発明好きの少年ガンちゃんは、巨大犬型メカを完成させてこれを「ヤッターワン」と命名。ガールフレンドのアイちゃんと一緒に「ヤッターマン」と名乗り、世のために正義の味方となることを決意する。一方、悪党三人組ドロンボー一味の元に、泥棒の神様を名乗るドクロベエが現れる。大金塊の隠し場所が記されているというドクロストーンの４つのかけらを集めれば、金塊の半分をやると持ちかけられ、ドロンボーは探索を開始。その企みを知ったヤッターマンは、ヤッターワンでドロンボーを追う。

プジィプトにあるスフィンクスの鼻の穴の中にドクロストーンがあるというドクロベエの指令を受け、ドロンボーはメカで砂漠の国へと向かう。しかしスフィンクスの鼻は欠けて無くなってしまっていた。実はハッサンという男が、自分の家を作るために持ち帰ってしまったらしい。観光客相手にニセモノの土産を作ることに嫌気がさしていたハッサンは、恋人との結婚資金も稼ぎたいという気持ちの板挟みにあっていた。

フロダリビーチの23代目ガメガメハ大王が、ドウエイ博物館からプレゼントされた傘に、ドクロストーンの在処を示す地図が隠されているという。ドロンボーはインチキ商売の稼ぎで制作したメカで、フロダリへと出発。城を襲撃して旅行中の大王を待ち伏せするが、後を追ってきたヤッターマンが企みを阻止。対決の末に、なんとか傘を手に入れたドロンボーであったが……。

ドクロベエの指令で北極海に向かったドロンボーは、現地で犬ゾリに乗った老人に遭遇。ドクロストーンについての情報を得る。老人の話によると、アザラシ島にいるアザラシがドクロストーンの欠片を持っているらしい。老人を脅してアザラシ島へ案内させるドロンボー。しかし、そこに待ち受けていたヤッターマン。メカ戦の末にドロンボーはなんとかドクロストーンを入手するのだが、実はその正体は……。

西アジアのイルカ王国へ向かったドロンボー。王様の宝物殿の中にドクロストーンがあると睨んだドロンボーは、王国の財宝を狙うインチキ予言者・ヘルメットと手を組む。一方、王国についたヤッターマンは、ヘルメットによって無実の罪を着せられ、幽閉されたオイル博士の娘・マリアと出会う。なんと博士はドクロストーンのことを知っているらしい。ヤッターマンはマリアと共に博士を助け出そうとするが、その行く手にはドロンボーが待ち受けていた。

トンカ王国にある古代遺跡「太陽の神殿」に、ドクロストーンがあるという指令をドクロベエから受けたドロンボー一味。ところがヤッターマンが立ちふさがり、いつものように負けてしまう。メカの爆発で息も絶え絶えなドロンボーは、「死んだら太陽の神殿に葬って欲しい」とヤッターマンに言い残し倒れてしまう。ヤッターマンによって神殿に葬られたドロンボーであったが、実はこれは神殿に潜入するための作戦だった。

レオのカーニバル恒例の女王コンテストの優勝者に贈られる王冠に、ドクロストーンありかが隠されているらしい。ドロンボーはドロンジョがコンテストで優勝し、王冠を手に入れようと計画する。ボヤッキーが審査委員長に化け、他の審査員も催眠装置を使って洗脳してしまう。珍しく完璧な作戦のように見えたが、あと一歩のところでヤッターマンが現れて計画を阻止するのだった。

ドクロストーンがイマラヤ山脈にあるという指令を受けて山へと向かったドロンボーは、そこで雪男のユキゴンに遭遇する。ユキゴンの住みかに連れて行かれたドロンボー。そこには病気で寝込んでいる一人の老人がいた。ユキゴンは老人の看病を頼むのだが、ドロンジョたちはユキゴンの腕にはまっているドクロストーンらしきものを奪って逃走。だが、ヤッターマンとの対決で谷底へ落としてしまった。

ドクロストーンを求めて大自然あふれるアフリシャ大陸にやってきたドロンボーは、そこで密猟者の一味と出会う。密猟の邪魔をするジャングルの王者・アーザンの捕獲と引き替えに、彼らからドクロストーンの隠し場所を聞き出そうとしたドロンボー。だが、アーザンはヤッターマンに助けられ、形勢逆転されてしまう。

恐竜ナッシーが住むという、神秘に包まれた湖・ナス湖。この湖の底にドクロストーンが沈んでいるという。ドロンボーはドクロストーン探索に邪魔なナッシーを追い出すための作戦を考案。ナッシーの子供を捕まえて、親をナス湖の外へおびき出している間にドクロストーンを引き上げようとする。作戦は成功したのだが、そこにヤッターマンが駆けつけた。

四次元に通じる謎の三角地帯として怖れられている、バキューダ海域へとやってきたドロンボー一味。ここでドロンボーは、一人の少女と出会う。少女の兄・ペロは、珍しい石を持って突如消えてしまったらしい。その石がドクロストーンだと睨んだドロンボーは、四次元空間に飛び込んで様々な時代をタイムスリップ。ついにペロ少年と石を発見して現代へ戻るのだが……。

ドクロベエの情報をもとに南太平洋にある孤島・トースター島へやってきたドロンボー。村の長老を人質にしたドロンボーは、村人たちにドクロストーンのある場所へ連れて行くよう脅迫し、巨大なモアイ像に向かう。モアイ像の額にドクロストーンらしきものを発見。しかし、村人たちの祈りによってモアイ像が動き出し、ドロンボーに襲いかかった。

秘境ダマゾンにある黄金郷イルドラドに向かったドロンボー。そこで、男性が立ち入ることを禁じられている女性だけの国・アマゾメス王国の存在を知る。王国の女王の誕生日にのみイルドラドにある洞窟が開けられるという話を聞いたドロンボーは、彼女たちの仲間になってイルドラドに接近しようとするが失敗。女王を人質に取り、無理矢理ドクロストーンを入手しようとするのだが、ヤッターマンに女王を奪還されてしまう。

ガンちゃんはヤッターワンに次ぐもう一体のペリカン型メカを完成させ、ヤッターペリカンと命名した。ドクロストーンがイランスのブーブル美術館にあるという情報を聞いたヤッターマンは、ドロンボーを追って新メカ・ヤッターペリカンで出動。ところがドロンボーとは別にドクロストーンを狙う怪盗ドンパンに間違われ、ネッコロンボ刑事に捕えられてしまう。

ナイプス村に住んでいるヘンジーじいさんが、ドクロストーンを隠し持っているらしいとの指令を受け出発するドロンボー。さっそくじいさんの家を訪れるが、あいにく留守中。家中探してもドクロストーンが見当たらず、留守番をしていた孫娘のパイジを騙して、じいさんが働く水車小屋まで案内させる。ところがそこにあったのは、ドクロストーンではなくただの石臼だった。

ヤメタイ国の宝物の中にドクロストーンがあるという、ドクロベエの情報を盗み聞きしていたネズミ小僧のチョロ吉。宝物を横取りしようとドクロベエに変装し、ドロンボーを騙してヤメタイ国へ向かう。一方、ヤメタイ王国を訪れたヤッターマンは、女王ヒメコの屋敷に入ることが出来ない。オモッチャマに心を許したヒメコは一緒に屋敷の外に出るが、ドロンボーが現れ宝が収められた倉の鍵を奪われてしまう。

エギリスのエリザデス宮殿の庭園に、ドクロストーンがあるとの情報を入手したドロンボーはエギリスへ向かう。しかし宮殿は厳重に警備され、侵入することは非常に困難。そこで人気グループのビートラズが王宮の晩餐会に招待されていると聞き、彼らとすり代わって王宮に入り込むことを計画。ところがヤッターマンが本物のビートラズを救出し、ドロンボーの正体を明かした。

チャイロン国にある自然動物公園にドクロストーンがあるというドクロベエの情報を盗み聞きしたヤッターマンは、現地でパンダの飼育係と、その娘スーミンに出会う。パンダの飼育に多忙な父から、誕生日にプレゼントをもらえず腹を立てたスーミンは、パンダのルンルンを逃がしてしまう。ドロンボーはそんなルンルンを人質に取り、ドクロストーンを要求する。

ガードマンに化けて造幣局に潜入し、まんまと大金を強奪したドロンボー。これで一生楽に暮らせると思いきや、機嫌を損ねたドクロベエによって全額横取りされてしまう。仕方なくドクロストーンを探しに、アルプスの麓にあるイランス国に向けて出発するドロンボー。一方、ヤッターマンはフンバルジャンという男と出会う。彼は病気で苦しむ孤児の女の子を救うために、教会から金の燭台を盗んでしまった。実はフンバルジャンは留置所から脱走し、警察から追われる身であった。

アメホン国シカモ市の暗黒街。そこでは、二大ギャングのアル・カッポレとドン・パチーノが抗争を繰り広げていた。ドロンボーはまずカッポレの金庫を狙うが、そこにドクロストーンはなかった。そこで次にパチーノの金庫を狙うため、ドロンボーはカッポレの仲間となり抗争に参加する。しかし、カッポレの金庫にもドクロストーンはなく、代わりに特注のチョコレートがあるだけだった。

カンフーで有名な伝説の映画スター、レッドスリーがドクロストーンを持っているという情報をドクロベエから得たドロンボーはトンコンへ向かう。ドロンボーはレッドスリーに弟子入りして、隙を見てドクロストーンを奪おうという作戦を計画。ところが修行の最中に目論見がバレてしまい、レッドスリーは怒ってドロンボーに戦いを挑んできた。

盗賊ナイババが持っていると言うドクロストーンを奪おうと、バラビア砂漠にやってきたドロンボー。一方、ナイババに母の形見である金の腕輪を奪われてしまったという少年ホメットに出会ったヤッターマン。腕輪を取り戻すためナイババのアジトへ向かったホメットは、そこで見覚えのある銀の腕輪をつけた盗賊が拷問を受けている様を目にする。実は、彼はホメットが幼い頃に生き別れた父親だった。

捨て猫ニャンラッシュを拾って育てている少年パルロがドクロストーンを持っているという指令を得たドロンボーは、ヘルギーのフラダース地方へ向かう。ドロンボーはパルロの優しさに付け込み、行き倒れを装って彼の家に潜り込む。しかし、そこではドクロストーンは見つからない。そこで今度は風車小屋を捜索すると、そこでそれらしき石を発見したのだった。

ナッパレオン三世がクロミア戦争でドクロストーンを隠したという情報を得たドロンボーは、クロミア半島へ向かう。その昔、白衣の天使ナイチンゲールが活躍したクロミア半島。現在はその子孫である少女ナイチンガールが住んでいた。ヤッターマンとの対決で負傷してしまったドロンボーはナイチンガールに優しく看病してもらうが、その恩を裏切り、彼女が飼っている犬達を無断で連れ出してドクロストーン探しに利用してしまう。

宇宙人の基地があると噂される、謎の巨大地上絵で有名なナゼカ高原。ドクロストーンは宇宙人が持っているのではないかと考えたドクロベエは、ドロンボーに指令を与える。高原にやってきたドロンボーは、なんと本物の宇宙人に遭遇。しかしこの宇宙人、とんでもなくイタズラ好きだった。そんな宇宙人の腰にドクロストーンらしきものを発見したドロンジョたちは、彼が水風呂に入っている最中に奪おうと企む。

ルーマニアン国に住む、伝説の銀色の狼がつけている首輪がドクロストーンだという指令を受けたドロンボー。ドロンボーはそこでふしぎな少女ウル子と出会う。ところが満月を見た彼女は突然狼女に変身し、ドロンジョたちに襲い掛かって来た。なんとウル子は銀色の狼の呪いによって狼女と化していたのだった。彼女の呪いを解くには銀色の狼の首輪が必要らしいと聞いたヤッターマンは、彼女の父親と狼退治に向かう。

ドクロストーンを求めて地底の国へ向かったドロンボーであったが、地底につくやいなや戦いの守り石を盗んだ犯人と間違えられ地底人に捕えられてしまう。新メカ・ヤッターアンコウで彼らの後を追って来たヤッターマンに助けられるも、ドロンボーはその恩を裏切り、代わりにヤッターマンが幽閉されてしまう。処刑寸前のところを地底王国の王子に救われたヤッターマンは、地上侵略をやめさせるために守り石を盗んだことを彼から告白される。

月に帰ったかぐや姫がドクロストーンを持っているらしいという指令を受け、ドロンボーは月へ出発。ヤッターマンも宇宙航行が可能なヤッターアンコウで地球を飛び立つ。お爺さんからもらった石を、心の清らかな人に渡したいというかぐや姫。この石こそドクロストーンだと推測したドロンボーとヤッターマンは、かぐや姫が出した心の正しさを試すためのテストを受ける。しかし、テストに落ちたドロンボーは、石を強引に奪おうとする。

南太平洋に浮かぶ謎の孤島アルファー島にやって来たドロンボーは、早速ドクロストーンを発見する。しかし、島に潜む怪獣キングモングがドクロストーンを奪い、飲み込んでしまった。喉を詰まらせたキングモングは、目の前に現れたヤッターマンにドクロストーンを取ってもらおうと、アイちゃんを連れ去ってしまう。アイちゃんを救うためキングモングを追うガンちゃん。ドロンボーもまたドクロストーンを取り返そうと、キングモングを追いかける。

漂流者ドビンソン・クロースルが住む、南の島ケチョン島にやって来たドロンボー一味。ドビンソンの宝を狙うガラガラ島の住人に、ドビンソンの家来サンデーがいじめられているところを助けたドロンボー。サンデーはドビンソンの人使いの荒さに逃げ出して来たのだという。ドビンソンの宝を渡す代わりに、自分を本国に帰して欲しいとサンデーに懇願されるドロンボー。宝がドクロストーンだと睨んだドロンボーは了解するのだが……。

ドクロストーンを求めて南極大陸へやってきたドロンボー。そこでドロンジョたちは、南極点を目指す父親と娘のローラ2人だけの探検隊と遭遇する。ドクロストーンが眠っているとされる南極点を探すドロンボーであったが、なかなか発見することができない。一方、ドロンボーに探検車を破壊されてしまい、単独で南極点に向かおうとしていたローラは、ヤッターマンに助けられる。

ドクロストーンが霧の都ドンドンのどこかにあるというドクロベエの指令を受けたドロンボー。名探偵モーロック・オームズにそのありかを推理してもらおうとするのだが、オームズは歳を取ってしまい、すっかりモウロクしてしまっていた。おかげでドクロストーン探しは難航。ようやくそれらしきものを発見したのだが……。

岩窟王が財宝を残したとされる悪魔島にやって来たドロンボー。後を追ってきたヤッターマンは、そこで岩窟王の子孫エドマエ・ダンテス、またの名をヘンクツ王と遭遇。ドロンボーは島の洞窟内を逃げ回るヘンクツ王を追まわし、岩窟王の隠し財宝を発見。しかし、追ってきたヤッターマンとのメカ戦に負け、ドクロストーンはヤッターマンの元へ。しかもなんと、その石は……！？

南の島、ホゲホゲ島近海に沈む海賊船に、ドクロストーンが眠っているという。ドクロストーンを探すドロンボーだったが、何も見つからない。しかも巨大なタコが襲い掛かってきた。そのピンチを救ったのは、潜水艦ゴミチラス号の船長モネ。彼が世界各地から集めた宝の中にドクロストーンらしきものを発見したドロンボーは、彼の友達であるイルカのドルフを人質にとって石を手に入れる。

アラジェリアの街カスバにいる女盗賊ハルメンが、ドクロストーンを持っていると聞いたドロンボー一味。ドロンジョは同じ女泥棒として、ハルメンに敵対心を抱く。彼女からドクロストーンを奪ったドロンジョは、ハルメンと彼女に恋する男ポセに嫉妬の炎を燃やして鞭を振るう。そこにヤッターマンが割ってはいり、二人を助けた。

ドクロベエの指令がないため、この機会にドクロベエの正体を探ってやろうと考えたドロンボー。水の都ケチスに住んでいるドクロックという人物が、ドクロベエではないかと考える。ドロンボーはドクロックの養子にしてもらうために彼の陰謀に手を貸し、ドクロックの恋敵バッチリオの船を沈めてしまった。しかしヤッターマンの活躍によりバッチリオは救出され、ドクロックの陰謀は暴かれた。果たしてドクロックはドクロベエなのか？

真田幸村が隠しもつドクロストーンを奪うため、過去にタイムスリップしろと指令を受けたドロンボー。タイムスリップに成功し過去へとやってきたドロンボーは、幸村の部下である霧隠才蔵と出会い、ドクロストーン運びを手伝うことにする。一方、ヤッターマンも幸村の部下の猿飛佐助と出会っていた。

ベロソン市に住む超能力者ルドルフ少年に、予知能力でドクロストーンのありかを教えてもらおうとするドロンボー。しかし実はルドルフには悪魔が取り憑いており、悪魔祓いのエカコシストにお祓いを頼むことに。なんとか悪魔を祓い、ルドルフにドクロストーンのありかを教えてもらったドロンボーだったが……。

ドクロストーンは大リーグの伝説の打者、ブーブルースの記念カップに入っていると指令を受けたドロンボーは、オメリカ国のニューヤーク球場へ向かう。ホームラン王ヤング・アーロンの敵チームの選手になり、記念カップを賭けた試合に臨むことになったドロンボー。結局、カップは自分の引退を賭けて奮闘したアーロンの手に渡るが、カメラマンに化けたドロンジョに奪われてしまう。

樫の木ロボット・ピノッキンを作ったダペットじいさんがドクロストーンを持っているとの指令を受け、イタリッチ国へ向かうドロンボー。人間になりたいピノッキンを騙すため、ドロンボーは樫の木の妖精に変装してダペットじいさんが持っている石を持ってこさせる。しかし、それはピノッキンを直すための修理台だった。

ロンドン発の国際列車ホワイトアロー号に、ドクロストーンがあるとの指令を受けたドロンボー。車内で出会った少年・ニコルに仲間にして欲しいとせがまれたドロンボーは、ドクロストーンを探し出せたら仲間にしてやると条件を出す。するとニコルは、あっさりとドクロストーンを見つけてしまった。しかし、ドロンボーは約束を破り、ドクロストーンを奪おうとする。

ヘンデルセン王国に住む魔王ミニックイが、ドクロストーンを持っているらしい。ヤッターマンはミニックイに求婚され困っていたエリセ姫を救うが、姫の兄弟たちは全て魔王に白鳥に変えられてしまう。王子たちを元に戻すために、魔王の城に乗り込んだヤッターマンであったが、そこには魔王に弟子入りしたドロンボーがいた。

ヘゲレス国の王女ローズ姫が、ドクロストーンを持っているとの指令を受けたドロンボー。姫に近づくため、ドロンボーは彼女の婚約者であるポランス国のシモン王子の部下、三銃士と入れ替わる。仮装舞踏会に招待するための護衛を装い、姫からドクロストーンを奪ってしまうドロンボー。しかし、そこへ本物の三銃士が現れた。

地獄谷に住む雪女がドクロストーンを持っていると指令を受けたドロンボーは、雪の積もる大雪県でくん平という少年と出会う。ドロンボーはくん平に雪女のもとに案内させるが、宝を盗もうとしたため雪女が襲い掛かる。しかし、彼女がくん平の母親であると気付いたドロンジョは、子供を使って動揺を誘おうと画策。駆けつけたヤッターマンがメカ戦を挑むが、なんとヤッターワンが……！

ドロンボーとの戦いで大破してしまったヤッターワン。しかし、ガンちゃんはヤッターワンをパワーアップし、新たにヤッターキングとして蘇らせた。ヤッターキングと共にスイスイ国へ向かうヤッターマン。そこでは悪の代官ゲスダーによって、勇者アイアムテルが捕えられていた。彼の息子の頼みでアイアムテルを救出しようとするヤッターマン。しかし、ゲスダーにはドクロストーンとの引き換えにドロンボーが味方をしていたのだった。

ドクロストーンはフランサ国の大金持ち、ミロガンが持っているという指令を受けて出発したドロンボー。幼い頃に親と離れ離れになり、大道芸をして親を探していたミロガンの息子ミレを亡き者にして、財産を手に入れようと企む叔父のジャムス。その計画に加担したドロンボーは、ミレをミロガンの元へと送り届けようとするヤッターマンを爆撃する。

アルプスの山中で行われるモッテカエロレースの商品がドクロストーンだと聞いたドロンボーとヤッターマンは、レーサーとして出場。他の車を妨害してトップを独走するドロンボーだったが、それをヤッターマンが追撃。メカ戦に突入し、負けたドロンボーはリタイア。レースに優勝したヤッターマンは、優勝賞品を受け取るのだが……。

オニエ山に住む盗賊の首領スッテン童子が、ドクロストーンを持っているとの情報を得たドロンボー。スッテン童子は彼が好きな月姫を連れてくれば、ドクロストーンを渡すとドロンボーと約束。姫を誘拐してきたドロンボーであったが、ドクロストーンを手に入れる直前で、ヤッターマンが現れる。

昔話の世界そのままの様相を見せるオトギー国。平安村に住む柿太郎が、ドクロストーンのありかを知っているという。柿太郎からドクロストーンは鬼ケ島にあるらしいと聞いたドロンボーは、彼の家来になって鬼退治に同行。柿太郎の力であっという間に鬼たちを制圧するが、実は鬼ケ島に住んでいたのは心優しい鬼たちばかりだった。

人間の言葉を話というカエルを探して、ドイテ国にやってきたヤッターマンとドロンボー。しかしそこで出会ったマリ王女はカエルが大嫌いで、踏み潰してくれと言い出す。ドロンボーはカエルに近づきドクロストーンのありかを聞くが、場所を聞き出すとすぐに木に吊るしてしまった。

海賊のフリント船長が宝を埋めたと言われるタカリ島に、ドクロストーンがあるとの情報が。ドロンボーはタカリ島の宝を探して漂流していた、ジルバー船長を発見する。一方、ヤッターマンは宝の地図を持っていたマンボー船長と出会う。オモッチャマを人質にしたジルバーに地図は奪われるが、さらにそれをドロンボーが強奪してしまった。

ギリマー国で、人食いライオンを倒した勇者に送られるという宝。それがドクロストーンらしい。怪力自慢のあば連坊ヒネクレスをたぶらかして、ライオン退治をさせることに成功したドロンボー。ボヤッキーの援護で人食いライオンを倒したヒネクレスは宝を手に入れるが、ドロンボーはすぐさまそれを強奪して逃走してしまう。

凶悪な赤鯨の腹の中にドクロストーンがあるとの情報を受けて、南氷洋へ向かうドロンボー。赤鯨を発見したドロンボーは攻撃するが、片足の船長に妨害されてしまう。捕鯨船の船長であるこの男は、昔奪われた片足の仇を討とうと長年この赤鯨をつけ狙っていたのだった。だが、腹を立てたドロンボーは船長の捕鯨船を沈没させてしまった。

大江戸国の大江戸村で行われているカン流島の決闘の勝者に贈られる、名刀・肘鉄。その刀掛けがドクロストーンであるという情報を得たドロンボーは、カン流島の決闘に出場する佐々木イジローと接触。一方、ヤッターマンはイジローの宿敵・宮本ムサクと出会っていた。勝負は三悪が渡した特製の刀のお陰でイジローが勝利。ドロンボーはヤッターマンとの戦いには負けはしたものの、刀掛けは死守。ところが、それは大江戸原人の頭蓋骨だった。

人気の美人女子プロレスラーコンビ、ピンクペアが持つチャンピオンベルトがドクロストーンという情報を受けたドロンボーは、試合会場のあるジャッポン国へやってきた。ボヤッキーとトンズラーが女子プロレスラーに化け、ピンクペアとタッグマッチを行うことになるが、覆面レスラーに扮したアイちゃんの助太刀により敗退。しかし、ピンクペアの2人はなぜかガッカリした様子。どうやら引退して普通の女の子に戻りたがっているらしい。

カッパ河原に住んでいるカッパ一族が、ドクロストーンのありかを知っているらしいとの情報を得たドロンボー。一族の夫婦を脅して、滝壷の中にドクロストーンらしき宝が隠されていることを聞き出したドロンボー。カッパ夫婦の息子・河太郎は、両親を人質に取られてしまい、三悪に宝をとってくるよう命じられる。しかし、河太郎はカッパなのに水恐怖症だった。覚悟を決め、両親のために川底に飛び込んだ河太郎は宝を持ってくるが……。

新しいヤッターメカ、ヤッターパンダ＆コパンダ、ヤッターブル、ヤッタードジラが登場！新メカと共にドクロストーンがあるというチュンチュク地方へやってきたヤッターマンは、舌を切られたインコを助けたお礼にお宿へ招待されるというお爺さんと出会う。このお宿こそ、ドクロストーンがあるといわれるインコのお宿だった。

映画の都・ハゲウッドにやってきたドロンボー。その目的は正義のヒーロー・ボケとルマンの敵が持っているとされるドクロストーンの奪取だ。ちょうど一同が現場に着いた頃、なんと本物の怪獣が出現したとのニュースが入り込んだ。現実とフィクションの区別が着かないボケトルマンは、その怪獣を倒しに行ってしまう。ドロンボーもまたこの怪獣の身体をくまなく探し、背中に石を発見するが……。

ドロンボーはドクロストーンを求め、大西洋の海底にある幻の古代都市アタランデスにやってきた。都市の住民である海坊主たちは、自分達の王子の結婚相手を探している最中だった。タコそっくりのルックスの王子は色仕掛けで迫るドロンジョを無視し、なんとアイちゃんに求婚を迫った。プライドを深く傷つけられたドロンジョは激怒し、腹いせにヤッターマンに戦いを挑む。

ドクロストーンのことを知っているというマンジュとスシ王を探して、ドロンボーはタンゴ村にやってきた。ドロンボは人さらいのコショウ太夫とつるんで、父親に会うために一緒に旅をしている母親からマンジュとスシ王を引き離し、2人を誘拐した。ドクロストーンの在処など知らないという2人は、コショウ太夫のもとで厳しい労働を強いられることに。一方、2人の母親を助け、事の顛末を聞いたヤッターマンは、マンジュとスシ王を助けるために太夫の館へ向かうのだった。

オビ砂漠を旅する四蔵法師が、ドクロストーンのありかを知っているというドクロベエの情報を受けたドロンボー。四蔵のボディガードである孫六空たちを騙して妖怪にさらわせてしまい、その代わりに自分達が四蔵の護衛についてしまうドロンボー。ヤッターマンは孫六空たちを救い出すために四蔵に力を貸し、見事妖怪退治を成し遂げる。しかし、ドロンボーは四蔵の事をあきらめてはおらず、ヤッターマンに挑んできた！

かつて、若い娘を生け贄としてヒヒに捧げる習慣のあったイナカー村。その庄屋の娘がドクロストーンを持っているらしい。ヒヒに娘を要求されて困り果てた庄屋の前に、イヤミ重太郎なる子連れの素浪人がヒヒを倒すと名乗り出る。ところが、重太郎は本当はケンカもしたこともない見かけ倒しの男だった。結局、重太郎と一緒に戦うはずのヤッターマンは、自分たちだけでヒヒに挑むことになるのだった。

ドクロベエの指令によって、宇宙の彼方に浮かんでいる移動惑星へ出発したドロンボー。ヤッターマンも宇宙仕様に換装したヤッターキングと共にその後を追う。移動惑星の住民であるタコそっくりの宇宙人は地球人を快く思っておらず、惑星に到着したドロンボーやヤッターマンは有無を言わさずに捕まってしまう。しかし、流星群が惑星に接近するのをきっかけに、ドロンボーはドクロストーンらしき石をちゃっかり頂戴し、その上宇宙人の王女を連れて脱出してしまう。

キョウトン国のゴショウ村にあるらしょう門に住んでいる鬼が、ドクロストーンを持っていると聞いたドロンボー。鬼を呼び出したところ、渡辺綱と名乗る侍にその腕を切られてしまう。ドロンボーは綱に近づき、この腕を使って再び鬼をおびき寄せる作戦を実行した。一方、ドロンボーを追ってやってきたヤッターマンは、片腕を失って悲しむ鬼と出会い、腕を取り返すのに協力することを約束する。

噴火をはじめたアブリカのハレマンジャロ火山。その近くに住むシバ族がドクロストーンを持っていると聞いたドロンボー。現地に着いたドロンボーは、シバ族の人々から行方不明の酋長の妻を探して欲しいと頼まれる。女占い師に扮したドロンジョの予言を聞いた一族はさっそく探索に出かけるも、ドロンボーはその隙に酋長の家からドクロストーンを頂戴してしまう。しかし、ヤッターマンは酋長の息子であるケンと共に、ドロンボーが持ち出した石を取り戻そうとする。

山奥にある不加納道場に伝わる虎の巻が、ドクロストーンであるという情報を得たドロンボー。ドロンボーはアカデクサイという剣豪に道場破りさせ、虎の巻を入手しようとするがあえなく失敗。その一方で、ヤッターマンは道場の娘・みどりから、剣豪になることを夢見て道場を飛び出していった門下生・年五郎を呼び戻して欲しいと頼まれる。ヤッターマンの説得により年五郎が道場に戻ると、そこには彼の師匠である道場主がドロンボーに脅迫されていた。

ラブランドに住む雪の女王が、ドクロストーンを持っているとの情報を聞いたドロンボー。この国では女王が国中の人々を凍らせていることで困っており、ヤッターマンが出会った少年・ケイの恋人ギルダもその一人だった。ケイはヤッターマンと共にギルダを取り戻すために女王の城に乗り込むことに。女王に心を閉ざされてしまったギルダは、彼女の刺客となってケイに襲いかかる。

アロプス山脈でまだ誰も登ったことのないマボロスト山頂に、ドクロストーンがあるらしい。ドロンボは登山隊員の少年ミラーから彼の父親が発見したマボロスト山への地図を奪い、見事登頂に成功する。ところが、ミラーを救出したヤッターマンもドロンボーの後を追って山頂に現れた。

くらい山で修行に励んでいるひよ若丸がドクロストーンを持っているとの情報をドクロベエから入手したドロンボーは、彼を訪ねて現地に参上。ドクロストーンと思わしき石のカブトは、既に暴れん坊のフンケイに奪われてしまった後だった。ヤッターマンからケンダマジックを借りたひよ若丸はフンケイを倒すも、石のカブトはドロンボーに奪われてしまう。

鉢かぶり姫の被っている鉢がドクロストーンらしいことから、ドロンボーは彼女のいるカワッチ村へ。鉢かぶり姫はその地方をおさめる中条の家で働いていた。中条の息子・末津庫は姫に求婚するも、彼の母親は猛反対。このままではお世話になった中条に迷惑がかかると判断した姫は、この家を出る決心をする。そこへ鉢を狙う三悪が彼女に襲いかかるも、ヤッターマンによって撃退されてしまう。

スイスイ国のリップル王子は、ショローラ姫との結婚を間近に控えていた。この婚礼で王子から姫に贈られる宝こそがドクロストーンだという。ドロンボーは宝を入手するためにかつて国を支配していた魔女と結託し、姫を永遠の眠りにつかせてしまう。そしてドロンジョは、姫を目覚めさせるには自分と結婚しろと王子を脅迫。仕方なくその要求を呑む王子だが、ドロンジョとの結婚式当日ヤッターマンが参上。

裕福な家から盗んだお金を貧困な者に与えている義賊・ゴエモン。ゴエモンが次に狙うのはお城の蔵だ。彼は民衆が貧乏なのに贅沢な暮らしをしている殿様の事が前々から気に食わなかったのだ。ところが、同じく城の蔵にあるドクロストーンを狙っていたドロンボーはゴエモンの企みを役人に密告。そのために彼はお縄になってしまい、哀れ釜ゆでの刑に処されてしまう。

ドクロベエよりローマン国王が所有しているドクロストーンを奪えとの指令を受けたドロンボー。しかし、現地に到着するや、非常に疑り深い性格の王様によってドロンジョははりつけに去れてしまう。一方その頃、ジーンという男も同様の刑に処されていた。なんでも、彼の親友のハシレメドスが母親に薬を届けて戻ってくるまで身代わりになったというのだ。しかし、三悪はこのハシレメドスを妨害する代わりに王の持つ石をもらうという取引をしてしまう。

三重県伊賀の国に住む忍術使いジライヤに会いに来たドロンボー。しかし、ジライヤが持っていたドクロストーンらしき石は彼の師匠に取り上げられてしまっていたとのこと。三悪はジライヤと一緒に師匠から石を取り戻そうとする。だが、ジライヤの娘のカスミの説得によって、ジライヤは改心する。実はこの石は忍術の免許皆伝の証であったのだが、最近忍術で悪事を働いてばかりのジライヤを許せない師匠が取り上げてしまっていたのだった。

またもや宇宙へ飛んだドロンボーとヤッターマン。行き先は天の川にあるショクジョ星だ。星の王から駆け落ちした娘のオリヒメをケンギョウという男のもとから連れ帰ってきたらドクロストーンをもらえるといわれたドロンボーは、条件を呑み作戦を実行に移す。ところが娘を連れ帰っても石を渡さない王に立腹したドロンボーは、巨大メカで大暴れ。

ガリア国のブチコメー監獄には、政府の方針に賛同しかねる反乱軍兵士が捕まっていた。兵士の中にドクロストーンのありかを知っている者がいるという。ところが監獄には仮面をつけた兵士ばかりが収められており、どの男が在処を知る者なのか判らない。自らも仮面をつけて監獄に潜入したボヤッキーは銅仮面を被った男に当たりをつけて救出するが……。

キミンダ国のランプ売りの少女ジェニーが、ドクロストーンの在処を知っているとの情報が。現地へ急行したドロンボーはジェニーの養父母と会い、彼女の身柄を引き取りたいと申し出る。しかし、このおばあさんは強欲な性格をしており、これまでに彼女にかかった養育費を全部払えという。三悪もそんな話を聞くことが出来ないという両者の間で話が縺れていくうちにヤッターマンが参上。

グズの国を目指してミルクロードを旅する少女ドーシーがドクロストーンの在処を知っているらしい。ドロンボーはドーシーに気づかれないように彼女のお供と入れ替わり、そのままグズの国へ向かう。その国の王様の話によると、王様の元から逃げ出したお妃様がドクロストーンと思わしき石を一緒に持っていったらしいとのこと。三悪は后の城へ行ってドクロストーンを奪おうとするが……。

サトミ国のミツ姫が持つ首飾りがドクロストーンの在処を探す手がかりになるとの情報を盗み聞きしたヤッターマンは、三悪よりも先に現地へやってきた。ミツ姫は山賊の猿山大全によって城の天守閣の中で囚われの身となってしまっていた。姫を救出に来たヤッターマンだったが、彼女は首飾りが導く三人の勇士が現れるまではここで待つという。

南海に浮かぶダヒチ島に住む画家ゴーマンの妻テブラがドクロストーンを持っているとの情報が入ってきた。テブラと接触したドロンボーは、スランプ気味の夫の絵を褒め、なおかつ購入して欲しいと懇願される。彼女はどうやら自分たちを画商と思い込んでいると思った三悪は、ドクロストーンと引き替えに絵を購入しても良いと取引をする。

武士国の剣豪・塚原ボケ伝がドクロストーンを持っているらしい。ドロンボーは現地で三人の用心棒を雇い、ボケ伝のもとへ。ヤッターマンもボケ伝に弟子入りしたい一心で家を出た少年・一太郎と出会い、共にボケ伝の住むツカハラ山へ向かった。ところがこのボケ伝、あまりにも老いぼれてしまったが故、本当にぼけてしまっていた。どう見ても勝ち目のないボケ伝にヤッターマンが助太刀する。

中国地方のチンの国では皇帝が半里の長城の建設に熱心だった。長城の建設には多数の民衆がかり出されており、過酷な労働に苦しんでいた。その様を見ていた貴族のミンミンは皇帝に長城建設の中止を直訴。ミンミンがドクロストーンを持っていると聞いたドロンボーは、彼が敵のスパイだと皇帝にウソをついて長城の人柱にしてしまう。その隙に三悪はミンミンの家を探すも宝らしき物は見当たらない。

なんとヤッターマン基地からドクロストーンを盗み出したドロンボー。そのままギローマ国に直行するも、ドクロストーンを落としてしまい、囚われの身となっていた剣闘士スパルタオスに拾われてしまう。ドクロストーンを自由の石と信じたスパルタオスは仲間とともに脱走。ドロンボーはなんとかドクロストーンを取り返すも、そこにヤッターマンが現れる。

ドクロストーンはポトス島の海に住む人魚が持っているとの情報を得たドロンボーは一路現地へ。その頃、人間の王子に恋をした人魚姫のケイトは、人間となって陸地へ上がっていた。ケイトは王子に見初められるも、それに嫉妬した王女によって監禁の身となってしまう。人魚の王はケイトが人魚に戻るために必要な魔法の石と共に、彼女の安否の確認をドロンボーに託す。

オゲレス国に侵略を受けたフラダンス国では、神のお告げを受けた少女・ジャンダックが祖国を守るために立ち上がった。ジャンダックこそドクロストーンを持つ者だという情報を得たドロンボーは、彼女からドクロストーンの在処を聞き出そうとする。全く口を割らないジャンダックは挙げ句の果てに死刑にされそうになる。

シナンダ国の国宝の石がドクロストーンらしい。そこで現地へ向かったドロンボーは、その国の王様から姫がアラランという少年のもとに行ってしまい困り果てている姿を目にする。姫を取り戻してくれたらドクロストーンと思われる石をもらえるとの約束を王様と川下ドロンボーは、アラランを捕まえた上に崖から突き落としてしまう。だが、姫は魔法のランプの精を呼び出してアラランを救出。

アップル国に住むアース夫妻のリンゴ園に突然現れ、お金をもらうこともなく黙々と働くラン吉という少年。実はラン吉は15年前に家出をしたアース夫妻の娘・メアリーの子供で、ランという女の子だった。彼女は亡くなった母親の形見である石の皿をアース夫妻に渡すためにやってきたのだった。この皿に目をつけたドロンボーがアース夫妻を狙う。

ナランダ国の即位の石がドクロストーンとの指令を受けたドロンボーは、一路現地へ。クーデターを起こし、王位の譲渡を国王に迫っていた大臣たちをそそのかし、ドロンボーは彼らに石の在処を王から吐かせるようにしむけた。一方、ヤッターマンは、騎士道精神に燃えるノンキホーテとその従者と共に王様を助けるために城へ乗り込む。

幻の珍大陸を探して公開を続けるコロンボスと接触したドロンボー。彼が探しているこの珍大陸にドクロストーンが眠っているらしい。三悪はおだてブタの歌で船員たちをそそのかし、コロンボスを海に突き落として船を奪ってしまう。その結果、奇跡的にもコロンボスは島に漂着し、一命を取り留める。この島こそ珍大陸だと確信したコロンボスは、島を占領しようと考える。そこへ避難した挙げ句、流れ着いたヤッターマンやドロンボーも現れ、島を巡って一大決戦が繰り広げられることに。

ジャッポン国のノン太がドクロストーンに縁があるらしい。このノン太、夢の中に出てきた観音様のおつげに従い、わらしべを持って旅をはじめていた。わらしべがみかんに、みかんが反物に、さらに反物が馬に交換されていった。彼の強運を目の当たりにしたドロンボーは、いつかドクロストーンと出会うかも知れないと重い、彼についていくことに。一方、完成したばかりのヤッターゾウとヤッターよこづなと共に、ヤッターマンも現地へ急行。

妖精の国の国王・オブロンがドクロストーンを持っているとの情報がドロンボーに伝わった。現地ではオブロンと春の妖精・ティターニアの結婚式が行われていた。だが、オブロンに叱られたことで逆恨みをしたキューピッドのペックが、恋の薬を国中に振りまいて大混乱を起こしてしまい、式を台無しにしてしまう。挙げ句の果てにはティターニアがトンズラーに恋してしまい、その影響で季節が冬になったことで妖精の国が滅亡の危機に陥れられてしまう。

トマト星に住む巨大なオロチの頭上にある石の冠がドクロストーンらしい。トマト星ではトマトコケルとミナテラス姫との婚約の儀が行われようとしていた。ところが彼に嫉妬したコワソイバルがオロチを倒した者こそ王の座にふさわしいと吹聴し、コケルをオロチ退治に行くように仕向けた。その上、イバルは退治への道中でコケルを捕らえ、オロチをおびき寄せるエサにしてしまう。

人力飛行機の発明に燃えるレフト兄弟がドクロストーンを持っているとの情報を得たドロンボー。さっそく彼らが住むイテホークの町に向かうと、そこではあまりの失敗の多さにレフト兄弟の2人が仲たがいをしてしまっていた。ドロンボーはレフト兄弟の弟のナニーに接触し、飛行機作りに協力する代わりにドクロストーンを渡して欲しいと話を持ちかける。その一方で兄のアニーはヤッターマンの協力を得て、飛行機を完成させる。アニーとナニーは各々の飛行機で勝負を挑むが……。

ネジプト国の王女・ユメノパトラがドクロストーンを持っているとの情報から現地へ向かったドロンボー。ネジプトの将軍・アイトニーに恋してしまったドロンジョは、ドクロストーン探しの任務を放り出してしまう。ところが彼はユメノパトラの恋人である事は判明するも、アイトニーに夢中なドロンジョはユメノパトラを陥れ、彼と結ばれようとする

ノウソン国に住む吾ひょうという若者のもとに、ある日おゆうという美しい女性が現れた。彼女は吾ひょうの家で反物を織るようになり、彼はその反物を売ることで次第に裕福になっていった。ところが、そこへ吾ひょうの持つドクロストーンらしき石を狙うドロンジョが住み込みを開始。彼の留守中に石を奪おうとするドロンジョに対し、おゆうは白鷺に変身してこれを撃退する。

ぶんぶく寺に代々伝わるぶんぶくお釜は、実はタヌキが化けていたものだった。お釜の中にドクロストーンがあるとの指令を受けて寺にやってきたドロンボーしかし、すでにお釜は旅芸人の一座に売られてしまっていた。ドロンボーは村にお釜のお金を支払わない座長を人質に取り、お釜を返すように迫りつつ、自分たちが奪おうとしていた。だが、お釜自体はドロンボーのもとに行くことを拒否する。

ベランダ国のメレヘン地方に住んでいるペック少年。彼の友達であるラッキーという犬がドクロストーンのありかを知っているらしい。この犬、大飯喰らいの怠け者なことから大人によってドロンボーに売り渡されてしまう。ウハウハの三悪だったが、ラッキーは肝心のドクロストーンを全く見つけようとしない。

ヘゲレス国では、王が亡くなった際に代々伝わるアーサー王の剣を台座から抜いた者が王位を継承できることになっていた。大臣は豪腕で強い者だけに剣を触れさせるように直訴。そこでヤッターマンは誰にでも剣に触れさせるように直訴。その結果、病に冒されている母親を助けようとする少年・ホイサーが見事剣を抜き、次の王となることに。ここで三悪が登場し、台座を奪ってしまう。この台座こそ、ドクロストーンらしいのだが。

アイワ国のズボンデンにやってきたドロンボーとヤッターマン。この町のパン屋で働くエンゼルとグレートルの兄弟は、身寄りが無いにも関わらず、主人とケンカをしてしまい店を飛び出してしまう。お腹を空かせた2人が森の中を歩いていると、眼前にパンでできた家を発見する。ところがこれはドロンボーが仕掛けた罠だった。三悪は、2人がパン屋から持ち出した石臼を狙っていたのだった。

ヒマダヤ山系の奥深くにナゴオムという桃源郷があり、そこにドクロストーンがあるらしい。ドロンボーはナゴオムに不老不死の冠があるとアレスサンダー大王をそそのかし、現地を攻めさせる。結局、大王に裏切られて冠奪取の先を越されてしまうドロンボー。だが、あきらめきれずに大王を追うドロンボーは、そこでヤッターマンに遭遇。戦闘のむなしさをヤッターマンに説かれたことで、自分たちが50年後も戦闘している姿を思い浮かべたドロンジョは……。

ニギリス国の支配下にあるハレリカ地方では、人々が独立軍を組織してニギリスに立ち向かおうとしていた。このハレリカに住むヤシントンの親友がドクロストーンを持っているらしい。ドロンボーはヤシントンを騙して彼の親友であるヨアソンから石を奪い、ニギリス軍にそれを渡してしまう。ところが、この石には独立軍の集合場所が記されているのだった。　独立軍の一員であるヨアソンの身を案じたヤシントンは、ヤッターマンと共に彼を助けに向かうのだった。

未開の地・コペット国のミカーイ村で現地医として暮らすシッパイツァーは、以前、手術で村長の足を切断したことから、村びとからやぶ医者扱いをされ、非難を受けていた。彼は村長の娘・コニアと恋に落ちていたが、村長の許しを得られないため未だ結婚できずにいた。医者として最善の処置をしたにも関わらず、誤解が未だ解けないことに失意を覚えずにいられないシッパイツァー。

フリテン国のイヤ王は、ゴネルとコーダリアのどちらの娘に国を譲るか悩んでいた。正直で心優しいコーダリアの素晴らしさを理解できなかったイヤ王は、ゴネルを継承者に決めてしまう。コーダリアは隣国に嫁いでいき、ゴネルが王位につくことが決まると、彼女とドロンボーは結託してイヤ王を城から追放してしまう。

アメギス国のアメツール村では少女誘拐未遂事件が多発していた。そんな場所へやってきたヤッターマンだったが、なんと1号が容疑者として捕まってしまう。仕方なく一人で犯人を2号は、真犯人であるコレクター博士に誘拐されてしまう。彼は亡くなった娘の代わりとなる少女を探していたのだった。２号は博士によって、剥製にされてしまいそうになる。

ドクロストーンを持つという二宮銀次郎を探しに相模の国へやってきたドロンボーとヤッターマン。銀次郎は勉強に夢中なあまり、他の事は全く気に止めない少年だった。堤防の補習や野良仕事など、村のためになることを一向にしない銀次郎のことを周りの少年少女は非難する。そんな中で銀次郎の母が突然倒れてしまう。そこをめざとく見つけたドロンボーは彼の母を家へ運び、それに乗じてドクロストーンを探しまくる。

ハシメイ市に住む発明家・ドジソンがドクロストーンを持っているらしい。彼は人々を喜ばせようと様々な発明を試みるも、失敗が続いており落ち込んでいた。そんなドジソンの前に車椅子の少年が現れ、彼を励まし続けた。少年の言葉に再び発明への意欲を燃やしたドジソンは、ついに発明品を完成。それは少年に喜んでもらおうと思って作り上げたものだった。

ブランス国のチビレオン将軍の持つ辞書に、最後のドクロストーンのありかが記されているという。辞書を手に入れたドロンボーは、ドクロストーンのある場所がチビレオンが進軍していたアワテルローの博物館であると知る。全てのヤッターメカを総動員し、ドロンボーのドクロストーン入手を阻止しようとするヤッターマン。果たしてドクロストーンは誰の手に！？