Nel 2552, gli umani sul pianeta Madrigal lottano per l'indipendenza dalla Terra, ma un fatale incontro con gli alieni Covenant fa cambiare tutto.

John porta Kwan da un vecchio amico e scopre di più sull'oggetto misterioso. Halsey ha un piano.

John conosce il suo nuovo partner e scopre dei segreti nascosti nella sua memoria. Kwan vuole tornare su Madrigal per continuare la lotta per l'indipendenza, ma Soren ha altri piani per lei.

Guidato dalle sue visioni, John porta Halsey e Cortana dove è cominciato tutto, alla ricerca di risposte nel suo passato. Protetta da Soren, Kwan va alla ricerca di un esercito.

In fuga e senza scelta, Kwan e Soren non sono d'accordo sul da farsi. John fa una terribile scoperta.

I sopravvissuti alla battaglia ritornano su Reach. John confronta Halsey e le bugie sul suo passato. Il nuovo prigioniero conosce John meglio di lui.

La ricerca del "vero scopo" della sua famiglia porta Kwan nel deserto di Madrigal. Degli affari in sospeso perseguitano Soren.

John e Makee accettano la loro visione. Halsey ha un'ultima possibilità per salvare la missione e se stessa.

Ferito e tradito, John 117 guida gli Spartan in una missione suicida per trovare l'Halo e salvare l'umanità.

Una missione di evacuazione mortale segna un cambiamento nella guerra di Master Chief contro i Covenant. Su Reach, un nuovo regime prende le redini della FLEETCOM. John avverte una minaccia incombente vicino a casa.

John spinge al limite la squadra Silver mentre cerca gli Spartan scomparsi. Kai si preoccupa della stabilità di John. Kwan pensa che Rubble sia un luogo molto più pericoloso in assenza di Soren. Halsey cerca l'identità del suo rapitore.

John e la squadra Silver intraprendono una missione non autorizzata. Laera, Kwan e Kessler fuggono dall'equipaggio di Soren. Ackerson riceve informazioni preoccupanti da Cortana. Ackerson prende una decisione irrevocabile per paura di un attacco.

Un assalto dei Covenant minaccia la roccaforte più importante dell'umanità. John, Perez e la squadra Silver combattono contro un nemico implacabile. Keyes raduna le forze UNSC per schierarsi. Halsey e Soren collaborano per sfuggire alla prigionia.

Dopo la sconfitta, i sopravvissuti rimettono insieme i pezzi. Sul pianeta di Aleria, John è alle prese con una perdita senza precedenti. Soren e Laera cercano il figlio scomparso. Makee si muove con cautela mentre l'Arbiter diventa impaziente.

John cerca vendetta su un pianeta segreto dell'ONI. Perez si allena per diventare un soldato nuovo. Kai è combattuta tra il codice Spartan e la sua fedeltà a Master Chief. Makee chiede aiuto a Cortana per cercare Halo.

John-117 si ritrova faccia a faccia con Makee. Una rivelazione porta Ackerson a mettere in discussione la sua fedeltà. Il rapporto tra Soren e Laera inizia a incrinarsi. Halsey, Kwan e Miranda collaborano per risolvere un mistero.

La battaglia finale verso Halo ha inizio. John compie una scelta fatale. Soren e Kwan intraprendono una missione di salvataggio. Halsey e Miranda liberano un antico orrore. Finale di stagione.