2552年，牧歌星上的人类一直在为独立于地球而战，但与星盟的一次致命遭遇使事情变得复杂。士官长约翰-117和他的超级士兵 "斯巴达战士 "加入了这场战斗。战斗结束后，士官长带着一名牧歌星的幸存者和他在该星球上发现的一个神秘物体回到致远星。但一项有争议的命令使约翰对他的任务和他自己产生了怀疑。

约翰带着关去见一位老朋友，并了解到更多关于神秘物体的信息，而星盟和马基决心要偷走它。随着外星人的威胁越来越大，哈尔西博士有一个计划来对付约翰的不可预测的行为。

约翰遇到了他的新搭档并且发现自己记忆中的秘密。关想要回到牧歌星继续为她星球的人民争取独立，但索伦给她准备了别的计划。 马基开始不计后果的计划来取回牧歌星发现的圣物。

约翰跟随脑海里的影像，与哈尔西和科塔娜一起回到了一切的开始，从过去中寻找答案。在索伦的保护下，关开始寻找反抗军。与此同时，约翰的行为影响到了其他斯巴达战士也开始自我追溯。米兰达发现这个圣物与一个更强大的东西可能存在的联系。

在别无选择的逃亡中，关和索伦产生了分歧。在所有人都在思考找到这个神秘光环的可能性时，约翰有了一个可怕的发现。战争一触即发。

战斗的幸存者回到了致远星。约翰面对哈尔西和她对他的过去的谎言。新的囚犯好像比约翰更了解他自己。约翰决定回到神器那里去，并从那里了解更多令人震惊的事情。

关为了揭开家族的“真正目的”，进入了牧歌星的沙漠深处。索伦执着于尚未完成的工作。