2552年，牧歌星上的人类一直在为独立于地球而战，但与星盟的一次致命遭遇使事情变得复杂。士官长约翰-117和他的超级士兵 "斯巴达战士 "加入了这场战斗。战斗结束后，士官长带着一名牧歌星的幸存者和他在该星球上发现的一个神秘物体回到致远星。但一项有争议的命令使约翰对他的任务和他自己产生了怀疑。