée. Désormais au courant de la vérité, Ben, nouveau membre de la ‘’première génération’’, se confie à Amy. Kate et son mari Harold préparent un attentat à la bombe pour se libérer de Wayward Pines mais ils ignorent que de l’autre côté du mur rôdent des centaines d’abbies, ces créatures humanoïdes extrêmement dangereuses.

David Pilcher raconte à Ethan l’histoire de la ville et lui en dit un peu plus sur la manière dont elle est administrée et approvisionnée. Désormais au courant de la vérité, Ben, nouveau membre de la ‘’première génération’’, se confie à Amy. Kate et son mari Harold préparent un attentat à la bombe pour se libérer de Wayward Pines mais ils ignorent que de l’autre côté du mur rôdent des centaines d’abbies, ces créatures humanoïdes extrêmement dangereuses.

De retour à Wayward Pines, Ethan a pour mission de mettre la main sur les terroristes qui menacent de faire exploser la clôture. Sa femme, Theresa, et Kate pensent qu’il a été manipulé. Tandis que l’attentat se précise, Theresa continue son enquête sur la parcelle 33 et découvre un étonnant passage secret…

Bien que l’attentat à la bombe ait été évité, Ben et Amy sont à l’hôpital… Ethan apprend qu’une seconde attaque est imminente. Il interroge Kate afin de lui permette d’appréhender les terroristes. David Pilcher pense qu’une taupe se cache au sein même de son organisation. Avec l’aide de sa sœur Pam, il va observer les comportements du personnel censé veiller au bon fonctionnement de Wayward Pines.

Le mari de Kate, Harold, subit à son tour l’interrogatoire d’Ethan. À l’hôpital, Amy est entre la vie et la mort. Ses camarades de la "première génération" réclament au shérif l’exécution immédiate des terroristes. Soucieuse du comportement de son frère David, Pam délivre à Theresa la clé de la parcelle 33 lui permettant de découvrir à son tour toute la vérité sur Wayward Pines.

Après qu’Ethan a décidé de révéler toute la vérité en place publique, David Pilcher, lui, décide de laisser mourir sa petite ville afin de donner naissance à une nouvelle génération. Pour sauver leur vie désormais menacée par les abbies, les habitants de Wayward Pines partent à l’assaut du maître des lieux grâce au passage secret découvert sous la parcelle 33.