Nel 2552, gli umani sul pianeta Madrigal lottano per l'indipendenza dalla Terra, ma un fatale incontro con gli alieni Covenant fa cambiare tutto.

John porta Kwan da un vecchio amico e scopre di più sull'oggetto misterioso. Halsey ha un piano.

Dopo la sconfitta, i sopravvissuti rimettono insieme i pezzi. Sul pianeta di Aleria, John è alle prese con una perdita senza precedenti. Soren e Laera cercano il figlio scomparso. Makee si muove con cautela mentre l'Arbiter diventa impaziente.

John cerca vendetta su un pianeta segreto dell'ONI. Perez si allena per diventare un soldato nuovo. Kai è combattuta tra il codice Spartan e la sua fedeltà a Master Chief. Makee chiede aiuto a Cortana per cercare Halo.