Змейквьюн (мутант из первой серии) возвращается и похищает людей. Устав от постоянной критики Рафа на тему как надо быть лидером, Леонардо уходит и ставит на место себя Рафаэля. После ухода Леонардо встречает девушку-ниндзя по имени Караи, которая пытается заманить его на тёмную сторону.