とある刑務所内の特別接見室で、宇佐木玲子（米倉涼子）は死刑囚の真里谷（城田優）と接見していた。少年課から捜査一課特殊犯捜査係・ＳＩＴに配属になったことを伝える玲子に、「日本初の、女性の交渉人誕生だ。おめでとう。君はこれから人の命も操れる」と祝福をささげる真里谷。

休日。玲子（米倉涼子）は甘利（高岡蒼甫）にデートに誘われ、動物園へ。とはいうものの、玲子は目の前の動物から目を離さず、甘利の言葉にもそっけない返事を返すだけ。動物園にやってきたのも玲子のリクエストだったらしい。その時、甘利の携帯に、あるカフェに爆弾が仕掛けられ、ＳＩＴは出動要請に備えるとの緊急招集の連絡が入った。

墨田（笹野高史）がなじみのクラブ『和子』のママ（山下容莉枝）から受け取ったのは、都内に仕掛けられた九つ目の芋羊羹。しかも、本物の爆弾だった。爆弾を手に動くことができない墨田を横目に、ボイスチェンジャーを通して話す犯人と交渉を開始する玲子（米倉涼子）。

年商二千億の大企業トップの息子・本橋和馬（岡田将生）が何者かに誘拐された。玲子（米倉涼子）らＳＩＴのメンバーは和馬の自宅へと急行。母親の芳江（山口美也子）は誘拐を知らせる犯人からの電話をとっさに録音していたが、その女性の声には聞き覚えがないという。その中の「探さないで」という表現に疑問を抱く木崎（筧利夫）。営利目的の誘拐ではないのだろうか？

飯塚（大東俊介）という青年が何者かに殺害された。飯塚は５年前に機動隊員だった玲子（米倉涼子）の父・修次（陰山泰）が殉職した立てこもり事件で、真里谷（城田優）と共に逮捕された少年グループの一人だった。新聞記事で事件を知った玲子は、一般人を装って飯塚が殺害された現場へと向かう。そこには、新聞記者の工藤（伊武雅刀）の姿もあった。

弁護士の野口（平泉成）から呼び出された玲子（米倉涼子）は、真里谷（城田優）の心神喪失が認められ、無罪になる可能性が出てきたことを聞かされる。その上、田口（斉藤祥太）の自殺を止められなかったことを理由に、高林（大杉漣）からＳＩＴの任を解かれてしまう。桐沢（陣内孝則）にも庇ってもらえず、悔しさをかみ締める玲子。

玲子（米倉涼子）と澪（林丹丹）、かつての仲間である酒井（荒木宏文）、中村（倉貫匡弘）、浅川（高橋光臣）をある山荘に拉致した北岡（田中圭）は、桐沢（陣内孝則）に電話をかけると、真里谷（城田優）を連れて来ることを要求。北岡の目的は、真里谷らのグループから抜けようとしたためにみんなからリンチを受け、植物状態となったまま死亡した恋人・奈津子の復讐をすることだった。