En l'an 2552, les Humains de la planète Madrigal se battent pour devenir indépendants de la Terre, mais une rencontre fatale avec une race d'aliens appelés Covenants met fin à la rébellion de la planète. Le major « John » 117 et ses super-soldats Spartans viennent toutefois à bout des forces extraterrestres. Après la bataille, le major doit ramener au Grand Quartier général de l'UNSC, sur la planète Reach, l'unique survivante de Madrigal ainsi qu'un objet mystérieux appartenant aux Covenants découvert sur Madrigal. Jusqu'à ce qu'un ordre controversé amène John à s'interroger sur sa mission et sur lui-même...

Au cours de la terrible attaque, les Covenants ont récupéré l'artefact et débarqué Makee qui prétend avoir été leur otage depuis son enfance. L'état de santé de John est préoccupant et Cortana le lui rappelle sans relâche. Makee accepte de donner des informations sur les Covenants mais exige de parler uniquement au major John-117.