Une équipe de recherche forcée d'évacuer une base secrète se retrouve à bord d'un gigantesque navire "Ancien", âgé de plusieurs millions d'années.

Les équipements de survie sont défaillant et il n'y a aucun moyen de regagner la Terre.

Comme la distribution d'air est en défaut, une équipe est mise en place afin de rechercher, sur une planète désertique, un minéral nécessaire aux épurateurs d'air du vaisseau. Durant ce temps, alors que la vie à bord devient maussade, et avec l'aide des pierres de communication, le Colonel Young fait son rapport auprès d'O’Neill, et Chloe a une dernière chance de dire au revoir à sa mère.

Lorsque les réserves d'énergie du Destinée baissent à un niveau critique, l'équipage reçoit l'ordre de n'utiliser l'énergie que pour les besoins essentiels seulement, mais le rationnement n'est pas suffisant pour empêcher Rush d'annoncer que tous à bord vont mourir dans quelques jours.

Un terminal de communication créé par les Anciens permet à quelques membres de l'équipage de transférer leur conscience sur Terre.

A bord du Destinée, le Dr. Rush continue d'organiser l'exploration du vaisseau à la recherche de nouvelles ressources.Il découvre un siège Ancien, mais les risques qu'il y a à l'utiliser pousse le Colonel Young à refuser qu'on s'y assoie.Pendant ce temps, le lieutenant Scott et Camille Wray retournent sur Terre grâce aux pierres et contactent leurs proches...

Le Dr Rush est en proie à un rêve étrange dans lequel il est retourné sur Terre et dévoile des informations sensibles lors d’une réunion de l’Alliance Luxienne, or dans son rêve, il est le Colonel Telford. Il se confie alors au Colonel Young et lui demande s’il est possible que deux jours plus tôt, la mémoire de Telford ait pu se chevaucher avec la sienne. Soupçonnant Telford d’être un espion de l’alliance, Rush parvient à convaincre Young de le laisser à nouveau échanger sa place avec Telford, et retourne sur Terre à l’aide des pierres de communication afin d’en savoir plus. Young, de son côté, à une idée, mais il a besoin, pour cela de l’aide du général Jack O’Neil et du Dr Daniel Jackson.

Avec les informations du Destinée, O'Neill envoie Carter, avec le vaisseau Hammond, arrêter les membres de l'Alliance Luxienne. Grâce à une porte des étoiles de la Voie Lactée, quelques membres de l'Alliance Luxienne réussissent à s'infiltrer sur le vaisseau, et tuent quelques membres de l'équipage.

L'équipage du Destinée découvre qu'il y a un passager clandestin à bord et se dit qu'il y a peut-être un espoir de retourner sur Terre. Chloé et Eli sont dans une situation dramatique et le reste de l'équipage va vivre des heures sombres sur le vaisseau.

Le colonel Young et la majeure partie des militaires sont tenus en joue par les membres de l'Alliance luxienne et sont obligés de traverser la porte des étoiles vers une planète rocailleuse et inhospitalière. Au moment où une tempête électrique mortelle commence à sévir, les ravisseurs et les otages doivent s'aider pour survivre.

Pendant ce temps, Rush, Brody et Chloe s'enferment dans le laboratoire hydroponique et réussissent à récupérer une partie du contrôle de l'alimentation du vaisseau. De plus, tandis que T.J se trouve étendue dans l'infirmerie entre la vie et la mort, son subconscient visite un lieu familier d'où elle reçoit des nouvelles surprenantes.

Lors d'une exploration sur une planète, la navette du lieutenant Scott et son équipe s'écrasent et se retrouvent coincées par la faute du docteur Rush. C'est alors que l'un des membres de l'équipage se retrouve bloqué sous les débris... Le docteur Rush prend conscience de ses erreurs, et commence à avoir des hallucinations dans la salle qu'il a découverte secrètement.

Le Colonel Young a quelques soupçons à cause de l'attitude de Rush.

Les radars détectent un objet non-identifié vers lequel fonce le Destinée. A l'approche dudit objet, l'équipage découvre qu'il s'agit d'une réplique du Destinée. Une fois les deux vaisseaux accostés, Young envoie une équipe en repérage. Sur place, les découvertes sont nombreuses. Parallèlement, Eli constate que le vaisseau éclaireur contient encore assez d'énergie pour activer la Porte des étoiles vers la Terre...

Au cours de l'exploration d'une planète, Scott se fait infecter par une créature mi-animale, mi-végétale. Tamara doit le soigner sur place pour ne pas qu'il contamine le reste de l'équipage, car la lésion se propage très vite. Inconscient, Scott rêve d'une vie idéale sur Terre où il épouse Chloe...

Le Destinée repère une signature énergétique éloignée, sans doute synonyme de vie. Le vaisseau se retrouve au milieu d'une multitude de débris de navettes. Scott, Greer et Brody partent en exploration. Alors que tous les débris semblaient inactifs, tous se réveillent et, contrôlés par un vaisseau-mère, attaquent l'équipage. En pleine bataille, un vaisseau surgit : il s'agit du vaisseau éclaireur abandonné il y a quelques temps avec le colonel Telford à son bord, accompagné des Ursinis, les aliens qui l'habitaient...

Chloe s'est échappée et a envoyé un message aux aliens qui l'avaient capturée et qui la cherchent depuis. Elle affirme que c'est pour faire diversion auprès des drones afin que le Destinée puisse attaquer le vaisseau-mère. Mais d'autres drones font leur apparition, cette fois-ci commandés par une machine. Alors qu'une équipe part capturer un drone inactif pour l'étudier, les aliens s'emparent de Chloe afin de récupérer toutes les données qu'elle a accumulées...

A bord du Destinée, l'heure est au bilan des dégâts. De leur côté, Eli a trouvé comment créer un vortex dans une étoile afin de retourner sur Terre. Rush est totalement opposé à cette idée et pense qu'il faut continuer la mission du Destinée. Eli utilise les pierres de communication pour faire analyser ses équations sur Terre. Soudain, le poste de contrôle reçoit un appel d'urgence : une navette approche avec Rush à son bord...

Wray et Greer vont sur Terre et échangent leurs corps avec la sénatrice Michaels et le docteur Covel, venus visiter le Destinée. Alors qu'ils sont au loin, l'Alliance luxienne attaque le SGC. Pris au piège à l'intérieur du bâtiment, Wray et Greer sont les seuls à pouvoir désamorcer la bombe avant qu'elle ne détruise tout, mais du naquadria commence à se répandre. A bord du Destinée, Rush essaye de les faire revenir grâce aux pierres de communication...

Le Destinée n'arrive plus à établir de connexion avec la Terre, et personne ne sait si la bombe a pu être désamorcée à temps. Chacun se relaie auprès des pierres de communication. Lors du tour de garde de Chloe, la liaison se rétablit soudain. Parallèlement, Tamara découvre que Volker est gravement malade et qu'il a besoin d'une greffe de reins dans les plus brefs délais...

A Washington, le docteur McKay propose une solution pour ravitailler le Destinée : le SGC doit collaborer avec la planète Langara. A bord du vaisseau, Rush s'est plongé dans un coma profond afin de rejoindre Amanda, dont la conscience est prisonnière du Destinée, et passe un moment avec elle dans une réalité virtuelle. Lorsqu'Eli constate que Rush est bloqué dans ce monde parallèle, il cherche une solution pour l'en libérer au plus vite...

À force de se faire attaquer par les drones à chaque plein d'énergie près d'une étoile, le Destinée décide de changer de variété d'étoile et ainsi surprendre les drones. Le vaisseau se dirige donc vers une supergéante bleue. Mais cette option se révèle très dangereuse. Tout l'équipage est évacué sur une planète, sauf Rush, Eli et Park. Eli réussit la manoeuvre, non sans quelques dégâts...

Le Destinée est dans l'impasse : les drones sont postés à chaque porte et devant chaque étoile. Refusant l'aide de la Terre, l'équipage arrive à contrôler les drones et les contraint à s'autodétruire. Dans une dernière tentative pour regagner la Terre, Eli propose un saut en vitesse-lumière d'une durée de trois ans, afin d'atteindre l'autre côté de la galaxie. Comme il est impossible de faire des réserves pour un voyage aussi long, chaque membre de l'équipage est mis en stase. Tous, sauf un...