1000年後。かつて茨城と呼ばれていた地域の南端に広がる人口3000人ほどの町・神栖66町。和貴園と呼ばれる小学校に通っていた早季は、潜在的に人間に備わった超能力“呪力”の発現のため、利根川上流の隠れ寺・清浄寺での神聖な儀式に臨む。

全人学級では、何事もなかったかのように平穏な日々が続いていた。突然姿を消した麗子など、最初から存在しなかったかのように…。

それから１か月後、学校の恒例行事である“搬球トーナメント”の時期が近づいてくる。それは、ふたつの班が搬球側と妨害側に別れて競う、呪力を使った球技大会。搬球側は大きな大理石の球を転がしてゴールの穴を目指し、妨害側はそれを阻止するという競技だ。早季、瞬、覚、真理亜、守の５人は、学園生活を満喫しながら準備を進めた。

全人学級最大のイベント“夏季キャンプ”が始まった。これは、キャンプを張りながら７日をかけてカヌーで利根川を遡り、自分たちの力だけで自然を探索するという野外実習。班ごとに日程がずらされているため、同じ班のメンバー以外とは誰にも会わないという、いやが上にも冒険心をかき立てるものだった。

夏季キャンプに出掛けた早季たちは、霞ヶ浦のさらに奥の山中で、悪魔のミノシロと恐れられる未確認生物・ミノシロモドキと遭遇する。しかしそれは、生き物ではなく、自らを“図書館”と名乗る旧時代の遺物だった。早季たちは戸惑いながらも、現在では閲覧が禁止されている書物を網羅しているその情報端末から、“悪鬼”や“業魔”の本当の意味を引き出す。そこには、人類がたどってきた血塗られた歴史が刻み込まれていた。

霞ヶ浦奥の山中でミノシロモドキを発見し、人類の真実の歴史を聞いてしまった早季たちは、清浄寺の僧侶・離塵によって拘束される。そして、規定に反すると知りながら情報を引き出した罰として、その場で呪力を凍結されてしまう。ところが、清浄寺へ引っ立てられる道中で、外来種と思われるバケネズミの一団と遭遇。戦闘状態に陥り、離塵は風船犬の爆発に巻き込まれて消し飛んでしまった。

外来種のバケネズミから逃れ、人間に従順な塩屋虻コロニーにかくまわれた早季と覚だったが、命の危機は続いていた。塩屋虻の奏上役スクィーラが呪力を使おうとしない早季たちに疑念を抱いている様子を垣間見せている上、土蜘蛛と呼ばれる外来種のバケネズミの追撃もやんだわけではなかった。その悪い予感は的中し、早季たちが身を寄せる塩屋虻コロニーは、土蜘蛛の毒ガス攻撃によって大混乱に陥ったのだった。

早季の機転によって覚の呪力が戻り、土蜘蛛に対する反撃が始まった。しかし、同じバケネズミとは思えない異様な変異種たちと、張り巡らされた様々な罠を前に、孤軍奮闘する覚は次第に消耗していく。そして、呪力を凍結されたままの早季と疲労困ぱいの覚の前に、3000匹を超えようかという土蜘蛛の大部隊が立ちはだかる。

壮絶な冒険旅行となった夏季キャンプから町に戻った５人。離塵によって凍結されていた呪力も、早季の機転によって回復し、大人たちを完全に出し抜いたと安堵していた。そして、何事もなかったかのように元の生活へと戻っていったのだった。

それから２年。早季たちは14歳になっていた。全人学級での平和な日々。しかし、２年という月日は、大人への過渡期にある彼らの関係に、微妙な変化をもたらしていた。早季と真理亜、覚と瞬。同性同士の友情を超えた繋がりを結んだ２組のカップルを、周囲も公然のものとして認めていた。ただ、早季だけは、瞬への淡い想いにとらわれ、やり場のない葛藤に身もだえているのだった。

真理亜から大人たちが瞬を"処分"しようと準備を進めていると聞いた早季は、真相を確かめようと一人、松風の郷へと向かう。暗闇の中、瞬の行方を捜していた早季だったが、その背後から音もなく巨大な猫の化け物・不浄猫が迫っていた。

冬。全人学級では、ひとつの恒例行事を迎えようとしていた。建前上は、“当番委員の振り分け”という名目の、日直をはじめとする様々な作業のペア分け。しかし、男女が互いに相手を指名することで成り立つ制度のため、実際は大人たちが管理する“公的な恋人選びの場”であった。

早季、覚、真理亜の3人は、突如として倫理委員会の議長である朝比奈富子から呼び出しを受ける。1人ずつの面談で真っ先に話をすることになった早季は、そこで思い掛けない構想を聞く。早季をいずれは自分の後継ぎ、つまり倫理委員会の議長にしたいというのだ。考えもしなかった話にあっけにとられる早季だったが、富子は本気だった。"これまでの経緯"を全て知った上で、早季には指導者の素質があると判断したというのだ。

町から姿を消した守を捜すため、早季、覚、真理亜の3人は、降り積もる雪の中、捜索を開始した。守が使っていると思われるソリの跡を手掛かりに後を追う。すると、ソリの跡は八丁標の外にも続いていた。ひとたびそれを超えれば、取り返しがつかない事態になりかねないことは分かっていたが、一人で町を出た守を放っておくことなど到底出来ない。3人は意を決して八丁標を越え、深い雪山へと歩を進めた。

守との再会は果たされたものの、早季は自分たちの置かれている状況が絶望的なものであることを改めて知る。夢中で捜索している最中は、守を町に連れ戻しさえすれば何とかなると考えていたのだが、守がネコダマシに襲われたのは、呪力を完全には制御できないという根本的な問題にあることに気づいたのだ。

守と真理亜を連れ戻すため、再び雪山へと向かった早季と覚だったが、元の場所に2人の姿はなかった。それでもあきらめることなく、広大な雪山を捜し回る早季と覚。そんな中、遠くから自分たちを監視しているらしいバケネズミがいることに気づく。早季たちは、彼らなら何か知っているのではないかと後を追うが、その追跡のさなか、早季がひさし状の雪を踏み抜いてしまい…!?

野狐丸への不信感がぬぐい切れないまま、早季と覚は、守と真理亜の行方を知っていると思われるスクォンクを捜すため木トウ蛾コロニーを訪れる。しかし、スクォンクは2人の行方はまったく分からないと言い、早季たちが町に戻った後に雪山で預かったという手紙を差し出したのだった。

守と真理亜が雪山に消えてから12年後。早季は26歳になっていた。現在の仕事は、保健所の異類管理課でバケネズミの実態調査と管理を行うこと。大人になった早季は、複雑な思いを抱きながらも、粛々と職務をこなしていた。

バケネズミ同士の偶発的な小競り合いと思われていた争いは、奇狼丸率いる大雀蜂コロニーと野狐丸率いる塩屋虻コロニーの２大勢力による決戦の様相をていしていた。そんな中、武力と数で優位に立っていたはずの大雀蜂が、塩屋虻の本隊によって壊滅させられたという知らせが入る。

野狐丸の率いるバケネズミの急襲を受けた神栖66町の人々だったが、鏑木肆星の強力な呪力によって一気に形勢を逆転する。その後、肆星の指揮のもと５人一組の即席のチームに分かれ、バケネズミ掃討作戦が開始された。

病院で悪鬼と遭遇した早季と覚は、船でその場から離脱することに成功するが、すぐ後ろから悪鬼が迫っていた。すぐに襲ってこないのは、仲間のところまで案内させて皆殺しにしようと考えているからだろう。２人は、追い詰められながらも、起死回生の一手を打つことを決意する。

野狐丸の策略により町は壊滅状態に陥り、かろうじて生き残った人々も、刻一刻とその数を減らしていた。富子との再会を果たし、悪鬼の出現を報告した早季だったが、もはや町を救う手立てはなかった。唯一残された手段は、町から離れた清浄寺に向かい、そこで態勢を立て直すことのみ。

覚と合流した早季は、富子の遺志を継ぎ、清浄寺へと向かった。そこには、１週間前に塩屋虻コロニーの駆除に向かったはずの鳥獣保護官・乾の姿があった。そして、その口から驚きの真実、野狐丸の真の狙いを聞き、がく然とするのだった。

悪鬼を倒す唯一の手段であるサイコバスターを求め、東京にたどり着いた早季、覚、乾、奇狼丸の４人。そこは、想像以上に地獄の様相をていしていた。野狐丸の追跡をかわすために潜入した地下洞窟には、見たこともない奇怪な生物がうごめき、呪力を持つ早季たちですら対抗できない恐ろしい種も存在した。

サイコバスターを手に入れた早季は、その“唯一の希望”を手に覚たちと合流する。目指す悪鬼が、わずかな護衛とともに自分たちを追っている今こそが千載一遇のチャンスと考えた一行は、悪鬼を洞窟の一本道に誘い込む罠を張ることに。

サイコバスターを失った今、もはや悪鬼に対抗する手段は残されていないかに思えた。しかし、早季は幻影の中に現れた最愛の人物に導かれ、起死回生の作戦を思いつく。それは、呪力とそれにまつわる性質を逆手に取るような、思いも寄らないものだった。