Camille et Rush décident de prendre le contrôle du vaisseau alors qu’une menace extérieure apparaît.

Le colonel Young et la majeure partie des militaires sont tenus en joue par les membres de l'Alliance luxienne et sont obligés de traverser la porte des étoiles vers une planète rocailleuse et inhospitalière. Au moment où une tempête électrique mortelle commence à sévir, les ravisseurs et les otages doivent s'aider pour survivre.

Pendant ce temps, Rush, Brody et Chloe s'enferment dans le laboratoire hydroponique et réussissent à récupérer une partie du contrôle de l'alimentation du vaisseau. De plus, tandis que T.J se trouve étendue dans l'infirmerie entre la vie et la mort, son subconscient visite un lieu familier d'où elle reçoit des nouvelles surprenantes.

Scott s'inquiète pour Chloe qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime il découvre qu'elle écrit en ancien. Elle aurait subi une manipulation génétique par les aliens qui la transformerait petit à petit en l'une des leurs. Rush profite de la situation pour lui faire déchiffrer des équations. De son côté, Eli utilise les pierres de communication pour rendre visite à sa mère, mourante...