ファントムハイヴ家に来客予定の日。超一流なファントムハイヴのもてなしの準備にかかる執事のセバスチャン。しかしその一方で、セバスチャンをあっと言わそうと、使用人のバルドたちが独自に準備にかかる。その結果は…、全て大失敗。来客まで残り時間わずかとなった最悪の状況で、セバスチャンがとった行動とは!?

シエルが書斎から何者かにさらわれてしまった。セバスチャン宛てに届いた一通の誘拐犯からの手紙。そこには、主人であるシエルを返す条件として、ある物をもって指定の場所に来るように書かれていた。使用人達に夕食の用意を任せると、セバスチャンは一人、犯人のもとへ向かった…。

マダムレッドの頼みで、役に立たない執事グレルを引き取り、鍛えなおすことになったシエル。そこに突然、許婚のエリザベスが訪れる。勝手に屋敷を少女趣味に飾り立てたエリザベスは、ダンスパーティーをやろうと言い出す。ダンスの経験が浅いシエルに、セバスチャンは指導を申し出て…。

ホワイトチャペルで娼婦の猟奇殺人事件があった。その残忍な殺害方法から、スコットランドヤードは犯人を「ジャック・ザ・リッパー」と呼んだ。女王の憂いを払うため、犯人の特定を急ぐシエル。やがて、捜査線上に黒魔術に傾倒している貴族が浮かんだ。シエルとセバスチャンは、その子爵が開くパーティに潜入するが…。

子爵が犯人でないことが判り、あらためて犯人像の割り出しにとりかかったシエル。被害者の身体的な共通点から、次の被害者を予想し、犯人を袋小路で待ち伏せるシエルとセバスチャン。しかし、そのすぐ側で、新たな犠牲者の悲鳴が響き渡った…。

マダム・レッドの亡骸にマントをかけるシエル。その背後では、月光に照らされる中、グレルとセバスチャンの死闘が続いていた。ほぼ互角の両者の攻防だったが、グレルの放った一撃が深々とセバスチャンの胸元を切り裂いていった…。

法律の抜け穴をくぐり、裏で「犬虐め」を行なう村を、女王の保養地の名目で確保しに来たシエル達。しかし、出迎えた村の有力貴族ヘンリー卿は、祟りがあるために、女王の命令でも買収には応じられないと提案を断固拒否する…。

ヘンリー卿が殺害された。その死体には、かなり大きな動物の噛み傷が残されていた。伝説の魔犬の仕業と信じ、怯える村人達。そんな中、薬草を積みにいったまま戻らないヘンリー卿のメイドのアンジェラを探しに、使用人達は沼地へ向かった…。

イギリスで写真技術を発明したタルボット。彼が最後に使っていたカメラで人物を撮影すると、被写体の人物が一番恋しく思う存在が写るという。そのカメラを入手したシエルは、バルド、フィニ、メイリンの三人に、本人に気付かれずに、セバスチャンを撮影するように命令した…。

凍ったテムズ河で開かれている氷上マーケットを訪れたシエルとセバスチャン。偶然出逢ったアバーラインから、非常に価値のあるブルーダイヤを追っていることを聞き、ダイヤ探しに付き合うことにする。一方、エリザベスもシエルにあげるプレゼントを探しにマーケットを訪れていた…。

シエルの誕生日前日。エリザベスは、自分が壊してしまったファントムハイヴ家の指輪の代償として、拾った「ホープの欠片」の指輪をプレゼントしようとする。だが、シエルの指にはセバスチャンが修復した指輪がはまっていた。落胆するエリザベスは、かすかに聞こえてくる音楽に併せて指輪が明滅し始めたことに気付き…。

月明かりに照らされた塔の制作室の中、人形にされたエリザベスが椅子に座らされていた。一方、襲い掛かる少女人形を撃退しながらエリザベスを追ってきたシエルは、自分の身が再び砕けることも恐れないほどエリザベス救出に固い決心を示す。その時、ドロセルが奏でる音楽によって操られた人形達がシエル達の前に現れて…。

コーヒーハウスの店先に、半裸の白人四人が逆さ吊にされる事件が起きた。そんな彼らの体には、舌の絵と王室を侮辱する内容を含む犯行声明書が貼られていた。インド人密航者が多い暗黒街を調査していたセバスチャンとシエルは、突然インド人達に絡まれてしまう。その時、従者を連れたインド人が、間に割り込んできて…。

ソーマが寝た後、アグニが内緒でどこに行っているのか突き止めるため、後をつけたセバスチャン達。アグニがはいっていったのは、インドからの輸入品を扱っているハロルド・ウェスト＝ジェブの屋敷。実はウェストは自分がロイヤルワラントを手に入れるために、アグニを操り、逆さ吊り事件を起こしていた首謀者だった…。

ヴィクトリア女王参加の下、ロイヤルワラントをかけたカレー対決の火蓋が切って落とされた。参加者が調理に入る中、とりわけ格好よく手馴れた感じで調理するアグニ。一方、セバスチャンもそれに引けをとらない手つきで調理を行う。そして、セバスチャンが鍋に入れ始めたものは、なんとファントム社製のチョコレートで…。

ラドロウ城に幽霊が出るため、ホテルの改装工事の中止依頼が来ているとの報告を受けたシエルは、セバスチャンと真相を確かめるべく城に向かう。そこで四百年前に暗殺されたと言われるエドワード5世とリチャードの二人の王子の霊に出会う。城の明け渡しを賭け、エドワード5世とのチェス勝負に臨んだシエルだったが…。

アッシュから、プレストンの郊外にある今は使われていない修道院が異様な教義を唱える教団の巣窟になっており、政府に対して蜂起を企てているとの情報を聞いたセバスチャンとシエルは、修道院へ向かう。ドゥームズデイブックと呼ばれる生前の美徳や悪行が刻まれた台帳を使用する教団に潜入したセバスチャン達だったが…。

セバスチャンとともに教団のアジトである修道院へ潜入したシエル。ところが、すぐに信者に見つかってしまい、なぜか彼だけ教祖のもとへ連れていかれる。そこでシエルは、自分は過去を変えられるという教祖の謎の力によって、両親が殺害された時の記憶を呼び起こされて…。

テムズ川で死体が発見された。被害者のジョン・スタンレーは、女王のために働いていた裏社会の人物で、何者かに殺害されたらしい。女王から、彼の遺留品を手に入れ、秘密裏に処分するよう命じられたシエル。早速調査を始めた彼は、遺体が発見された地域を取り仕切る、上海マフィアのボス、劉のもとを訪れる。

ジョンの遺留品の行方を追う最中、シエルは何者かの罠にはまり、ロンドンで流行している麻薬“レディ・ブラン”に関与したとして警察に告発され、セバスチャンと別々に、ロンドン塔に幽閉される。孤立無援の状態に陥ったシエルだが、それでも一人で調査を続けようとする。そこにアバーラインが現れて…。

シエルの使用人、メイリンとフィニ、バルドの三人は、落ち込んでいるようすの主人を心配していた。なんとか彼を元気付けようと相談を始めた三人は、ちょうど屋敷を訪れたエリザベスの意見を仰ぐことに。その結果、自分たちの笑顔で屋敷の雰囲気を明るくしようと決意する。

パリ万博に訪れている女王に謁見するため、パリを訪れたシエルとセバスチャン。そんな時、突然剥製が動き出して会場の照明を割り、会場は大混乱になる。セバスチャンの提言で、会場の外に一人避難したシエルだったが、そこで思いがけずアンジェラに遭遇してしまう。エレベーターの中へと逃げ込んだシエルだったが…。

蒸気客船の貨物室内で、荷物の影に隠れていたシエルは、葬儀屋に出会い、ロンドンで多くの魂の回収が必要なことを教えられる。その時、人々の絶望の叫び声がして、シエルはデッキに出る。デッキからはロンドンの町が赤く炎に染まっているのが見えた。そして葬儀屋から、自分がもうすぐ死ぬということを告げられて…。

ロンドンで建設中のタワーブリッジの上に立っているアッシュ。セバスチャンはシエルを抱き、アッシュのもとへと急いだ。タワーブリッジの上、対峙する両者。シエルの口から、アッシュを倒すようにセバスチャンに命令が下される。ついに天使との決戦の火蓋が切って落とされた…。

19世紀後半、英国。名門貴族トランシー家の若き当主、アロイス・トランシー伯爵の傍らには、常に漆黒の執事クロード・フォースタスが付き従っていた。ある晩、トランシー邸に一人の旅人がやって来て――。

今日は、ファントムハイヴ領に新たに作られた水門の開通式。エリザベスは、見た者に幸運をもたらすという『幻の白いシカ』を探しに行こうとシエルを誘う。果たして白いシカは見つかるのだろうか？

ロンドンで頻発している、原因不明の人体発火事件。女王の命を受けたシエルは、誇り高き“女王の番犬”として、事件を解明するためセバスチャンと共にロンドンへ向かう。やがて犯人を突き止めた2人の前に、死神――グレル・サトクリフが現れる。

女王の命を受け、誘拐事件の犯人の乗り込んだ列車へと潜入するシエルとセバスチャン。そんな中、列車内で護送中の殺し屋が脱走、さらには仕掛けられた爆弾の存在まで明らかになる。危機的フルコースの連続に、セバスチャンはどう対処するのか…！？

トランシー家の主催する仮装舞踏会に招待されたシエル。舞踏会には、エリザベスやソーマたちも訪れており、思い思いの格好に仮装しながらパーティーを楽しんでいた。“女王の蜘蛛”と呼ばれるトランシー家を不審に思うシエルは、密かに邸内を探るよう、セバスチャンに命じる。

ついに対峙する二組の主従。トランシー家使用人のトンプソン、ティンバー、カンタベリーの仕掛ける連携攻撃がセバスチャンを襲う。その頃、舞踏会の会場では、“天使の歌声”という別名をもつ楽器、アルモニカが演奏されるが、その音色を聴いた招待客の様子に変化が現れて…。

シエルのもとへ、再びトランシー家から舞踏会への招待状が届く。今度こそアロイスとの決着を着けるため、セバスチャンとともにトランシー邸を訪れるシエル。そこでは、“ダンス・マカーブル”――「死の舞踏」を踊るべく、アロイスとクロードが待ち受けていた。

シエルとの決闘により重症を負ったアロイス。痛みに苦しみながらも、クロードがシエルの魂に興味を持ち始めたことに不安を覚える。クロードを失いたくないという一心から、自らシエルのもとへと向かう間、アロイスは、自分のこれまで歩んできた人生を思い返していた…。

アロイスとの決闘以来、眠れない日々が続いていたシエル。そんな折、女王陛下からの伝言が届く。ロンドン周辺で近頃、何者かによって『目玉がくりぬかれる』事件が頻発しているというのだ。早速ロンドンへと向かうシエルとセバスチャンだったが、そこにはある人物が仕掛けた罠が張り巡らされていた。

ついにシエルを手に入れたクロードは、その魂の味に魅了され、トランシー邸でシエルとの至福の時を過ごす。一方セバスチャンは、グレルから、アロイスの魂が「指輪」になっていることを聞き出し、彼の過去を探り始める。

アロイスの魂はシエルの身体を乗っ取り、自らの心の迷宮を具現化した“薔薇迷宮”を作り出し、セバスチャンとクロードに旅をさせる。２人の執事はシエルの魂を手に入れるため、迷宮内で出題される様々な問題に解答しながらゴールを目指すのだが…。

シエルの身体を支配したまま、ハンナと再契約を交わしたアロイス。その契約内容には、セバスチャンとクロードどちらかが、悪魔としての生を終えることが含まれているという。そしてハンナは、悪魔のサンクチュアリである「死の島」で、セバスチャンとクロードに“悪魔同士の決闘”を命じるのだった。

ファントムハイヴ家執事・セバスチャンの朝は早い。多忙な若き主人・シエルが快適に過ごせるよう全てを尽くす。それが執事の美学。ある日、シエルの仕事仲間の劉(ラウ)とともに、ファントムハイヴ家に来客が。セバスチャンは最高のおもてなしをすべく準備にとりかかるが、ドジな使用人たちは失敗続きで…。今日もまた、ファントムハイヴ家の日常が始まる──。

シエルのもとにヴィクトリア女王から手紙が届く。同封されていたのは移動サーカスのチケット。｢ノアの方舟サーカス｣が訪れた街から子どもが消える事件が起こっているのだという。｢女王の番犬｣として調査に乗り出すシエルとセバスチャン。さまざまなショーが繰り広げられる中、セバスチャンは心ときめく存在と出会ってしまい！？

事件の調査のために訪れた移動サーカスで、サーカス団員にスカウトされたセバスチャン。潜入捜査をすべく、シエルも入団テストを受けることに。ナイフ投げや綱渡りを、セバスチャンの悪意あるフォローを受けながらこなしていくが…！？

潜入したサーカス団で、新人として紹介されたのは死神・ウィリアムだった。まさかの邂逅の驚きが冷めやらぬままに、セバスチャンとウィリアムは宿泊テントまで同室になってしまう。険悪な雰囲気のまま対峙する二人。そして夜が更けていく…。

調査も残りは一軍テントのみ。テントに人がいなくなる公演時間を狙って調べようとしたところ、アクシデントによりセバスチャンがサーカスに出演することに。一人テントを探るシエルだったが、公演を終えて戻ってきたドールに見つかってしまい…！？

無理がたたって倒れてしまったシエル。身動きの取れない主人に代わって、調査に出るセバスチャンだったが、その前にウィリアムが立ちはだかる。サーカス団の外に出ることを阻まれたセバスチャンは、傷心のビーストに近づき…。

“お父様”と面会するジョーカー。タウンハウスに戻り、ソーマ&アグニの強い勧めでシエルを療養させるセバスチャン。セバスチャンの看病で回復したシエル。動き出すサーカス団員たち。それぞれの想いを胸に、全てが動き始める。

ケルヴィン男爵によって語られる衝撃の真実。過去のシエルとケルヴィンの歪んだ繋がりが明らかに。それを知ったシエルが取った行動は…。そのころ、エリザベスが滞在している使用人たちだけのファントムハイヴ邸に、サーカス団の魔の手が迫っていた。

サーカス団員たちの襲撃を迎え討つファントムハイヴ家使用人たち。セバスチャンとシエルが選んだ彼らはファントムハイヴ家の秘密と誇りを守る私兵だった。その事実を知って絶望するジョーカー。彼らが抱えていたものとは…。そしてシエルが下す決断は…？

舞い上がる走馬灯劇場(シネマティックレコード)に映るのは悲しい過去だった。ケルヴィン邸にたどり着き、真実を知ったドールの悲鳴と刃がシエルに向けられる。鞄からこぼれおちるキャンディー。全てが炎に包まれ、閉幕の時を迎える。