Le colonel Young et la majeure partie des militaires sont tenus en joue par les membres de l'Alliance luxienne et sont obligés de traverser la porte des étoiles vers une planète rocailleuse et inhospitalière. Au moment où une tempête électrique mortelle commence à sévir, les ravisseurs et les otages doivent s'aider pour survivre.

Pendant ce temps, Rush, Brody et Chloe s'enferment dans le laboratoire hydroponique et réussissent à récupérer une partie du contrôle de l'alimentation du vaisseau. De plus, tandis que T.J se trouve étendue dans l'infirmerie entre la vie et la mort, son subconscient visite un lieu familier d'où elle reçoit des nouvelles surprenantes.

Lors d'une exploration sur une planète, la navette du lieutenant Scott et son équipe s'écrasent et se retrouvent coincées par la faute du docteur Rush. C'est alors que l'un des membres de l'équipage se retrouve bloqué sous les débris... Le docteur Rush prend conscience de ses erreurs, et commence à avoir des hallucinations dans la salle qu'il a découverte secrètement.

Le Colonel Young a quelques soupçons à cause de l'attitude de Rush.

Les radars détectent un objet non-identifié vers lequel fonce le Destinée. A l'approche dudit objet, l'équipage découvre qu'il s'agit d'une réplique du Destinée. Une fois les deux vaisseaux accostés, Young envoie une équipe en repérage. Sur place, les découvertes sont nombreuses. Parallèlement, Eli constate que le vaisseau éclaireur contient encore assez d'énergie pour activer la Porte des étoiles vers la Terre...

Scott s'inquiète pour Chloe qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime il découvre qu'elle écrit en ancien. Elle aurait subi une manipulation génétique par les aliens qui la transformerait petit à petit en l'une des leurs. Rush profite de la situation pour lui faire déchiffrer des équations. De son côté, Eli utilise les pierres de communication pour rendre visite à sa mère, mourante...

L'équipage du Destiné découvre un vaisseau alien abandonné et très endommagé. Le Docteur Rush et le Colonel Young partent en expédition à la recherche d'informations et d'éventuelles technologies utiles. Rush arrive à démarrer les systèmes principaux à bord mais l'allumage des moteurs fait dériver le vaisseau bien loin du 'Destiné'. Rush garde secret qu'il a les connaissances et le contrôle presque total du 'Destiné' et suggère qu'à l'aide des pierres de communication, le Docteur Perry se rende sur le vaisseau pour relancer les moteurs et les sortir de ce mauvais pas. Mais quand Eli découvre leur plan, il révèle le secret de Rush au Colonel Young.

Croyant tuer Ginn, Simeon abat Amanda. Pour se sauver, il force Volker à composer une adresse et s'enfuit sur une planète par la Porte des étoiles. Immédiatement, une équipe se lance à ses trousses. Rush, qui souhaite venger la mort d'Amanda, veut le tuer, alors que Scott et Greer espèrent le capturer vivant car il détient des informations sur la future attaque terrienne de l'alliance luxienne...