Die Ikarus-Basis wird angegriffen, während auf ihr das neunte Chevron des Stargates erforscht wird. Ein Wurmloch kann geöffnet werden und das Personal flieht durch das Stargate, bevor der Planet und damit die Basis explodiert. Das Wurmloch führt sie auf die Destiny, ein verlassenes Raumschiff der Antiker, das seit Millionen von Jahren das Universum erforscht.

Das automatische System der Destiny hat das Schiff wieder in die Nähe einer Sonne gebracht, um Energie zu tanken. Über die Kommunikationssteine empfängt die Crew von Homeworld Command einen Plan, wie man alle durch das Stargate zurück zu Erde schicken könnte. Die hierfür benötigte Energie könnte das alte Raumschiff allerdings zerstören, weshalb Dr. Rush das Vorhaben für zu riskant hält.

Dr. Rush vermutet irgendwo an Bord der Destiny einen Peilsender der Außerirdischen. Während eine fieberhafte Suche nach dem Sender beginnt, zettelt ein Teil der zivilen Besatzung eine Meuterei gegen das militärische Kommando an. Dann greifen die Außerirdischen erneut an. Die einzige Chance zu entkommen, besteht darin, den Peilsender zu entfernen. Doch hierfür muss sich die Crew erst wieder zusammenraufen.

Drohnenkontrollschiffe blockieren sämtliche Planeten in der ganzen Galaxie, zudem blockieren sie alle Sterne in Reichweite, sodass die Destiny sich nicht mehr aufladen kann. Doch Eli hat einen riskanten Plan, der bei Gelingen die Crew retten und beim Fehlschlag sie alle und das Schiff vernichten kann.