水と緑の惑星アクアフォール。突如降り注いだ隕石群は悪しきモノを放ち、それにより、大地に生きる全ての生き物に消滅の危機が広がっていった。竜族の少女レヴィアタンは、日課である魔法の朝練中に妖精シロップと出会う。シロップは星の危機を救うべく「アクアフォール防衛隊」の隊員にレヴィアタンを勧誘するが、彼女のやる気はなく…。

沼の中から突如現れたのはガーディアン「ユルルングル」。異物を飲み込んでしまい喉の奥に引っかかってしまったユルルングルを助けるために、レヴィアタンたちは体内の探索に向かう。迷いながら進んでいくレヴィアタンたちは巨大なモノを見つけ…。

大家族で暮らすヨルムンガンドの家に押しかけたシロップは、そこで三つ子の妹と育ての親のトラビスたちと出会い、彼女の家族への想いを知る。家事に精を出すヨルムンガンドらだったが、村全体に響く大きな音を聞き、炭坑へと走り出す。

兄のことが忘れられないレヴィアタン。一方、バハムートは荷物運びとしてヨルムンガンドを引き連れ、海へバカンスに向かうのであった。海へ行くことを知ったレヴィアタンは、兄の居場所を見つけるヒントを探すため一緒に出かけることに…。その中でシロップは「アクアフォール防衛隊の強化合宿ね！」と一人盛り上がる！

潮の引いた浜辺が夢で見た光景と一致しているのに気付いたのも束の間、海底からが突如現れる巨大な生物ルーカサイト。星の危機の根源に遭遇してしまったレヴィアタンたちに対し、大量のトリプを放出し襲い掛かる。変身して立ち向かうレヴィアタンたちだったが…。

ルーカサイトを追いかけて砂漠を歩き続ける三人とシロップ。喉がカラカラになった一行のために魔法で水を出そうとするレヴィアタンだが、槍を持たない状態で出した水はすぐに蒸発してしまう。ついに限界になったバハムートは立ち止まり、もう動けないと駄々をこね始める…。

ルーカサイトの攻撃により、負傷してしまったレヴィアタン。彼女を守るように戦い続けるバハムートとヨルムンガンド。しかし倒した分だけ増えていくトリプの大群に一向に活路がみえない。このままパーティー全滅!?…と思った瞬間、壁の石組みが分解するように崩れ始める。

傷を癒すためラジマ火山にやってきたレヴィアタンたちは、宿屋に一泊することに。豪華な料理やふかふかの布団、マッサージと至れり尽くせりだが、肝心の温泉はわずかな水位しかない。湯量が減っている原因はわからず、客足も遠のき、潰れてしまう危機なのだという…。

温泉を元に戻すため火山に向かったレヴィアタンたちは、火山の主である「ファイヤードレイク」と出会う。しかし病気により力が衰えてしまっており、今は動くことができないと言う。病気を治す秘薬を作るため、レヴィアタンたちは手分けして材料集めに出発する。

ラジマ火山から遺跡に戻ってきたレヴィアタンたち。遺跡内に侵入すると、通路にはトリプの大群が蠢いていた。内に燃える闘志を秘めた四人はその中を駆け抜け、祭壇の間に辿り着く。そこではルーカサイトが結界に攻撃を続けており、今にも破られそうになっていた…。

久々に街に戻ってきたレヴィアタンたちは、心地よい疲労感と安堵感に包まれていた。シロップはそこで改めてアクアフォール防衛隊に入隊してくれないかと三人に頼む。ヨルムンガンドとバハムートは応えるが、レヴィアタンは「この町にいたい」と断るのだった…。

巨大なルーカサイトが再びレヴィアタンたちの前に現れ、街に脅威が迫っていた。意気込むレヴィアタンとヨルムンガンドだったが、バハムートは戦う気力を取り戻せないでいた。「来てくれると信じてる」と言葉を残し、バハムートを残し戦いに赴くレヴィアタンたちだった…。