Août 1555, Villegagnon, vice-amiral de Bretagne, prend le commandement des deux navires que le roi Henri II envoie au Brésil dans l'intention d'y fonder une colonie où les protestants français pourront jouir de la liberté de culte aux côtés des catholiques. Il embarque deux interprètes, Just et Colombe, à qui l'on fait croire qu'ils retrouveront leur père. En novembre, l'expédition débarque dans la baie de Rio de Janeiro. Les difficultés d'adaptation dressent les colons les uns contre les autres. La nécessité de définir leurs rapports avec les Indiens s'impose. Colombe est fascinée par le monde qu'elle découvre et Just ne jure que par la mission civilisatrice de la France.

Après avoir étouffé une rébellion, Villegagon demande à Calvin de lui envoyer d'autres volontaires protestants. Les tensions doctrinales entre réformés et catholiques se sont attisées depuis son départ, car les nouveaux venus se heurtent aux catholiques de Fort Coligny. Ces soubresauts n'épargnent pas Colombe et Just, dont l'amour est mis à rude épreuve. Colombe s'intéresse de plus en plus aux Indiens Tupinambas. Pay Lo, un Français depuis longtemps acclimaté aux tropiques, les connaît fort bien. La nudité et le cannibalisme des Tupinambas entrent en résonance avec les débats théologiques des Européens.