La vie scolaire d'Arata Hinohara est terrible et il aimerait pouvoir disparaître. Arata d'Amawakuni doit se battre pour sa vie après avoir été accusé à tort d'un meurtre.

Accusé d'être le meurtrier, Arata est contraint de passer en jugement. En chemin, il a l'occasion de parler à son double.

Arata et Kotoha sont emmenés à Gatoya, "l'enfer ultime", où ils sont immédiatement attaqués par deux garçons. Une certaine rumeur circule sur Arata, le meurtrier présumé de la princesse.

Kanate a été enlevé par Tsutsuga. Arata part à leur recherche et les trouve face à Tsutsuga dans un combat à mort. Tsutsuga déclare que le vainqueur sera déclaré innocent de ses crimes. Outré, Arata dégaine son Hayagami sur Tsutsuga, mais se retrouve dans une situation délicate lorsqu'il ne peut pas faire appel à son pouvoir...

Dans le monde moderne, la famille d'Arata sait qu'il y a quelque chose de différent chez lui, mais elle continue d'essayer de converser avec lui malgré sa confusion. À Amawakuni, Arata se dirige vers la capitale. En chemin, il apprend la relation entre la princesse d'Amawakuni et les Douze Shinsho. Il rencontre également des nomades qui affirment que, sans la princesse, le monde va sombrer dans le chaos...

Ohika sauve Arata après qu'il se soit effondré pendant les voyages du groupe. Peu après, Akachi des Douze Shinsho arrive et ordonne à Ohika de devenir son Zokusho. Ohika refuse car il a juré fidélité à Kannagi, mais Akachi ne se contente pas d'une réponse négative.

Vivant toujours à la place de Hinohara dans le monde moderne, Arata rencontre Kadowaki à l'école et décide de "jouer" avec lui. Pendant ce temps, à Amawakuni, Kotoha se blesse au pied sur le chemin de la capitale et le groupe est contraint de faire une pause dans un village en ruines. Seule avec Arata, Kotoha trouve le courage de faire un geste inattendu...

Après avoir appris le passé de Kannagi, Arata est encore plus déterminé à changer le monde. Il s'entraîne au maniement de l'épée avec Kanate tandis que le groupe se dirige vers la capitale. Pendant ce temps, dans le Japon moderne, Arata rencontre l'ami qui l'a trahi et qui éprouve maintenant une immense culpabilité pour ce qu'il a fait.

Kadowaki est apparu dans Amawakuni ! Arata est confus, mais après avoir été bombardé de mots haineux par Kadowaki, son état émotionnel change. Plus tard, stupéfait par la présence de Kadowaki et le changement d'Arata, Kannagi fait une déclaration puissante. Arata est encore hésitant, alors Kannagi lui dit...

Arata et les autres sont arrivés dans le domaine de Yorunami, l'un des douze Shinsho. Plutôt que de rencontrer Yorunami directement, Arata décide de parler d'abord à l'un de ses Zokusho pour savoir quel genre d'homme il est. Le groupe atteint Suzukura, une ville gouvernée par le Zokusho Hiruko, mais on lui apprend qu'il doit payer une taxe de passage pour entrer...

Arata et son groupe arrivent au palais Tamayori, mais Yorunami utilise immédiatement son pouvoir pour capturer Kotoha. Arata la poursuit et trouve Yorunami lui-même dans le palais. Il défie Arata en duel...

Kadowaki réapparaît au milieu du combat d'Arata contre Yorunami. Il dit à Arata qu'il est devenu un Sho pour " se battre pour la soumission ", mais Arata n'est pas d'accord. Les croyances d'Arata et de Kadowaki, après avoir traversé deux mondes, sont sur le point de s'affronter.