誰もが夢見た、科学が全てを解決した、平和な時代――。示現エンジンの発明により世界中のエネルギー問題は解消していた。天真爛漫な14歳の少女・一色あかねは、妹・もも、祖父・健次郎、と貧しくも温かな日々を過ごしていた。ある日、親友・二葉あおいの帰りの知らせを受けたあかねだったが、時を同じくして突如現れた謎の存在・アローンの襲撃にあおいが巻きこまれてしまう。あおいを心配して迎えに行くあかねだった

パレットスーツをまとったあかね。『ドッキング』をしないと正体不明の敵・アローンは倒すことが出来ない、という祖父・健次郎に、あかねとあおいは『ドッキング』を決意する。あおいもパレットスーツに変身し、あかねと共にアローンに立ち向かう!国防軍と協力して、何とかアローンの動きを止めることができた。そして、その隙に『ドッキング』をしてとどめを刺そうとするのだが…。

ブルーアイランドの学校に転校することになったあかね、あおい、もも。その初日に遅刻しそうになったあかねは、パレットスーツに変身して登校しようとする。だが、その姿を剣道部の主将・三枝わかばに目撃されてしまった！ あかねを曲者と勘違いしたわかばは、彼女を退治しようとするのだが、逆に軽くいなされてしまう。見知らぬ敵に負けてしまったショックから立ち直れないわかば。そして、その日の朝礼でやってきた転校生の姿が…！

ある出来事をきっかけに引きこもりになってしまった少女・四宮ひまわり。彼女は、島中のカメラをハッキングして観察を続けている。そんな時、あかねたちがアローンと戦うところを目撃してしまう！ そんなことを知らないあかねたちは、ひまわりが自分の席に置いていたWEBカメラを壊してしまう。そのことを謝りにひまわりの自宅へ向かうあかね、あおい、わかば。居留守をするつもりだったひまわりだが、うそくんの姿に興味を持ち、部屋に招き入れることにするのだが…

あかねは新聞配達の最中に堤防で鳥と戯れる少女・クラスメイトの黒騎れいを見掛ける。彼女に声をかけるのだが、愛想無く去っていってしまう。学校で再会しても、朝のことについては何も知らないと言われてしまい、その頃、示現エンジン管理局で戦闘データを解析していた健次郎と紫条は、アローンが第三者によって操られている可能性に気づく。

サマースクールのため式根島にやってきたあかねたち。みずはは、海でなくさないようにとオペレーションキーを預かるが、その目的は健次郎が考えた特訓のためだった。サマースクールであかねたちの友情パワーを強化することを計画していたが、偶然にもれいに見つかってしまい、れいも特訓に巻き込まれてしまうのだった。大がかりになった特訓の成果は…。

続出するアローンの襲撃に対応するあかねだったが、毎日のバイトとアローン対応とで学業に影響が出始めていた。学校の指導もあり、次の実力テストで良い成績を取らないとバイト禁止と毎日放課後に補習を受けることになってしまう…。そこで、あおいたちはあかねのテスト勉強を手伝うために、あかねの家で勉強会を開くこと提案する。さらにあおいたちはれいを勉強会に誘うのだが…。

アローンの攻撃を受け重傷を負ったあかね。治療を見守るあおい、わかば、ひまわり。一方、一度は倒したと思われたアローンは繭を作って再生していた。繭は軍の兵器では傷をつけることすらできず、その中でアローンは再生と成長を続けていた。繭の孵化までのタイムリミットが近づくなか、大規模攻撃の決断を迫られる政府と連合防衛軍。そして、あおいたちはあかねの意思を継ぐため、アローンと戦う決意を固めるのだった。

わかばは毎週日曜日になるとひまわりの部屋の片づけにきて、ひまわりに可愛いドレスを着せて楽しんでいた。ドレスを着せたひまわりをショッピングモールに連れ出したわかばは周囲の注目に鼻高々だったが、ひまわりは恥ずかしさで身を隠そうとする。そんなわかばとひまわりの前に人気ファッション雑誌の記者が現れ、読者モデルコーナーの撮影を頼んできた。断ろうとするひまわりより先にわかばがOKしてしまうのだが…。

何度となくアローンの襲撃を阻まれたれいは、次のアローンに全ての力を使い示現エンジンの破壊を決心する。少しでも手がかりをつかむためにあかねの家を訪れたれいは、あかねの素直さにふれ、自らの想いを打ち明ける。一方、健次郎とひまわりはアローンが強化された瞬間に何が起きているがをつきとめすることに成功した。そして、現れたアローンを追って行った先であかねが遭遇したのは…。

れいの前に立つあかね、あおい、わかば、ひまわり。互いの正体に5人はとまどう。連行されたれいは様々な調査の結果、別世界から来た人物で、それがアローンが出現する原因だと、健次郎は話す。れいに会うことが出来なかったあかねたちは、れいの部屋でそれぞれに想いを語り、改めて話をしたいと決意し司令部を目指す。その先で、自らの想いをぶつけるあかねに、れいは心を開きかけたのだが…。

れいを飲み込んだカラス。自らを越えるものと自負し、圧倒的な力をふるう。そして、この世界を終わらせようと、示現エンジンのエネルギーの吸収と暴走させるためブルーアイランドへと向かう。SGI爆弾すら通用しない敵に打ちひしがれる健次郎たち。しかし、あかねたちはれいを助けるため、友情の可能性を信じカラスを追っていくのだった。それぞれの想いをかけた戦いの場へと…。